주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득한 쟁점주택을 3년 이내에 멸실시키지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

인허가 관청과의 법령해석 불일치, 건축심의 재심의 등은 청구법인이 예견할 수 없는 부득이한 사정으로 보이지 않는 점, 용적률 제한의 완화 여부는 관할 지방자치단체의 재량행위에 속하는 것으로 보이는 점, 쟁점주택은 청구법인이 취득한 이후 약 4년이 지난 심판청구일 현재까지도 멸실되지 않은 점, 등에 비추어 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구법인은 2011.4.1. 설립되어 서울특별시 도봉구 창동에 소재하는 건설업을 영위하는 법인으로, 2016.10.4. 「주택법」제4조에 따른 주택건설사업자로 등록되었다.나.청구법인은 2020.11.30. 및 2021.5.14. 서울특별시 도봉구 OOO33세대 중 총 12세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 OOO연립가로주택정비사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 추진하였다.다.2022.2.15. 「종합부동산세법 시행령」제4조 제1항 제21호(이하 “쟁점법령”이라 한다)가 개정되어 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 3년 이내 멸실시키는 주택이 종합부동산세 합산배제에 포함됨에 따라, 청구법인은 쟁점주택의 2022년 및 2023년 귀속 종합부동산세에 대하여 2022.9.28. 합산배제 신고를 하였다.라.처분청은 청구법인이 쟁점주택을 취득 후 3년 이내 멸실하지 아니하여, 합산배제 요건을 미충족한 것으로 보아 2024.12.11. 청구법인에게 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 및 2023년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원을 결정·고지하였다.마.청구법인은 이에 불복하여 2025.2.28. 이의신청을 거쳐 2025.4.7. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점주택에 대한 종합부동산세 과세는 입법 취지에 반한다.구 「종합부동산세법」 제1조는 “이 법은 고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부과하여 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고, 부동산의 가격안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다”고 규정하고 있다.헌법재판소는 “종합부동산세는 고액의 부동산 보유에 대하여 중과세함으로써 기본적인 국가재정 수요의 충당기능 외에도 부동산의 과도한 보유 및 투기적 수요 등을 억제하여 부동산 가격을 안정시키고자 하는 유도적·형성적 기능을 가진 정책적 조세로서의 성격도 함께 지니고 있다(헌법재판소 2008.11.13. 선고 2006헌바112 등 결정 참조)”고 판시한 바 있다.청구법인은 주택 보유에 따른 시세차익을 얻을 목적이 아니라, 국민주택규모 이하 주택을 건설, 서민들에게 저렴한 가격에 공급하여 국민 주거안정에 기여할 목적으로 쟁점주택을 취득하였다는 점을 고려하면, 쟁점주택에 대하여 종합부동산세를 부과하는 것은 입법 취지에 맞지 않는다.(2) 이 사건 처분은 주택건설사업 목적 멸실 예정 주택에 대해 종합부동산세 합산배제 혜택을 부여하고자 한 쟁점법령의 취지에 부합하지 않는다.2022.2.15. 쟁점법령의 개정으로 “주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 취득일부터 3년 내에 멸실시키는 주택(기획재정부령으로 정하는 정당한 사유로 3년 이내에 멸실시키지 못한 주택을 포함한다)”이 종합부동산세 합산배제대상에 추가됨으로써 합산배제대상이 확대되었는바, 개정 이유는 “합산배제 대상 확대를 통한 종부세 과세 합목적성 제고”라 명시되어 있다.한편, 2022.3.18. 「종합부동산세법 시행규칙」 제4조의4가 신설되어 같은 법 시행령 제4조 제1항 제21호 각 목 외의 부분의 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유로 “3. 그 밖에 주택 취득 당시 예측할 수 없었던 사유가 발생하여 주택의 멸실이 지연되거나 주택을 멸실시킬 수 없는 경우로서 통상적인 주택건설사업 시행방식을 고려할 때 해당 사유가 발생하면 주택의 멸실이 곤란하다고 관할 세무서장이 인정하는 경우”를 규정하면서 개정 이유를 “주택 공급을 촉진하기 위함”으로 밝혔다.이는 주택 공급을 촉진하기 위하여 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 주택의 범위에 “주택건설사업 목적 3년 이내 멸실예정 주택”을 추가하되, 입법권자가 「종합부동산세법 시행규칙」 제4조의4 제3호에 기획재정부령으로 정하는 “정당한 사유”로 “그 밖에 주택 취득 당시 예측할 수 없었던 사유”를 규정하여 “정당한 사유”가 폭넓게 인정될 수 있도록 의도한 것으로 보인다.위 조항의 도입 취지는 주택건설사업 목적 부동산에까지 종합부동산세를 부과하는 것이 입법목적에 부합하지 않을뿐더러 주택건설사업 추진 시 통상 대규모 주택건설용 토지를 사전에 확보하여야 할 뿐 아니라 사업계획승인에 길게는 수년이 소요되는 현실을 고려할 때, 사업 준비기간 동안 발생하는 거액의 종합부동산세를 모두 주택건설사업자에게 부담시킬 경우 그 비용이 도리어 주택가격에 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용하는 문제를 해소하기 위한 것으로, “정당한 사유”가 있는 경우에는 3년 이내에 멸실시키지 못하더라도 과세표준 합산 제외대상으로 보도록 하여 주택건설사업자의 토지 취득 시부터 사업계획승인 전까지의 종합부동산세 부담을 완화하기 위한 것이다.실제로 청구법인은 쟁점주택을 2021.5.14.(1세대는 2020.11.30.) 매수한 이후 2021.5.1. 정비사업 설명회 개최를 시작으로 추진위원회 발족, 조합설립, 시공·설계사 선정, 도급계약체결을 거쳐 2023.11.1. 건축심의신청 이후 현재까지 사업 수행을 게을리하지 않고 정상적인 노력을 다하였으나, 도봉구청의 용적률 완화 불허 및 건축심의 재심 의결 등 청구법인에 귀책이 없는 사유로 유예기한 3년이 도과하였는바, 청구법인의 경우야말로 주택을 멸실시키지 못한 “정당한 사유”에 해당하고 쟁점법령 개정 취지에 부합하는 사례이다.(3) 청구법인은 주택취득 당시 예측할 수 없었던 사유가 발생하여 2023년 4월부터 2025년 3월까지 사업이 지연됨으로써 3년내 쟁점주택을 멸실시키지 못한 것이다.(가) 용적률 완화와 관련하여 관할 지방자치단체인 도봉구청이 법령해석을 잘못하여 유관부처 질의회신 등 협의과정에 7개월 지연한 것이다.쟁점주택 부지는 준공업지역으로 「서울특별시 도시계획조례」 제50조 제2호 가목에서 정한 준공업지역 내 공동주택 용적률 250%가 적용되며, 「건축법 시행령」 제27조의2 제5항에 따라 공개공지(소규모 시민 휴식시설 등) 등의 의무 설치대상이 아님에도 공개공지를 설치하는 경우 용적률 20% 상향 적용이 가능하다.청구법인은 건축예정인 주상복합건물이 공개공지 등의 설치대상이 아님에도 「건축법 시행령」 제27조의2 제5항에 따라 공개공지 339㎡(대지면적 1,694㎡의 20%)를 설치하는 것으로 하여, 기존 용적률(250%)에 20% 상향된 용적률 300%를 적용하여 건축설계 등 사업을 진행하였다.청구법인은 다른 사업인 2020.7.3. 서울특별시 도봉구 OOO소재 주거용 오피스텔 신축사업 당시 「건축법 시행령」 제27조의2 제5항에 따라 준공업지역 내 주상복합건물에 공개공지 설치로 용적률 20%를 상향 적용하여 건축허가 승인받은 실제 사례가 있던 것을 확인하고, 쟁점사업 또한 동일한 준공업지역내 주상복합건물을 신축하는 것이므로 용적률 상향이 가능한 것으로 판단한 것이다.그러나, 도봉구청 담당자와 용적률 협의 과정에서 용적률 완화와 관련된 법령 해석에 이견이 발생하여 도봉구청·국토교통부·법제처·서울특별시 등 관계부처와의 질의회신 및 협의하는 과정에만 7개월(2023년 4월∼2023년 10월)이 소요되었으며, 이는 쟁점주택 취득 당시 전혀 예측하지 못했던 사건이었다.국토교통부는 청구법인의 용적률 완화 관련 3차례 질의에 대하여 구체적인 답변을 회피하며, 허가권자인 도봉구청장이 제반 사정을 종합적으로 고려하여 결정할 사항이라고 회신하였다.이후 청구법인은 2023.8.11. 법제처 법령해석요청을 하기에 이르렀는데, 2023.9.22. 법제처는 주무부처인 국토교통부의 의견을 조회한 법령해석요청에 대한 답변을 통해 “4. 질의 사항에 대하여 귀 기관(청구법인)과 국토교통부와의 의견에 이견이 없다”고 회신하여 용적률 상향이 가능하다는 청구법인의 법령해석을 최종적으로 인정하였다.이러한 법제처의 법령해석 회신 내용에도 불구하고 도봉구청은 서울특별시에서 제시한 ‘2030 준공업지역 종합발전계획’(2015년 발간)에 “공개공지 설치를 통한 용적률 완화” 관련 제안 내용이 없으므로 용적률 완화가 불가하다는 의견을 고수하였다.2015년 발간되어 발간된 지 8년이 지난 용역보고서에 용적률 완화 관련 내용이 존재하지 않는다는