청구인이 명의신탁한 쟁점①·②주식을 특수관계인인 청구법인에게 저가양도한 것으로 보아 양도세 및 법인세를 부과한 처분의 당부

① 쟁점①주식의 취득자금 원천을 청구인으로 볼 수 있고, 청구법인이 쟁점①주식을 명의신탁의 방법으로 취득·보유할만한 사정이 확인되지 않음② 제3자의 진술만을 근거로 쟁점②주식을 명의신탁 주식으로 단정하기에는 객관적인 증빙의 제시가 부족해 보이고, 청구인이 청구법인으로부터 쟁점②주식 양도대금을 수수한 사실이 확인되지 않으며, AAA은 00.0.00 쟁점②주식을 청구법인에게 양도하고 양도대금을 수령함 A세무서장이 2025.1.13. a에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분 및 같은 날 B 주식회사에 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 b이 보유한 주식회사 C 발행주식 OOO주를 명의신탁 주식이 아닌 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. 1. 처분개요가. B 주식회사(이하 “청구법인”이라 한다)는 1999.5.1. 설립된 비상장법인이고, a(이하 “청구인”이라 하고, 청구법인과 합하여 “청구인들”이라 한다)은 청구법인의 최대주주이자 대표이사이다.나. 청구법인은 주식회사 C(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식을 2020.9.7. c로부터 OOO주(이하 “쟁점①주식”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점①거래”라 한다)를, 같은 날 b로부터 OOO주(이하 “쟁점②주식”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점②거래”라 한다)를 1주당 OOO원에 각 양수하였다.다. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.7.부터 2024.11.26.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점①·②주식은 청구인이 이를 c 및 b에게 명의신탁하였다가 청구법인에게 양도한 것으로, 시가(1주당 OOO원)보다 낮은 가액으로 양도되었다는 내용의 과세자료를 통보하였고, 그에 따라 처분청은 2025.1.13. 청구인에게 「소득세법」 제101조 제1항 등에 따라 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을, 같은 날 청구법인에게 「법인세법」 제15조 제2항 제1호 등에 따라 2020사업연도 법인세 OOO원을 각 결정(경정)·고지하였다.라. 청구인들은 이에 불복하여 2025.4.7. 심판청구를 각 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 쟁점①거래는 청구인이 양도한 거래가 아니므로 이 건 처분은 위법하다.(가) 쟁점①주식의 실제 양도자는 청구인이 아닌, 청구법인이므로 쟁점①거래는 명의신탁 주식의 환원에 해당하고 특수관계인 간 저가 거래에 해당하지 아니한다.1) 처분청은 쟁점①주식을 청구인이 2008년 및 2009년에 c에게 명의신탁한 것이라고 보고, 이를 2020년에 특수관계가 있는 청구법인에게 저가양도하였으므로 청구인에게 양도소득세를, 청구법인에게 법인세를 부과하였으나, 쟁점①주식의 실제 소유주는 청구인이 아닌, 청구법인이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.2) 쟁점①주식의 명의자인 c은 2008년 및 2009년에 유상증자에 참여하여 합계 OOO주(쟁점①주식)를 취득하였는데, 그 경위는 다음과 같은바, 쟁점①주식은 청구법인이 c에게 명의신탁한 것이다.쟁점법인은 2000년경 b 등이 출자하여 설립되었고, 청구인은 사업확장을 위해 2004년경 쟁점법인의 지분 50.5%(OOO주)를 취득하여 최대주주가 되었다.그 후 쟁점법인의 외형은 성장하고 있었으나 만성적으로 운영자금이 부족하여 2006년에 유상증자를 실시하였고, 여유자금이 있던 청구법인이 참여하여 지분 66.7%(OOO주)의 최대주주가 되었다.쟁점법인이 2008년 및 2009년 또다시 유상증자를 실시하였고 청구법인은 c의 명의로 쟁점①주식(OOO주)을 인수하였다.3) 청구법인이 명의신탁의 방법으로 쟁점①주식을 인수한 자금의 흐름은 다음과 같다.청구법인은 2008.1.25. 해외사업을 추진하는 과정에서 가공거래의 방법으로 싱가포르 소재 D의 d에게 미화 OOO달러를 송금하였고, d는 그 후 필리핀 소재 E(이하 “F”이라 한다)의 c 대표의 계좌로 미화 OOO달러를 송금하였으며, c은 쟁점법인에 미화 OOO달러를 송금하였는바, 쟁점①주식 취득자금의 원천은 청구법인이다. 청구법인 ⇒ d (D) 싱가포르 ⇒ c (F) 필리핀 ⇒ 쟁점법인 [가공거래대금] 2008.1.25. USD OOO [가공거래대금] 2008년 3월～ 2009년 1월 USD OOO [주식인수대금] 2008년 9월～ 2009년 6월 USD OOO [입증] 계좌이체 확인서 계좌이체 ＜표1＞ 쟁점①주식 인수자금 흐름(청구인들 주장)4) 처분청은 쟁점①거래의 결과 양도대금이 청구인에게 귀속되었다는 의견이나, 이는 사실과 다르다.c은 2020년 9월경 청구인들의 지배구조 정리 과정에서 쟁점①주식을 청구법인에게 양도(명의신탁의 환원)하였고, 주식거래대금은 수수되지 아니하였다.처분청은 c이 2021.4.7. 청구법인으로부터 OOO원을 받은 다음, OOO원을 청구인의 동생 e에게 송금한 거래를 문제삼고 있으나, 이는 쟁점①거래와는 무관한 것으로, c의 명의신탁관계 정리 및 e의 지배구조 정리에 대한 대가를 지급한 것이다.5) 결론적으로 쟁점①거래는 청구법인이 쟁점법인의 지주회사로 전환하는 과정에서 추진된 것으로, 청구법인이 c에게 명의신탁한 쟁점①주식을 청구법인의 명의로 환원한 것이고, 따라서 청구인이 실제 소유자라는 전제에서 이루어진 이 건 처분은 위법하다.(나) 쟁점①주식의 당초 실제 소유자를 청구인으로 보더라도, 쟁점①거래는 청구인이 청구법인에게 양도한 거래가 아니라, 증여한 거래에 해당한다.1) 청구인은 쟁점①거래에서 대가를 받은 바가 없으므로 증여거래로 보아야 하고, 따라서 청구법인의 자산수증익만 법인세로 과세될 수 있으며, 청구인에 대한 양도소득세 부과는 위법한 것이다.2) 처분청은 c이 쟁점①거래의 대가로 청구법인으로부터 OOO원을 받았고 그 중 OOO원을 청구인의 동생 e을 통해 청구인에게 반환하였다는 의견이나, 이는 앞서 보았듯이 명의신탁관계 및 지배구조 정리에 대한 대가로 지급한 것일 뿐, 쟁점①주식의 양도대금에 해당하지 아니한다.3) 이와 같이 청구인을 명의신탁자로 보더라도, 청구인이 청구법인으로부터 주식 양도대가를 받은 바가 없으므로 쟁점①주식을 증여한 경우로 보아야 한다.(2) 쟁점②주식은 명의신탁 주식이 아닌, b 본인이 소유한 주식이다.(가) 처분청은 청구인이 쟁점②주식을 b에게 명의신탁하였다가 다시 특수관계가 있는 청구법인에게 양도한 것으로 보아, 「