부가가치세경정거부처분취소소송[채무자의 파산으로 회수할 수 없는 채권에 대한 대손세액공제를 구하는 사건]

[1] 부가가치세법 제45조 제1항의 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제1호 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제8호에서 대손세액 공제사유로 규정하는 ‘채무자의 파산으로 회수할 수 없는 채권’의 의미 및 납세의무자가 채권의 회수불능 사실이 객관적으로 확정되기 이전에 이를 회수할 가능성이 있었던 경우, 그 적용이 부정되는지 여부(원칙적 소극) [2] 주택건설사업을 영위하는 甲 주식회사가 복합시설 건축사업 시행자인 乙 주식회사로부터 공사대금 1,030억 원을 지급받지 못한 상태에서 乙 회사의 선행대출 상환 등을 위해 乙 회사에 490억 원을 대여하였다가 乙 회사로부터 지급받은 484억 원을 약정에 따라 대여금 채권의 변제에 충당했는데, 乙 회사가 파산선고를 받자, 甲 회사가 공사대금을 법인세법상 대손금으로 손금산입하는 한편, 관할 세무서장에게 위 공사대금 채권이 채무자의 파산을 사유로 회수할 수 없는 채권으로서 부가가치세법 제45조에서 정한 대손세액 공제대상에 해당한다며 부가가치세(77.3억 원)를 환급해 달라는 경정청구를 했으나, 세무서장이 ‘乙 회사가 상환한 484억 원은 공사대금의 일부 변제에 충당된 것으로 보아야 한다.’는 이유로 일부 변제충당 이후에 잔존했을 공사대금에 관한 부가가치세(43.5억 원)만 대손세액 공제대상으로 인정하고 나머지(33.7억 원)에 대한 경정청구는 거부한 사안에서, 위 처분을 적법하다고 본 원심판단에 법리오해의 잘못이 있다고 한 사례 [1] 부가가치세법 제45조 제1항의 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제1호 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제8호에서 대손세액 공제사유로 규정하는 ‘채무자의 파산으로 회수할 수 없는 채권’이란 채무자의 파산으로 인하여 채권 전부의 회수불능 사실이 객관적으로 확정된 채권을 의미하는 것으로, 납세의무자가 해당 채권의 회수를 임의로 포기한 것이라는 등의 특별한 사정이 없는 한 구체적인 사안에서 채권의 회수불능 사실이 객관적으로 확정되기 이전에 이를 회수할 가능성이 있었다는 사정만으로 그 적용이 부정된다고 할 수는 없다. [2] 주택건설사업을 영위하는 甲 주식회사가 복합시설 건축사업 시행자인 乙 주식회사로부터 공사대금 1,030억 원을 지급받지 못한 상태에서 乙 회사의 선행대출 상환 등을 위해 乙 회사에 490억 원을 대여하였다가 乙 회사로부터 지급받은 484억 원을 약정에 따라 대여금 채권의 변제에 충당했는데, 乙 회사가 분양수입금으로 대출원리금 상환이 어렵다는 등의 이유로 파산선고를 받자, 甲 회사가 공사대금을 법인세법상 대손금으로 손금산입하는 한편, 관할 세무서장에게 위 공사대금 채권이 채무자의 파산을 사유로 회수할 수 없는 채권으로서 부가가치세법 제45조에서 정한 대손세액 공제대상에 해당한다며 부가가치세(77.3억 원)를 환급해 달라는 경정청구를 했으나, 세무서장이 ‘乙 회사가 상환한 484억 원은 공사대금의 일부 변제에 충당된 것으로 보아야 한다.’는 이유로 일부 변제충당 이후에 잔존했을 공사대금에 관한 부가가치세(43.5억 원)만 대손세액 공제대상으로 인정하고 나머지(33.7억 원)에 대한 경정청구는 거부한 사안에서, 제반 사정들에 비추어 보면, 乙 회사에 파산선고가 이루어짐으로써 甲 회사가 乙 회사에 대하여 가진 공사대금 채권의 회수가 불가능한 것으로 확정된 이상, 파산 이전에 甲 회사가 乙 회사로부터 받은 금원을 공사대금 채권이 아닌 대여금 채권의 변제에 충당하였다는 사정만으로, 甲 회사가 공사대금 채권을 임의로 포기한 것으로 보아 부가가치세법 제45조에 따른 대손세액 공제가 허용되지 않는다고 볼 수 없는데도, 이와 달리 위 처분을 적법하다고 본 원심판단에 법리오해의 잘못이 있다고 한 사례. 【원고, 상고인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 변호사 정병문 외 4인) 【피고, 피상고인】 남대문세무서장 【원심판결】 서울고법 2024. 10. 10. 선고 2024누34537 판결 【주 문】 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다. 1. 사안의 개요 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가. 원고는 토목사업, 주택건설사업 등을 영위하는 회사로, 2007. 11. 23. 주식회사 △△△ 등과 서울 (이하 생략) 일대 □□균형발전촉진지구 2구역에 도시환경정비사업으로서 복합시설 건축사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하기로 하는 약정을 체결하였다. 이에 따르면 주식회사 △△△ 등은 사업시행자로서의 업무를 담당하고, 원고는 시공자로서 건설공사 및 책임준공, 개발사업대출(Project Financing) 연대보증 또는 채무인수 등을 담당하기로 하였다. 나. 그 후 이 사건 사업에 관하여 사업시행자 지위에 있는 주식회사 ◇◇◇(이하 ‘소외 회사’라 한다)는 2013. 7. 19. 대여자들과 대출 한도 3,000억 원, 만기일 2016. 10. 20.로 하는 대출계약을 체결하였고, 원고는 책임준공의무를 이행하지 않는 경우 소외 회사의 대출원리금 상환채무를 확정적·중첩적으로 인수하기로 약정하였다(이하 ‘선행대출’이라 한다). 다. 한편 원고는 2013. 9. 9. 소외 회사로부터 이 사건 사업을 위한 건축물 신축공사를 도급받는 계약을 체결하였다. 원고는 위 도급계약에 따라 2013. 10.경 공사를 시작하여 2016. 7. 14. 사용승인을 받았는데, 소외 회사로부터 공사대금 103,004,201,000원(부가가치세 포함, 이하 ‘이 사건 공사대금’이라 한다)을 전혀 지급받지 못하였다. 라. 소외 회사는 선행대출 상환을 위해 2016. 11. 16. 주식회사 ☆☆☆ 등으로부터 365억 원을 추가로 대출받았고, 원고는 위 대출원리금 채무를 인수하였다(이하 ‘추가대출 약정’이라 한다). 추가대출 약정에서는 추가대출금의 집행순서를 대출원리금 상환이 이루어진 후에 원고의 대여금, 공사비 순으로 변제가 이루어지도록 하였다. 소외 회사는 원고로부터, 추가대출 약정일 다음 날인 2016. 11. 17. 선행대출 상환 목적으로 415억 원, 2016. 11. 18. 소외 회사의 운영자금 사용 목적으로 75억 원 합계 490억 원(이하 ‘이 사건 대여금’이라 한다)을 대여받았다. 마. 소외 회사는 추가대출 약정 및 이 사건 대여금, 분양수입으로 선행대출금 중 잔금 900억 원을 상환한 뒤에, 이 사건 건축물 분양을 통해 2017. 8. 17.부터 2018. 3. 16.까지 추가대출금 365억 원을 상환하고, 2018. 4.경부터 2020. 2.경까지 5차례에 걸쳐 원고에게 484억 원을 지급하였으며, 원고는 위 돈을 이 사건 대여금 채권의 변제에 충당하였다. 바. 소외 회사는 분양수입금액(총 3,502억 원)으로 대출 원리금(3,931억 원) 상환이 어렵다는 등의 이유로 2021. 4. 19. 서울회생법원에서 2021하합100056호로 파산선고를 받았다. 위 파산절차에서 확인된 소외 회사의 청산가치는 1억 3,200만 원에 불과하였고, 원고는 당시까지의 이 사건 공사대금 103,004,201,000원, 이 사건 대여금 중 잔금 600,000,000원을 변제받지 못하는 등 원고가 보유한 파산채권의 합계는 111,374,496,327원이었다. 사. 원고는 이 사건 공사대금 103,004,201,000원을 법인세법상 2021 사업연도의 대손금으로서 손금산입하였고, 피고는 원고에 대한 세무조사에서 이 부분을 특별히 문제 삼지 않았다. 다만 원고는 2021. 8. 9. 피고에게 채무자인 소외 회사의 파산으로 말미암아 이 사건 공사대금 채권 전부를 회수할 수 없게 되었음을 들어 ‘이 사건 공사대금 채권은 채무자의 파산을 사유로 회수할 수 없는 채권으로서 부가가치세법 제45조에서 정한 대손세액 공제대상에 해당하므로 2021년 1기 부가가치세 7,731,495,327원을 환급하여 달라.’는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 같은 해 12. 17. 채무자인 소외 회사가 파산절차에 들어가기 이전에 원고가 소외 회사로부터 상환받은 이 사건 대여금 상당액을 이 사건 공사대금 채권의 변제에 충당하지 아니한 점을 문제 삼아 ‘소외 회사가 상환한 484억 원은 이 사건 공사대금의 일부 변제에 충당된 것으로 보아야 한다.’는 이유로, 위와 같은 일부 변제충당 이후에 잔존하였을 공사대금에 관한 부가가치세 4,352,238,355원만 대손세액 공제대상으로 인정하고, 원고가 환급을 구한 나머지 3,379,256,972원에 대한 경정청구는 거부하였다(이하 위와 같이 경정청구가 거부된 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 2. 판단 가. 원심의 판단 1) 원심은 법인세법상 대손금 손금산입 사유와 부가가치세법상 대손세액 공제사유는 서로 동일하지 않음을 전제로 채무자가 파산에 이르게 되었더라도 부가가치세의 발생 원인이 된 채권이 과연 ‘회수할 수 없는’ 상태가 되었는지 여부는, 채무자의 자산상황 및 지급능력, 구체적 거래 내용과 함께 공급받은 자(채무자)가 파산에 이르는 과정에서 공급하는 자(채권자)에게 해당 매출채권에 관한 사실상의 지출을 할 수 있었는지, 이로써 공급하는 자에게 채권회수불능에 대한 회피가능성이 있었는지 등을 종합하여 사회통념에 따라 객관적·규범적으로 판단하여야 한다고 판시하였다. 2) 그런 다음 원심은, 아래와 같은 이유로 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 공사대금 채권이 부가가치세법 제45조 제1항의 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제87조