가공세금계산서를 수취한 것으로 보아 과세한 처분

쟁점거래처에 대금을 지급한 후 배우자의 계좌로 일부 금액을 되돌려 받은 것이 확인, 반환받은 금액을 근로자에게 지급하였다고 주장하나, 근무자 명단과 불일치, 반환받지 않은 금액 부분도 계약서상 대금지급일과 실제 지급일이 불일치하며 금액을 기준으로 계약을 구분할 근거도 없음 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가.청구인은 2014.1.12.부터 2024.9.30.까지 A(주업종 : 금속구조물 설치공사)를 운영하였던 사업자로, 2019년 1월부터 6월까지 주식회사 B(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 매입세금계산서 6건(매입세액 합계 OOO원으로, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취한 후 해당 매입세액을 공제하여 2019년 제1기 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.나.화성세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점거래처에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 쟁점거래처가 청구인을 포함한 주요 거래처들에 대하여 실제 거래 없이 거짓세금계산서를 발행한 것으로 판단하여, 처분청에 과세자료를 통보하였다.다.처분청은 조사청의 통보를 받고, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 해당 매입세액의 공제를 부인하여, 2025.11.26. 청구인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.10. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 쟁점거래처와 실질거래를 하였다.(가)청구인은 2019년 1월부터 C의 협력사인 D주식회사(이하 “원청”이라 한다)의 사업장에서 C OOO 대보수 설치 공사 및 OOO 판넬 공사를 진행하면서, 2019.1.1. 쟁점거래처와 인력공급에 대한 도급계약을 체결하고, 2019년 1월부터 6월까지 인력을 공급받은바, 청구인이 원청 및 쟁점거래처와 체결한 계약서와 원청이 C에게 제출하였던 안전작업허가서, 당시 공사현장 사진 등을 통해 실제 거래가 있었음이 확인된다.(나)만일 청구인이 매입세액 공제만을 목적으로 거래의 외관만을 형성한 것이라면 실제 지급된 대가 중 수수료를 제외한 대부분을 반환받았어야 하나, 청구인은 쟁점거래처로부터 매달 쟁점세금계산서를 정상적으로 수취하고 대금을 이체하였으며, 이후 어떠한 금전도 돌려받지 않았음이 청구인의 금융거래 내역을 통해 확인된다.(다)쟁점거래처가 2019년 조사청으로부터 세무조사를 받고 「조세범 처벌법」상 고발된 사실은 있으나, 법원은 쟁점거래처가 청구인과 거래한 부분에 대해서는 공소사실과 반하여 실제 인력공급이 있었다는 취지로 무죄로 판단하였다OOO.(2)쟁점거래처의 계좌에서 청구인의 배우자에게 거래대금의 일부가 이체되었다는 이유만으로 명백한 금융자료 및 실거래 증빙을 모두 부인하고 전체 금액에 대해 매입세액공제를 부인하는 것은 납세자의 권익을 심하게 침해하여 부당하다.(가)청구인은 당시 신용이 여의찮아 직접 금융 거래를 할 수 없었던 기술자들에게 현장에서 현금 등으로 직접 지급할 필요가 있어 쟁점거래처로부터 6개월에 걸쳐 총 OOO원을 받은 것이고, 해당 금액은 청구인에게 귀속된 것이 아니라 실제 용역을 제공한 기술자들에게 지급되었다.(나)청구인이 쟁점거래처에 인력공급에 대한 대가로 지급한 금액은 OOO원으로, 만약 전형적인 자료상의 자금 순환 형태였다면 이 중 부가가치세를 제외한 전액을 돌려받았어야 하나, 전체 금액의 3분의 1에도 미치지 못하는 OOO원 외에는 청구인에게 이체된 금액이 전혀 없는바, 청구인 입장에서 약 OOO원의 추가 매입세액공제를 위하여 전체금액의 3분의 2에 해당하는 OOO원이 넘는 금액을 부담할 이유가 전혀 없다.(다)청구인 배우자의 입출금 자료는 청구인이 실제 귀속자들에게 현금 인건비를 지급하였음을 소명하기 위해 과세관청의 요청이 없었음에도 제출했던 자료로, 만약 청구인에게 귀속된 금액이었으면 자발적으로 제출하지 않았을 것이다.(라)백번 양보하여 청구인의 배우자에게 이체된 금액이 일부 청구인에게 귀속되었다고 하더라도, 전체 금액을 전부 부인하는 것은 위법 부당하다.1)어느 특정 거래에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 「부가가치세법」제39조 제1항 제2호의 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담하는 것이 원칙(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결 등)인바, 청구인이 제시한 실제 거래 증빙(계약서, 견적서, 대금이체증빙, 사진, 법원판결문)을 모두 부인하고 쟁점세금계산서의 매입세액 전체를 부인하기 위해서는 입증책임이 있는 과세관청이 명확한 근거를 제시하여야 한다.2)단순히 전체 금액의 3분의 1에도 미치지 못하는 금액이 청구인의 배우자에게 이체되었다는 사실만으로 나머지 3분의 2의 금액에 대해서도 어떠한 근거도 없이 부인하는 것은 납세자의 권익을 침해하는 것으로서 부당하며, 쟁점거래처에서 실제 인력들에게 지급한 나머지 금액은 매입세액으로 인정되어야 한다.나. 처분청 의견(1)조사청 조사 결과 쟁점거래처의 가공매출처 중 하나로 청구인의 원청이 확정되었고, 원청은 매입세액불공제로 고지된 부가가치세를 완납한 것으로 보아 실제 거래 없이 거짓세금계산서를 수취했음을 인정한 것으로 볼 수 있는데, 청구인은 당해 과세기간 동안 해당 업체(원청)와의 거래가 전체 매출의 94.9%이고, 쟁점거래처와의 거래가 전체 매입의 95.4%를 차지하는바, 청구인과 쟁점거래처 간의 거래를 정상 거래로 보기 어렵다.(2)청구인은 용역의 대가로 지급한 금액의 일부를 청구인의 배우자(C) 개인 계좌로 돌려받은바, 신용 문제로 금융 거래 등이 제한되는 근로자 2인의 급여를 현금으로 지급하였다는 청구인의 주장과 청구인이 증빙자료로 제출한 객관성이 결여된 현금 인건비 수령 확인서는 정상 거래의 근거로 볼 수 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인이 수취한 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부인한 처분의 적정 여부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인은 2014.1.12.부터 2024.9.30.까지 A(주업종 : 금속구조물 설치공사)를 운영하였던 사업자이고, 쟁점거래처는 2018.9.10.부터 2019.7.20.까지 인력도급업을 영위하였던 법인사업자이다.(2)쟁점세금계산서 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 쟁점세금계산서 내역OOO(3) 조사청은 2019.8.19.부터 2019.11.18.까지 쟁점거래처에 대한 부가가치세 범칙조사를 실시하여, 쟁점거래처가 거짓 세금계산서를 교부한 것으로 판단하고, 쟁점거래처의 대표자 D 등 3명 고발하면서, 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점거래처가 발행한 매출세금계산서 중 일부를 가공거래로 확정하여 처분청에 통보하였다.＜표2＞ 조사청이 통보한 쟁점거래처의 거짓세금계산서 수수 내역OOO(가) 조사청은 쟁점거래처가 대부분의 매출처로부터 세금계산서 상의 공급대가와 동일한 금액을 입금받았으나, 입금받은 후에는 해당 금액을 즉시 현금으로 출금하는 형태와 근로자로 추정되는 내ㆍ외국인에게 송금한 형태가 혼재해 있어, 실거래와 가공의 거래 모두 있는 것으로 판단하였다.(나) 조사청은 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점거래처가 2019년 제1기 과세기간에 청구인과 원청에 발급한 세금계산서에 대해 해당 거래를 가공거래로 확정하였다.＜표3＞ 청구인과 원청에 대한 조사청 조사 내용OOO(다)조사청이 고발한 쟁점거래처의 대표 등에 대한 1심 판결OOO에서 쟁점거래처와 청구인 간의 거래에 대한 부분은 아래 ＜그림1＞과 같이 무죄로 판단되었다.＜그림1＞ 판결문 중 청구인 관련 부분OOO(라)쟁점거래처는 조사청의 조사가 개시되고 11일 후인 2019.8.30.에 폐업일을 2019.7.20.로 소급하여 임의로 신고 폐업하였고, 2019년 제1기 부가가치세를 납부하지 않았으며, 해당 미납세액은 현재 소멸시효가 완성된 것으로 확인된다.(4)처분청이 경정한 청구인의 2019년 제1기 부가가치세 내역은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 부가가치세 경정·고지 내역OOO(5) 청구인은 원청과 C OOO 대보수 설치 공사 및 OOO 판넬 공사에 관한 도급계약을 체결하고 공사를 진행하였고, 쟁점거래처로부터 2019년 1월부터 6월까지 실제로 인력공급을 공급받았다고 주장하면서, 원청이 C에 제출한 안전작업허가서, 청구인과 원청 간의 도급계약서, 견적서, 공사현장 사진, 월별 거래명세서 등을 제출하였다.(가) 청구인이 제출한 원청과 청구인 간의 도급계약서 일부와 원청이 해당 공사와 관련하여 C에게 제출하였던 안전작업허가서는 아래 ＜그림2＞와 같다.＜그림2＞ 안전작업허가서 및 공사 도급 계약서OOO(나) 청구