법인세부과처분취소등

[1] ‘대한민국과 아일랜드간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약’ 제12조 제1항에 따라 우리 법인세법상 국내원천소득에 해당하는 사용료소득이 아일랜드의 거주자인 수익적 소유자에게 지급되는 경우, 국내에서 과세될 수 있는지 여부(소극) / 여기서 ‘수익적 소유자’의 의미 및 이에 해당하는지 판단하는 기준 / 사용료소득의 수익적 소유자에 해당하더라도 국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라 조약 남용으로 인정되는 경우, 조세조약 적용을 부인할 수 있는지 여부(적극) [2] 국외에 등록되었으나 국내에 등록되지 아니한 특허권의 대상이 되는 제조방법·기술·정보 등이 국내에서 사용된 경우, 그 대가인 사용료소득이 국내원천소득에 해당하는지 여부(적극) / 이때 적용되는 법규(=구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문) 및 여기서 ‘사용’은 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법·기술·정보 등을 사용한다는 의미로 보아야 하는지 여부(적극) 【원고, 피상고인 겸 부대상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 정병문 외 7인) 【피고, 상고인 겸 부대피상고인】 이천세무서장 【원심판결】 수원고법 2021. 12. 3. 선고 2021누10282 판결 【주 문】 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 수원고등법원에 환송한다. 원고의 부대상고를 기각한다. 【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)와 부대상고이유를 판단한다. 1. 사안의 개요 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가. 당사자의 지위 (회사명 1 생략) 엘엘씨[(영문회사명 1 생략), L.L.C., 이하 ‘소외 1 회사’라 한다]는 (회사명 2 생략) 엘피[(영문회사명 2 생략), L.P.)] 및 (회사명 3 생략) 엘엘씨(영문회사명 3 생략, L.L.C.) 등(이하 ‘소외 2 회사 등’이라 한다)이 보유한 특허권을 관리할 목적으로 미국 델라웨어주에 설립된 유한책임회사이고, (회사명 4 생략) 라이선싱[(영문회사명 4 생략)], 이하 ‘소외 3 회사’이라 한다)은 2010. 6. 21. 아일랜드에서 설립된 무한책임회사이다. 소외 1 회사는 키프로스에서 설립된 (회사명 5 생략) 리미티드[(영문회사명 5 생략) Limited, 이하 ‘소외 4 회사’라 한다)]의 지분을 100%, 소외 4 회사는 소외 3 회사의 지분을 99.9% 각 소유하고 있다. 소외 1 회사는 소외 2 회사 등 보유의 특허권에 관한 라이선스를 재허여받았고, 소외 3 회사에 위 특허권에 관한 라이선스를 재허여하였다. 나. 라이선스 계약의 체결 내국법인인 원고는 2012. 9. 19. 소외 3 회사와 사이에, 소외 2 회사 등이 보유한 국내외 등록 특허권 45,941개(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다. 이 중 국내에 등록된 2,612개를 제외한 나머지는 국외에서 등록되었으나 국내에는 등록되지 않은 ‘국내 미등록 특허권’에 해당한다)에 관하여 라이선스를 허여받고 그 대가로 사용료를 지급하는 내용의 특허권 라이선스 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다. 다. 2012 사업연도 법인세 징수처분 및 가산세 부과처분 1) 원고는 2012 사업연도에 이 사건 계약에 따른 계약금으로 소외 3 회사에 미화 8,500만 달러(이하 ‘이 사건 계약금’이라 한다)를 지급하였으나, 「대한민국과 아일랜드간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」(이하 ‘한·아일랜드 조세협약’이라 한다) 제12조 제1항에 따라 법인세를 원천징수·납부하지 않았다. 2) 피고는 ‘① 소외 3 회사은 조세회피 목적으로 설립된 도관회사에 불과하고, 이 사건 계약금의 수익적 소유자는 소외 1 회사이므로, 한·아일랜드 조세협약이 아닌 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 ‘한미조세협약’이라 한다)이 적용되어야 하며, ② 이 사건 계약금은 한미조세협약상 국내원천소득에 해당한다.’는 이유로 2014. 5. 1. 원고에 대하여 2012 사업연도 원천징수분 법인세 17,112,485,030원 및 원천징수불이행 가산세 1,711,248,500원을 각 고지하였다. 라. 2013 사업연도 법인세 경정거부처분 1) 원고는 2013 사업연도에 소외 3 회사에 잔금으로 미화 105,061,275달러(이하 ‘이 사건 잔금’이라 하고, 이 사건 계약금과 함께 ‘이 사건 사용료’라 한다)를 지급하고, 피고에게 그에 따른 원천징수분 법인세 20,305,765,100원을 납부하였다. 2) 원고는, 이 사건 잔금은 한·아일랜드 조세협약 제12조 제1항에 따라 국내에서 과세할 수 없다는 이유로, 2015. 5. 13. 피고에게 납부된 원천징수분 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2015. 11. 2. 원고의 경정청구를 거부하였다. 2. 이 사건 사용료에 관하여 한·아일랜드 조세협약 제12조 제1항이 적용되는지 여부 등(원고 부대상고이유) 가. 관련 규정 및 법리 1) 한·아일랜드 조세협약 제12조 제1항은 ‘타방체약국의 거주자에 의하여 취득되고 수익적으로 소유되는 일방체약국 내의 원천으로부터 발생하는 사용료는 동 타방체약국에서만 과세된다.’고 규정한다. 이에 따라 우리 법인세법상 국내원천소득에 해당하는 사용료소득일지라도 아일랜드의 거주자인 수익적 소유자에게 지급되는 경우에는 국내에서 과세될 수 없다. 위 조약 규정의 도입 연혁과 그 문맥 등을 종합할 때, 수익적 소유자는 그 사용료소득을 지급받은 자가 타인에게 이를 다시 이전할 법적 또는 계약상의 의무 등이 없는 사용·수익권을 갖는 경우를 뜻한다. 이러한 수익적 소유자에 해당하는지는 해당 소득에 관련된 사업활동의 내용과 현황, 그 소득의 실제 사용과 운용 내역 등 여러 사정을 종합하여 판단하여야 한다. 국세기본법 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다. 그러므로 사용료소득의 수익적 소유자에 해당한다고 할지라도 국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라 조약 남용으로 인정되는 경우에는 그 적용을 부인할 수 있다. 즉, 재산의 귀속명의자는 재산을 지배·관리할 능력이 없고 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 명의에 따른 조세조약 적용을 부인하고 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 과세한다. 그러나 그러한 명의와 실질의 괴리가 없는 경