이 건 심판청구가 적법한 청구인지 여부

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당함 심판청구를 각하한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2011.1.8. 설립 후, 의약품 도매업을 영위하는 법인으로, 청구법인의 대표이사 a(이하 “대표이사”라 한다)은 2021.7.7. 청구법인의 발행주식 25,500주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원으로 평가하여 배우자 b에게 증여하였고, b는 2021.8.17. 같은 금액으로 평가한 쟁점주식 총 OOO원을 청구법인에게 양도하였으며, 청구법인은 쟁점주식을 양수한 당일 즉시 소각(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다.나. b는 2023.6.6. 쟁점주식을 증여받은 것에 대해 증여재산가액 OOO원을 증여재산공제(배우자공제, OOO원)를 적용하여 과세미달로 증여세 기한후신고를 하였고, 청구법인은 쟁점주식 취득에 대하여 원천징수분 배당소득세를 신고하지 아니하였다.다. 처분청은 청구법인에 대한 2021사업연도 법인세 정기조사(2023.6.7.~2023.7.16.)를 실시한바, 쟁점거래의 실질이 청구법인이 대표이사로부터 직접 쟁점주식을 취득·소각한 자본거래로서 그 양도차익은 의제배당에 해당한다고 보아, 대표이사가 쟁점주식을 취득하였을 때의 가격을 취득가액(1주당 OOO원, 합계 OOO원)으로 하여, 청구법인에게 2023.9.1. 의제배당소득 OOO원에 대한 원천징수분 배당소득세 OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 경정ㆍ고지하였고, 청구법인은 2023.9.7. 쟁점세액을 납부하였으며, 대표이사의 주소지 관할세무서장(동작세무서장)에게 의제배당소득 OOO원을 자료통보하였고, 이에 따라 대표이사는 2023.8.7. 2021년 귀속 종합소득세를 수정신고 후, 2023.8.8. 납부하였다.라. 이후 대표이사는 대법원 2024.9.12. 선고 2024두42659 판결(이하 “쟁점판결①”이라 한다)에 근거하여 2024.11.25. 쟁점거래 관련 2021년 귀속 종합소득세를 경정청구하였고, 동작세무서장은 2025.1.13. 이를 환급하였으며, 청구법인도 청구법인이 수정신고ㆍ납부한 쟁점세액에 대해 2025.2.19. 경정청구하였으나, 처분청은 청구법인의 경정청구가 그 기한(901일)을 도과한 것으로 보아 2025.5.16. 경정청구를 거부하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.26. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 처분청은 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서를 근거로 청구법인의 경정청구를 거부하였으나, 이는 해당 규정 및 대법원 2016.7.14. 선고 2014두45246 판결(이하 “쟁점판결②”라 한다)의 취지에 비추어 볼 때, 부당한 처분이다.(가) 쟁점판결②는 법인이 소득금액변동통지에 따라 원천징수세액을 납부하였는지 여부와 관계없이 소득처분으로 증가한 소득에 대해 원천납세의무자(소득자)가 추가신고·자진납부를 한 경우, 경정청구 기간은 추가 신고 기한의 다음 날부터 기산되는 것이고, 경정청구를 위해 해당 세액을 실제 납부하였을 필요도 없으므로 경정청구권의 범위를 납세자가 실제 납부한 세액에 한정할 근거가 없다고 판시하였다. 즉, 고지된 원천징수세액이라 하더라도 실질적으로 소득자의 종합소득세로서 추가신고된 경우에는 「국세기본법」 제45조의2 제1항 본문에 따른 일반적인 경정청구 기한(5년)이 적용되어야 한다는 것이다.(나) 「국세기본법」 제45조의2 제1항 본문은 자진신고 세액에 대해 5년 내 경정청구를 허용하도록 하고 있고, 단서에서는 “처분으로 증가된 세액(고지세액)”에 한해 90일 내 청구를 요구하고 있으나, 이는 과세관청에 의해 독립적으로 추가 부과된 세액에 국한되는 규정으로, 본 사안처럼 최종적으로 개인 종합소득세 계산과 직접 연계되는 원천징수세액까지 3개월로 제한하는 것은 과세형평에 반한다.(다) 또한 쟁점판결②는 “환급청구권자는 실제 납부 명의자에 따라 구분된다”고 명확히 판시하였는데, 이 건에서도 대표이사는 소득금액변동통지에 따라 추가로 2023.8.7. 종합소득세를 신고·납부하였고, 청구법인은 2023.9.7. 원천징수세액을 납부하였으며, 청구법인은 2025.2.19. 경정청구한바, 이는 5년 내에 이루어진 적법한 청구이고, 통지일로부터 3개월이 지났다는 이유만으로 경정청구를 기각한 처분은 잘못된 처분이며, 청구법인이 납부한 원천징수세액은 청구법인에게 환급되어야 한다.(라) 처분청은 쟁점판결②가 원천납세의무자의 경정청구권 존부만 판시한 것으로, 경정청구 기한과는 무관하다는 의견이나 이는 판결문의 취지를 축소 해석한 것이다. 쟁점판결②는 소득금액변동통지에 따른 추가신고·납부의 경우, 원천납세의무자의 권리를 인정하면서, 경정청구 기산점을 “추가신고 법정기한의 다음 날부터” 본다고 명확히 설시한바(당시 3년, 현행 5년), 이는 종전 확정신고와 별도로 과세표준이 새로 확정된 부분에 대해 별개의 경정청구기간이 개시된다는 것이 실질 법리이므로 이 건에서도 청구법인이 실제 납부한 원천징수세액 OOO원에 대한 환급청구권은 청구법인에게 귀속되며, 그 청구기간 역시 대표이사의 종합소득세 수정신고에 연동된 일반 경정청구 5년 내에서 적법하게 행사된 것으로 보아야 한다.(마) 국세청 유권해석(서면-2016-법령해석기본-5683, 2017.9.26.)과 서울고등법원 판결 등도 동일한 취지이고, 추가신고한 경우 경정청구기간은 “추가신고 기한 다음 날부터” 기산됨을 반복적으로 확인하고 있는바, 판례 및 국세행정 실무 모두 경정청구기간의 기산점에 대한 법리를 분명히 하고 있으므로, 처분청의 “3개월 제한” 및 “판례 무관” 의견은 근거가 없고, 이 건에는 일반 경정청구 기간인 5년이 적용되어야 타당하다.(2) 쟁점판결②에 따르면, 원천납세의무자가 경정청구를 통해 환급권을 취득하는 경우, 원천징수의무자 명의로 납부된 세액에 대한 환급청구권자는 원천징수의무자(청구법인)라고 명시되어 있는바, 소득자인 대표이사 명의로 납부된 세액은 대표이사에게 환급되고, 청구법인 명의로 납부된 원천징수세액에 대해서는 청구법인이 환급청구권자가 되는 것이다.(가) 이 건의 경우, 청구법인의 세무조사를 통해 청구법인에게 원천징수세액이 고지되었고, 관련하여 대표이사에게 종합소득세 부과처분이 이루어져 이에 따라 종합소득세를 추가 신고한바, 쟁점판례와 그 사실관계가 동일하며, 대표이사는 소득금액변동통지에 따른 종합소득세 수정신고 시 청구법인이 납부한 원천징수세액을 공제받게되어 환급받은 사실이 있음에도 불구하고, 청구법인에게 경정청구에 따른 환급세액을 돌려주지 않는 것은 동일한 세액에 대해 일부는 환급되고 일부는 환급되지 않는 불합리한 결과를 초래한다.(나) 원천징수세액도 조세채무의 이행으로 납부된 금액이므로, 청구법인이 납부한 세액에 대해 정당한 사유가 있는 경우 청구법인에게 환급되어야 하고, 청구법인이 경정청구 기간을 도과하였다는 이유로 거부하는 것은 결과적으로 과세관청이 이미 환급한 세액에 대해 청구법인에게만 환급을 거부하여 이중으로 불이익을 주는 것이며, 이는 조세공평과 신의성실의 원칙에도 반한다.(3) 이 건 부과처분의 원인이 된 자기주식 소각거래를 배당으로 보아 과세한 처분은 그 자체가 잘못된 처분으로 쟁점판결①에서 주식을 배우자 등에게 증여한 후 회사가 해당 주식을 소각하는 거래를 곧바로 원주주에 대한 의제배당으로 재구성하여 과세하는 것은 위법하다고 판시하였고, 과세관청이 실질과세원칙을 남용하여 이러한 거래를 의제배당으로 본 처분을 취소한 바 있다.(가) 쟁점판결①은 “배우자 증여 후 자기주식 소각거래를 의제배당으로 보아 과세하는 것은 위법”이라고 판시하였고, 이는 본 사안과 사실관계 및 거래유형이 동일하며, 해당 유형의 과세 그 자체가 위법임을 명백히 한 것인바, 청구법인의 자기주식 소각거래에 대한 과세 자체가 잘못되었을 가능성을 강하게 시사하고, 이 건 일련의 거래 자체가 적법한 절세 거래로 인정된 상황에서, 이 건 원천징수세액 부과처분 등의 경정청구를 거부하는 것은 매우 부당하다.(나) 쟁점판결①에 근거하여 대표이사는 종합소득세를 환급받았으나, 청구법인이 납부한 원천징수세액은 반환되지 않아 국고에 과오납된 상태로 남아 있는바, 이를 환급하지 않는 것은 이중과세금지 원칙, 부당이득금지 원칙에 위배되며, 실질과세원칙에도 반하는 것이므로, 청구법인의 경정청구는 적법한 권리행사로 인