청구법인이 전환사채 발행시 쟁점콜옵션을 특수관계인에게 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정에 따라 익금산입하여 소득금액변동통지한 처분의 당부

대표이사가 지분율 이내에서 전환사채 매도청구권을 취득 및 행사하였다 하더라도, 일정 수익이 확정적으로 보장된 쟁점콜옵션을 특수관계인에게 저가에 양도한 행위는 경제적 합리성이 전제된 것으로 보기 어렵고, 쟁점콜옵션의 행사자 지정 당시 대표이사와 그 특수관계인의 지분율이 이미 50%를 초과한 상태로, 제3자가 쟁점전환사채를 통해 청구법인의 주식을 취득하더라도 여전히 지분율 50% 초과할 것으로 예상되는바, 경영권 방어를 위한 경제적 합리성이 있었다는 청구주장은 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구법인은 OOO 설립되어 OOO 제조 등을 영위하는 코스닥 상장법인으로, 청구법인의 보통주를 기초자산으로 하는 권면가액 총 OOO원의 제1회차 무기명식 A 무보증 사모 전환사채(이하 “쟁점전환사채”라 한다)를 2021.6.29. 발행하여, OOO 합자회사(이하 “사채권자”라 한다)가 이를 전부 인수하도록 하였고, 이 때 발행회사 및 발행회사가 지정하는 자가 일정 기한 내에 사채권자에게 쟁점전환사채 발행총액의 35%를 한도로 쟁점전환사채의 매도를 청구할 수 있는 콜옵션을 갖도록 하였다.나.청구법인은 2022.6.28. 이사회를 개최하여 대표이사 B 및 C(이하 합하여 “대표이사들”이라 한다)을 위 콜옵션 중 청구법인 보통주 합계 OOO주에 상당하는 콜옵션(이하 “쟁점콜옵션”이라 한다)에 대한 행사자로 각 지정하고, 같은 날 쟁점콜옵션을 대표이사들에게 합계 OOO원에 양도하는 매매계약을 체결하였으며, 같은 날 사채권자에게 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 콜옵션 행사에 관한 사항을 통지한 한편, 청구법인 및 대표이사들은 이에 따라 2022.6.30. 쟁점콜옵션을 행사하여 사채권자로부터 권면가액 합계 약 OOO원의 전환사채를 매수하였다.＜표1＞ 청구법인의 콜옵션 행사에 관한 사항 통지내역○○○다.OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.13.부터 2025.3.14.까지 청구법인에 대한 2022사업연도 주식변동조사를 실시한 결과, 청구법인이 대표이사들을 쟁점콜옵션 행사자로 지정함으로써 이들에게 이익을 분여한 것으로 보아 콜옵션 행사자 지정통지일인 2022.6.28.을 기준으로 쟁점콜옵션의 가치를 산정(청구법인의 의뢰에 따라 D회계법인이 평가한 금액을 기준으로 산정하였다)한 뒤, 이에 따라 청구법인의 분여이익 OOO원을 익금산입하고 OOO원 및 OOO원을 각각 대표이사 B 및 C에 대한 상여로 소득처분하는 내용으로 2025.3.31. 세무조사 결과통지를 하였다(이월결손금 등으로 2022사업연도 법인세 예상고지세액은 OOO원이다).라.청구법인은 대표이사들의 쟁점콜옵션 취득이 부당행위계산부인 적용 대상이 아니고 쟁점콜옵션의 평가가 잘못되었다고 주장하며 위 세무조사 결과통지에 대하여 2025.4.28. 과세전적부심사를 청구하였고, 조사청은 2025.6.16. 대표이사들의 쟁점콜옵션 취득이 부당행위계산부인 적용 대상에 해당함을 전제로 하되, 쟁점콜옵션의 가치를 둘 이상의 회계법인 등이 평가한 가액에 따라 결정하여야 한다는 재조사 결정을 하였다.마.조사청은 이에 따라 2025.7.16.부터 2025.8.6.까지 청구법인의 2022사업연도 주식변동에 대한 재조사를 실시하여, 당초 D회계법인이 평가한 금액과 청구법인의 의뢰에 따라 E회계법인이 추가로 평가한 금액의 평균값을 기준으로 쟁점콜옵션의 가치를 재산정한 뒤, 이에 따라 청구법인의 분여이익 OOO원을 익금산입하고 OOO원 및 OOO원을 각각 대표이사 B 및 C에 대한 상여로 소득처분하는 내용으로 2025.8.21. 재차 세무조사 결과통지를 하였으며(이월결손금 등으로 2022사업연도 법인세 예상고지세액은 OOO원이다), 처분청은 2025.10.13. 청구법인에게 대표이사들에 관한 위 소득처분의 내용대로 각 소득금액변동통지하였다.바.청구법인은 이에 불복하여 2025.11.14. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 최대주주 등이 지분율 이내에서 전환사채 매도청구권을 취득한 것은 경제적 합리성이 전제된 것으로서 부당행위계산부인 적용 대상이 아니다.(가) F이 2021.11.19. 배포한 보도자료에 의하면, 전환사채가 최대주주 등의 지분확대 수단으로 악용되거나 불공정거래에 활용되는 문제점을 해소하기 위하여 2021.12.1. 개정된 ‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’이 시행되었고, 이에 따르면 상장회사는 전환사채 매도청구권(콜옵션) 행사 등을 통해 최대주주 등의 지분율이 발행 당시보다 증가하지 않도록 하여야 하는바, F이 지분율 이내의 전환사채 등 취득을 인정한 것은 지분율 희석에 따른 경영권 불안정 위험을 제거하기 위함으로 보인다.(나) 대표이사들의 콜옵션 행사는 F 지침에 따라 각자의 지분율 이내에서만 이루어졌다.(다) 청구법인은 2021년 당시 사업 운영자금을 조달하기 위하여 전환사채를 발행하였으나, 청구법인의 경영권이 침해될 위험이 있어 사채권자과의 협의 하에 전환사채로 증가할 수 있는 주식 수의 최대 35%에 대하여 쟁점콜옵션을 부여하게 되었는바, 이는 청구법인의 경영권 방어를 위한 최소한의 준비였다.(라) 청구법인과 특수관계가 없는 사채권자의 입장에서는 청구법인에게 가급적 콜옵션을 부여하지 않으려고 하였지만, 청구법인은 사채권자와의 수많은 논의 끝에 상호 간의 적정 수량을 협의하였는바, 이러한 과정 자체에 경제적 합리성이 결여되었다고 할 수 없다.(마) 전환사채 발행 시점에 콜옵션 행사자를 특정하여 지정할 수도 있었지만, 중소기업인 청구법인이 미래의 대규모 유동자금 보유를 예측하기란 현실적으로 불가능하므로 콜옵션 행사자를 청구법인 및 청구법인이 지정하는 자로 범위를 넓혀 설정한 것이다.(바) 2021년부터 OOO원이 넘는 결손금이 발생하고 있는 상황에서 청구법인이 사업에 사용할 자금을 유보하지 아니하고 콜옵션을 인수하여 자기주식의 형태로 보유하는 것은 오히려 경제적 합리성이 없는 의사결정이라고 할 것이다.(사) 쟁점전환사채 발행에 따라 전환될 주식 수는 OOO주로서 이는 최대주주 등 지분율의 약 27%에 해당하여, 만일 경영권에 위해를 가할 의도를 가진 제3자가 그 지분을 취득한다면 청구법인의 원활한 사업 운영에 상당한 위협이 될 수 있기에 청구법인의 자금 부담을 최소화 할 수 있는 수준에서 청구법인과 대표이사들이 나누어 매도청구권을 행사한 것이다.(아) 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산의 부인의 법리는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득을 부당하게 감소시킬 경우 적용되는 것으로, 이는 경제인의 관점에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위·계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격 및 거래 당사의 특별한 사정 등도 고려하여야 하는 것이다(대법원 2010.10.28. 선고 2008두15541 판결 참조).(자) 2021.12.1. 개정된 ‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’은 2021.11.30. 이전 이사회에서 발행을 결정한 전환사채에 대하여서는 적용되지 아니하는바, 만일 청구법인이 부당한 의도를 가지고 쟁점콜옵션의 행사자를 지정한 것이었다면 쟁점콜옵션 중 일부를 청구법인이 행사하는 대신 쟁점콜옵션 전부에 대하여 그 행사자를 대표이사들로 지정하였을 것이다.(차) 특히 대표이사 C은 다른 대표이사 B의 아들인바, 청구법인이 C 대표이사를 쟁점콜옵션 전부에 대한 행사자로 지정함으로써 관련 규정의 위반 없이 부의 승계를 시도할 수도 있었으나, 청구법인은 개정된 ‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’과 뒤에서 설명할 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 규정의 취지 등을 고려하여 경영권 안정과 방어를 위해 최대주주의 지분율 이내에서만 매도청구권을 행사하였는바, 이를 경제적 합리성이 없는 부당한 행위로 보는 것은 부당행위계산부인의 법리에 대한 상당한 오해에서 기인한 것이다.(2) 경제적 합리성에 관한 입법자의 태도는 상증세법에서도 확인할 수 있는바, 이를 통하여 보더라도 청구법인의 행위는 경제적 합리성이 있는 것으로서 부당행위계산부인 적용 대상이 아니다.(가) 상증세법 제40조 제1항은 최대주주와 그 특수관계인이 전환사채의 전환·교환 또는 주식의 인수에 따라 분여받는 이익을 증여세 대상으로 규정하고 있고, 같은 항 제1호 나목은 전환증권 발행법인의 최대주주 등이 발행법인으로부터 시가보다 저가로 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 전환사채 등을 인수·취득함으로써 얻은 이익을 과세대상으로 열거하고 있다.(나) 상증세법은 최대주주 등이