거래상대방이 제기한 소송의 경과에 비추어 청구법인의 후발적 경정청구가 인용되어야 한다는 청구주장의 당부

청구법인은 이미 쟁점처분에 대해 행정소송을 제기하여 각하되어 처분이 확정되었으므로 다시 불복을 제기할 수 있도록 하는 것이 법률관계를 지나치게 불안정하게 만들 여지가 있음, 우리 원 결정에도 기속력이 인정되므로 이 건 후발적 경정청구는 청구법인에 대한 기각결정(조심 2015서5138)의 기속력에 반하는 점,기판력과 기속력이 미치는 범위에 비추어 재결청이 관련 자료나 증거에 비추어 다른 판단을 할 수 없다고 보기 어려운 점 등에 바추어 경정청구 거부처분은 타당 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2012.10.12. OOO 제조업 등을 목적으로 설립된 법인사업자이다. 청구법인은 A 그룹의 계열회사 중 하나로서, A 그룹에는 청구법인 외에도 ㈜B(이하 “B”라고 한다), ㈜C(이하 “C”라고 한다), D(이하 “D”이라 한다) 등이 있다.나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.2.12.~2015.5.20. 청구법인을 포함한 A 그룹에 대해 세무조사를 실시하였고, 처분청은 위 세무조사 결과에 따라 “청구법인이 2013년부터 2014년까지 B로부터 실제 재화 또는 용역을 공급받지 않았음에도 B로부터 허위의 세금계산서를 발급받았다”라는 이유로 청구법인에 대해 2013년 제2기~2014년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(가산세 포함), 2013~2014사업연도 법인세 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 위 부가가치세 및 법인세 경정처분을 합하여 “쟁점 처분”이라 한다)을 경정·고지하였다.다. 이에 청구법인은 불복하여 우리 원에 심판청구를 하였으나 (각하 및) 기각결정을 받았고(OOO), 행정소송을 제기하였으나 제소기간 도과로 인해 각하되어 그 판결이 확정되었다(서울행정법원 OOO).라. 한편 B는 천안세무서장으로부터 “청구법인에게 허위로 세금계산서를 발급하였다”는 이유(이하 위 사유를 “쟁점 사유”라고 한다) 및 기타 이유(B에 대한 처분사유는 청구법인에 대한 허위 세금계산서 발급 및 기타의 사유 합계, 총 7개 사유이다)로 부가가치세 등 경정처분을 받았고, 이에 불복하여 우리 원 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하였다.위 행정소송의 1, 2심법원은 쟁점 사유에 관하여 “B가 청구법인에 재화 또는 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 허위의 세금계산서를 발급하였음이 증명되지 아니하여 처분이 위법하다”는 이유로 원고(B) 승소 판결을 하였는데(OOO), 다만 2심법원은 취소 대상 세액을 확정할 수 없다는 이유로 경정처분금액 전부를 취소하였다. 천안세무서장은 이에 상고하였으나, 대법원은 쟁점 사유에 관한 처분청의 처분은 위법하다고 판단하면서도, 취소 대상 세액을 특정하라는 취지로 2심판결을 파기·환송하였다(대법원 OOO).이에 서울고등법원에서 다시 파기환송심이 진행되었고(서울고등법원 OOO 사건), 법원의 조정권고안에 따라 2025.3.19. 천안세무서장이 부가가치세 등을 정리하여 감액 경정하고 B는 2025.3.31. 소송을 취하하였다(이하 B가 진행한 위 소송사건 일체를 “관련 소송사건”이라 하고, 서울고등법원 OOO 사건을 “관련 파기환송심 소송사건”이라 한다).마. 청구법인은 2025.5.15. 관련 소송사건의 결과가 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에서 정한 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”에 해당한다는 이유로 처분청에 쟁점 처분의 취소를 구하는 경청청구를 하였으나 처분청은 2025.7.16. 이를 거부하였다.바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.25. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 관련 소송사건의 소송당사자가 아니라 하더라도, 청구법인은 관련 소송사건에서 사실관계가 인정되지 않는다고 본 (세액계산의 근거가 된) 행위의 직접 당사자이므로 후발적 경정청구권자에 해당한다.「국세기본법」 제45조의2 제2항에서 말하는 후발적 경정청구 사유 같은 항 제1호에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2017.9.7. 선고 2017두41740 판결 등 참조). 또한 부과처분에 대한 직접적인 판결이 아니더라도 판결의 논리필연적인 결과로 부과처분의 근거가 없어지면 후발적 경정청구 대상이 된다고 볼 수 있다(수원지방법원 2015.7.9. 선고 2014구합56728 판결 참조).「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호는 후발적 경정청구에 관하여 규정하면서 그 문언상 후발적 경정청구의 주체를 제한하는 내용은 포함하고 있지 않다. 즉, 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에서 그 적용대상을 ‘소송을 제기한 당사자’로 명시적으로 제한하고 있지 않으므로, 이를 임의로 납세자에게 불리한 방향으로 해석하여서는 안 될 것이다.조세심판원도, A와 A의 아버지 등이 주주인 영리법인에 A의 아버지가 부동산을 증여하자, 과세관청이 특정법인과의 거래를 통한 이익 증여에 해당하는 것으로 보아 A에 대하여 증여세를 부과한 사안에서, A의 아버지, 영리법인이 사해행위 취소 및 원상회복 청구소송의 당사자임에도 해당 소송에서 증여세 부과처분의 근거가 된 부동산의 증여 행위가 무효라고 확정된 이상 “해당 소송의 직접 당사자가 아닌 A 역시 후발적 경정청구권자에 해당된다”고 결정한 바 있다(조심 2022서5402, 2022.11.21.).쟁점 처분은 2013년 제1기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 사이에 “청구법인과 B 사이에 재화 또는 용역의 공급이 실제로 존재하지 않았음에도 B로부터 허위의 세금계산서를 발급받았다”는 것을 이유로 한 증액경정처분이다. 그리고 관련 소송사건에서는 쟁점 처분의 계산근거가 된 행위인 “B와 청구법인 사이에 재화와 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 B가 청구법인에 허위의 세금계산서를 발급하였다”라는 사실관계가 인정되지 않는다고 보았고, 대법원 판결에서도 위 판단이 그대로 유지되었다.(2) 관련 소송사건은 대법원 판결에 따라 확정력이 발생하였다고 볼 수 있다.「법원조직법」 제8조는 “상급법원의 재판에 있어서의 판단은 당해 사건에 관하여 하급심을 기속한다”라고 규정하고, 「민사소송법」 제436조 제2항 후문도 상고법원이 파기의 이유로 삼은 사실상 및 법률상의 판단은 하급심을 기속한다는 규정을 두고 있다. 한편 상고심에서 상고이유의 주장이 이유 없다고 판단되어 배척된 부분은 그 판결 선고와 동시에 확정력이 발생하여 그 부분에 대하여 당사자는 소송에서 더 이상 다툴 수 없고, 또한 환송받은 법원으로서도 그와 배치되는 판단을 할 수 없다(대법원 2005.10.28. 선고 2005도1247 판결, 대법원 2006.5.11. 선고 2006도920 판결, 대법원 2020.6.11. 선고 2020도2883 판결 등 참조).관련 소송사건에서 대법원은 천안세무서장의 상고에도 불구하고, “피고가 제출한 증거만으로는 원고가 재화 또는 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 청구법인, D에 허위의 세금계산서를 발급하였음이 증명되지 않았다고 판단한 원심 판결이 정당하다”고 판단하여 천안세무서장의 상고이유를 배척하였는바, 이는 2024.12.12. 판결 선고와 동시에 확정력이 발생하여 이에 대하여 소송 과정에서 당사자는 더 이상 다툴 수 없게 된다. 그렇다면 상고심 법원이 부가가치세 부과처분에 대하여 취소대상이 되는 세액의 범위와 관련하여 심리미진을 이유로 항소심 판결을 전부 파기하고, 천안세무서장이 관련 파기환송심 소송사건에서 조정권고에 따라 직권으로 부가가치세 부과처분을 감액경정하여 B가 소를 취하하였다 하더라도, 쟁점 처분의 계산근거가 된 행위인 “B와 청구법인 사이에 재화와 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 B가 청구법인에 허위의 세금계산서를 발급하였다”라는 사실관계가 인정되지 않는다는 법원의 판단은 이미 대법원 판결에 의해 확정된 것으로 볼 수 있다.그렇다면 관련 소송사건이 소취하로 종료되었다 하더라도, 청구법인은 쟁점 처분에 대하여 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에 기한 후발적 경정청구를 제기할 수 있다고 보아야 한다.(3) 처분청이 제시한 판례나 결정례는 이 사건에 적용하기에 적합하지 않다.(가) 대법원 2013.5.9. 선고 201