장기보유특별공제 적용 여부 판단 시, 주택 보유기간의 기산일을 구축아파트의 취득일로 보아야 하는지 아니면 신축아파트의 사용승인일로 보아야 하는지

03.7.1.부터 시행된 도시정비법에 의하면 관리처분계획인가를 받아야만 조합원입주권을 취득한 것으로 볼 수 있고, 05.5.31. 개정 전 소득세법 시행령 제155조 제16항은 조합원입주권 자체를 양도하였을 경우에 한정적으로 적용되는 규정으로서, 주택재건축 조합원 중 1세대1주택 비과세 특례 규정을 적용받을 수 있는 조합원을 규정하기 위한 것일 뿐, 도시정비법에 따른 재건축사업으로 신축된 주택을 양도하는 경우의 취득시기에 대해서까지 일반적으로 규정한 것으로 보기는 어려움 분당세무서장이 2025.5.8. 청구인 a 및 청구인 b에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 각 부과처분은 이를 각각 취소한다. 1. 처분개요가. 청구인 a와 청구인 b(이하 “청구인들”이라 한다)은 부부 사이로, 2009.10.8. 서울특별시 서초구 OOO(이하 “구축아파트”이라 한다)를 합계 OOO원에 공동으로 취득(지분 5:5)하여 보유하다가, ‘OOO아파트주택재건축사업’의 결과로 서울특별시 서초구 OOO(이하 “신축아파트”이라 한다)를 취득하였고, 2019.6.28. 이를 합계 OOO원에 양도하였다. 이에 청구인들은 신축아파트의 보유기간을 구축아파트의 취득일(2009.10.8.)부터 기산한 9년으로 보아 1세대1주택 비과세(고가주택) 및 장기보유특별공제(72%) 규정을 적용하여 2019.8.31. 양도소득세 OOO원을 각 신고하였다.나. 처분청은 청구인들의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 현재 유효한 서울고등법원의 판결(서울고등법원 2024.10.17. 선고 OOO 판결로, 이하 “쟁점2심판결”이라 한다)에 의하면, 구축아파트의 주택재건축사업은 2005.5.16. 사업시행인가를 받았으므로 청구인들이 구축아파트의 소유권을 취득할 당시에는 이미 구축아파트가 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환되었다고 보아야 하고, 이 때 신축아파트의 보유기간은 사용승인일(2016.8.30.)부터 기산하여 3년 미만이어서 장기보유특별공제를 적용하지 않는 것이 타당하다고 보아, 2025.5.8. 청구인들에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 경정·고지하였다.다. 청구인들은 이에 불복하여 각각 2025.6.11. 이의신청을 거쳐, 2025.11.5. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장청구인들은 관리처분계획인가일 이전에 구축아파트를 취득하였고 사용승인일 이후에 신축아파트를 양도하였으므로 「소득세법 시행령」 제166조 제5항에 따라 조합원입주권 보유기간을 포함하여 신축주택 보유기간을 산정하여야 하고, 이 경우 청구인들의 신축아파트 양도는 장기보유특별공제 적용대상에 해당한다.(1) 재건축사업과 관련하여 자산의 양도는 아래 ＜표1＞과 같이 3가지 경우로 나누어 살펴볼 수 있고, 각 경우마다 1세대1주택 비과세 관련 보유기간, 장기보유특별공제 관련 보유기간, 조합원입주권 보유기간을 주택 보유기간에 산입하는지 여부를 판단하는 근거 법령이 다르다. 참고로, 경우1과 경우3은 조합원입주권 보유기간을 주택 보유기간으로 인정하지 않는 반면, 경우2는 조합원입주권 보유기간을 주택 보유기간으로 인정한다. 구 분 취득 물건 양도 물건 경우1 구축아파트 조합원입주권 경우2 구축아파트 신축아파트 경우3 조합원입주권 신축아파트 ＜표1＞ 청구인이 정리한 재건축 관련 경우의 수(2) 쟁점2심판결은, 해당 납세자들이 조합원입주권이 아니라 구축아파트를 취득한 “경우2”에 해당하나, 그들이 사업시행인가일 현재 「소득세법 시행령」제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하지 않아 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 이전의 「소득세법 시행령」(이하 “구소득령”이라 한다) 제155조 제16항의 괄호 안 문구를 충족하지 못하였으므로, 장기보유특별공제 적용여부 판단 시 조합원입주권 보유기간을 주택 보유기간에 산입할 수 없다고 판단하였다.쟁점2심판결의 판단 중 관리처분계획인가일 이전에 구축아파트를 취득한 경우 그 양수물건은 (조합원입주권이 아니라) 주택이라고 본 부분은 타당하나, 해당 납세자들의 상황이 구소득령 제155조 제16항에 위배된다는 부분은 법령을 잘못 해석한 것이어서 위법한데, 처분청은 이에 따라 이 건 과세처분을 하였는바, 이 건 과세처분 역시 위법하다.구소득령 제155조 제16항은 조합원입주권 자체를 양도하였을 경우에 한하여 적용되는 규정으로서, 주택재건축 조합원 중 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 조합원을 규정하기 위한 것일 뿐, 위 규정을 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따른 재건축사업으로 신축된 주택을 양도하는 경우에 대해서까지 그 취득시기를 일반적으로 규정한 것으로 볼 수는 없다.(3) 조세심판원은 청구인들과 동일한 사례들에 대하여 조합원입주권 보유기간을 포함하여 주택 보유기간을 산입한다고 보았는바[조심 2024서5737(조세심판관합동회의), 2025.9.25., 조심 2025전3077, 2026.1.14.], 이에 따르더라도 이 건 과세처분은 위법하여 취소되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 「소득세법 시행령」의 개정 경과를 정리하면 아래 ＜표2＞와 같은데, 이에 의하면 재건축사업, 재개발사업 모두 대상 아파트를 2005.5.31. 이후에 양도하는 경우에는 주택관리처분계획인가일 이후의 양도물건을 주택이 아닌 조합원입주권으로 보는 것이나, 부칙 제4조에 따라 2005.5.31. 이전에 사업시행인가를 받은 재건축아파트의 경우에는 종전의 규정을 적용받는다.＜표2＞ 「소득세법 시행령」의 개정 경과 구 분 양도일 기준 권리 전환시기(주택 → 조합원입주권) ∼2003.6.28. 2003.6.29.∼2005.5.30. 2005.5.31.∼ 재건축사업 사업계획승인일 사업시행인가일 관리처분계획인가일 재개발사업 관리처분계획인가일 (2) 이 건 구축아파트의 경우 그 소재단지의 주택재건축사업이 2005.5.16. 사업시행인가를 받았으므로, 사업시행인가일(2005.5.16.) 이후 구축아파트의 성격은 주택에서 조합원입주권으로 전환되었는바, 청구인들이 2009.10.8. 구축아파트의 소유권을 이전받았을 때에는 이미 아파트가 아닌 조합원입주권을 취득한 것으로 보아야 한다. 결국 청구인들은 주택이 아닌 조합원입주권을 양수한 것으로 보아야 하고, 이 경우 신축주택의 취득시기는 사용승인일(2016.8.30.)이 되므로, 청구인들의 신축아파트 양도는 장기보유특별공제 적용대상에 해당하지 않는다.(3) 한편, 처분청은 쟁점2심판결에 따라 이 건 과세처분들을 하였는데, 신축아파트 소재 단지(OOO 아파트) 내 다른 아파트를 양도하고 이 건과 동일한 이유로 과세된 사안에 대하여 쟁점2심판결이 존재하므로, 청구인들에 대해서만 과세제외 처리를 할 수는 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점장기보유특별공제 적용 여부 판단 시, 주택 보유기간의 기산일을 구축아파트의 취득일로 보아야 하는지 아니면 신축아파트의 사용승인일로 보아야 하는지나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구인들에 대한 각 과세처분의 세부 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 이 건 과세처분 세부 내용(단위 : 원, %, %p)○○○(나) 서울특별시서초구고시 제OOO호 등에 의하면, 구축아파트 소재지에 대한 ‘OOO아파트재건축사업’의 경과를 정리하면, 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 이 건 재건축사업의 경과 및 청구인들의 아파트 취득 경과○○○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 구소득령 제155조 제16항이 주택재건축사업에 있어 주택이 조합원입주권으로 전환