청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 유예기간 내에 산업용 건축물 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

이 건 토지 취득일로부터 유예기간 내에 착공·건축허가·설계 감리 계약 등의 전반적인 신축 과정을 이행하지 않아 산업용 건축물 용도로 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다했다고 보기 어렵고, 당초 취득 시점부터 토지조성공사의 준공일이 24년 12월 예정으로 되어 있었으며, 21년 11월부터 24년 6월까지의 기간 동안 다른 분양자들에 신청에 의한 토지사용승낙이 다수 있었던 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 A 일반산업단지(이하 “이 건 산업단지”라 한다) 개발사업의 시행사인 주식회사 OOO(이하 “시행사”라 한다)로부터 2021.12.30. 같은 산업단지 OOO6,612㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를OOO원에 취득하기로 하는 매매계약을 체결한 후,2022.2.21. 처분청에 이 건 토지의 취득세 등을 신고하면서 위 매매약서의 잔금일인 2021.12.30.을 취득일로 하고, 「지방세특례제한법」(2021.6.8. 법률 제18209호로 개정된 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제78조 제4항 및 제8항에 따라 산업단지등에서 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세의 75%를 감면받았다.나. 처분청은 2024년 산업단지에 대한 취득세 감면 사후관리 결과, 청구법인이 이 건 토지를 취득일부터 3년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2025.2.4. 청구법인에게 감면받은 취득세에 대한 자진신고를 안내하였고,청구법인은 이에 따라 2025.2.24. 감면받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 자진신고·납부하였다.다. 청구법인은 이 건 토지를 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다는 이유로 2025.3.12. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.4.28. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.25. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 2021.4.21. 시행사로부터 이 건 토지를 분양받는 계약을 체결하고 시행사의 분양 안내(2023년 4월까지 준공예정)에 따라 그 대금 53억 전액을 계약과 동시에 선지급하였는바, 이 건 토지의 취득일은 2021.4.21.이다.처분청은 이 건 토지의 취득일을 2021.12.30.로 보아 유예기간 도과의 정당한 사유를 판단하고 있으나, 청구법인은 2021.12.30. 시행사의 요청으로 위 계약서상 실질 내용의 변경 없이 단순히 계약일만을 2021.12.30.로 변경하여 분양계약서(이하 “2차 분양계약서”라 한다)를 재작성하였을 뿐, 이 건 토지의 실제 취득일은 2021.4.21.이다.(2) 청구법인은 2021.4.21. 이 건 토지의 분양대금 전액을 납부하고, 이후 2024년 4월까지 시행사에게 계속하여 토지사용을 승낙해 줄 것을 수차례에 걸쳐 요청하였으나 시행사는 매번 산업입지법에 의해 준공인가 전에는 토지사용승낙을 해 줄 수 없다거나 시공사와의 사정으로 사용승낙을 유보하였는바,이는 청구법인의 내부적인 사정이 아니라 법령에 의한 금지, 제한 등 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유 또는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유에 해당한다 할 것이다.(가) 청구법인이 2021.4.21. 이 건 토지를 취득한 것은 분양계약서에 따라 소유권 이전 전에 시행사로부터 토지사용승낙서를 받아 공장 및 부대시설 건축이 가능하였고, 그렇다면 유예기간 내에 충분히 공장을 신축할 수 있을 것으로 판단하였기 때문이다.그런데 당초 예정된 산업단지 준공일(2023년 3월)까지 산업단지의 준공인가가 이루어지지 않음에 따라 청구법인은 시행사에게 조속한 사업진행 등을 계속 요청하였고, 특히 2024년 1월 ～ 4월 중 시행사에게 산업단지의 조속한 사업진행을 수차례 요청하면서 동 사업에 지장이 없다면 이 건 토지에 대한 토지사용을 승낙해줄 것을 요청하였으나,시행사는 2024.4.12. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “산업입지법”이라 한다) 제37조 제7항에 의해 ‘경기도지사로부터 산업단지개발 준공인가 이후에 사용승낙이 가능하다.’라고 통보하며 토지사용승낙을 하지 아니하였다.이후 시행사는 2024.9.10.에서야 청구법인에게 2024.7.17. 산업단지 개발사업의 준공인가를 받은 사실을 알려왔고, 청구법인은 2024.9.25. 이 건 토지에 공장을 신축하기 위하여 토지사용승낙을 재차 요청하고 시행사의 요청에 따라 ‘착공 각서’를 작성하여 제출하였는데, 시행사는 2024.12.2. 시공사와 협의 등으로 인한 사정으로 ‘토지사용승낙’을 유보하고 있다고 회신하는 등 토지사용승낙을 하지 아니하다가, 2024.12.18.에 이르러서야 토지사용승낙을 하였다.청구법인은 위와 같이 2024.12.18. 토지사용승낙을 받은 후 2025.1.3. 이 건 토지의 소유권이전등기를 의뢰하였고, 같은 날 건축물의 설계 및 감리계약을 체결하게 된 것이다.(나) 이 건 산업단지는 2024.7.17. 준공인가되었고, 청구법인은 이 건 토지의 취득일(2021.4.21.)부터 3년이 되는 날(2024.4.21.)까지는 산업입지법 제37조에 따라 토지사용승낙을 받을 수 없었는바, 법령 등에 의해 토지를 고유 목적에 사용할 수 없었던 정당한 사유가 있다.또한 청구법인이 아무리 노력하여도 시행사 및 시공사 등의 토지사용 사용승낙이 없어 이 건 토지를 고유 목적에 사용할 수 없었다.청구법인은 2024.7.17. 산업단지가 준공인가된 후에는 시행사의 안내에 적극 협조하고 2024.9.25. 시행사의 토지사용승낙 조건을 받아들인다는 확약각서를 제출하는 등 이 건 토지를 고유 목적에 사용하기 위하여 노력을 다하였으나, 시행사는 또다시 여러 가지 사유를 들어 사용승낙을 하지 아니하였는바,청구법인의 내부적인 사정이 아니라 법령에 의한 금지, 제한 등 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유 또는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유에 해당한다 할 것이다.(다) 산업입지법 제38조 제1항에서는 ‘사업시행사가 개발한 토지·시설 등을 분양·임대·양도(처분)하려는 경우에는 처분계획을 작성하여 관리기관(경기도지사)과 협의하여야 하며, 관리기관은 요청일로부터 20일 이내에 의견을 통지하여야 한다’고 규정하고 있고,시행사가 ‘선수금(선분양)’을 받으려면 산업입지법 시행령 제30조 제1항 및 제3항에 따라 일정 요건을 갖추고 선수금액의 환불을 담보하기 위한 ‘보증서’ 등을 실시계획승인권자(경기도지사)에게 제출하여야 하는 의무가 있다.그러나 시행사는 산업입지법에 따른 선수금 관련 규정을 위반하여 선수금을 수령하고 이 건 토지를 처분하였고, 처분청은 청구법인의 취득세 신고서를 검토하면 이러한 위반사실을 충분히 할 수 있었는데도 적절한 조치를 취하지 아니하고 그대로 두었는바,만약 관리권자의 적절한 관리 및 조치가 있었다면, 시행사의 선수금 분양행위는 그 당시(2022년 2월 이후)에 취소되었거나 제반 요건(선수금 반환 후 재분양 등)을 갖춘 후 다시 정상적인 분양절차를 받았을 것으로 판단되며, 본 건 취득일 및 취득세 등 감면유예기간(3년)은 당연히 변경되었을 것이다.따라서 이 건 토지에 대한 토지사용승인 거부 및 지체가 전적으로 청구법인에게 있는 것도 아니다.(라) 한편 대법원에서는 면제된 취득세 등의 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일부터 유예기간이 경과한 날이 되는 것으로 판결(대법원 2024.5.30. 선고 2021두58059)하고 있는바, 이 건 토지의 실제 취득일인 2021.4.21일부터 정당한 사유(관계법령에 의한 사용 제한)로 인해 3년이 경과한 날인 2024.4.21.을 기준으로 추징 여부를 판단해야 할 것이다.즉, 이 건 토지의 실제 취득일인 2021.4.21.부터 유예기간이 경과한 시점인 2024.7.17. 준공인가되었으므로, 추징사유 유예기간의 기산일이 이미 경과(주위적 청구)한 것으로 보아야 할 것이다.(마) 또한 대법원에서는 정당한 사유의 존재기간이 전체 유예기간을 초과하는 경우에는 정당한 사유가 소멸된 때로부터 새로이 유예기간이 적용된다고 보아도 무방하다(대법원 2022.11.17. 선고 2022두47063 판결)고 판결하고 있는바,이 건의 경우 전체 유예기간 3년을 초과하여 정당한 사유가 존재하였으므로 동 정당한 사유가 소멸된 때부터 새로이 유예기간이 적용되어야 할 것(예비적 청구)이다.나. 처분청 의견(1) 「지방세법 시행령」제20조 제2항에서 법인장부에 따라 취득가격이 증명되는 유상승