모회사인 청구법인이 자본잠식상태의 완전자회사를 흡수합병하는 경우 소멸한 완전자회사의 주식 취득가액을 청구법인의 손금에 산입할 수 있는지 여부

합병으로 인하여 순자산이 외부로 유출되어 감소된 사정은 없는 것으로 보이고, 쟁점피합병법인의 이월결손금을 승계받았음에도 투자금성격의 쟁점포합주식가액을 손금산입하는 것은 이중공제의 효과가 있어 청구주장은 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1966.11.3. 설립된 주권상장법인으로, 2014.10.6.까지 환경엔지니어링 산업을 영위하기 위하여 설립된 A 주식회사(이하 “쟁점피합병법인”이라 한다)의 발행주식 전부(지분 100%, 이하 “쟁점포합주식”이라 한다)를 OOO원에 취득하였고,이후 쟁점피합병법인이 영업손실의 누적 등으로 자본잠식됨에 따라 회계상 쟁점포합주식의 평가액을 OOO원으로 하여 인식한 손상차손 누계액(OOO원)을 세무조정시 손금불산입(유보)하였다.나. 청구법인은 2017.4.1. 쟁점포합주식에 대해 신주를 교부하지 아니하는 무증자 방식에 의하여 1:0의 합병비율에 따라 쟁점피합병법인을 흡수합병한 후 2017사업연도 법인세 신고시 쟁점포합주식의 평가액(회계상 OOO원, 세무상 OOO원)에 대한 유보잔액을 손금산입(유보) 및 손금불산입(기타)하여 소득금액에 영향이 없도록 양편조정하는 방식으로 세무조정하였고,쟁점피합병법인과의 합병을 「법인세법」 제44조 제3항에 따른 적격합병으로 보아 쟁점피합병법인의 세무상 유보잔액(OOO원)과 이월결손금 누계액(△OOO원)을 승계하였다.다. 청구법인은 2023.3.31. 합병등기일이 속하는 사업연도에 쟁점포합주식의 취득가액(OOO원, 이하 “쟁점포합주식가액”이라 한다)을 손금산입해야 한다면서 2017사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.1.10. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.3. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 완전자본잠식인 피합병법인을 무증자합병하는 경우에는 일반적인 무증자합병의 경우와는 달리 신주발행의 형식을 취할 수 없으므로, 합병신주 교부를 전제로 자기주식을 소각한 것으로 본다는 자본거래 논리를 적용할 수 없어 포합주식의 소각은 세무상 손익거래로 봄이 타당하다.(가) 일반적인 무증자합병 시 포합주식의 소각은 대법원 판례에 따라 자본거래에 해당한다.대법원은 무증자방식에 의하여 합병을 하더라도 “신주발행 후 자기주식 소각”한 것과 동일하다고 판시하였으며, 관련 해석례에서도 동일한 취지로 손금에 산입할 수 없다(즉, 자본거래에 해당한다)고 해석하였다.즉, 내국법인이 출자지분의 100%를 보유하고 있는 완전자회사를 흡수합병하면서 합병신주인 자기주식을 교부받은 경우에는 합병신주의 취득가액이 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호(합병에 따라 취득한 주식등의 취득가액)에 따라 종전의 장부가액에 「법인세법」 제16조 제1항 제5호의 금액 및 같은 법 시행령 제11조 제9호의 금액을 더한 금액에서 「법인세법」 제16조 제1항 제5호에 따른 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액으로 하는 것인바, 포합주식이 소멸되고 자기주식으로 대체되어 순자산을 감소시키지 않기 때문이다.따라서 일반적으로 합병법인이 보유한 포합주식이 무증자합병으로 인하여 소멸함에 따른 손실은 자기주식을 소각함에 따라 발생한 자본거래에 해당하고, 「법인세법」상 손금에 산입할 수 없는 것이라고 보아야 한다.＜일반적인 무증자합병 시 완전모회사의 세무처리 방식＞ㅇㅇㅇ(나) 반면, 완전자본잠식인 쟁점피합병법인을 무증자합병하는 경우, 포합주식의 소각시 신주발행의 형식을 취할 수 없으므로 세무상 손익거래에 해당한다.결손 누적으로 완전자본잠식인 쟁점피합병법인은 포합주식 평가가액이 OOO원 이하로 산출되기 때문에 ①「자본시장법」의 준수, ②자본충실과 합병법인 주주 보호 문제 등에 따라 신주 발행의 형식을 취할 수 없고, ③ 세무처리상으로도 음(-)의 순자산이 인식되므로 자본금 증가(신주발행)의 논리를 적용할 수 없어 무증자방식으로 합병을 할 수밖에 없다.즉, 완전자본잠식인 쟁점피합병법인을 무증자합병하는 경우는 일반적인 무증자합병의 경우와는 달리 합병신주 교부를 전제로 한 포합주식의 소각이라는 가정이 성립할 수 없으므로, 합병신주 발행 후 자기주식으로 소각한 것으로 본다는 동일한 자본거래 재구성 논리를 적용할 수 없다.완전자본잠식 하의 무증자합병은 새로운 자산(자기주식)으로 환급받을 수 있는 거래가 아니므로, ① 자본 또는 출자의 환급과 무관하고, ② 잉여금의 처분에도 해당하지 않으며, ③ 「법인세법」 제19조의2부터 제28조까지 열거된 손금불산입 항목에 해당하지도 않는다.결과적으로 완전자본잠식 상태에 있는 쟁점피합병법인의 주식은 무증자합병으로 인해 그 자체로 소멸하여 청구법인의 순자산을 감소시키게 되므로, 포합주식가액의 감소분은 「법인세법」 제19조 제1항에 따른 손금의 정의에 부합하는 손익거래로 보아야 할 것이다.＜완전자본잠식 하의 무증자합병 시 완전모회사의 세무처리＞ㅇㅇㅇ(2) 국세청의 유권해석을 살펴보면, 자본잠식상태인 완전자회사를 완전모회사가 무증자 합병시 피합병법인의 주식 취득가액은 손금에 산입하지 않는다고 회신하였으나,쟁점피합병법인과 같이 완전자본잠식상태인 자회사를 무증자합병하는 것은 합병법인이 결손상태인 피합병법인의 사업부를 사실상 사업양수도(무상)한 후 피합병법인을 청산하는 것과 경제적 실질이 동일하므로, 과세형평상 쟁점포합주식가액은 손금에 산입되는 것으로 봄이 타당하다.(가) 완전자본잠식된 자회사를 다른 자회사가 무증자합병하는 경우에는 기획재정부 유권해석에 따라 모회사가 보유한 쟁점포합주식가액을 손금산입할 수 있다.최근 기획재정부에서는 결손누적으로 자본이 전액 잠식된 자회사와 다른 자회사간 무증자합병 시 모회사가 보유한 포합주식가액을 손금산입할 수 있다고 해석하였다.이는 피합병법인 주식이 소멸된 상황에서 피합병법인 주식 취득가액을 손금에 산입하지 않고 합병법인 주식 취득가액에 가산할 법적 근거가 없으며, 피합병법인이 자본잠식인 경우의 무증자합병은 사실상 피합병법인의 가치가 ‘0’ 이하이기 때문에 합병신주를 교부할 수 없으므로 실질적 처분행위가 있는 ‘사업양수도(무상) 및 청산’의 손익거래로 의제한 것으로 볼 수 있다.(나) 완전자본잠식상태에 있는 자회사를 완전모회사가 무증자합병하는 경우에 대해서는 국세청 유권해석에서 피합병법인 주식의 취득가액을 손금에 산입하지 않는다고 회신하였으나, 자회사간 무증자합병이든 모자회사간 무증자합병이든 관계없이 완전자본잠식인 피합병법인을 무증자합병하는 경우 기존 포합주식가액이 자기주식으로 대체될 수가 없으므로 처분손실이 즉시 인식되는 손익거래로 봄이 타당하다.최근 국세청은 청구법인이 서면질의한 이 건 무증자합병에 대한 답변으로, 완전모회사가 완전자회사를 흡수합병함에 있어 완전모회사가 보유하고 있는 포합주식에 대하여 합병신주를 교부하지 않고 소각하는 경우에는 이를 손금에 산입하지 않는 것으로 회신하여 상기의 자회사간 무증자합병과는 달리 보았다.다만, 피합병법인의 결손사업부를 사업양수도(무상양수도)하고 피합병법인을 청산하는 것과 경제적 실질이 동일하므로, 과세형평상 완전자본잠식상태인 모자회사 간 무증자합병도 자회사간 무증자합병과동일하게 포합주식가액을 손금에 산입되는 것으로 보아야 한다.나. 처분청 의견(1)완전모회사가 자본잠식상태인 완전자회사를 무증자방식으로 흡수합병하더라도 포합주식의 소각거래를 손익거래로 볼 수는 없다.(가) 청구법인은 완전 모·자회사 간 무증자합병거래시 쟁점피합병법인이 완전자본잠식상태였기 때문에 대법원 판례(OOO)에 앞서 전제한 ‘합병신주를 발행한 후 자기주식을 소각’한다는 가정이 성립되지 않고, 피합병법인의 결손사업부를 무상으로 사업양수도한 후 피합병법인을 청산하는 경우와 경제적 실질이 동일하므로, 쟁점포합주식가액은 처분손실(손익거래)로 즉시 인식되어야 한다고 주장하나,해당 대법원 판례를 살펴보면, 합병법인이 피합병법인을 흡수합병할 때 보유하고 있던 포합주식에 대하여 합병법인의 신주를 할당하지 않고 전부 소각한 경우에도 시간적 간격이 있기는 하나 종국적인 효과에 있어서는 합병 후 신주를 할당하여 보유하다가 소각한 경우와 동일하다는 점, 합병법인이 합병 전에 취득한 포합주식은 합병으로 피합병법인이 소멸되므로 포합주식에 상응하는 신주가 발행하는 등으로 합병법인의 자기주식으로 변환될 것인데 그러하지 아니하고 이를 소각한 것은 자본환급의 성질을 가진다는 점을 명확히 판시하였다.따라서 청구법인이 「상법」상 신주발행의 형식을 취할 수 없다고