비영리법인이 국가에 민간위탁사업 관련 용역을 공급하는 경우 부가가치세 면제 여부

1. 사실관계 ○ 재단법인 **** (이하 “신청법인”) 는 ** (특히 ** * ) 의 치료와 예방을 위한 기초 및 임상연구, 예방접종 및 진단기법 개발 등을 통해 국내외 결핵퇴치를 목적 으로 * **에 **을 보이는 것 - ’09.2월 ｢민법｣ 제32조 및 舊 ｢ 보건복지가족부 및 그 소속청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙｣ * 제4조에 따라 * 現 ｢ 보건복지부 및 질병관리청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙｣ - 보건복지가족부장관의 허가를 받아 설립 된 비영리법인으로서 ’24년 기획재정부장관으로부터 공익법인 지정 기부금단체로 지정 받음 ○ 신청법인은 ’ ** . ** 월 질병관리청과 민간위탁사업 계약을 체결하여 ‘2025년 ** 치료 및 진단 개선’ 사업 * 을 수행하고 질병관리청으로부터 사업비를 지급받음 * 사업기간 : ’**.**.**. ∼ ’**.**.**., 사업비 : **원(부가세 포함) 2. 질의요지 ○ ｢민법｣ 제32조 에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리 법인이 질병관리청 에 공급하는 민간위탁사업 관련 용역 의 부가가치세 면제 여부 3. 관련 법령 ○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 ○ 부 가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 부 가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】 법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공 익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다 . 1. 주 무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체 로서 ｢ 상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사 업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사 업목적을 위하여 일시적 으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상 으로 공급하는 재화 또는 용역 ○ 부가가치세법 시행규칙 제34조 【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목 적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】 ① 영 제45조제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 사업”이란 비영리 법 인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다. ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인등의 범위】 법 제16조제1항에서 “ 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자 ” 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 “ 공익 법인 등 ” 이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일 부터 1년 이내에 ｢ 법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호 바목에 따른 지정기부금단체 등 으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인 등에 해당하는 것 으로 본다. 9. ｢ 법인세법 시행령 ｣ 제39조제1항제1호 각 목에 의한 지정기부금단체등 및 ｢ 소득세법 시행령 ｣ 제80조제1항제5호에 따른 기부금 대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다. ○ 법인 세법 시행령 제39조 【 공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등 】 ① 법 제24조제3항제1호에서 “ 대통령령으로 정하는 기부금 ” 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “ 공익 법인등 ” 이라 한다)에 대하여 해당 공익법인 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정· 고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 “ 지정기간 ” 이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다. 바. ｢민법｣ 제32조 에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 “ ｢민법｣상 비영리법인 ” 이라 한다), 비영리 외국법인, ｢협동조합 기본법｣ 제85조 에 따라 설립된 사회적협동 조합(이하 이 조에서 “ 사회적협동조합 ” 이라 한다), ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조 에 따른 공공기관(같은 법 제5조제4항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 “ 공공기관 ” 이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점 소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관 에게 추천해야 한다. ○ 기획재정부 고시 제2024-47호, 2024.12.31. ｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호 바목에 따른 공익법인을 다음과 같이 지정 하고, ｢법인세법 시행령｣ 제3 9조제8항 및 제9항에 따라 국세청장이 지정취소 요청한 법인에 대해 같은 조 제12항에 따라 공익법인 지정을 취소합니다. 번호 대상단체명 지정일 지정기간 8973 (재)** 2024-**-** 2024-01-01∼20**-12-31 ○ 민법 제32조 【비영리법인의 설립과 허가】 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다. ○ 舊 보건복지가족부 및 그 소속청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조 【설립허가】 ① 주무관청은 법인설립허가신청의 내용이 다음 각 호의 기준에 적합한 경우에 한하여 이를 허가할 수 있다. 1. 법인의 목적과 사업이 실현가능할 것 2. 목적하는 사업을 수행할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어 있거나 확립될 수 있을 것 3. 다른 법인과 동일한 명칭이 아닐 것 ○ 결핵예방법 제30조 【권한의 위임ㆍ위탁】 ② 질병관리청장 또는 지방자치단체의 장은 결핵관리업무 중 교육·홍보·조사·연구·진단· 치료 등의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 단체 또는 관계 전문기관에 위탁할 수 있다. ○ 결핵예방법 시행령 제13조 【업무의 위탁】 ① 질병관리청장 또는 지방자치단체의 장은 법 제30조제2항에 따라 협회, ｢국민건강보험법｣ 제13조 및 제62조에 따른 국민건강보험 공단 및 건강보험심사평가원, 그 밖에 결핵관리에 관한 전문인력과 능력을 갖춘 비영리법인 또는 단체에 다음 각 호의 구분에 따른 업무를 위탁할 수 있다. 1. 질병관리청장이 위탁할 수 있는 업무: 다음 각 목에 따른 업무 가. 법 제7조제1항제2호에 따른 결핵환자 조기발견 사업 나. 법 제7조제1항제3호에 따른 진료 및 투약 등 치료 다. 법 제7조제1항제5호에 따른 결핵퇴치를 위한 조사·연구 라. 법 제7조제1항제6호에 따른 결핵의 발생과 관리실태 등에 대한 정보의 수집·분석 및 제공 마. 법 제7조제1항제7호에 따른 결핵예방을 위한 교육·홍보사업