쟁점토지를 업무무관 부동산으로 보아 지급이자 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부

청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점토지를 업무에 사용하기 위한 노력을 다하였음이 입증되지 않고 오히려 사업성을 높이기 위한 과정에서 사용이 지연된 것으로 보이는 바, 쟁점토지를 업무무관부동산으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입한 처분은 정당함 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1991.9.8. 주택신축판매, 토목건축 등을 영위하기 위해 설립된 법인으로 2016.10.26.부터 2017.4.19.까지 OOO 일대 토지 25,482㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)를, 2009.5.29. OOO 일대 토지 6,389㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)를, 2007.8.10.부터 2010.7.14.까지 OOO 일대 토지 19,763㎡(이하 “쟁점③토지”라 하고, 모두 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였다.나. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 통합조사 결과, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 5년이 경과할 때까지 착공하지 아니하였으므로 업무무관자산에 해당한다고 보아 관련 비용 등을 손금불산입 하여, 2025.7.4. 청구법인에게 법인세 2020사업연도분 OOO원 및 2022사업연도분 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.26. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인이 유예기간 내에 쟁점토지를 주택건설에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유가 존재한다.「법인세법」 제27조 및 같은 법 시행령 제49조는 법인의 자금이 부동산 투기 등 업무와 무관한 자산의 취득에 사용되는 것을 방지하기 위한 것으로, 청구법인의 경우와 같이 주택신축판매를 목적으로 취득한 부동산을 규제하려는 취지는 아니다.업무무관 자산의 범위를 규정하고 있는 「법인세법 시행령」 제49조 및 같은 법 시행규칙 제26조에 따르면 유예기간이 경과하였으나 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한데 부득이한 사유가 있는 경우 ‘업무와 관련이 없는 자산’에서 제외하도록 하고 있으며, 해당 부동산을 취득한 후 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 경우는 부득이한 사유에 해당한다고 규정하고 있다.이와 관련하여 법원은 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라 하더라도 행정청이 법령에 규정된 권한에 의하여 행정작용의 일환으로 건축허가를 일체 해주지 않고 있기 때문에 토지의 사용이 금지되거나 제한된 경우도 소정의 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우에 포함된다고 판시(OOO)하고 있으며, ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유를 판단함에 있어서는 법인의 비업무용부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 하고 있는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 여부, 토지의 취득 목적에 비추어 업무에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이라고 판시(OOO)하였다.(2) (쟁점①토지 관련) 청구법인은 공동주택 건설사업을 수행할 목적으로 2016.10.26.∼2017.4.19. 기간 동안 전 소유자가 이미 사업계획승인을 받은 OOO 일대 쟁점①토지를 취득한 후, 수익성 문제를 해결하기 위해 사업계획변경승인을 신청하는 등 정상적인 방법으로 사업을 추진하였다.(가) 청구법인은 쟁점①토지에 대한 최초 사업계획승인을 받은 2010년 4월과 비교할 때, 건설비 증가 등의 원인으로 사업성이 현저히 떨어지게 되어 구리시와 사전 협의를 거쳐 2017.11.16. 사업계획변경승인을 신청하였다.(나) 청구법인은 사업계획변경승인을 받는 즉시 공사에 착수할 수 있도록 기존 건물을 철거하고 착공준비를 하였으나, 구리시는 사전협의와는 달리 인근아파트 주민들의 민원을 이유로 3개층(18세대)을 낮추라고 요구하는 등 청구법인이 받아들일 수 없는 조정안을 제시하였다.청구법인은 구리시의 부당한 행정처리에 적극적으로 대응하였음에도, 구리시는 청구법인이 공사에 착수하지 않았다는 이유로 사업계획변경을 불허하였으며, 청구법인은 향후 인허가에 불이익이 있을 것을 우려하여 행정소송 등을 제기하지 못하였다.이후에도 청구법인은 사업을 계속 추진하기 위하여 공사준비를 계속하였고, 설계 및 도시계획 용역을 진행하는 등 구리시와 사업계획에 관한 협의를 계속하였다.그러나 구리시가 인근 주민들의 민원을 이유로 층수 조정 등을 지속적으로 요구하여 협의가 되지 않았고, 그 결과 사업이 장기간 지연되어 청구법인은 경영상 어려움까지 겪고 있는 상황이다.(다) 구리시의 조정안은 수익을 추구하는 영리법인의 사업목적에 부합하지 않는 조정안이며, 구리시의 ‘지구단위계획수립지침’ 및 다른 사업계획승인 사례에 비추어 볼 때 불공정한 조정안으로 청구법인이 이를 받아들이지 못한데 정당한 사유가 있다.청구법인은 당초 구리시와의 사전협의에 따라 사업계획변경승인을 위해 진지한 노력을 다하였음에도, 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유인 용적률 적용 및 분양가 결정 등의 문제로 구리시의 조정안을 받아들일 수 없었고, 청구법인은 공동주택 건설사업을 위해 쟁점①토지를 취득한 것이지 지가상승으로 인한 이익을 얻기 위한 것이 아닌바, 청구법인이 유예기간 내에 착공하지 아니하였다고 하더라도 업무관련성이 없다고 판단할 아무런 근거가 없다.(3) (쟁점②토지 관련) 청구법인은 ㈜A 및 A(A 대표이사)과 함께 OOO 일대에서 공동주택 건설사업을 순차적으로 추진하기 위하여 2007.8.10.∼2010.7.14. 기간 동안 쟁점②토지 및 쟁점③토지를 취득하였으며, 1차 아파트 건축사업을 완료하고 동일 지역에서 2차 및 3차 공동주택 건축사업을 추진 중이다.＜쟁점②토지 및 쟁점③토지 개발예정지 현황＞ㅇㅇㅇ(가) 청구법인은 쟁점②토지를 취득하고 유예기간 내에 착공하지 못하였으나, 향후 공동주택 건축사업 등에 활용할 목적으로 보유한 것이 명백하므로 업무무관토지로 볼 수 없다.㈜A은 1차 아파트 건축사업이 완료된 이후 인접 토지(쟁점②토지)를 대상으로 2차 공동주택 건축사업을 추진하기 위하여 지구단위계획수립 제안, 사업계획용역 계약, 정책협의 등을 진행하였으나, 정부의 정책변경 등으로 해당 계획이 취소되었다.이후 남양주시는 공동주택 사업 대신 교육연구시설 등 주민편의시설 건립을 대안으로 제시하였고, 이에 따라 ㈜A은 교육연구시설을 건립하기 위해 개발행위허가와 건축허가를 취득하고 설계·감리 용역계약을 체결하는 등 사업을 추진하였다.또한 근린생활시설 건립을 위한 개발행위허가를 신청하여 약 2년간의 보완 및 심의 과정을 거쳐 허가를 받는 등 행정절차를 충실히 이행하였다.(나) 청구법인은 쟁점②토지의 개발과정에서 용도지역상향을 위해 여러차례 주민제안을 하였으나 남양주시에서는 이를 수용하지 아니하였고, 이후 청구법인은 교육연구시설 등으로 개발행위허가를 받는 등 업무에 사용하기 위해 진지한 노력을 다하였다.쟁점②토지는 공동주택건설사업에 필수적인 부동산으로 취득목적에 부합하고, 취득목적 외에 지가상승 등으로 인한 이익을 얻기 위해 취득하였다고 볼 수 없는바, 청구법인이 유예기간 내에 건설에 착공하지 아니하였다고 하더라도 업무관련성이 없다고 판단할 아무런 근거가 없다.(4) (쟁점③토지 관련) 청구법인은 OOO 일대 3차 공동주택 건축사업을 추진하기 위해 2007년부터 쟁점③토지를 취득하였다.(가) 청구법인은 공동주택건설사업을 추진하기 위한 선행절차를 진행하기 위해 도시개발사업 전문대행업체를 통해 남양주시와 지속적으로 협의중이나, 관련 규정상 3분의 2 이상의 토지를 확보해야 지구단위계획변경 및 사업계획승인 신청이 가능하기 유예기간 내에 소유권을 확보하지 못해 건설에 착공할 수 없었다.(나) 청구법인은 쟁점③토지를 업무에 사용하기 위해 진지한 노력을 다하였으나, 구리시가 사업부지의 범위에 인근 상가부지를 포함하라는 요청에 따라 심판청구일 현재까지 3분의 2 이상의 토지 소유권을 확보하지 못하였다.이는 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 청구법인이 진지한 노력을 다하였음에도 쟁점③토지를 업무에 사용하지 못하게 된 것으로 정당한 사유로 인정되어야 한다.나.처분청 의견(1) 청구법인은 취득일로부터 5