토지등 매매차익예정신고를 2회 이상 하는 경우 기납부세액에 따른 과다납부세액의 환급 여부

1. 사실관계 질의인 은 부동산매매업을 영위하는 사업자로 ’23.1월 발생한 토지등 매매차익 1,XXX백만원에 대한 토지등 매매차익 예정신고 (이하 “1차 예정신고”) 를 하며 산출세액 XXX백만원을 납부한 후 - ’23.7월 다른 물건에 대하여 토지등 매매차손 1,XXX백만원이 발생하였고, 기 예정신고분과 합산하여 토지등 매매차익 예정신고 (이하 “2차 예정신고”) 를 함에 따라 2차 예정신고에 따른 예정신고 산출세액을 △XXX백만원으로 산정하여 신고함 2. 질의요지 토지등 매매차익예정신고를 2회 이상 하는 경우로서 매매차익을 합산하여 계산한 산출세액이 이미 신고한 예정신고 산출세액에 미달하여 환급세액이 발생한 경우 예정신고 시 환급하여야 하는지 3. 관련법령 ○ 소득세법 제64조 【부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례】 ① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조제1항제1호(분양권에 한정한다)ㆍ제8호ㆍ제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다. <개정 2014.12.23, 2017.12.19, 2020.12.29> 1. 종합소득 산출세액 2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액 가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액 나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액 ② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 소득세법 제69조 【부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부】 ① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다 . 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다. ② 제1항에 따른 신고를 "토지등 매매차익예정신고 "라 한다. ③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액 으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조제1항제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. ④ 부동산매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. ⑤ 토지등의 매매차익에 대한 산출세액의 계산, 결정ㆍ경정 및 환산취득가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 말한다. 이하 제97조제1항ㆍ제2항, 제100조제1항, 제114조제7항 및 제114조의2에서 같다) 적용에 따른 가산세에 관하여는 제107조제2항, 제114조 및 제114조의2를 준용 한다. ○ 소득세법 제85조 【징수와 환급】 ④ 납세지 관할 세무서장은 제65조ㆍ제69조ㆍ제82조ㆍ제127조 및 제150조에 따라 중간예납, 토지등 매매차익예정신고납부, 수시부과 및 원천징수한 세액이 제15조제3호에 따른 종합소득 총결정세액과 퇴직소득 총결정세액의 합계액을 각각 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액은 환급하거나 다른 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다 . ○ 소득세법 제107조 【예정신고 산출세액의 계산】 ② 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우로서 거주자가 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하려는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 제2회 이후 신고하는 예정신고 산출세액으로 한다 . 1. 제104조제1항제1호에 따른 세율 적용대상 자산의 경우: 다음의 계산식에 따른 금액 ○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지 】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다. ○ 소득세법 제114조의2 【감정가액 또는 환산취득가액 적용에 따른 가산세 】 ① 거주자가 건물을 신축 또는 증축(증축의 경우 바닥면적 합계가 85제곱미터를 초과하는 경우에 한정한다)하고 그 건물의 취득일 또는 증축일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우로서 제97조제1항제1호나목에 따른 감정가액 또는 환산취득가액을 그 취득가액으로 하는 경우에는 해당 건물의 감정가액(증축의 경우 증축한 부분에 한정한다) 또는 환산취득가액(증축의 경우 증축한 부분에 한정한다)의 100분의 5에 해당하는 금액을 제93조제2호에 따른 양도소득 결정세액에 더한다. <개정 2019.12.31> ② 제1항은 제93조제1호에 따른 양도소득 산출세액이 없는 경우에도 적용한다. ○ 소득세법 시행령 제122조 【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례 】 ① 법 제64조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 부동산매매업"이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다)은 제외 한다. <신설 2010.2.18, 2010.12.30> ② 법 제64조제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 자산의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다. <개정 2007.2.28, 2013.2.15, 2018.2.13> 1. 제163조제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산한 양도자산의 필요경비 2. 법 제103조에 따른 양도소득 기본공제 금액 3. 법 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액 ○ 소득세법 시행령 제129조 【토지등 매매차익과 세액의 결정·경정 및 통지 】 ③ 납세지 관할세무서장은 법 제69조제1항에 따라 토지등 매매차익예정신고 또는 토지등 매매차익예정신고납부를 한 자에 대해서는 그 신고 또는 신고납부를 한 날부터 1개월 내에, 매매차익예정신고를 하지 아니한 자에 대해서는 즉시 그 매매차익과 세액을 결정하고 제149조를 준용하여 해당 부동산매매업자에게 이를 통지 하여야 한다. ○ 소득세법 시행령 제149조 【과세표준과 세액의 통지】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 법 제83조의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 통지하고자 하는 때에는 과세표준과 세율ㆍ세액 기타 필요한 사항을 서면으로 통지하여야 한다. 이 경우 납부할 세액이 없는 때에도 또한 같다. ○ 국세기본법 제3조 【세법 등과의 관계】 ① 국세에 관하여 세법에 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다. ○ 국세기본법 제21조 【납세의무의 성립시기】 ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다. ③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다. 2. 납세조합이 징수하는 소득세 또는 예정신고납부하는 소득세 : 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일 ○ 국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】 ① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다. ② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다 . 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다. 1. 소득세 ○ 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】 ① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다 . 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다. ○ 소득세법 기본통칙 64-122…1 【부동산매매업 등의 업종구분】 ① 영 제122조의 규정에 의한 부동산매매업의 범위는 다음과 같다.<개정 1997.04.08.> 1. <삭제 2019.12.23.> 2. 자기의 토지 위에 상가 등을 신축하여 판매할 목적으로 건축중인「건축법」에 의한 건물과 토지를 제3자에게 양도한 경우 <개정 2008.7.30> 3. 토지를 개발하여 주택지ㆍ공업단지ㆍ상가ㆍ묘지 등으로 분할판매하는 경우(「공유수면매립법」제26조의 규정에 의하여 소유권을 취득한 자가 그 취득한 매립지를 분할하여 양도하는 경우 포함) <개정 2008.7.30> ② 부동산매매ㆍ저당ㆍ임대 등에 따라 행하는 부동산 감정업무를 수행하는 사업은 부동산 감정평가업으로 본다. <개정 2011.3.21& gt; ③ 부동산매매업의 구분에 있어 토지의 개발이라 함은 일정한 토지를 정지ㆍ분합ㆍ조성ㆍ변경 등을 함으로써 당해 토지의 효용가치가 합리적이고 효율적으로 증진을 가져오게 되는 일체의 행위를 말한다. <개정 2011.3.21>