이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부

쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨 1. 처분개요가. 처분청은 청구법인이 2018년 9월부터 2023년 7월까지 AAA대학교 의과대학 부속병원(이하 “AAA대학병원”이라 한다) 소속 전임교원들(의과대학 학생을 지도하면서 진료를 겸임하는 교수, 이하 “이 건 전임교원들”이라 한다)에게 본봉, 연구비, 가족수당, 정근수당, 급양비 등으로 지급한 급여 중 아래 ＜표1＞과 같이 산정한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대해 주민세 종업원분(이하 “주민세”라 한다)을 신고·납부하지 않았다고 보아 2023.10.4., 2023.11.6. 청구법인에게 쟁점금액을 과세표준으로 하여 산출한 주민세 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 주민세”라 한다)을 부과·고지하였다.＜표1＞ 이 건 전임교원들의 연인원 및 쟁점금액 지급 현황(단위 : 천원, 명)○○○나. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.22. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) AAA대학병원은 이 건 전임교원들의 진료행위에 대한 대가를 진료수당, 보직수당 등(이하 “진료수당 등”이라 한다)으로 직접 지급하고, 청구법인은 이 건 전임교원들의 연구 및 교육에 대한 대가로 본봉 및 연구비 등을 지급하고 있다.(2) 청구법인은 이 건 전임교원들에게 급여 등을 지급하면서 본봉 및 연구비 등의 25%(쟁점금액의 일부)에 대해서는 주민세를 납부하였으나 나머지 75%에 대해서는「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 과세 면제 대상으로 보아 주민세를 납부하지 않았다.(3) 쟁점금액은 학교법인의 고유목적사업을 위한 준비금으로, 청구법인은 이를 이용하여 이 건 전임교원들에게 의과대학 학생들의 교육 및 연구 활동 등에 따른 대가를 지급한 것이고, 이 건 전임교원들의 주된 업무는 교육 및 연구활동이므로 쟁점금액은「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이다.(4) 처분청은 AAA대학병원이 이 건 전임교원들에게 수익사업(의료업)에 종사(진료 등)하도록 한 후 청구법인으로 하여금 그 대가인 쟁점금액을 지급하게 한 것이므로, 청구법인이 이 건 전임교원들에게 지급한 쟁점금액은 AAA대학병원이 그 임직원(전공의, 간호사, 행정직원 등)에게 지급한 급여 등과 다를 것이 없으므로, 쟁점금액을 주민세 과세 대상으로 보아야 한다는 의견이나 이 건 전임교원들의 주된 업무는 AAA대학교 의과대학 학생들을 지도하면서 의료 연구 활동을 하는 것이므로 그에 대한 대가인 쟁점금액은 AAA대학교 소속 다른 단과대학 교수들의 급여와 사실상 동일한바, 주민세 면제대상이다.(5) 의과대학을 두고 있는 대학의 평가에 있어 부속병원에 대한 평가는 매우 중요한 비중을 차지하고 있고, 부속병원 없이는 의학교육에 필수적인 임상 연구 및 실습이 이루어질 수 없으므로 부속병원은 의과대학의 설립 및 유지를 위한 필수적인 요건이다(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결).(6) 또한,「고등교육법」은 의학 교육과정을 운영하는 학교로 하여금 평가인증기구로부터 평가·인증을 받도록 규정하고 있고, 평가인증기준에서는 임상실습을 교육과정에 포함하도록 하고 있으며, 의과대학이 정상적으로 의학교육을 하기 위해서는 부속병원을 설치 및 운영하여 학생들에게 충분한 임상 실습 기회를 제공하여야 하므로 의과대학의 부속병원은 수익사업을 위한 시설이 아니라 교육사업을 위한 시설로서 부속병원 자체가 교육사업을 위하여 설치 및 운영되고 있다는 점을 고려하면, 교육 및 연구 활동과 함께 부속병원에서의 진료도 병행하는 이 건 전임교원들의 주된 업무는 교육이라고 보는 것이 타당하다.(7) 한편,「지방세법」제74조 제8호에서 종업원을 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 대통령령으로 정하는 사람을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제78조의3 제1항에서 대통령령으로 정하는 사람이란 급여의 지급 여부와 상관 없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와의 계약에 따라 해당 사업에 종사하는 사람으로 규정하고 있다.(8) 종업원의 급여가 어느 사업소의 주민세 과세표준에 해당하는지 여부는 근로계약의 내용(근무장소, 근로계약의 상대방, 급여의 지급 주체)에 따라 판단하여야 하는데, 이 건 전임교원들은 AAA대학병원이 채용하는 것이 아니라 청구법인이 고용인의 지위에서 임용계약을 체결하고, AAA대학교 의과대학의 교원(조교수, 부교수, 정교수 등)으로 임용하는 것으로, 그 근무처도 AAA대학교 의과대학이 되는 것이다.(9) 또한, 청구법인이 쟁점금액의 지급자이므로 이 건 전임교원들은 AAA대학병원의 임직원이 아니라 청구법인의 교원에 해당하고, 청구법인의 업무 지시에 따라 AAA대학병원에서 근무(일부)하는 것이며, AAA대학병원으로부터 근로(진료 등)의 대가로 받은 진료수당 등에 대하여는 이미 주민세를 납부하고 있다.(10) 그럼에도 불구하고 처분청은 AAA대학교와 별개의 사업소인 AAA대학병원에서 사실상 이 건 전임교원들에게 진료수당 등뿐만 아니라 본봉 등도 지급하였다고 보아 이 건 주민세를 부과하였으므로, 이는 사업소 단위 과세원칙에 반한다.(11) 실제로 이 건 전임교원들은 전체 근무시간의 약 11% 정도만 환자 진료 및 수술 등에 사용하고, 나머지 89%는 AAA대학교 의과대학생들의 교육 및 의료 연구 활동으로 사용하고 있으며, 넓게 보아서는 환자 진료 및 수술 행위도 교수요원의 임상 경험 등의 축척을 위한 것으로 사실상의 연구 활동에 해당하고, 의과대학 부속병원은 그 자체로 의과대학 학생들의 교육 장소이므로 이 건 전임교원들은 그 근무시간 전부를 교육 및 연구활동에 사용한다고 보는 것이 타당하다(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결).(12) 이 건 전임교원들은 청구법인의 교원(임직원)의 지위에서 AAA대학병원에서 진료 등을 겸임하는 것이고, 의과대학의 교수가 의과대학의 협력병원에서 진료를 한다고 하더라도 이를 교원이 아닌 의사로서 근로를 제공한 것으로 볼 수는 없으므로(서울중앙지방법원 2023.9.14. 선고 2022나19183 판결), 이 건 전임교원들이 AAA대학병원에서 진료행위 등을 한다고 하여 그들이 AAA대학병원의 임직원의 지위를 갖는다고 볼 수 없다.(13) 처분청은 청구법인이 이 건 전임교원들에게 지급한 본봉 등의 재원이 AAA대학병원의 운영수익금이므로 진료수당 뿐만 아니라 쟁점금액도 청구법인이 납부해야 할 주민세 과세표준에 포함되어야 한다는 의견이나 급여의 재원이 어디에서 발생하였는지는 주민세의 과세와는 관계가 없고, 급여의 성격이 무엇인지에 따라 주민세 과세 여부를 판단하여야 할 것인데, 대법원은 급여 지급의 재원이 되는 수익의 출처만을 따져 이를 주된 업무라고 하게 되면 수익사업에서 재원이 마련되고 비과세 대상 사업에서는 수익이 발생하지 않을 것이어서 종업원이 비과세 대상 사업과 수익사업을 겸직하는 경우 주민세 과세를 피하는 것이 불가능하게 된다고 판결하였다(대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결).(14) 실제로 학교법인들은 대부분 연구와 교육에 사용할 재원을 마련할 목적으로 수익사업(부동산 임대업 등)을 영위하고 있는데, 의과대학 부속병원의 수익금으로 의과대학 교수들에게 급여를 지급하였다고 하여 이에 대해 주민세를 부과한다고 하면, 부동산 임대업 등을 통해 마련한 재원으로 교수들에게 지급한 급여도 주민세 과세대상에 포함하여야 할 것이고, 만일 의과대학 부속병원의 수익금으로 다른 단과대학 교수들의 급여를 일부 충당하였다면 그에 대한 부분도 주민세 과세대상에 포함하여야 한다는 잘못된 결론에 이를 수 있다.(15) 청구법인은 AAA대학교 교원인사규정에 따라 이 건 전임교원들에게 본봉 외에 연구수당과 특별연구비 등을 지급하고 있으나 그 본봉 및 연구수당 등의 총액은 정교수, 24호봉 기준 월 OOO원 정도로써, 다른 단과대학의 같은 직위(동일 호봉)에 있는 교수와 사실상 동일하므로 청구법인이 이 건 전임교원들에게 지급한 쟁점금액(본봉 등)은 다른 단과대학 교수들에게 지급한 급여와 마찬가지로 주민세 면제 대상이라고 보는 것이 타당하다.(16) 따라서,