다단계 동업기업의 과세특례 적용범위

1. 사실관계 ○ 자문대상법인(또는 ‘하위 동업기업’)는 자본시장법에 따른 경영참여형 사모펀드로, 운용수익을 사원에게 분배할 것을 목적으로 ’17.12.설립되었음 ○ ’18.1. 자문대상법인은 동업기업 과세특례를 신청하여 적용받았는데, 동업자에는 A조합과 B조합(이하 ‘하위 동업기업의 동업자’ 또는 ‘상위 동업기업’)이 포함되어 있음 ○ 한편, 조특법§100의15①단서는 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업의 동업자가 동업기업의 자격으로 동업기업과세특례를 적용받을 수 없도록 규정하고 있으나 ⤑ 다단계 동업기업의 수직적 중복적용 불허 - 신청관서의 검토결과, ｢하위 동업기업의 동업자｣들은 상위 동업기업으로서 동업기업 과세특례를 적용받은 사실이 확인되었음 * A･B 조합이 각각의 동업자들을 대상으로 하여, 상위 동업기업의 자격으로 별개의 동업기업 과세특례를 적용받았음 2. 질의요지 ○ 수직적 다단계 동업기업의 경우, 동업기업 과세특례의 적용범위 3. 관련 법령 ○ 조세특례제한법 제100조의14 【용어의 뜻】 이 절에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2020.6.9.> 1. "동업기업"이란 2명 이상이 금전이나 그 밖의 재산 또는 노무 등을 출자하여 공동사업을 경영하면서 발생한 이익 또는 손실을 배분받기 위하여 설립한 단체를 말한다. 2. "동업자"란 동업기업의 출자자인 거주자, 비거주자, 내국법인 및 외국법인을 말한다. ○ 조세특례제한법 제100조의15 【적용범위】 ① 이 절에서 규정하는 과세특례(이 절에서 "동업기업과세특례"라 한다)는 동업기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체가 제100조의17에 따라 적용신청을 한 경우 해당 동업기업 및 그 동업자에 대하여 적용한다. 다만, 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업의 동업자는 동업기업의 자격으로 동업기업과세특례를 적용받을 수 없으며, 제5호에 따른 외국단체의 경우 국내사업장을 하나의 동업기업으로 보아 해당 국내사업장과 실질적으로 관련되거나 해당 국내사업장에 귀속하는 소득으로 한정하여 동업기업과세특례를 적용한다. 1. 「민법」에 따른 조합 2. 「상법」에 따른 합자조합 및 익명조합( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제18항제5호 및 제6호의 투자합자조합 및 투자익명조합은 제외한다) 3. 「상법」에 따른 합명회사 및 합자회사(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조제18항제4호의 투자합자회사 중 같은 조 제19항 제1호의 기관전용 사모집합투자기구*가 아닌 것은 제외한다) * 2021.4.20. 자본시장법 개정 전 ‘경영참여형 사모집합투자기구’ 4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 단체와 유사하거나 인적 용역을 주로 제공하는 단체로서 대통령령으로 정하는 것 5. 「법인세법」제2조제3호의 외국법인 또는「소득세법」제2조제3항에 따른 비거주자로 보는 법인 아닌 단체 중 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 단체와 유사한 단체로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국단체 ② 제1항 단서에도 불구하고 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업에 출자한 동업자가「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조제19항제1호의 기관전용 사모집합투자기구로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 투자합자회사인 경우 그 투자합자회사는 자기에게 출자한 동업자와의 관계에서 동업기업의 자격으로 동업기업과세특례를 적용받을 수 있다. 이 경우 해당 투자합자회사의 동업자는 동업기업의 자격으로 동업기업과세특례를 적용받을 수 없다. <신설 2023.12.31> ③ 제2항의 경우 같은 항 전단에 따라 동업자인 동시에 동업기업의 자격으로 동업기업과세특례를 적용받는 자는 동업자의 자격으로 자기가 출자한 동업기업(동업기업과세특례를 적용받는 동업기업을 말한다)과의 관계에서 "상위 동업기업"이라 하고, 그 출자를 받은 동업기업은 상위 동업기업과의 관계에서 "하위 동업기업"이라 하며, 이하 이 절에서 같다. <신설 2023.12.31> ○ 조세특례제한법 제100조의16 【동업기업 및 동업자의 납세의무】 ① 동업기업에 대해서는「소득세법」제2조제1항 및「법인세법」제3조제1항에도 불구하고「소득세법」제3조 및「법인세법」제4조제1항 각 호의 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다. ② 동업자(상위 동업기업인 동업자는 제외한다)는 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다. <개정 2023.12.31>