쟁점부동산 중 일부인 쟁점사무실에 대하여 취득세 중과대상인 대도시 내 지점 설치로 볼 수 없다는 청구주장의 당부

과세요건에 대한 입증책임은 처분청에 있음에도 쟁점사무실이 부가세법에 따른 등록 대상 사업장에 해당한다는 구체적인 사실관계 및 입증자료를 제시하지 못하는 점, 우리 원에서 처분청에게 현장 방문 등을 통하여 쟁점사무실에서 수행하고 있는 업무를 조사한 후 의견서를 추가로 제출할 것을 요청하였으나, 처분청은 이러한 요청에도 응하지 아니한 점, 반면, 청구법인은 가산동사무실이나 쟁점사무실에서 세금계산서를 발급한 사실이 없고, 이에 대하여 국세청으로부터 위 사무실들이 부가세법에 따른 등록 대상 사업장에 해당한다고 보아 가산세 등을 부과받은 사실도 없는 점 등을 고려했을 때 부가세법상 등록 대상 사업장으로 단정하기 어려운바, 취득세 중과세율을 적용하기 어려움 서울특별시 서초구청장이 2023.12.7. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1996.1.20. OOO를 본점 소재지로, 복합운송 주선업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2022.9.13. 서울특별시 서초구 OOO 토지 및 그 지상 5층 건물(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득한 후, 취득가액 OOO원 등을 과세표준으로 하고 표준세율(4%)를 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2023.9.9. 청구법인의 OOO(이하 “AAA사무실”이라 한다)에서 근무하던 인원들을 이 건 부동산 중 2개 층(2층 및 3층 789.82㎡로 이하 “쟁점사무실”이라 한다)으로 이전한 후, 이는「지방세법」제13조 제2항 제1호가 취득세 중과대상으로 규정하고 있는 법인의 지점 및 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입하는 경우에 해당한다고 보아, 2023.10.12. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.다. 청구법인은 2023.11.10. 쟁점사무실에서 근무하는 인원들은 본사를 지원하는 업무만 수행하고 있어, 「지방세법 시행규칙」제6조가 규정하고 있는 사무소 등에 해당하지 아니하므로, 「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따른 취득세 중과대상에 해당하지 않는다고 주장하며 기 납부한 취득세 등 합계 OOO원을 환급해달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.12.7. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.16. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 제기한 경정청구 내용을 설명하기에 앞서, 먼저 청구법인의 조직 및 업무구조를 간략히 설명하면 다음과 같다.(가) 청구법인은 1996.1.20. 설립된 종합물류 서비스기업으로, 수출입해상, 항공, 철도, 프로젝트, 통관, 내륙운송 등 다양한 물류 서비스를 제공하고 있다. 청구법인은 「물류정책기본법」에 따라 등록된 국제물류주선업자로, 국제물류주선업이란 타인의 수요에 따라 자기의 명의와 계산으로 타인의 물류시설·장비 등을 이용하여 수출입화물의 물류를 주선하는 사업을 의미한다. 청구법인은 포워딩 업체(Freight Forwarder)로서 운송수단(선박, 항공기 등)을 직접 보유하지 않으면서도 화물 운송을 위탁한 해외무역 수출입고객(화주)을 대리하여 화주의 화물을 해상, 항공운송, 내륙운송 수단과 연결하여 목적지까지 운송서비스를 제공하고 있다.(나) 청구법인의 조직은 ① 본사 영업본부, ② 본사 영업본부의 업무를 지원하는 물류운영사업본부, ③ 인사·재무·총무 등 업무를 수행하는 경영지원본부로 나뉘어져 있고, 본사 영업본부 및 경영지원본부에는 약 170여명이, 물류운영사업본부는 약 136명이 근무중이다.＜청구법인 조직도＞○○○‘본사 영업본부’는 고객으로부터 용역을 수주하여 계약을 체결하는 부서로, 운송지역(아시아, 중동, 유럽, 유라시아), 운송수단(해상, 항공, 철도), 운송품목 특성에 따라 세부 조직이 나뉘어져 있다.‘물류운영사업본부’는 본사의 운송주선 업무를 지원하는 부서로서 주 업무내용은 i) 화주의 운송 일정 확인, ii) 선주, 항공사 등과 운송 일정 예약, iii) 주문(오더내역), 선하증권, 선적 매출 및 비용정산관리 등을 업무시스템에 입력, iv) 적하목록, 정정신고 등 세관신고 관리, v) 청구법인 보유 해상 컨테이너 배차·관리업무, vi) 선하증권 발송 등 우편업무를 담당하고 있다.(다) 이상과 같이 청구법인은 본사 영업본부와 물류운영사업본부가 별도로 분리되어 있으나, 두 조직이 유기적으로 결합하여 운송주선 업무를 수행하고 있다. 일반적으로 영업본부 직원 A에 물류운영사업본부 내 운영팀 직원 B가 전담으로 배정되어 하나의 운송주선 업무를 물류운영사업본부가 지원한다.예컨대, 석유화학제품 100톤을 배를 통해 유럽으로 운송해야 할 경우, A는 해당 거래를 수주한 후, 운송일정, 운임 등을 고려하여 적합한 운송사 및 운송경로를 확정하고 목적지까지 운송이 이루어지도록 한다. 그 과정에서 B는 A의 지시를 받아 운송예약, 관련 서류 전달, 정산운임을 내부 업무시스템에 입력하는 업무 등을 수행하며, 독립적으로 거래를 수주하는 별도의 영업활동은 하지 않는다.(2) 다음으로 청구법인이 쟁점사무실 관련하여 취득세를 납부하게 된 경위를 설명하면 다음과 같다.(가) 청구법인은 2022.9.13. 이 건 부동산을 취득한 후 같은 날 소유권이전등기를 완료하고 대수선 공사를 진행하였다.(나) 이 건 부동산의 대수선 공사를 완료한 후, 2023.9.9. AAA사무실에 근무 중이었던 물류운영사업본부 인원이 모두 이전하여 쟁점사무실에서 근무를 시작하였다.(다) 청구법인은 현재 서울특별시 강남구 OOO 소재에 본점을 두어 물류운영사업본부를 제외한 본사 영업본부, 경영지원본부를 두고 있다. 이 건 부동산을 취득하기 전까지는 AAA사무실에 물류운영사업본부를 두었다가, 이 건 부동산 취득 및 대수선 후 쟁점사무실로 물류운영사업본부를 이전하게 된 것이다.(라) 청구법인은 당초 청구법인의 ‘물류운영사업본부’ 이전은 청구법인이 대도시 내에서 별도의 ‘지점 또는 주사무소’의 설립 또는 대도시 밖에서 대도시로의 전입에 해당하지 않는다고 보아 취득세 등을 납부할 의무가 없다고 판단하였으나, 처분청에서 「지방세법」제13조 제2항에 따른 취득세 중과대상이라고 의견을 제시하여, 일단 취득세 등을 납부하고 바로 경정청구에 이르게 된 것이다.(3) 청구법인의 물류운영사업본부 조직은 취득세 중과대상인 “사무소등”에 해당하지 아니하므로, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.(가) 「지방세법」제13조 제2항 제1호는 “법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소”를 대도시 밖에서 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득하는 경우 취득세 중과대상으로 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제27조 및 시행규칙 제6조는 “법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소”를 “「부가가치세법」제8조 등에 따른 등록대상 사업장으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소”를 말한다고 규정하고 있다.(다) 요컨대, 취득세 중과대상이 되기 위해서는 쟁점사무실로 이전한 청구법인의 물류운영사업본부 조직이 「부가가치세법」제8조 등에 따른 등록대상 사업장에 해당하여야 한다. 만일 이에 해당하지 않는다면(즉 물류운영사업본부 조직이 「부가가치세법」상 본사와 별개의 등록대상 사업장이 아니라 본사 조직의 일부에 불과하다면), “지점 또는 분사무소”가 대도시 밖에서 대도시로 전입한 경우에 해당하지 아니하므로, 취득세 중과대상에 해당하지 않는 것이다.(라) 그런데, 조세심판원 선결정례의 취지 등에 비추어보면 청구법인의 물류운영사업본부 조직은 본사의 업무를 보조하는 역할만 수행할 뿐이므로,「부가가치세법」에 따른 사업장에 해당한다고 볼 수 없다.조세심판원은 “청구법인이 임대하여 사용 중인 공간은 재고를 보관·전산관리하기 위한 목적으로 별도의 매출행위가 이루어지는 곳으로 볼 수 없으며, 타 사업장의 사업활동을 위한 것으로 보이는 점에 따라 「부가가치세법」에 따른 사업장으로 보기는 어렵다”(조심 2021전2703, 2021.11.11. 참조)고 판단하였다.관련 국세청 예규(법규부가 2008-0035, 2008.11.20.)에서도 질의법인은 주방용 전기기기 제조업을 영위하는 법인으로, 제품의 생산 및 판매(재화의 공급 및 인도)는 본사 및 공장에서 진행할 예정인데, 상기 사업장 외의 장소에 사무실을 임차하여 업무연락 사무실을 별도로 운영하려고 예정하는 경우, 해당 사무실은 “재화를 공급(인도)하지 아니하고 단순히 본사의 지시에 의해 재화의 공급업무에 수반되는 대금의 영수 및 수주활동이나 거래처의 관리 또는 기획관리 기타 업무연락만을 수행하는 장소는 사업장이 아니다”라고 회신한 바 있다.(마) 앞에서도 살펴 본 바와 같이, 청구법인은 「물류정책기본법」에 따른 국제물류주선업자로, 청구법인이 제공하는 운송주선 용역은화주와 운송사를 주선·중개하여 운송사의 물류시설과 장비를 이용하여 목적지까지 화주의 화물이 운송될 수 있도록 하는 것을 의미한다.이러한 운송주선에 관한 영업활동 및 주된 용역 제공은 본사 영업본부에서 전부 이루어지고 있다. 즉 본사 영업본