종합소득세부과처분취소[중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용한 사건]

구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호에서 정한 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액’의 의미(=당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 시가 자체) 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제6호, 제31조 제1항, 제2항, 구 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항의 문언, 체계 및 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호의 취지 등을 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호에서의 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액’이란 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 시가 자체를 의미한다고 해석함이 타당하다. 【원고, 피상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 평안 담당변호사 권형기 외 3인) 【원고 소송수계신청인】 원고 소송수계신청인 1 외 1인 (소송대리인 법무법인 평안 담당변호사 권형기 외 3인) 【피고, 상고인】 도봉세무서장 (소송대리인 법무법인 율우 담당변호사 김종근 외 1인) 【원심판결】 서울고법 2022. 7. 19. 선고 2021누69303 판결 【주 문】 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고 소송수계신청인들의 소송수계신청을 모두 기각한다. 소송수계신청으로 인한 비용은 원고 소송수계신청인들이 부담함다. 【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다. 1. 사안의 개요 원심이 인용한 제1심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가. 원고는 2013. 4. 30. 자신이 대표이사인 ○○○ 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 원고 운영의 개인사업체인 △△개발을 2013. 6. 1. 통합하는 내용의 중소기업 통합계약을 체결하면서, △△개발의 자산인 서울 도봉구 (이하 생략) 대 2,631.1㎡ 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 비롯한 △△개발의 자산 및 영업 일체를 원고가 소외 회사에 양도하되 소외 회사는 인수 대상 순자산가액(12,072,409,794원)에 대한 대가로 원고에게 신주 3,511,463주(1주당 발행가액 3,438원, 총발행가액 12,072,409,794원)를 발행·교부하기로 약정하였다. 나. 이후 원고와 소외 회사는 △△개발의 순자산가액을 11,725,212,944원으로, 소외 회사가 원고에게 발행할 신주를 3,410,474주(1주당 액면가 5,000원, 1주당 발행가액 3,438원, 총발행가액 11,725,209,612원)로, 통합일을 2013. 6. 20.로 위 계약 내용을 각 수정하였고(이하 이와 같이 수정된 계약을 ‘이 사건 통합계약’이라 한다), 소외 회사는 액면미달로 신주를 발행하기 위해 2013. 6. 5. 서울북부지방법원에 신주발행 조사보고서 인가신청을 하였다. 다. 서울북부지방법원은 2013. 6. 24. 소외 회사가 보통주식 58,802주(= 이 사건 부동산 감정평가액 202,161,640원/1주당 발행가액 3,438원)를 액면미달로 발행하는 것을 인가하는 결정을 하였고, 이에 따라 소외 회사는 2013. 6. 26. 원고에게 보통주식 58,802주를 발행하였으며, 원고는 2013. 7. 2. 이 사건 부동산에 관하여 소외 회사 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다. 라. 원고는 2013. 9. 30. 이 사건 부동산에 관한 양도소득세를 신고하면서, 이 사건 부동산의 순자산가액과 신주취득가액을 각 202,161,000원으로, 이월과세액을 4,132,702,945원으로 각각 산정하여, 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항에 따른 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받았다. 마. 그런데 소외 회사가 △△개발을 통합한 2013. 6. 30.을 기준으로 △△개발의 순자산가액은 이 사건 통합계약에서 △△개발의 순자산가액으로 본 액수를 기초로 소외 회사가 추가로 승계한 구축물 등의 가액, 부채 감소액 등까지 반영하여 총 11,847,644,277원이었다. 바. 이에 소외 회사는 이 사건 통합계약에 따라 기발행된 58,802주를 제외하고 추가로 원고에게 발행해야 할 3,351,672주(= 3,410,474주 － 58,802주)와 관련된 11,645,482,637원(= 2013. 6. 30. 기준 △△개발의 순자산가액 11,847,644,277원 - 기발행된 보통주식 58,802주의 총발행가액 202,161,640원)의 부채가 남아있는 것으로 회계처리하였다. 사. 이후 소외 회사는 2014. 1. 6.부터 2014. 2. 21.까지 원고에게 위 3,351,672주(1주당 발행가액 3,438원)를 발행하였고, 2014. 7. 4. 추가로 35,613주를 액면가액(1주당 5,000원)으로 발행하였다. 아. 원고는 소외 회사의 대표이사로서 2010년부터 2013년까지 사업연도에 가공매출·비용을 계상하고 선급금 등 자산의 손상차손을 계상하지 않는 등의 방법으로 당기순이익 및 자기자본을 과대계상하는 분식회계를 하였다는 이유로 증권선물위원회로부터 고발당하여 형사재판을 받았다. 자. 피고는 위 분식회계로 인한 오류를 제거한 소외 회사의 재무제표를 기준으로 원고가 이 사건 통합계약으로 인하여 취득한 주식을 재평가할 경우 1주당 가액(시가)이 3,438원에 미달하게 되어, 이 사건 통합계약으로 인하여 소멸하는 사업장(△△개발)의 중소기업자(원고)가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액보다 낮아, 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호(이하 ‘이 사건 이월 조항’이라 한다)에서 정한 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 요건을 충족하지 못하였다는 이유로, 2019. 3. 11. 원고에게 이 사건 부동산의 양도로 인한 양도소득세 4,132,702,945원을 경정·고지하고, 납부불성실가산세 2,458,958,251원을 결정·고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 2. 원심의 판단 원심은 다음과 같은 이유를 들어 이 사건 이월 조항에서 말하는 ‘통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액’이란 ‘시가’가 아니라 ‘통합할 당시 당사자 사이의 합의에 의하여 정하여진 발행가액’을 의미한다고 보아, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다. 가. 이 사건 이월 조항을