법인세경정거부처분취소

적격합병의 요건을 충족하는 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금 공제 한도 범위(=‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’에 대하여 구 법인세법 제13조 단서 조항이 정한 공제한도 비율을 곱한 한도 내) [1] 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제13조, 제44조의3 제2항, 제45조, 제113조 제3항 제1호, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제81조 제2항의 문언과 체계, 취지 등을 종합적으로 고려하면, 적격합병의 요건을 충족하는 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’에 대하여 구 법인세법 제13조 단서 조항이 정한 공제한도 비율을 곱한 한도 내에서 공제할 수 있는 것이지, 합병법인과 피합병법인의 소득을 구분하지 않고 ‘합병법인 전체의 소득금액’에 구 법인세법 제13조 단서 조항의 공제한도 비율을 곱한 액수가 공제한도가 된다고 볼 수 없다. 【원고, 상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 이기택 외 2인) 【피고, 피상고인】 남대문세무서장 【원심판결】 서울고법 2025. 10. 24. 선고 2024누71161 판결 【주 문】 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다. 【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다. 1. 사안의 개요 원심이 인용한 제1심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가. 원고는 지류의 제조, 가공 및 판매업 등을 영위하는 법인으로 2017. 3. 2. △△△제지 주식회사(이하 ‘피합병법인’이라 한다)를 흡수합병하면서 피합병법인의 이월결손금 86,327,141,488원을 승계하였다. 나. 원고는 2018 사업연도 및 2019 사업연도에 대한 법인세를 신고하면서 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 2018 사업연도 소득 16,248,656,914원의 70%를, 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 2019 사업연도 소득 17,405,890,286원의 60%를 각 공제한도로 하여 이월결손금을 공제하는 내용의 신고를 하였다. 다. 원고는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 단서에서, 내국법인의 해당 각 사업연도 소득금액의 일정 비율(2018년 70%, 2019년 60%)로 이월결손금 공제한도를 정하고 있으므로, ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 포함한 원고 전체의 소득금액’에 위 공제한도 비율을 적용한 금액이 공제한도로 적용되어야 하고 나아가 이를 전제로 구 법인세법 제45조 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 각 사업연도 소득금액을 초과하지 않는 범위 내에서 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금이 공제되어야 한다는 내용으로, 2022. 8. 18. 경정청구를 하였다. 라. 이에 대하여 피고는 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’의 70%(2018년) 또는 60%(2019년)를 초과하지 않는 범위 내에서 공제되어야 하므로, 당초의 신고 내용이 적법하다는 이유로 2022. 10. 4. 위 각 경정청구에 대한 거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마. 원심은, 판시와 같은 이유로 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액뿐만 아니라 합병법인인 원고 고유의 사업에서 발생한 소득까지 포함한 전체의 소득금액에다가 구 법인세법 제13조 단서(이하 ‘이 사건 단서조항’이라 한다)가 정한 공제한도 비율을 적용한 금액을 이월결손금의 공제한도로 삼아야 한다는 원고 주장을 배척한 후, 이 사건 처분을 적법하다고 판단하였다. 2. 제1, 2 상고이유에 대한 판단 가. 관련 규정과 법리 1) 구 법인세법 제13조 본문 및 제1호 전문은, 내국법인의 법인세 과세표준을 계산할 때 각 사업연도의 소득의 범위에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로서 공제하도록 규정하면서, 이 사건 단서 조항에서 ‘조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 위 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018. 1. 1.부터 2018. 12. 31.까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.’고 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 제44조의3 제2항은, 적격합병의 요건을 충족하여 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우, 과세상 기업으로서의 계속성을 인정한다는 취지에서, ① 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금, ② 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, ③ 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 합병법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제45조는, 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액)의 범위에서는 공제하지 아니한다고 규정하는 한편(제1항), 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다고 규정하고 있다(제2항). 구 법인세법 제45조 제5항은 위 제2항의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 구 법인세법 제45조 제5항의 위임에 근거하여 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제2항은, 구 법인세법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액)으로 한다고 정하고 있다. 한편 구 법인세법 제113조 제3항 본문은, 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간