농어촌주택등 취득자에 대한 특례 적용 여부

1. 사실관계 - ’11. 5월 서울 성동구 A주택 공동상속 취득* * 질의인 1/2, 동생 1/2 - ’22.10월 충남 아산시 B주택 취득 - ’22.11월 충남 예산군 오가면 C아파트 취득* * 조특법§99의4➀에 따른 농어촌주택 요건을 충족함을 전제 - ’25.12월 B주택 양도 - 예 정 A주택 양도 2. 질의내용 C 아파트를 조특법§99의4➀에 따른 농어촌주택으로 보아 A주택 양도 시 C 아파트를 주택수에서 제외할 수 있는지 3. 관련법령 및 해석사례 ○ 조세특례제한법 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2028년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호 를 적용한다. <개정 2010.1.1, 2011.5.19, 2011.12.31, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2016.1.19, 2016.12.20, 2017.12.19, 2020.12.29, 2022.12.31, 2023.6.9, 2023.12.31, 2024.12.31, 2025.12.23, 2026.6.2> 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다) 가. 취득 당시 「지방자치분권 및 균형성장에 관한 특별법」 제2조제13호 에 따른 기회발전특구(인구감소지역 및 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호 에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 "기회발전특구"라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것 1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조 에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 에 따른 도시지역. 다만, 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 3) 「주택법」 제63조의2 에 따른 조정대상지역 4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 에 따른 허가구역 5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역 나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액( 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것 2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택"이라 한다) 가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것 나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 (다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것 1) 수도권지역 2) 「주택법」 제63조의2 에 따른 조정대상지역 3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역 다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액( 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것 ② 삭제 <2007.12.31> ③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면ㆍ동 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ동에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다. <개정 2010.1.1, 2014.12.23, 2025.12.23> ④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다. <개정 2010.1.1> ⑤ 삭제 <2025.12.23> ⑥ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.1.1, 2014.12.23, 2018.12.24, 2025.12.23> ⑦ 제1항 및 제4항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다. <개정 2010.1.1, 2018.12.24, 2025.12.23> ⑧ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1., 2018.12.24> ○ 조세특례제한법 시행령 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ①법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 「소득세법」 제88조제6호 에 따른 1세대를 말한다. <개정 2009.2.4, 2010.12.30, 2017.2.7> ② 법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 동"이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동을 말한다. <신설 2016.2.5, 2026.2.27> ③ 법 제99조의4제1항제1호가목1) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 지역을 말한다. <개정 2023.2.28, 2023.7.7, 2025.12.30> 1. 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호 에 따른 접경지역 2. 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역 ④ 법 제99조의4제1항제1호가목2) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 지역을 말한다. <신설 2023.2.28, 2023.7.7, 2025.12.30> 1. 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역 2. 「기업도시개발 특별법」 제2조제2호 에 따른 기업도시개발구역 ⑤법 제99조의4제1항제1호가목5) 및 같은 항 제2호나목3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조 에 따른 관광단지를 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2016.2.5, 2017.2.7, 2023.2.28> ⑥ 법 제99조의4제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 고향"이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시ㆍ군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시ㆍ군으로 본다. <신설 2009.2.4, 2016.2.5> 1. 「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "가족관계등록부등"이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의 「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 "등록기준지등"이라 한다) 2. 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역 ⑦ 법 제99조의4제1항제2호나목 (1)에서 (3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다. <신설 2009.2.4, 2016.2.5, 2021.1.5> ⑧법 제99조의4제6항 본문에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한 「소득세법」 제104조 의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.2.18, 2016.2.5, 2019.2.12> ⑨법 제99조의4제6항 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.2.18, 2016.2.5, 2019.2.12> ⑩법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 재정경제부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 한다. <개정 2005.2.19, 2006.6.12, 2007.6.28, 2008.2 .29, 2009.2.4, 2010.5.4, 2010.11.2, 2016.2.5, 2025.12.30> 1. 일반주택의 토지대장 및 건축물대장 2. 농어촌주택등의 토지대장 및 건축물대장 ⑪법 제99조의4제1항제1호나목ㆍ다목 및 같은 항 제2호다목ㆍ라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다. <개정 2009.2.4, 2016.2.5> ⑫농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다. <개정 2009.2.4, 2016.2.5> ⑬ 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간은 다음 각 호에 따라 계산한다. <개정 2019.2.12> 1. 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는지 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다. 2. 농어촌주택등에서의 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다. 3. 농어촌주택등에서 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다. ⑭ 법 제99조의4제1항제1호나목 및 같은 항 제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 한옥"이란 각각 「건축법 시행령」 제2조제16호 에 따른 한옥으로서 지방자치단체의 조례에 따라 건축비ㆍ수선비 지원, 보존의무 등의 대상으로 해당 지방자치단체의 장에게 등록된 한옥을 말한다. <신설 2014.2.21, 2016.2.5., 2021.2.17> ○ 조세특례제한법 시행규칙 제45조 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 영 제99조의4제3항 각 호 외의 부분에서 "재정경제부령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 지역을 말한다. <개정 2025.3.21, 2026.1.2> 1. 경기도 연천군 및 가평군 2. 인천광역시 강화군 및 옹진군 ② 영 제99조의4제4항 각 호 외의 부분에서 "재정경제부령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 기업도시개발구역을 말한다. <개정 2026.1.2> 1. 영암ㆍ해남 관광레저형 기업도시개발구역 2. 태안 관광레저형 기업도시개발구역 ○ 서면인터넷방문상담4팀-2831, 2006.08.17. 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 2003.08.01.부터 2008.12.31. 까지의 기간(이하 “농어촌주택취득기간”이라 함)중에 「조세특례제한법」 제99조 의 4 제1항 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 “농어촌주택”이라 함)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대1주택 비과세(고가주택은 제외) 규정을 적용하는 것입니다. ○ 사전-2017-법령해석재산-0300, 2017.06.20. 2003년 8월 1일 부터2017년 12월 31일까지 기간 중「조세특례제한법」제99조의4제1항제1호에 해당하는 1채의 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍·면 또는 연접한 읍·면에 있지 않은 경우에는 그 농어촌주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조제1항 제3호를 적용하는 것입니다. ○ 서면-2020-부동산-3049, 2020.07.24. 일반주택을 취득 후 조세특례제한법§99의4 제1항이 적용되는 1채의 농어촌주택(자기가 건설하여 취득한 경우 포함)을 취득하고, 그 일반주택을 양도하는 경우 농어촌주택은 해당 1세대의 소유주택으로 보지 않고, 소득세법 제89조 제1항 을 적용하는 것입니다.