청구인이 특수관계인(아버지)에게 시가보다 낮은 가격으로 쟁점주식을 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

청구인의 쟁점주식 양도일 전후 각 3개월의 기간에 제3자간의 거래가액은 확인되지 아니하고, 상증세법상 보충적 평가액 주당 ㅇㅇㅇ원으로 나타나 청구인의 쟁점주식 양도가액을 시가에 해당하는 것으로 어려운 점 등에 비추어, 이 건 처분을 달리 잘못이 없다고 판단됨 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2024.9.9. A(청구인의 아버지)에게 주식회사 B(대표이사 : A, 컴퓨터시스템구축 서비스업, 이하 “B”라 한다)의 비상장주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원에 양도(총 매매대금 OOO원)하고, 양도차익을 0원으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고 내용에 대한 적정 여부를 검토하는 과정에서 쟁점주식의 시가를 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제60조 및 같은 법 시행령 제54조 등에 따라 OOO원(1주당 OOO원)으로 평가하고, 청구인의 쟁점주식 양도에 대하여 「소득세법」 제101조에 따른 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당하는 것으로 보아, 2025.9.2. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장상증세법상 보충적 평가방법은 비상장주식의 매매가액이 없거나 확인되지 않는 경우에 적용하는 것인데, 청구인의 경우 쟁점주식을 실제 거래하고 거래대금 OOO원을 수취한 사실이 있다. 따라서 과세관청에서 평가한 보충적 평가방법이 아닌 실지거래가액으로 양도소득세를 결정하는 것이 타당하다.나. 처분청 의견(1) 청구인의 쟁점주식 양도는 「소득세법」 제101조 및 같은 법 시행령 제167조에서 규정한 양도소득의 부당행위계산 유형인 ‘특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때’에 해당한다.(가) 「소득세법」 제101조 제1항에서는 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계에 있는 자와 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제167조 제3항 제1호에서는 특수관계 있는 자로부터 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때에는 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 양도가액을 시가에 의하여 계산하도록 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서는 시가를 상증세법 제60조 내지 제66조와 같은 법 시행령 제49조 내지 제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의하도록 규정하고 있으며, 이 경우 시행령 제49조 제1항 본문 중 ‘평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내의 기간’은 ‘양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간’으로 본다고 규정하고 있다.(나) 한편, 상증세법 제60조 제1항은 ‘이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 따른다’라고 규정하고, 제2항은 ‘제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다’라고 규정하면서, 제3항은 ‘제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조 내지 제65조에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다’라고 규정하고 있다.(다) 이 건에 관하여 보면, 청구인이 아버지인 A에게 쟁점주식을 양도한 거래는 특수관계인과의 거래에 해당되고, 청구인은 쟁점주식 거래에 대하여 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 것이라고 볼 만한 평가의 근거를 제시하지 못하고 있으며, 거래일 전후 3개월 이내의 시가로 인정될 만한 매매사례가액 등이 존재하지 않는바, 쟁점주식을 상증세법 시행령 제54조에 따른 보충적 평가방법에 따라 평가하면, 1주당 가치가 OOO원이나 되는데도 1주당 OOO원(액면가액)에 양도한 행위는 「소득세법 시행령」 제167조 제3항 제1호에서 규정한 부당행위계산의 유형인 ‘특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때’에 해당한다.(라) 일반적으로 시가를 산정하기 어려워서 보충적 평가방법을 택할 수 밖에 없었다는 점에 관한 증명책임은 과세관청에 있으나, 특수관계에 있는 자와의 매매가액은 객관적으로 부당하다고 인정되는 가액이므로 그렇지 아니하다고 주장하는 자가 이를 입증하여야 하는바(대법원 2007.12.13. 선고 2006두18461 판결, 같은 뜻임), 특수관계자와의 쟁점주식 거래가 정상적인 거래에 해당된다는 입증책임은 이를 주장하는 청구인에게 있음에도, 청구인은 실제 거래가액으로 결정하여 줄 것을 주장만 할 뿐, 쟁점주식을 1주당 액면가액 OOO원에 거래한 것이 객관적이고 합리적인 거래였다는 근거자료는 제시하지 못하고 있다. 따라서 청구인이 아버지에게 쟁점주식을 저가양도한 거래에 대하여 「소득세법」 제101조의 규정에 따라 부당행위계산부인 규정을 적용한 것은 정당하다.(2) 쟁점주식 거래에 관하여 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정된 가액을 기준으로 시가를 평가하여 양도가액으로 적용한 이 건 부과처분은 적법하다.(가) 비상장주식의 양도가 저가양도로서 부당행위계산부인에 해당하면, 그 양도가액은 「소득세법 시행령」 제167조 제4항·제5항에 따라 시가에 의하여 계산하되, 그 시가를 산정하기 어려운 경우에는 상증세법 제63조와 같은 법 시행령 제54조 내지 제56조의 규정을 준용한 평가가액, 즉 1주당 순손익가치와 순자산가치를 가중평균한 가액에 의한다. 이 경우 순손익가치는 ‘평가기준일 이전 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’에 의하도록 하고 있고, 쟁점주식의 시가는 그 양도일인 2024.9.9.을 기준으로 그 직전 3개 사업연도인 2021사업년도부터 2023사업연도까지의 순손익액의 가중평균액에 의하여 산정하여야 한다.(나) 청구인은 평가기준일이 속하는 2024사업연도의 당기순손실 OOO원을 제시하며 거래 당시 B의 어려운 재무적 사정을 주장하나, 법령에서 평가기준일 이전 최근 3개 사업연도를 기준으로 하여 평가하도록 명문화하고 있으므로 양도일이 속한 당해 사업연도의 순손실을 순손익가치 산정에 반영할 수는 없다. 따라서 쟁점주식 거래에 대하여 양도 당시의 상증세법 시행령 제54조에 따른 보충적 평가방법에 의거하여 산정한 쟁점주식의 1주당 가치 OOO원을 기준으로 양도소득금액을 계산한 이 건 양도소득세 부과처분은 적법하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인이 특수관계인(아버지)에게 시가보다 낮은 가격으로 쟁점주식을 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 소득세법제101조(양도소득의 부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2) 소득세법 시행령제167조(양도소득의 부당행위 계산) ③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의