청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 60일 이내에 공공주택사업자와 매도약정을 체결하지 못한 경우 「지방세특례제한법」 제31조의5 제1항의 취득세 감면 대상에 해당하는지 여부

부동산 취득 후 1년 이내에 착공하지 않을 경우 추징하도록 보완 규정이 있는 점을 고려할 때, 사전 신청 등으로 공공임대사업자에게 매도할 의사가 명확히 확인되는 경우라면 세제 혜택을 부여하는 것이 합리적임 서울특별시 은평구청장이 2026.3.4. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2025.10.30. 서울특별시 은평구 OOO 토지 합계 246.2㎡ 및 그 지상의 건물 410.79㎡(이하 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득하고, 처분청에 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 청구법인은 2025.12.30. 서울주택도시공사와 쟁점부동산에 임대가 목적인 주택을 건축하여 서울주택도시공사에게 매도하기로 하는 내용의 ‘부동산매매 이행약정서’(이하 “이 건 계약”이라 한다)를 체결하였다. 다. 청구법인은 이후 쟁점부동산이 ‘「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당하므로, 「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정된 것, 이하 같다) 제31조의5 제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 취득세 감면(취득세의 100분의 15) 대상에 해당하다고 주장하며, 2026.2.24. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2026.3.4. 이를 거부하였다(이하 “이 건 처분”이라 한다).라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.5.29. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점규정은 ‘공공주택사업자의 임대가 목적인 주택 등을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자’가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 감면하는 것으로 규정하고 있으며, 여기서 ‘약정을 체결한 자’에는 해당 부동산 취득 전에 이미 실질적인 매도약정이 체결된 자를 포함하는 것이 타당하다 할 것이다.청구법인은 처음부터 쟁점부동산에 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기 위한 목적으로 해당 부동산을 취득한 것인데, 청구법인이 2025.5.29. 서울주택도시공사에 제출한 매도신청서를 보면 ‘신혼부부 I 유형 도시형생활주택’으로 매도신청을 하여 승인통보를 받았으며, 2025.7.16. 서울주택도시공사로부터 자율주택정비사업 대상지 선정 심의위원회 결과를 통보받았는데, 이 심의결과는 단순한 행정 안내가 아니라 쟁점부동산에 대한 매입예정가액까지 명시된 매매이행약정 체결을 전제로 한 공식적인 의사 확인 문서이다.또한, 서울주택도시공사가 작성한 자율주택정비사업 대상지 모집 공고에 따르면, 매도신청자는 토지 소유권을 완전히 확보하고, 토지상 압류 등 각종 권리관계를 정리한 후에야 서울주택도시공사와 매매이행약정을 체결할 수 있는바, 서울주택도시공사의 사업 절차상 이 건 계약이 청구법인의 쟁점부동산 취득행위보다 먼저 이루어지는 것 자체가 불가능했다.따라서, 청구법인은 2025.10.30. 쟁점부동산을 취득하기 전부터 서울주택도시공사와 임대 목적 주택을 건축 및 매도하기로 하는 구속력 있는 사업관계를 형성하였고, 쟁점부동산 취득은 그 사업 수행을 위한 후속 행위에 불과하므로, 청구법인은 쟁점규정에서 말하는 ‘약정을 체결한 자’에 해당하며, 취득 후 60일 이내 약정 체결이라는 쟁점규정 괄호 내용은 청구법인에 적용되지 않는다. (2) 처분청은 쟁점규정에서 취득세 감면 대상자에 ‘주택등을 건축하기 위하여 부동산을 취득한 날부터 60일 이내에 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자’를 포함하는 것으로 규정하고 있으므로, 청구법인은 이 건 계약을 쟁점부동산의 취득일부터 60일이 경과한 때에 체결하여 취득세 감면 대상에 해당하지 않는다는 의견이다.그러나 위 법령은 해당 부동산 취득시점부터 공공임대주택 건축 및 매도라는 특정 목적에 종속된 부동산인지 여부를 사후적으로 확인하기 위해 60일이라는 기간의 기준선을 설정한 것에 불과하고, 청구법인이 쟁점부동산 취득일로부터 61일째에 이 건 계약을 체결한 것은 서울주택도시공사와의 계약 검토, 처분청의 행정 일정 등에 따른 것인데도, 법 개정을 전후로 동일한 사업 목적을 가진 사업자에게 감면 혜택을 다르게 적용하는 것은 조세형평성 원칙에 위배되므로, 처분청의 이 건 처분은 타당하지 않다. 나. 처분청 의견(1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등, 같은 뜻임).쟁점규정의 괄호에서 그 감면대상을 부동산을 취득한 날부터 60일 이내에 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자까지 포함하는 것으로 한정하고 있으며, 부득이한 사유로 60일 이내에 약정을 체결하지 못한 경우에 대한 별도의 예외 규정을 두고 있지 않다.또한, 쟁점 규정은 매입약정 주택 건축에 따른 취득세를 감면하기 위한 목적으로 2021.12.28. 법률 제18656호로 신설될 당시 매입약정을 체결한 자가 신규 주택 건축을 위한 부지 또는 멸실 목적 건축물을 취득하는 경우만을 감면대상으로 명시하였다가 이후 매입약정 체결 전 토지소유권 확보 등의 실제 사업절차를 반영하여 감면 확대 및 연장을 취지로 2024.12.31. 법률 제20632호 개정을 통해 부동산을 취득한 날부터 60일 이내에 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자도 포함하도록 괄호 조항이 추가되었다. 즉, 감면범위를 확대하는 동시에 취득 후 ‘60일 이내’ 라는 구체적인 기간 내에 약정을 체결할 것을 감면요건으로 명확하게 규정하고 있는 것이다. (2) 청구인은 2025.7.16. 서울주택도시공사로부터 수령한 사업 대상지 선정 심의 결과 통보를 근거로 부동산 취득 전 매도약정이 실질적으로 성립하였다고 주장하나, 공공매입약정 사업의 특성상 이러한 통보는 향후 약정 체결 절차를 진행하기 위한 단계에 불과할 뿐, 그 자체로 사법상 구속력을 갖는 매매이행약정이 성립되었다고 볼 수 없다.실제로 서울주택도시공사에서 작성한 「2025년 반지하주택 정비를 위한 자율주택정비사업 대상지 모집공고」에 의하면 심의위원회 매입가결 통지 효력기간은 통지일로부터 1년 이내이며, 이 기간 내 매매이행약정을 체결하지 못하는 경우 효력기간 만료일 익일부터 매입가결 통지 효력이 상실되는 점, 심의 가결 이후라도 매도신청자의 세금 체납 여부 등에 따라 매매이행약정체결 및 매매이행약정금 지급이 불가할 수 있는 점을 명시하고 있다. 이를 종합적으로 고려해보면 청구인과 서울주택도시공사 간 매매이행약정이 체결된 시점은 공식 약정서가 작성·날인된 2025.12.30.로 봄이 타당하다. 3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 60일 이내에 공공주택사업자와 매도약정을 체결하지 못한 경우 「지방세특례제한법」제31조의5 제1항의 취득세 감면 대상에 해당하는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 2025.6.18. 경기도 김포시 OOO에 본점을 두고 부동산 개발 및 공급업, 주택건설업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인이며 청구법인의 사내이사는 a 1인으로 확인된다.(나) 서울주택도시공사는 「공공주택 특별법」제4조 제1항 제3호, 「지방공기업법」제49조에 따른 공공주택사업자이다.(다) 서울주택도시공사는 2025.4.1. ‘2025년 반지하주택 정비를 위한 자율주택정비사업 대상지 모집 공고’를 하고, 서울주택도시공사가 서울시민의 주거안정 및 침수피해가 우려되는 재해취약가구의 주거환경개선을 위해 임대 목적으로 매입할 서울특별시 소재 건축예정 주택의 매도희망자를 모집하며, 아래 ＜표1＞과 같이 그 매입절차를 안내하였다.＜표1＞ 서울주택도시공사의 2025년도 반지하주택 정비를 위한 자율주택정비사업 대상지 모집 공고 중 자율주택정비사업 절차 안내 (라) a는 2025.4.23. 쟁점부동산을 매매로 취득하는 계약을 체결하고, 2025.5.29. 서울주택도시공사에 위 대상지 모집공고에 따른 매도신청을 하며, 쟁점부동산에 도시형생활주택(지상 6층, 10세대, 연면적 659.5㎡)을 신축하는 건축개요를 제출하였다.(마) 쟁점부동산을 취득하는 매수인이 a에서 주식회사 A로 변경된 매매계약서가 2025.7.14. 작성된 것으로 확인된다.(바) 청구법인과 서울주택도시공사는 2025.12.30.을 효력발생일로 하는 임대주택 매매이행 약정서를 체결한 사실이 확인된다.(사) 청구법인은 쟁점부동산의 취득일부터 1년 이내인 2026.1.15. 서울주택도시공사의 임대가 목적인 주택을 착공하여, 2026.7.14. 사용승인을 받았고, 그로부터 6개월 이내인 2026.8.18. 서울주택도시공사에게 해당 주택을 매도한 것으로 확인된다.(아) 행정안전부는 2024.12.31. 법률 제20632호로 개정된 「지방세특례제한법」제31조의5 제1항에 관한 적용요령을 ＜표2＞와 같이 통보하였다.＜표2＞ 개정 「지방세특례제한법」제31조의5 제1항 적용요령 매입약정 주택 건축 감면 신설(법§31의5) ^#56192;^#57009; 개정개요 개정 전 개정 후 □ 공공주택사업자에게 매도하는 임대주택용 부동산 감면 ○ 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자만 감면대상자 ○ 취득세 10% ○ ‘주택’, ‘주택 등’ 용어 혼재 ○ 일몰기한 ’24.12.31. □ 감면확대 및 연장 ○ 부동산을 취득한 날부터 60일 이내에 약정을 체결한 자도 감면대상자에 포함 ○ 취득세 15% ○ ‘주택등’으로 용어정비 및 범위 명확화 - 단독주택, 다중주택, 다가구주택 - 국민주택규모 이하 : 아파트, 연립, 다세대주택 - 전용면적 85㎡이하 : 오피스텔(주거용), 기숙사 ○ 일몰기한 ’27.12.31. □ 적용요령 ○ 25.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용(부칙 §2) (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살펴본다.「지방세특례제한법」제31조의5 제1항은 “「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다)의 임대가 목적인 대통령령으로 정하는 주택 및 건축물(이하 이 조에서 “주택등”이라 한다)을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자(주택등을 건축하기 위하여 부동산을 취득한 날부터 60일 이내에 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자를 포함한다)가 해당 주택등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 15를 2027년 12월 31일까지 경감한다”고 규정하고 있고, 처분청은 쟁점부동산을 취득한 날부터 60일을 경과하여 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에는「지방세특례제한법」제31조의5 제1항의 적용대상에 해당되지 않는다는 의견이나,쟁점규정의 신설취지가 “신축 매입 주택 등의 약정을 통한 임대주택의 공급 확대 및 서민주거생활 안정지원 등”에 있고(조심 2026지0237, 2026.09.08.), 청구법인은 서울주택도시공사와 주택 신축매입약정 사업추진 및 관련 사업비 조달을 위한 사업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인인 점, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하기 전에 청구법인의 대표이사 a가 서울주택도시공사에게 이미 임대약정을 위한 매도신청을 한 사실 등을 고려해 보면 청구법인의 쟁점부동산 취득 목적이 단순히 소유하기 위한 것이 아니라 공공주택사업자의 임대 목적으로 매도하기 위한 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 매입약정을 체결하였다 하더라도 사전 신청을 통해 공공주택사업자에게 매도할 의사가 명확히 확인되는 경우라면 세제 혜택을 부여하는 것이 합리적으로 보이는 점, 쟁점규정에 대한 추징규정에서 부동산 취득 후 1년 이내에 미착공을 할 경우 추징하도록 보완규정을 두고 있는 점 등에 비추어,청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 60일을 경과하여 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에도 세제 혜택을 부여하는 것이 합리적이라 하겠으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024지444, 2024.12.30. 외 다수, 같은 뜻임).4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정된 것)제31조의5(공공주택사업자의 임대 목적으로 주택 등을 매도하기로 약정을 체결한 자에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다)의 임대가 목적인 대통령령으로 정하는 주택 및 건축물(이하 이 조에서 “주택등”이라 한다)을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자(주택등을 건축하기 위하여 부동산을 취득한 날부터 60일 이내에 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자를 포함한다)가 해당 주택등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 15를 2027년 12월 31일까지 경감한다. ② 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택등을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택등을 건축하여 최초로 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 15를 2027년 12월 31일까지 경감한다. ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 및 제2항에 따라 경감받은 취득세를 추징한다. 1. 제1항에 따라 부동산을 취득한 날부터 1년 이내에 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택등을 착공하지 아니한 경우2. 제2항에 따라 최초로 취득한 주택등을 6개월 이내에 공공주택사업자에게 매도하지 아니한 경우(2) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것)제31조의5(공공주택사업자의 임대 목적으로 주택을 매도하기로 약정을 체결한 자에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다)의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 10을 2024년 12월 31일까지 경감한다. ② 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하여 최초로 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 10을 2024년 12월 31일까지 경감한다. ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 및 제2항에 따라 경감받은 취득세를 추징한다. 1. 제1항에 따라 부동산을 취득한 날부터 1년 이내에 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택 등을 착공하지 아니한 경우2. 제2항에 따라 최초로 취득한 주택 등을 6개월 이내에 공공주택사업자에게 매도하지 아니한 경우(3) 공공주택 특별법제4조(공공주택사업자) ①국토교통부장관은 다음 각 호의 자 중에서 공공주택사업자를 지정한다. 3. 「지방공기업법」 제49조에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사