쟁점레지던스 관련 매입세액을 사업(호텔업)과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 과세한 처분의 당부

취득(2024년 제2기) 당시 쟁점레지던스(부산광역시 해운대구 엘시티)는 호텔 사업장에 편입하거나 숙박업 사업장으로 등록할 수 없었던 점 등 본래 사업을 확장할 목적으로 취득한 것으로 보기 어려움, 쟁점레지던스를 청구법인이 취득한 이후에도 대표이사가 계속 거주함 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구법인은 1988.9.1. 개업하여 OOO에서 호텔업 등을 영위하고 있는 법인으로 2024.10.16. OOO(이하 “쟁점레지던스”라고 한다)를 청구법인의 대표이사 A로부터 OOO원에 매입하면서 건물분 공급가액 OOO원에 대한 매입세금계산서를 수취하였고 이에, 2024년 제2기 부가가치세 확정신고 시 위 매입세금계산서와 관련된 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다) OOO원을 공제하여 환급세액 OOO원을 신고하였다.나.처분청은 청구법인의 2024년 제2기 부가가치세 확정신고에 대한 환급 현장확인을 실시한 결과 쟁점레지던스는 청구법인의 본래 사업인 호텔업·관광숙박업과 관련이 없어 쟁점매입세액을「부가가치세법」제39조 제1항 제4호의 ‘사업과 직접 관련이 없는 매입세액’에 해당하는 것으로 보아, 2025.7.1. 쟁점매입세액을 불공제하고 2024년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.22. 이의신청을 거쳐 2026.2.5. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1)쟁점레지던스가 업무무관자산에 해당하는지 여부는 청구법인 입장에서 쟁점레지던스를 부가가치세 과세사업에 사용하기 위하여 취득한 것인지 여부를 중심으로 판단하여야 하는 것이다.(가)이에 쟁점레지던스의 취득 경위, 위탁운영 의사 타진, 위탁운영사와 정식 계약체결, 위탁운영 정산금 수취 및 매출세금계산서 발행 내역 등에 비추어 청구법인이 쟁점레지던스를 부가가치세 과세사업에 사용하기 위하여 취득한 사실이 확인되는 점,(나)「법인세법 시행령」제49조 제1항에 따르면 법인이 취득한 부동산은 업무에 공하기 위한 준비기간 등을 고려하여 취득일로부터 최소한 2년의 유예기간을 부여하고 해당 기간 내에 업무에 사용하면 업무무관부동산으로 보지 아니하는 점,(다)설령, 청구법인이 쟁점레지던스를 취득한 시점에 A의 사정(향후 거주할 아파트 취득 지연)으로 인하여 일시적으로 쟁점레지던스에 주소를 두고 있었다고 하더라도 이러한 사유만으로 쟁점레지던스를 업무무관자산으로 보아 쟁점매입세액을 불공제 처분하는 것은 부당한 점,(라)청구법인이 생활숙박시설인 쟁점레지던스를 숙박업 외 다른 용도로 사용할 경우에는「건축법」제80조에 따른 이행강제금(시가표준액의 10% 상당액)을 부과받게 되므로 이와 같은 불이익을 감수하고 청구법인이 쟁점레지던스를 업무와 무관하게 활용할 하등의 이유가 없는 점 등에 비추어 청구법인이 취득한 쟁점레지던스는 부가가치세 과세사업을 영위하기 위하여 취득한 것이 분명하다.(2)아래 ＜표1＞과 같이 쟁점레지던스의 취득부터 제3자를 통한 위탁운영에 이르기까지 일련의 사건을 순차적으로 살펴볼 때 청구법인이 쟁점레지던스를 과세사업에 사용할 목적으로 취득하여 현재에 이르기까지 정상적으로 숙박업을 영위하고 있음이 명백하게 확인되므로 쟁점매입세액은 사업과 직접 관련이 있는 매입세액으로 봄이 타당하다.＜표1＞ 쟁점레지던스 취득·보유 경과○○○나.처분청 의견(1)청구법인은 쟁점레지던스를 취득하기 이전부터 이를 임차하여 업무와 무관하게 사용하여 왔으며 현재도 아래와 같은 사실관계에 비추어 청구법인의 목적사업과는 관련 없는 별도의 투자사업에 사용하고 있기에 업무무관자산으로 봄이 타당하다.(가)청구법인은 2022.1.1.부터 쟁점레지던스 취득 전까지 A로부터 쟁점레지던스를 임차하여 사용하면서도 쟁점레지던스를 이용한 사업을 전혀 하지 아니하였을 뿐만 아니라 처분청의 환급 현장확인 결과 A와 그의 자녀는 쟁점레지던스 취득일부터 환급 현장확인 시점까지 쟁점레지던스에서 무상 거주한 사실까지 확인된바, 쟁점레지던스는 2024년 제2기 과세기간 종료일 현재 숙박업이 아닌 주거용으로 사용된 것이 분명하다.(나)아울러, 청구법인은 쟁점레지던스를 제3자에게 위탁하여 본래의 사업 목적에 맞게 사용하고 있다고 주장하나, 쟁점레지던스를 활용하여 실제로 숙박업을 영위하는 사업자는 청구법인이 아니라 위탁운영업체이고 청구법인은 쟁점레지던스를 취득한 소유주이자 쟁점레지던스를 위탁운영업체에 위탁한 투자자일 뿐이므로 쟁점레지던스를 매입하여 제3자에게 위탁한 사실만으로는 청구법인의 목적사업을 영위한 것으로 볼 수는 없다.(2)처분청이 쟁점레지던스 매입과 관련하여 쟁점매입세액을 불공제 처분한 것은 쟁점매입세액이「부가가치세법」제39조 제1항 제4호에서 규정하는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출’로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액에 해당하기 때문이다.(가)「부가가치세법」제39조 제1항 제4호는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 공제받지 못할 매입세액으로 규정하고 있으며, 이와 관련하여 동법 시행령 제77조는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위’에 대하여「법인세법 시행령」제49조 제3항을 준용하도록 하고 있는데, 동 조항은 업무무관자산의 취득ㆍ관리비용 등 업무와 관련이 없는 ‘비용의 범위’만을 규정하고 있을 뿐이므로 청구주장처럼 「법인세법 시행령」제49조 제1항에 제1호 가목에 따른 ‘유예기간’ 경과여부 등을 준용하여 고려할 여지가 전혀 없다.(나)더군다나 부가가치세의 납세의무는 과세기간이 종료한 때에 성립하고 매출세액과 매입세액의 범위는 과세기간이 종료한 때를 기준으로 특정되는 것이므로 과세사업과 관련하여 지출한 매입세액의 범위 역시 과세기간이 종료할 때를 기준으로 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 고려하여 정하여지는 것이며, 과세기간 종료 이후 사정변경이 있더라도 원칙적으로 소급하여 영향을 미치는 것은 아니다.3.심리 및 판단가.쟁점쟁점레지던스 관련 매입세액을 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부나.관련 법령(1)부가가치세법제38조[공제하는 매입세액]①매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.1.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)②제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.제39조[공제하지 아니하는 매입세액]①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.4.사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액(2)부가가치세법 시행령제77조[사업과 직접 관련이 없는 지출]법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는「소득세법 시행령」제78조 또는「법인세법 시행령」제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.(3)법인세법 시행령제48조[공동경비의 손금불산입]①법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직, 자산, 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.1.출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율2.제1호 외의 경우로서 해당 조직, 자산, 사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준가.비출자공동사업자 사이에 제2조 제8항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액(한 공동사업자가 다른 공동사업자의 지분을 보유하고 있는 경우 그 주식의 장부가액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비, 공동구매비, 자산의 공동경비 등 재정경제부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원 수, 구매금액, 해당 자산의 소유지분ㆍ사용횟수 등 재정경제부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.나.가목 외의 경우 : 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는