사실과 다른 세금계산서(결제대행수수료 및 광고대행수수료 명목) 수수 여부 등

결제대행용역 수수료 중 기타 부가서비스 수수료는 사실상 청구인이 페이백받은 금액과 유사한 상황에서, 부가서비스 내용 및 어학교육 용역을 제공받은 내용도 확인되지 않음, PG대행사 홍보자료에 대행수수료 5%를 페이백한다는 내용의 광고 자료 등이 확인되는 등 쟁점수수료 중 페이백된 금액에 한하여 실제 용역의 공급거래가 없는 것으로 보아 매입세액불공제 및 필요경비 부인 타당 1. 영등포세무서장이 2024.9.9. 청구인에게 한 2017년 제1기 부가가치세 OOO원과 2017년 제2기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분, 2024.8.1. 청구인에게 한 2018년 제1기 부가가치세 OOO원과 2018년 제2기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분 및 2024.9.9. 청구인에게 한 2019년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분(이상 5개의 부과처분에서 「부가가치세법」 제60조 제3항에 따라 부과된 세금계산서불성실가산세는 각 제외한다)은 이를 각각 취소한다.2. 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2014.5.26. 서울특별시 영등포구 OOO에서 “OOO 영등포점”이라는 상호로 피부과(일반의원)를 개업하여 운영하는 자로, 주식회사 A, B 주식회사, 주식회사 C 등의 PG사들(이하 앞선 3개 업체를 각각 “㈜A”, “B㈜”, “㈜C”이라 하고, 모든 업체를 합하여 “쟁점PG사”라 한다)과 결제대행계약을 체결하여 결제대행용역 명목의 매입세금계산서를 수취하고 결제대행수수료를 지급하였고, 주식회사 D, 주식회사 E, 주식회사 F, 주식회사 G 등의 PG대행사들(이하 앞선 4개 업체를 각각 “㈜D”, “㈜E”, “㈜F”, “㈜G”이라 하고, 모든 업체를 합하여 “쟁점PG대행사”라 한다)과 H 주식회사(이하 “H㈜”라 한다)로부터 광고대행용역 명목의 매입세금계산서를 수취하고 광고대행수수료를 지급하는 한편, 인터넷원격교육업체인 주식회사 I(이하 “㈜I”라 한다)로부터 어학교육용역 명목의 매입계산서를 수취하고 대금을 지급하였다.나. 인천지방국세청장 및 서울지방국세청장(이하 “조사청들”이라 한다)은 청구인에 대한 종합소득세 세무조사(2024.7.9.∼2024.9.12.) 및 관련 업체들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점PG대행사, H㈜ 및 ㈜I가 청구인의 가족들, 청구인의 배우자 a가 대표이사로 있는 주식회사 J(이하 “㈜J”이라 하고, 청구인의 가족과 합하여 “쟁점특수관계인”이라 한다)에게 수수료 중 상당액을 포인트 지급, 사업소득 지급, 별도 세금계산서 발급 등의 방법으로 사실상 청구인에게 금원을 페이백하였다고 보아, 페이백된 금액을 필요경비에 불산입하고 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하는 한편, 청구인이 부정행위를 하였다고 보아 부정과소신고가산세(40%) 및 10년의 장기부과제척기간을 적용하는 내용의 과세자료를 처분청들에게 파생하였다. 이에 처분청들은 아래 ＜표1＞과 같이 청구인에게 2017년 제1기∼2022년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2018·2020∼2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원 및 2018년 귀속 지방소득세 OOO원을 각 경정·고지하였다(각 처분의 세부내역은 ＜별지1＞ 참조).＜표1＞ 이 건 과세처분 내용(단위 : 원)○○○다. 청구인은 이에 불복하여 2024.9.12., 2024.9.13. 및 2024.12.17. 심판청구를 각 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청들 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 쟁점PG사의 아웃소싱업체인 쟁점PG대행사로부터 부가서비스를 제공받았다.(가) 병원은 환자뿐만 아니라, 건강보험공단(건강보험이 적용되는 급여 항목)과 보험회사(자동차 사고, 산업재해 사고 등) 등 다양한 주체에게 진료비를 청구해야 하는 복잡한 매출거래구조를 가지므로, 청구처별 청구시기에 맞춘 진료비 청구, 청구금액 수령 여부 확인 등을 관리하는 동시에 매출 증대를 위하여 고객별, (비)급여항목별, 기간별 매출 및 현금흐름을 분석해야 하는데, 개인 병원을 운영하는 청구인으로서는 이를 다 직접 처리하기 어려워 쟁점PG사가 쟁점PG대행사를 활용하여 아웃소싱 형태로 제공하는 부가 서비스를 이용할 필요가 있었다.(나) 이에 청구인은 쟁점PG사와 일반적인 결제대행용역 이외에, 그들의 아웃소싱업체인 쟁점PG대행사를 통해 다음과 같은 의료기관 매출조회서비스, 병원 전용 무이자할부 행사 프로그램 및 수기 결제 서비스라는 부가 서비스를 함께 제공받고 그 대가로 5%의 수수료를 추가 지급하는 내용의 계약을 체결하였고, 그 결과 청구인은 쟁점PG사에게 일반적인 가맹점 수수료 3%에 부가 서비스 대금 5%를 가산한 8%의 결제대행수수료를 지급하였다. 그리고 청구인은 당연히 그 수수료 전액(8%)을 청구인의 사업소득 필요경비에 산입하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.1) 청구인은 쟁점PG대행사로부터 “의료기관 매출조회시스템”을 이용한 매출 조회 서비스를 제공받았다. 해당 프로그램은 쟁점PG대행사들이 병원만을 위해 자체개발·제공하는 것으로 이를 이용한 서비스는 PG사가 일반적으로 제공하는 서비스가 아니다. 특히 청구인과 같이 규모가 영세한 개인 병원은 업무의 효과성, 효율성 및 비용 등을 고려할 때 개별적으로 매출을 관리하는 것보다 쟁점PG대행사가 제공하는 서비스를 이용하는 것이 더욱 합리적이었다.2) 쟁점PG사는 병원 시장에 진입하여 점유율을 확보하기 위해 특별히 ‘PG사 병원전용 장기 무이자할부 프로그램’을 운영하였는데, 이를 적용받는 가맹점으로서는 쟁점PG사에 5%의 단일한 장기 할부수수료만을 지급하고 별도의 추가적인 수수료를 부담하지 않아도 되는 장점이 있었다. 이는 일반적으로 가맹점이 부담하는 장기무이자할부 수수료가 할부 개월 수에 따라 비례적으로 증가하고 최저 수수료도 8% 이상인 것과 비교할 때 상당히 좋은 서비스이다. 청구인이 운영하는 피부과는 비급여항목인 고가의 피부 시술이 많고, 환자들이 한 번에 고액을 선결제(선수금 지급)하고 시술을 받을 때마다 납입금액을 차감하는 방식을 많이 이용하기 때문에 이러한 장기 무이자할부 서비스는 매우 유용하였다.3) 수기 결제서비스는 고객의 카드번호 및 유효기간 등 최소한의 정보를 시스템에 입력하여 결제를 할 수 있게 하는 서비스로, 청구인은 이를 활용하여 환자들이나 그 가족(부모, 자녀)이 고액 선결제, 환불, 결제카드 변경 등을 할 때 병원에 직접 방문하거나 동행하지 않고도 전화로 결제할 수 있도록 하였다.(다) 처분청들은 이 건 거래구조의 핵심에 있는 쟁점PG대행사 중 ㈜D 및 ㈜G을 「조세범 처벌법」 위반 혐의(거짓 세금계산서 발급 및 수취 등)로 형사고발하였으나, 수사기관은 ‘혐의없음(증거불충분)’을 이유로 불송치 결정을 하였는바, 청구인이 쟁점PG사로부터 세금계산서를 수취한 거래가 진성거래임이 입증되었다고 보아야 한다.1) ㈜D의 피의사실은 ‘㈜D가 실제 결제대행에 대한 수수료 외에 페이백할 금원을 포함하여 수수료율을 의도적으로 높여 8%로 계약하고 그에 따른 수수료를 지급받았으므로 그에 따라 수수한 세금계산서는 모두 재화·용역의 공급거래 없이 수수한 사실과 다른 거짓세금계산서에 해당한다’는 것이고, ㈜G의 피의사실은 ‘㈜G이 쟁점PG사로부터 받은 수수료를 병·의원 관게자들에게 페이백해주었으므로, ㈜G은 재화·용역을 공급하지 않고 쟁점PG사로부터 거짓 세금계산서를 수취하였다’는 것이다. 이러한 피의사실은 이 건의 거래구조와 직접 연결되어 이 건에 대한 판단에 직접 영향을 미칠 수 있는 것이다.2) 그러나 수사기관은 앞서 언급한 3가지 서비스가 병·의원에 필요한 것들이었으므로 결제대행수수료(8%)가 허위라거나 적정하지 않다고 단정할 수 없고, 두 업체가 쟁점PG사를 통해 병·의원에 일괄 무이자 할부 서비스, 특정 매출일에 매출액을 지급해주는 서비스, 매출·매입 관리서비스, 수기 결제 서비스 등의 용역을 제공한 것으로 보이며, 특수관계인들이 ㈜D에 아무런 용역을 제공하지 않았다고 인정할만한 충분한 근거가 존재하지 않고, 수수료에 하위 영업법인에 지급할 금원이 포함되었다는 사정만으로 해당 세금계산서를 거짓 세금계산서로 볼 수 없다는 점을 들어, ㈜D·㈜G에 대하여 무혐의처분을 하였다.(2) 청구인은 쟁점PG대행사와 H㈜로부터 실제로 광고용역을 제공받았다.(가) 쟁점PG대행사와 H㈜는 병·의원 전용 광고사이트, OOO, ㈜A 등에 배너광고를 하는 업체로, 청구인은 쟁점PG대행사와 H㈜에 광고대행용역을 맡기고 그 대가로 광고대행수수료를 지급하고 세금계산서를 수취하였다.(나) 한편, 쟁점PG대행사와 H㈜는 쟁점특수관계인을 통해 병·의원을 유치하면서 유치에 성공한 쟁점특수관계인에게 영업수수료로 광고대행수수료의 약 94% 이상을 지급하였는데, 해당 영업수수료는 그 명칭만 다를 뿐, 인터넷 광고업계에서 고객유치 목적으로 흔히 활용하는 수수료, 각종 플랫폼(OOO 등)에서 페이백 프로모션을 공식적으로 광고하면서 지급하는 영업수수료, 카드사의 캐쉬백 프로그램에서 영업수수료 명목으로 페이백하는 포인트 등과 그 실질이 같다. 즉, 영업수수료 명목으로 페이백을 하는 것은 수많은 업계에서 적법하게 사용하는 프로모션 방법이고, 특히 각종 플랫폼이 광고주가 사용할 수 있도록 마일리지(포인트) 등을 적립해주는 비율은 50∼100%로 다양하므로, 쟁점PG대행