쟁점토지가 재산세 분리과세대상에 해당하므로 종합부동산세 과세대상에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

청구법인이 도시개발사업의 시행자 등에 해당한다는 사실이나 쟁점토지가 도시개발사업 등에 제공된 사실은 확인되지 아니하므로, 쟁점토지는 재산세 분리과세대상에 해당한다고 보기 어려움. 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구법인은 2019.9.3. 설립되어 OOO에서 부동산 개발업 등을 영위하는 법인으로, 2020.3.2. OOO 대지 18,567.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 경매로 취득한 뒤 2020∼2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재(2020.6.1. 등) 이를 보유하였고, 처분청은 청구법인에게 쟁점토지에 관한 2020∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 결정·고지하였다.나.청구법인은 쟁점토지가 재산세 분리과세대상에 해당하므로 이는 종합부동산세 과세대상에 해당하지 아니한다고 주장하며 2025.6.2. 2020∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점토지가 재산세 종합합산과세대상에 해당함을 이유로 2025.6.12. 위 경정청구를 거부하였다.다.청구법인은 이에 불복하여 2025.9.4. 이의신청을 거쳐, 2026.2.9. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점토지는 재산세 분리과세대상에 해당하므로 종합부동산세 과세대상이 아니다.(가) 「지방세법」 제106조 제1항 제3호는 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제7항 제4호 가목은 도시개발사업 실시계획 고시일부터 토지공급 완료일 또는 공사완료 공고일까지 도시개발사업에 제공하는 토지를 분리과세대상으로 규정하고 있다.(나) 쟁점토지가 소재한 이른바 OOO지구(이하 “OOO지구”라 한다)는 이미 도시개발사업 실시계획 고시가 이루어진 사업지구로, 기반시설이 설치되지 아니하여 「도시개발법」상 의미 있는 토지공급이 완료되지 아니하였고, 관련 공사완료 공고도 이루어지지 아니하였다.(다) 한편 청구법인은 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 시행자가 아니라 제3자로서 경매를 통하여 쟁점토지를 취득한 것이므로, 아직 개발이 완료되지 아니한 쟁점토지를 재산세 및 종합부동산세 종합합산과세대상으로 보는 것은 지방세법령 등의 취지에 반한다.(라) 종합부동산세는 재산세 종합합산과세대상이거나 별도합산과세대상인 토지에 대하여 부과되는 세목인바, 쟁점토지는 재산세 분리과세대상에 해당하므로 종합부동산세 과세요건이 처음부터 충족되지 아니한다.(2) 청구법인의 이의신청에 대한 부산지방국세청장(이하 “지방청”이라 한다)의 기각결정은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다.(가) 지방청은 쟁점토지 관련 개발이 실질적으로 진행되지 아니하고 있으므로 이를 재산세 분리과세대상으로 볼 수 없다고 하였으나, 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제4호 가목은 분리과세 대상에 해당하는 기간을 ‘도시개발사업 실시계획 고시일부터 공사완료 공고일까지’로 규정하고 있는바, 위 규정 어디에도 개발이 실제로 진행 중인지 여부 등은 요건으로 명시되어 있지 아니하고, 오히려 입법자는 위와 같이 공사완료 공고가 있기 전까지 당해 토지를 분리과세대상으로 규정함으로써 개발이 지연 또는 중단되거나 위법한 상태에 있는 토지까지 분리과세대상에 포함될 수 있도록 설계한 것이다.(나) 지방청은 청구법인이 경매를 통하여 쟁점토지를 취득한 사실을 들어 쟁점토지를 개발사업용 토지가 아니라고 하였으나, 지방세법령 어디에도 ‘개발사업 시행자의 토지만 분리과세대상이다’라거나 ‘경매로 취득한 토지는 분리과세대상에서 제외한다’는 규정은 없는바, 청구법인이 쟁점토지를 경매로 취득하였다는 이유만으로 이를 분리과세대상에서 제외하는 것은 법령상 근거가 없는 차별적 해석이다.(다) 지방청은 쟁점토지가 재산세 부과 단계에서 분리과세대상으로 분류되지 아니하였으므로 이를 종합부동산세 종합합산과세대상으로 보아야 한다고 하였으나, 종합부동산세는 국세로서 재산세와는 독립적으로 과세요건 충족 여부를 판단할 필요가 있고, 특히 재산세 과세유형이 관할 지방자치단체의 행정적 오류 또는 착오에 기초한 경우 기계적으로 재산세에 따라 종합부동산세를 부과할 것이 아니라 과세요건 충족 여부를 재검토하여야 한다.(라) 지방청은 청구법인이 이의신청 과정에서 제시한 판례(대구지방법원 2019고합340) 및 감사원 감사결과가 이 건 종합부동산세 과세요건과 무관하다고 하였으나, 위 판례와 감사결과는 행정기관의 위법한 처분으로 인하여 정상적으로 쟁점토지의 개발이 완료되지 아니하였고 이에 관한 공사완료 공고가 이루어질 수 없는 상태라는 사실을 객관적으로 입증하는 핵심 증거이다.(마) 지방청은 청구법인의 이의신청을 기각하는 결정을 하며 실질과세의 원칙을 근거로 제시하기도 하였으나, 실질과세의 원칙은 법령에 명시된 규정을 배제할 수 있는 근거가 될 수는 없는바, 쟁점토지가 재산세 분리과세대상임이 법령상 명확한 이상 실질과세의 원칙은 적용할 수 없는 것이고, 과세관청은 ‘쟁점토지가 재산세 분리과세대상이 아니다’는 결론을 먼저 설정한 뒤 이에 맞추어 실질과세의 원칙을 적용한 것으로 보인다.(3) 처분청이 이 건 심판청구에 대하여 답변한 내용은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다.(가) 처분청은 쟁점토지에 대한 「도시개발법」상 도시개발사업 이력이 없어 쟁점토지가 재산세 분리과세대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 이는 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다.1) 쟁점토지는 1986년경 택지 조성을 목적으로 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따라 받은 매립면허의 대상이 된 토지이다.2) 당시의 법령 체계상 대규모 택지 조성은 공유수면 매립과 종전의 「토지구획정리사업법」(2000.1.28. 법률 제6252호로 폐지되기 전의 것으로, 이하 같다)에 따른 사업이 유기적으로 결합되어 진행되었는바, 공유수면 매립은 토지를 생성하는 물리적 공정이고 토지구획정리는 생성된 토지에 도로 및 배수시설 등의 기반시설을 배치하는 기능적 공정으로서 OOO지구는 처음부터 주거지 조성을 목적으로 설계된 단일 사업지이므로 매립면허와 인가는 사실상 토지구획정리사업의 개시와 다름이 없다.3) 「토지구획정리사업법」 등은 사업의 효율성을 위하여 실시계획 인가 시 공유수면 매립면허나 허가를 받은 것으로 의제하도록 규정하였는바, 이는 입법자가 공유수면 매립과 토지구획정리사업을 하나의 목적을 달성하기 위한 연계공정으로 파악하였음을 방증하는 것이고, 따라서 처분청이 쟁점토지에 관한 도시개발사업 이력이 없다고 하는 것은 사업의 출발점인 공유수면 매립이 곧 구획정리사업의 시작점이라는 사실을 간과한 것이다.4) OOO도는 1994년경 조건부 준공인가를 하여 도로 및 상하수도 등 기반시설을 설치하도록 하였는데, 이러한 기반시설의 설치에 관한 의무는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」이 고유하게 규율하는 영역이라기보다 「토지구획정리사업법」이 규율하는 핵심적인 내용으로, 이는 두 사업이 실질적으로 결합되어 운영되었음을 입증하는 것이다.5) 「도시개발법」은 2000년경 제정될 당시 「토지구획정리사업법」을 통합하면서 부칙을 통하여 기존 사업에 대한 세제 혜택을 보호하고자 하였는바, 만약 처분청 의견대로 전산상 ‘도시개발사업’의 명칭이 적시되지 아니하였다는 이유로 혜택을 박탈한다면 이는 법령의 통합 과정에서 발생한 행정적 공백으로 인한 피해를 국민에게 전가하는 것이다.(나) 처분청은 쟁점토지에 관하여 지구단위계획이 포함된 실시계획 고시가 없었음을 지적하였으나, 지구단위계획은 2000년 「도시개발법」 제정 당시 처음 도입된 개념으로, 1986년에 시작된 쟁점토지 관련 사업에 대하여 이를 적용하는 것은 소급입법 금지의 원칙에 반한다.(다) 처분청은 1994년 OOO도의 준공인가로 쟁점토지 관련 사업이 종료되었다는 의견이나, 위 준공인가는 상하수도 및 도로 등 기반시설 설치를 조건으로 한 조건부 인가였는바, 만일 준공 조건이 이행되지 아니하여 토지 사용이 제한되는 경우 이는 조성 중인 토지에 해당하는 것이고, 한편 OOO시장은 기반시설 미비를 이유로 쟁점토지 지상의 건축허가를 불허하고 있어 이러한 사실 자체가 토지의 공급이나 공사가 완료되지 아니하였음을 입증하는 것이다.(4) 실질과세의 원칙, 응능부담의 원칙 및 재산권 보호의 원칙 등에 비추어 보더라도 이 건 종합부동산세에 대한 경정청구는 받아들여져야 한다.(가) 쟁점토지는 실질적으로 OOO시청이 상하수도나 도로 등의