이 건 건축물 등에 대해 구 「지방세특례제한법」 제78조 제3항 제1호를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

이 건 건축물 등에 대해 예외적으로 종전 규정을 적용하려면 종전 규정이 개정되기 이전에 건축물 등의 착공과 같은 원인행위가 있어야 할 것인데, 청구법인이 종전 규정 개정 이전에 신축 공사를 하지 않았다는 사실은 다툼이 없는 점, 청구법인이 이 건 건축물 등의 신축공사를 제때 하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지는 종전 규정 적용 여부와는 사실상 관련이 없다고 보이는 점 등 고려, 일반적 경과조치에 따라 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제하기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2023.6.30., 2023.9.14. 대전광역시 유성구 OOO 토지(OOO㎡, 이하 “이 건 토지”라 한다)에 OOO연료 가공시설용 건축물 OOO㎡(급·배수시설·저장시설·에너지공급시설 및 이 건 토지의 지목변경을 포함하여 이하 “이 건 건축물 등”이라 한다)를 취득한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 또는 제15조의 표준세율을 적용하여 산출한 세액에「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 19232호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 감면율(100분의 35)를 적용하여 산출한 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다. 나. 청구법인은 2025.11.6. 이 건 건축물 등을 구「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제3항 제1호(이하 “종전 규정”이라 한다)에서 규정하고 있는 산업용 건축물 등으로 보아 취득세를 면제하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나 처분청은 2025.12.23. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 종전 규정이 시행되던 2013.2.13. 이 건 건축물 등에 대한 설계·엔지니어링 용역계약을 체결한 후, 2014.2.28. 교통영향분석ㆍ개선대책 허가, 2014.4.15. OOO산업단지 입주 승인, 2014.5.26. 환경영향평가, 2014.8.8. 개발제한구역 관리계획 변경 승인 및 2014.8.22. 이 건 건축물 등의 신축을 위한 실시계획 승인(이하 “이 건 실시계획 승인”이라 한다)을 받았는바, 이는 이 건 건축물 등의 신축을 위한 일련의 행위를 한 것으로 이 건 건축물 등에 대해서는 그 실제 착공일에 관계 없이 이 건 실시계획승인일을 원인행위가 있은 날로 보아,「지방세특례제한법」부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 같다) 제14조의 경과 규정과 대법원 판례(대법원 2011.1.27. 선고 2008두15039 판결)에 따라 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다. (2) 아울러, 사권제한토지에 대한 재산세 감면을 규정한「지방세특례제한법」제84조 제3항에서 “미집행”의 기준을「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제88조에 따른 실시계획의 인가를 받았는지 여부로 보아, 실시계획의 인가가 되었다면 비록 공공시설이 착공 또는 완성되지 않았더라도 공사가 집행되고 있다고 보고 있고,「지방세법 시행령」제102조 제5항 제2호 및 제7항 제4호에서 대규모 개발사업에 있어서 실시계획인가를 받은 경우 분리과세대상으로 보고 있으므로 2014.8.22. 이 건 실시계획 승인을 받은 이 건 건축물에 대해서도 사실상 착공한 것으로 보는 것이 타당하다. (3) 특히, 청구법인이 종전 규정이 개정되기 전(2014.12.31.)에 이 건 건축물 등의 신축공사를 착공하지 못한 것은 인근 주민과 환경단체의 강력한 설치 반대 운동과 처분청의 개발제한구역 행위허가 신청의 반려 처분(이하 “이 건 반려 처분”이라 한다) 등에 따른 것으로 이는 청구법인에게 책임을 지울 수 없는 외부적 사유에 해당한다. (4) 청구법인이 이 건 건축물 등의 신축 사업을 정상적으로 진행하던 2011년 3월, OOO 사고가 발생함에 따라 OOO 등으로 처분청은 이 건 건축물 등의 신축을 위한 인·허가 신청에 대해 유례를 찾기 어려운 수준으로 엄격하게 검토하여, 이 건 반려 처분을 한 것으로 청구법인이 이 건 반려 처분을 예견하거나 대비할 수는 없었다. (5) 처분청이 이 건 반려 처분을 하면서 보완을 요구한 사항은 그 성질상 개발제한구역 행위 허가를 통한 부지 조성공사 이후에야 충족할 수 있는 것으로, 부지 조성 전 단계에서는 이행이 불가능할 뿐만 아니라 처분청 또한 이러한 사정을 고려하여, 청구법인이 그 보완 사항을 이행하지 못하였음에도 2015.4.10. 개발제한구역 행위 허가 신청을 인가하였음을 볼 때, 청구법인이 2014.12.31. 이전에 이 건 건축물 등의 신축공사를 착공하지 못한 것은 사실상 처분청의 귀책이다. (6) 만일 처분청의 개발제한구역 행위허가 신청의 반려가 없었다면 청구법인은 종전 규정이 개정되기 전에 이 건 건축물 등의 신축공사를 착공할 수 있었다 할 것이고, 이는 이 건 건축물의 취득세 면제 요건 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위에 해당한다. (7) 국내 OOO발전소 증설 및 해외 OOO 발전소의 수주에 따라 이 건 건축물 등을 포함한 OOO 관련 시설의 신설은 국가적 차원에서 반드시 수행되어야 하고, 청구법인은 종전 규정을 신뢰하고 대규모 투자를 하여 이 건 건축물 등의 신축 사업은 사실상 중단이나 철회를 할 수 없는 상태였으므로 종전 규정에 대한 청구법인의 신뢰는 마땅히 보호되어야 할 정도에 이르렀다고 보는 것이 타당하다. (8) 산업단지 내 산업용 건축물 등의 취득에 대한 취득세 면제 규정은 1994.12.22. 구「지방세법」제276조로 신설된 이래 2014.12.31. 개정 되기 전까지 약 20년간 그대로 유지되었고, 일몰기한은 여러 차례의 법률 개정을 통하여 계속 연장되었으므로 일몰기한이 명시되어 있었다는 사정만으로 청구법인의 종전 규정에 대한 신뢰의 보호 가치가 부정되지 않는다 할 것이다(조심 2019지3878, 2020.2.18.).(9) 이 건 실시계획은 2014.8.22. 승인되었고, 종전 규정 등을 개정하는「지방세특례제한법」개정(안)은 2014.9.15. 입법예고 되었으므로 청구법인으로서는 이 건 실시계획 승인 당시 그 개정 내용을 알기 어려웠을 뿐만 아니라 이 건 실시계획의 승인을 받을 당시 산업단지 내 건축물의 취득세 감면율에 대한 개정 논의가 진행 중이었다고 하더라도 본래 입법 예고된 개정(안)은 국회 심의 과정에서 얼마든지 수정ㆍ폐기될 수 있는 것이므로, 법률로 확정되기 전의 개정 논의나 입법예고가 있었다는 사정만으로 납세자의 종전 규정에 대한 신뢰가 소멸되거나 그 보호 가치가 차단된다고 볼 수 없다. (10) 청구법인은 2014.12.31. 종전 규정이 개정되기 전에 이 건 건축물 등의 신축 사업을 진행하기 위해 대규모 투자와 각종 인·허가 절차를 수행하여 2014.8.22. 이 건 실시계획 승인을 받았는바, 이 건 실시계획 승인은 이 건 건축물 등을 신축하기 위한 일련의 원인행위에 해당하고, 청구법인은 종전 규정을 신뢰하고 이 건 건축물 등의 신축사업을 진행하였으며, 이 건 건축물 등의 신축공사를 2014.12.31. 이전에 착공하지 못한 데에는 이 건 반려 처분과 인근 주민들의 민원과 같은 외부적 사유가 있다고 할 것임에도 처분청이 이와 같은 사실은 전혀 고려하지 않고 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견(1)「지방세기본법」제34조 제1항 제1호에서 취득세의 납세의무는 과세물건을 취득하는 때에 성립한다고 규정하고 있으므로 지방세법령 등에 특별한 경과규정이 없는 한, 취득세에 적용될 법령은 과세물건의 취득 시점을 기준으로 판단하여야 한다. (2) 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015.12.23. 선고 2015두36645 판결).(3) 따라서, 법령이 불리하게 개정되기 전에 건축물의 착공이나 건설 등을 하여 납세자에게 회복하기 힘든 손해가 발생하는 경우 보호할 신뢰가 있는 것으로 보아,「지방세특례제한법」부칙 제14조에 따라 종전 규정을 적용할 수 있다고 할 것이나 청구법인은 종전 규정이 개정된 후인 2015년 8월 이 건 건축물 등의 부지 조성 공사를 하였고, 2020년 1월에서야 건축물(급·배수시설 등은 제외)의 신축공사를 착공하였음을 볼 때, 이 건 건축물 등에 대하여 종전 규정을 적용할 여지는 전혀 없다. (4) 청구법인은 이 건 건축물 등의 신축공사 착공 지연이 인근 주민의 반대와 이 건 반려 처분 등에 있고, 이와 같은 사유는 외부적 사유에 해당한다고 주장하나, OOO 관련 시설에 대한 주민의 반발이나 인·허가 과정에서 보완 요구 등은 충분히 예견할 수 있었다고 할 것으로, 청구법인이 이에 대해 충분히 검토를 한 후 이 건 건축물 등의 신축 사업을 진행하였다면 예정된 기간에 그 사업을 마칠 수 있었다고 할 것인데, 주민들의 민원이나 인·허가 사항 등을 제대로 검토하지 아니하고 사업을 진행하여 예정된 기간 내에 이 건 건축물 등의 신축공사를 완료하지 못한 것으로 보이는바, 이는 청구법인의 귀책이라 할 것이다. (5)「지방세특례제한법」의 일몰 기한은 법의 취지에 맞게 감면의 목적이 달성되었다고 판단되는 시기에 감면이 종료되거나 감면기준이 변경될 수 있음을 법문에 규정한 것으로 납세자는 이를 충분히 인식하고 대비할 수 있으므로 단지 종전 규정이 기존 방식대로 여러 차례 연장되어 왔다는 사정만으로 동일한 수준의 감면이 계속 유지될 것이라는 신뢰가 당연히 보호된다고 할 수는 없다. (6)「지방세특례제한법」제78조는 산업단지 내 조속한 기업 입주를 촉진하여 공장 운영 등의 산업 활동을 장려하려는 정책적 목적에서 취득세 감면이라는 세제 혜택을 부여한 것으로 이러한 입법취지와 조세공평의 원칙 등을 고려할 때, 해당 규정은 더욱 엄격하게 적용해야 하므로 처분청 이 이 건 건축물 등에 대해 그 취득 당시 시행 중인「지방세특례제한법」제78조 제3항 제1호를 적용하여, 취득세의 100분의 35 감면 대상으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단가. 쟁점이 건 건축물 등에 대해 구「지방세특례제한법」제78조 제3항 제1호를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법률 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 1982.11.11. 대전광역시 유성구 OOO을 본점 소재지로 하고, OOO연료 설계 및 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.(나) 이 건 토지(OOO㎡)는 OOO산업단지에 소재하는 토지로서, 청구법인은 산업단지개발사업 시행자의 지위에서 이 건 토지를 취득하여 산업단지로 조성한 후 2001.3.8.부터 2023.9.14.까지 공장용 건축물 등(이 건 건축물 등 포함)을 신·증축하여 OOO 등을 생산하고 있으며, 이 건 건축물 등의 신축 관련 일자별 현황은 아래 ＜표＞와 같다.＜표＞ 이 건 건축물 등의 신축 관련 일자별 현황○○○(다) 청구법인은 2023.6.30., 2023.9.14. 이 건 토지에 이 건 건축물 등을 신축한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세특례제한법」제78조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 취득세 감면율(100분의 35)을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.(라) 청구법인은 2025.11.6. 이 건 건축물 등에 대해 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.12.23. 이를 거부하였다. (2)「지방세특례제한법」제78조 제3항 제1호에서 산업단지개발사업의 시행자가 신축 또는 증축으로 2025.12.31.까지 취득하는 산업용 건축물 등에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다고 규정하고 있고,「지방세기본법」제34조 제1항 제1호에서 취득세는 과세물건을 취득하는 때 납세의무가 성립한다고 규정하고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 취득세는 과세물건의 취득 당시 시행 중인 법령과 그 현황에 따라 부과하거나 감면하는 세목이므로, 과세물건을 취득하기 전에 폐지되거나 변경된 규정을 소급하여 적용할 수는 없는 점,이 건 건축물 등의 취득 당시 시행 중인「지방세특례제한법」제78조 제3항 제1호에서 산업단지개발사업의 시행자가 취득하는 산업용 건축물 등에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다고 규정하고 있는 점,설령, 이 건 건축물 등에 대해 예외적으로 종전 규정을 적용할 수 있다고 하더라도 이를 적용하려면 종전 규정이 개정되기 전에 건축물 등의 착공과 같은 원인행위가 있어야 할 것인데, 청구법인이 종전 규정이 개정된 2014.12.31. 이전에 이 건 건축물 등의 신축 공사를 착공하지 않았다는 사실은 다툼이 없는 점,아울러, 청구법인이 이 건 건축물 등의 신축공사를 제때 하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부는 종전 규정의 소급 적용과는 사실상 관련이 없다고 보이는 점 등에 비추어,처분청이 이 건 건축물 등을「지방세특례제한법」제78조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 산업용 건축물 등으로 보아, 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률 등(1) 지방세기본법제34조[납세의무의 성립시기] ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다. 1. 취득세 : 과세물건을 취득하는 때(2) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 19232호로 개정된 것)제78조[산업단지 등에 대한 감면] ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. ③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 직접 사용하기 위하여 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 1. 제1항에 따른 사업시행자가 신축 또는 증축으로 2025년 12월 31일까지 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 그 산업용 건축물등에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 경감한다. (3) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)제78조[산업단지 등에 대한 감면] ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. (이하 생략)③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사를 끝내면 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 1. 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사를 끝내면 산업용 건축물등의 신축으로 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. (4) 지방세특례제한법 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)제1조[시행일] 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.제3조[일반적 적용례] 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.제14조[일반적 경과조치] 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정을 적용한다.