청구인이 쟁점주택을 취득한 후 3개월 내에 상시거주를 하지 않았다고 보아 생애 최초 주택 구입에 따라 감면한 취득세를 추징한 처분의 당부

종전 임차주택의 임대차보증금 반환 지연이라는 객관적인 장애로 전입신고를 하지 못한 것이라면, 청구인에게 전입신고 지연에 관한 정당한 사유가 없다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어, 3개월 내 전입신고를 하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당 대전광역시 동구청장이 2026.3.5. 청구인에게 한 취득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2025.2.13. 대전광역시 동구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 유상으로 취득하고, 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 「지방세특례제한법」 제36조의3 제1항에 따른 생애최초 주택 구입에 대한 취득세 감면을 신청하여 취득세 OOO원을 감면받은 후, 취득세 OOO원을 2025.3.25. 신고·납부하였다. 나. 처분청은 청구인이 쟁점주택의 취득일부터 3개월 이내에 상시 거주를 시작하지 아니하여 「지방세특례제한법」 제36조의3 제4항에 따른 추징사유에 해당한다고 보아, 2026.3.5. 청구인에게 감면받은 취득세 등을 포함한 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2026.5.19. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장청구인은 국토교통부 등으로부터 전세사기 피해자로 결정·통지받은 사람으로서, 대전광역시 유성구 OOO(이하 “종전 임차주택”이라 한다)의 임차보증금을 회수하기 위하여 법원으로부터 임차권등기명령을 받는 등 보증금 회수를 위한 절차를 진행하였다. 그러나 관련 구제절차가 수개월 이상 지연되었고, 청구인은 「주택임대차보호법」상 주소지를 변경하여 전입신고를 하는 경우 종전 임차주택에 관한 임차보증금의 회수에 필요한 대항력 및 우선변제권에 영향을 받을 수 있어, 보증금 회수 가능성에 중대한 법적 위험이 발생할 수 있는 상황에 처하여 있었다.청구인은 이러한 상황에서 유일한 재산상 권리구제 수단인 임차보증금 회수 가능성을 포기하면서까지 주소지를 이전하는 것은 사실상 기대하기 어려웠으며, 전세사기 피해 구제절차의 장기화로 인한 경제적·심리적 불안정 역시 쟁점주택 취득일부터 3개월 이내에 전입신고를 하지 못한 현실적인 장애로 작용하였다. 따라서 청구인이 법정기한 내 전입신고를 하지 못한 것은 감면요건을 회피하기 위한 고의적인 행위에 기인한 것이 아니라 전세사기 피해의 구제과정에서 발생한 불가피한 법적·현실적 사정에 따른 것이므로, 이는 「지방세특례제한법」 제36조의3 제4항 제1호에서 정한 정당한 사유에 해당한다고 보아야 한다.또한 청구인이 2025.2.13. 쟁점주택을 취득할 당시 「지방세특례제한법」 제36조의3 제4항 제1호는 취득일부터 3개월 이내에 전입신고를 하고 상시 거주할 것을 감면유예 요건으로 규정하고 있었으나, 이후 개정된 지방세 관계 법령은 전입신고 요건의 경직성을 완화하는 방향으로 제도를 정비하였다. 이는 전입신고라는 형식적 요건의 충족 여부만을 기준으로 감면 여부를 판단하는 데 따른 불합리성을 시정하고, 실제 주택에 거주하는지 여부 등 실질적인 주택 이용관계를 고려하려는 입법 취지를 반영한 것으로 볼 수 있다.청구인은 전세사기 피해로 인하여 종전 임차주택의 주소지를 유지할 수밖에 없어 쟁점주택으로 전입신고를 하지 못하였을 뿐, 실제로는 쟁점주택에 입주하여 거주하였으므로 생애최초 주택 구입자에 대한 취득세 감면제도의 실질적인 취지에 부합한다. 따라서 청구인의 실제 거주 사실과 전세사기 피해에 따른 불가피한 사정을 고려하지 아니하고 전입신고라는 형식적 요건의 미충족만을 이유로 감면받은 취득세 등을 추징하는 것은 실질과세의 원칙 및 관련 법령의 개정 취지에 부합하지 아니한다.따라서 청구인이 전세사기 피해로 인하여 종전 임차주택에 관한 임차보증금 회수절차를 진행하는 과정에서 기존 주소지를 유지할 수밖에 없었던 점, 그럼에도 청구인이 쟁점주택에 실제로 입주하여 거주한 점 및 이후 관련 제도가 전입신고라는 형식적 요건의 경직성을 완화하는 방향으로 정비된 취지를 종합하면, 이 건 감면세액을 추징한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견「지방세특례제한법」 제36조의3 제4항 제1호는 생애최초 주택 구입에 대한 취득세 감면을 받은 자가 해당 주택을 취득한 날부터 3개월 이내에 상시 거주를 시작하지 아니하는 경우 감면된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있고, 여기서 “상시 거주”란 취득일 이후 「주민등록법」에 따른 전입신고를 하고 계속하여 거주하거나 취득일 전에 같은 법에 따른 전입신고를 하고 취득일부터 계속하여 거주하는 것을 말한다. 청구인은 쟁점주택을 2025.2.13. 취득하였으므로 2025.5.13.까지 쟁점주택에 전입신고를 하고 상시 거주를 시작하여야 하나, 청구인은 위 기한까지 쟁점주택에 전입하지 아니하고 2026.4.27.에 이르러 주소를 변경한 사실이 확인되므로 이 건은 취득세 감면의 추징사유에 해당한다.또한 「지방세특례제한법 시행령」 제17조의3 제2호는 주택을 취득한 자가 기존에 거주하던 주택에 대한 임대차기간이 만료되었으나 임차보증금 반환이 지연되어 대항력을 유지하기 위하여 기존 거주지에 「주민등록법」에 따른 주소를 유지하는 경우를 상시 거주를 지연한 정당한 사유로 규정하면서, 「주택임대차보호법」 제3조의3에 따른 임차권등기가 이루어진 경우는 이를 명시적으로 제외하고 있다.이는 「주택임대차보호법」 제3조의3 제5항에서 임차인이 임차권등기명령의 집행에 따른 임차권등기를 마친 경우에는 그 이후 대항요건을 상실하더라도 이미 취득한 대항력 및 우선변제권을 상실하지 아니한다고 규정하고 있기 때문이다.따라서 청구인은 기존 임차주택에 임차권등기가 완료된 이상 기존 임차주택의 주소를 유지하지 아니하더라도 이미 취득한 대항력 및 우선변제권을 상실하지 아니하므로, 쟁점주택으로 전입신고를 하지 못할 법률상 장애가 있었다고 보기 어렵다. 결국 청구인이 전세사기 피해에 따른 보증금 회수 등을 이유로 쟁점주택으로의 전입신고를 미룬 것은 법령상 대항력 및 우선변제권을 유지하기 위한 불가피한 사유라고 보기 어려우므로, 이를 상시 거주를 지연한 정당한 사유로 인정하기 어렵다.한편, 「지방세특례제한법」 제36조의3 제4항은 2025.12.31. 법률 개정으로 상시 거주와 관련된 요건이 삭제되었으나, 같은 법 부칙 제5조는 이 법 시행 전에 추징사유가 발생한 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있다. 청구인의 경우 쟁점주택 취득일부터 3개월이 경과한 2025.5.13. 상시 거주요건을 충족하지 아니함으로써 추징사유가 이미 발생하였으므로, 이후 개정된 규정을 적용하여 추징사유가 해소되었다고 볼 수 없다.따라서 청구인이 전세사기 피해자로서 경제적·심리적 어려움을 겪고 있었다고 하더라도, 관련 법령은 임차권등기가 이루어진 경우를 기존 주소 유지에 따른 상시 거주 지연의 정당한 사유에서 명시적으로 제외하고 있으므로 이를 정당한 사유로 인정하기 어렵다. 결국 청구인은 쟁점주택의 취득일부터 3개월 이내에 「주민등록법」에 따른 전입신고를 하지 아니하여 상시 거주요건을 충족하지 못하였으므로, 처분청이 기 감면한 취득세 등을 추징하여 부과·고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인이 쟁점주택을 취득한 후 3개월 내에 상시거주를 하지 않았다고 보아 생애 최초 주택 구입에 따라 감면한 취득세를 추징한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) 청구인은 종전 임차주택에 관하여 2021.12.31.부터 2022.12.30.까지를 임대차기간으로 하는 최초 임대차계약을 체결한 후, 임대차보증금 증액 및 임대차기간 연장 등을 거쳐 2024.12.30.까지를 임대차기간으로 하는 임대차계약을 체결하고 위 주택에 전세로 거주하였다.(나) 종전 임차주택의 임대인 a가 사망함에 따라 상속 및 소유권 이전절차가 진행되는 과정에서 청구인의 임차보증금 반환에 관한 문제가 발생하였고, 청구인은 임차보증금을 반환받기 위하여 2024.8.9. 종전 임차주택에 대하여 주택임차권등기를 마쳤다.○○○(다) 청구인은 2025.7.9. 국토교통부로부터 종전 임차주택과 관련하여 「전세사기피해자 지원 및 주거안정에 관한 특별법」에 따른 전세사기피해자등 결정통지를 받아 전세사기 피해자로 인정받았다.○○○(라) 청구인은 2026.4.27. 쟁점주택을 주소지로 하여 「주민등록법」에 따른 전입신고를 하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점주택 취득일부터 3개월 이내에 전입신고를 하지 아니하였고 임차권등기가 완료된 기존 임차주택의 주소를 유지할 법률상 불가피한 사유도 인정하기 어려우므로, 상시 거주요건 미충족을 이유로 취득세 감면분을 추징하여 부과·고지한 이 건 처분은 정당하다는 의견이나,청구인은 종전 임차주택의 임대인 사망으로 인한 임차보증금 반환 문제로 2024.8.9. 임차권등기를 마쳤고, 이후 2025.7.9. 국토교통부로부터 전세사기피해자등으로 결정·통지받은 점에 비추어 종전 임차주택에 주소를 유지한 것은 단순한 개인적 사정이 아니라 전세사기 피해로 인한 보증금 회수절차와 직접 관련된 불가피한 사정으로 볼 여지가 있는 점, 또한 「지방세특례제한법」 제36조의3 제4항 제1호의 상시 거주요건은 실거주 목적이 아닌 투자 목적의 주택 취득에 대한 감면을 배제하려는 데 그 취지가 있는 것으로 보이고, 종전 임차주택의 임대차보증금 반환 지연이라는 객관적인 장애로 전입신고를 하지 못한 것이라면, 청구인에게 전입신고 지연에 관한 정당한 사유가 없다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어 청구인에게는 쟁점주택 취득일부터 3개월 이내에 전입신고를 하지 못한 정당한 사유가 있었다고 보는 것이 타당하므로, 처분청이 상시 거주요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 취득세 감면분을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024방291, 2024.5.1. 같은 뜻임).4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 일부개정된 것)제36조의3(생애최초 주택 구입에 대한 취득세 감면) ① 주택 취득일 현재 본인 및 배우자(「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부에서 혼인이 확인되는 외국인 배우자를 포함한다. 이하 이 조 및 제36조의5에서 같다)가 주택(「지방세법」 제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이하 이 조 및 제36조의5에서 같다)을 소유한 사실이 없는 경우로서 「지방세법」 제10조의3에 따른 취득 당시의 가액(이하 이 조에서 “취득당시가액”이라 한다)이 12억원 이하인 주택을 유상거래(부담부증여는 제외한다)로 취득하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 2025년 12월 31일까지 지방세를 감면(이 경우 「지방세법」 제13조의2의 세율을 적용하지 아니한다)한다. 다만, 취득자가 미성년자인 경우는 제외한다. 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 「지방세법」 제11조 제1항 제8호의 세율을 적용하여 산출한 취득세액(이하 이 조 및 제36조의5에서 “산출세액”이라 한다)이 300만원 이하인 경우에는 취득세를 면제하고, 산출세액이 300만원을 초과하는 경우에는 산출세액에서 300만원을 공제한다. 가. 전용면적이 60제곱미터 이하이고 취득당시가액이 3억원(수도권은 6억원으로 한다) 이하인 공동주택(아파트는 제외한다)나. 전용면적이 60제곱미터 이하이고 취득당시가액이 3억원(수도권은 6억원으로 한다) 이하인 「주택법」 제2조 제20호에 따른 도시형 생활주택다. 취득당시가액이 3억원(수도권은 6억원으로 한다) 이하인 「주택법」 제2조 제2호에 따른 단독주택 중 다가구주택으로서 「건축법」 제38조에 따른 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있는 다가구주택(전용면적이 60제곱미터 이하인 호수 부분으로 한정한다)2. 제1호 외의 주택에 대해서는 산출세액이 200만원 이하인 경우에는 취득세를 면제하고, 산출세액이 200만원을 초과하는 경우에는 산출세액에서 200만원을 공제한다. ④ 제1항에 따라 취득세를 감면받은 사람이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다. 1. 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 주택을 취득한 날부터 3개월 이내에 상시 거주(취득일 이후 「주민등록법」에 따른 전입신고를 하고 계속하여 거주하거나 취득일 전에 같은 법에 따른 전입신고를 하고 취득일부터 계속하여 거주하는 것을 말한다. 이하 이 조 및 제36조의5에서 같다)를 시작하지 아니하는 경우(2) 지방세특례제한법 시행령(2024.12.31. 대통령령 제35178호로 일부개정된 것)제17조의3(상시 거주 지연의 정당한 사유) 법 제36조의3 제4항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 정당한 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 2. 주택을 취득한 자가 기존에 거주하던 주택에 대한 임대차 기간 이 만료되었으나 보증금 반환이 지연되어 대항력을 유지하기 위하여 기존 거주지에 「주민등록법」에 따른 주소를 유지하는 경우(「주택임대차보호법」 제3조의3에 따른 임차권등기가 이루어진 경우는 제외한다)(3) 지방세특례제한법(2025.12.31. 법률 제21309호로 일부개정된 것)제36조의3(생애최초 주택 구입에 대한 취득세 감면) ④ 제1항에 따라 취득세를 감면받은 사람이 해당 주택을 취득한 날[해당 주택을 취득한 사람이 「주택임대차보호법」 제3조 제4항에 따라 임대인의 지위를 승계한 경우로서 해당 주택의 임대차계약(같은 법 제6조 및 제6조의3에 따라 임대차계약이 갱신된 경우를 포함한다)에 따른 임차인이 그 주택에 계속 거주하고 있는 경우(해당 주택의 취득일을 기준으로 남아 있는 임대차기간이 1년 이내인 경우로 한정한다)에는 그 임대차기간의 만료일]부터 3년 이내에 해당 주택을 매각ㆍ증여(배우자에게 지분을 매각ㆍ증여하는 경우는 제외한다)하거나 다른 용도(임대를 포함한다)로 사용하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.＜부칙＞제5조(생애최초 주택 구입에 대한 취득세 감면ㆍ추징에 관한 적용례 등) ① 제36조의3 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. ② 이 법 시행 전에 종전의 제36조의3 제4항에 따른 추징사유가 발생한 경우에는 제36조의3 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (4) 주택임대차보호법(2023.4.18. 법률 제19356호로 일부개정된 것)제3조의3(임차권등기명령) ⑤ 임차인은 임차권등기명령의 집행에 따른 임차권등기를 마치면 제3조 제1항ㆍ제2항 또는 제3항에 따른 대항력과 제3조의2 제2항에 따른 우선변제권을 취득한다. 다만, 임차인이 임차권등기 이전에 이미 대항력이나 우선변제권을 취득한 경우에는 그 대항력이나 우선변제권은 그대로 유지되며, 임차권등기 이후에는 제3조 제1항ㆍ제2항 또는 제3항의 대항요건을 상실하더라도 이미 취득한 대항력이나 우선변제권을 상실하지 아니한다.