교회 소유 부동산 양도소득의 법인세 과세대상 여부

1. 사실관계 ○ 대한예수교 장로회 AA교회(이하 “질의법인”)는 ｢국세기본법｣상 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 법인세법상 비영리내국법인임 - ’11.11월 질의법인은 서울특별시 OO구 소재 아파트(이하 “쟁점부동산”)를 취득하여 사택(담임목사 거주)으로 사용함 ○ ’22.5월 담임목사의 건강상의 이유로 전세계약을 통해 사택 이전 - ’22.5월 담임목사는 주민등록 주소지를 쟁점부동산에서 전세계약을 체결한 부동산 소재지로 이전 - ’22.7월 질의법인은 양도가액 1,335백만원(잔금수령일 ’22.10.11)에 쟁점부동산을 양도하는 매매계약을 체결 2. 질의내용 ○ 쟁점 부동산의 양도차익이 법인세 과세대상인지 여부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득(淸算所得) 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2. 「소득세법」 제16조제1항 에 따른 이자소득 3. 「소득세법」 제17조제1항 에 따른 배당소득 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】 ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 1. ~ 16. (생략) ② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일( 「국가균형발전 특별법」 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.