매입임대주택 자동말소 후 ’21.1.1. 이후 재등록한 장기일반민간임대주택의 조특법§97의3 적용 여부

1. 사실관계 ○ ’ 12.12.28. 도시형생활주택 24호 취득(사용승인) → ’13 .1.4. 소유권보존등기 ○ ’13 .2.7. 세무서 사업자등록 및 지자체 매입임대주택 등록 ○ ’20.11.7. 지자체 매입임대주택 등록 자동말소 ○ ’21.12.14. 지자체 장기일반민간임대주택(매입·10년) 등록 - 세무서 사업자등록은 유지 ○ ’25.9.~’25.12. 도시형생활주택 24호 중 21호 양도 - 지자체 임대사업자 지위 포괄승계 2. 질의요지 ○ 신축한 주택을 舊 「임대주택법」에 따라 매입임대주택으로 등록하였다가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 의하여 해당 등록이 말소된 후, - ’ 21.1.1. 이후 민간매입임대주택으로서 장기일반민간임대주택으로 재등록한 경우 종전 매입임대주택으로 임대한 기간을 통산하여 「조세특례제한법」 제97조의3 적용 여부 3. 관련 법령 〔1〕 「조세특례제한법」 □ 조세특례제한법 (2024.12.31. 법률 제20617호로 개정된 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설 임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반 민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별 공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. <개정 (...) 2022.12.31, 2024.12.31> 1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우 ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <제19199호, 2022.12.31> 제38조(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 등록을 한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여는 제97조의3제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. □ 조세특례제한법 (2022.12.31 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일( 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대 주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대 주택으로 변경 신고한 주택은 제외 한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택 (이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등 "이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다. 1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우 □ 조세특례제한법 시행령 (2023.02.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기 일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다. 2. 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항 에 따라 등록이 말소되는 경우: 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다. ③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다. 1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임 대료 를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다. 2. 「주택법」 제2조제6호 에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것 3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것 4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것 <개정 2018.10.23> ④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조 에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록 하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며,「민간임대주택에 관한 특별법」제5 조제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. 〔2〕 「민간임대주택에 관한 특별법」 □ 민간임대주택에 관한 특별법 (2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것) 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다. 2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다. 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택 나. 「주택법」 제4조 에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택 3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 5. " 장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다. 6. 삭제 <2020.8.18.> 부 칙 <법률 제17482호, 2020. 8. 18.> 제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간 매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대 주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무 기간은 종전의 규정에 따른다. ② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기 일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다. 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간 매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 (2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조 【정의】 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임 대주택을 말한다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 (2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것) 제6조 【임대사업자 등록의 말소】 ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다. 5. 제43조제2항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우 11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청 (신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우 ⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 (2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것) 제43조 【임대의무기간 및 양도 등】 ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호ㆍ제5호 또는 제6호 의2에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다. ② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다. ③ 제2항은 임대사업자가 임대의무기간이 지난 후 민간임대주택을 양도하는 경우에도 준용한다 . 다만 , 양수하는 자가 임대사업자로 등록하지 아니하는 경우에는 제2항 후단을 적용하지 아니한다. ④ 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 중에도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임대의무기간 내에도 계속 임대하지 아니하고 말소하거나, 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 허가를 받아 임대사업자가 아닌 자에게 민간임대주택을 양도할 수 있다. 1. 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우 2. 공공지원임대주택을 20년 이상 임대하기 위한 경우로서 필요한 운영비용 등을 마련하기 위하여 제21조의2제1항제4호에 따라 20년 이상 공급하기로 한 주택 중 일부를 10년 임대 이후 매각하는 경우 3. 제6조제1항제11호에 따라 말소하는 경우 □ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 (2020.12.08. 대통령령 제31242호로 개정되기 전의 것) 제34조 【민간임대주택의 임대의무기간 등】 ① 법 제43조제1항에서 "임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다. 1. 민간건설임대주택: 입주지정기간 개시일. 이 경우 입주지정기간을 정하지 아니한 경우에는 법 제5조 에 따른 임대사업자 등록 이후 최초로 체결된 임대차계약서상의 실제 임대개시일을 말한다. 2. 민간매입임대주택: 임대사업자 등록일. 다만, 임대사업자 등록 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다. 3. 법 제5조제3항 본문에 따라 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 시점 가. 단기민간임대주택의 임대의무기간 종료 전에 변경신고한 경우: 해당 단기민간임대주택의 제1호 또는 제2호에 따른 시점 나. 단기민간임대주택의 임대의무기간이 종료된 이후 변경신고한 경우: 변경신고의 수리일부터 해당 단기민간임대주택의 임대의무기간을 역산한 날 < 2015.8.28. 「민간임대주택에 관한 특별법」으로 개정하기 전 > □ 임대 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. “건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다. 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택[임대사업자가 토지를 임차하여 건설ㆍ임대하는 주택(이하 “토지임대부 임대주택”이라 한다)을 포함한다] 나. 「주택법」 제9조 에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제16조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조에 따른 임대사업자 등록을 마치고 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 임대하는 주택 3. " 매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 주택 [「주택법」 제2조 제1호의2에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 오피스텔(이하 "오피스텔"이라 한다)을 포함 한다]을 말한다. 3의3. " 준공공임대주택"이란 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사 외의 임대사업자가 10년 이상 계속하여 임대하는 임대주택으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다. 다만, 공공건설임대주택은 제외한다. (각 목 생략) □ 임대 주택법 제6조의2 【준공공임대주택의 등록】 ① 준공공임대주택을 임대하려는 자는 해당 주택이 소재하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 이를 등록하여야 한다. ② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. ③ 제1항과 제2항에 따른 등록기준 및 등록ㆍ신고의 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 임대 주택법 제16조 【임대주택의 매각 제한 등】 ① 임대주택은 다음 각 호의 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다)이 지나지 아니하면 매각할 수 없다. 1. 건설임대주택 중 국가나 지방자치단체의 재정으로 건설하는 임대주택 또는 주택도시기금의 자금을 지원받아 영구적인 임대를 목적으로 건설한 임대주택은 그 임대주택의 임대개시일부터 50년 2. 건설임대주택 중 국가나 지방자치단체의 재정과 주택도시기금의 자금을 지원받아 건설되는 임대 주택은 임대개시일부터 30년 2의2. 장기전세주택은 그 임대주택의 임대개시일부터 20년 3. 제1호와 제2호 외의 건설임대주택 중 제26조에 따라 임대 조건을 신고할 때 임대차 계약기간을 10년 이상으로 정하여 신고한 주택은 그 임대주택의 임대개시일부터 10년 4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하지 아니하는 건설임대주택 및 매입임대주택은 대통령령으로 정하는 기간 □ 임대 주택법 시행령 제13조 【임대주택의 임대의무기간 등】 ① 법 제16조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다. 1. 준공공임대주택: 임대 개시일부터 10년 2. 그 밖의 임대주택: 임대 개시일부터 5년 부 칙 <법률 제13499호, 2015.8.28.> 제3조(이미 등록한 임대주택에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 제5조의 개정규정에 따른 임대사업자가 등록한 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택, 준공공임대주택을 다른 법령에서 인용하는 경우 종전의 「임대 주택법」 제2조제2호 의3, 제3호 및 제3호의3에 따라 등록한 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택, 준공공임대주택까지 포함한다. ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 각 호의 구분에 따른 이 법의 임대주택 으로 본다. 다만, 임대의무기간, 임대의무기간 이내 매각요건 및 절차, 저당권 설정 등의 제한, 임대주택의 전대 제한, 경매 시 임차인 우선매수권 부여, 특별수선충당금의 적립 대상에 관하여는 종전의 「임대주택법」을 적용한다. <신설 2020.8.18> 1. 종전의 「임대 주택법」 제6조의2 에 따라 등록한 준공공임대주택: 제2조제5호에 따른 준공공 임대주택 2. 종전의 「임대 주택법」 제16조제1항제3호 에 따라 임대차 계약기간을 10년 이상으로 정하여 신고한 민간건설임대주택: 제2조제5호에 따른 준공공임대주택 3. 종전의 「임대 주택법」 제16조제1항제4호 에 따른 민간건설임대주택 또는 매입 임대주택 (제1호에 해당하는 임대주택은 제외한다): 제2조제6호에 따른 단기임대주택