청구법인의 소득금액을 추계경정하여 대표자에 대한 상여로 소득금액 변동통지한 처분의 당부

가공매출을 추가로 자진 신고한 것은 제보가 아닌 법인세 감액을 위한 목적으로 보이고, 해당 매출은 가족들의 계좌를 이용하여 계획적으로 준비한 가장행위로 보이며, 장부 등에 따르면 청구법인(건축자재도매업)은 약 00억의 손실이 발생하였음에도 재고자산이 거의 없어, 청구법인이 비치·기장한 장부를 신뢰하기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 처분청은 2024.3.6.∼2024.9.3. 청구법인의 2017년 제1기~2022년 제1기(이하 “쟁점조사대상기간”이라 한다) 부가가치세 세목별조사(이하 “1차 조사”라 한다)를 실시한 결과, 가공매출 OOO원 및 가공매입 OOO원이 확인되어 「법인세법 시행령」 제104조 제1항 제1호에 따라 추계 결정한 후, 2024.10.24. 청구법인에게 2017~2022사업연도 법인세 OOO원, 2017년 제1기~2022년 제1기 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였고, 청구법인의 대표이사 a(이하 “청구법인 대표이사”라 한다)에게 OOO원을 인정상여로 소득금액 변동통지하였다.나. 한편, 청구법인은 1차 조사에서 밝히지 않았으나 ㈜b(이하 “쟁점가공매출처”라 한다)에 추가 가공매출이 있었는데, 청구법인 대표이사는 1차 조사 후 쟁점가공매출처에 발행한 가공매출 OOO원(이하 “쟁점가공매출액”이라 한다)에 대한 상세내역을 처분청에 제출하였고, 처분청은 쟁점조사대상기간에 청구법인이 쟁점가공매출처에 발급한 매출세금계산서 OOO원에 대해 부분조사(이하 “2차 조사”라 한다)를 2024.12.2.~2025.3.6. 실시한 후, 2025.3.6. 청구법인이 쟁점가공매출처에 발행한 매출을 차감하여 2024.10.24. 청구법인에게 2017~2022사업연도 법인세 OOO원, 2017년 제1기~2022년 제1기 부가가치세 OOO원을 감액 경정·결정하였고, 청구법인 대표이사에게 OOO원 인정상여 소득금액 변동통지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.20. 이의신청을 거쳐 2025.9.22. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 처분청이 청구법인의 법인세 과세표준을 추계경정한 것은 1차 조사 시 쟁점조사대상기간 중 가공매출액 OOO원, 가공매입액 OOO원이 확인되어 이를 반영하면 매출 OOO원과 매입 OOO원으로 균형이 맞지 않았기 때문인데, 이는 쟁점가공매출액을 처분청에서 조사 시 적출하지 못한 결과이고, 만약, 처분청이 쟁점가공매출액을 적출하였다면 1차 조사는 가공매출 OOO원, 가공매입 OOO원을 반영하여 최종적으로 매출 OOO원, 매입 OOO원으로 비록 분식회계라 할지라도, 매출·매입은 균형을 이루어 추계가 아닌 실지조사에 따라 법인세 과세표준이 결정되었을 것이므로 법인세 과세표준의 추계경정은 취소되어야 한다.(가) 1차 조사에서 처분청의 조사능력 부족으로 추계결정을 하게된 것은 처분청의 과오에 해당하고, 2차 조사 시 청구법인은 쟁점가공매출액을 공익제보하였으며, 처분청은 이를 반영하여 청구법인의 부가가치세 및 법인세를 확정한바, 청구법인의 매출·매입현황은 매출 OOO원, 매입 OOO원으로 균형을 이루었고, 비록 분식회계이기는 하나, 청구법인의 장부상 기록은 정상으로 확인되는 것이다.(나) 처분청이 2차 조사 시 쟁점가공매출액이 확인된 것을 1차 조사 시보다 장부가 더욱 훼손된 것으로 보아 추계결정하여야 한다는 것은 법리에 어긋나고 「법인세법」 상 추계결정 사유에 해당하지 않는다.(다) 청구법인의 쟁점조사대상기간 동안의 부가율을 보면 당초 청구법인의 부가가치세 신고내역은 매출 OOO원, 매입 OOO원으로 부가율이 11%였으나, 1차 조사 후 가공매출액 OOO원, 가공매입액 OOO원을 반영하여, 매출 OOO원, 매입 OOO원으로 부가율 40%가 산출되었고, 처분청은 이를 현실적으로 불가능하다고 판단하여, 매출·매입의 균형이 무너진 것으로 보아 추계 결정한 것이고, 청구법인이 쟁점가공매출액을 제보함에 따라, 2차 조사 후에는 매출 OOO원, 매입 OOO원으로 부가율 △12%에 해당하는바, 매입과 매출의 균형이 맞는 정상적인 장부로 보아야 한다.(라) 대법원 1995.7.25. 선고 95누2708 판결에서도 세무조사기간은 분식회계가 이루어졌을 뿐이지 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 정할 수 있기 때문에 실지조사에 의하여 결정하여야 하고, 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다고 판시하였고, 대법원 1983.6.28. 선고 83누118 판결에서는 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 장부 기타 증빙서류의 일부가 미비되거나 허위로 기재된 사유가 있더라도 현존하는 장부와 다른 증빙서류 등을 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사 방법에 의해서는 아니된다고 판시하였다.(2) 처분청은 청구법인이 쟁점가공매출액을 소명하는 자료로서 단순 문자내역만을 제시하였고, 법인계좌에서 출금된 금액에 대한 소명은 일체 없었다는 의견으로 추계 결정하였으나, 청구법인은 3개월간 진행된 2차 조사 시 아래 ＜표1＞과 같은 내역을 제출하였고, 이에 따라 쟁점가공매출액을 확정한 것이다.＜표1＞ 청구법인이 처분청에 2차 조사 시 제출한 자료 내역(가) 처분청은 상기 자료 중 2025.2.18. 청구법인과 쟁점가공매출처가 주고받은 이메일만 확인하더라도 법인통장 입·출금내역 및 대금 전달방식 등을 확인할 수 있고, 청구법인에 대한 2차 조사 시, 세금계산서 발급부터 법인 통장과 청구법인 대표자의 배우자 계좌 등 전방위에 걸쳐 조사를 진행하였음에도 불구하고, 과세표준을 정할 수 없어 추계 결정한 것을 청구법인은 받아들일 수 없다.(나) 한편, 쟁점가공매출처는 2017년 제1기부터 2024년 제1기까지 부가가치세 및 법인세를 수정신고하여 OOO원을 수납한바, 쟁점가공매출처의 경우, 가공매입 OOO원을 수취하였음에도 추계에 의한 결정을 하지 않고 장부에 의하여 수정신고·납부하였다.(3) 처분청은 2차 조사 시 청구법인의 2018사업연도 법인세 과세표준을 추계하여 경정하고, 2018년 귀속 소득금액변동 금액 OOO원을 상여처분하였는데, 처분청이 3개월의 조사기간을 거쳐 장부 전체를 확인하였음에도 불구하고 추계로 경정하여 상여처분한 것은 청구법인으로서는 납득할 수 없다.대법원 1995.7.25. 선고 5누2708 판결에서도 세무조사기간은 분식회계가 이루어졌을 뿐이지 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 정할 수 있기 때문에 실지조사에 의하여 결정하여야 한다고 판시한바 있고, 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 장부 기타 증빙서류의 일부가 미비되거나 허위로 기재된 사유가 있더라도 현존하는 장부와 다른 증빙서류 등을 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 따라 결정하여야지 추계조사 방법에 의해서는 아니되고, 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다(대법원 1983.6.28. 선고 83누118 판결, 대법원 1995.7.25. 선고 95누2708 판결 등 참조).(4) 청구법인은 2018~2020사업연도에 대표자 가지급금을 계상하면서 가지급금 인정이자 및 지급이자 손금불산입하지 않은 사실을 처분청으로부터 안내받은 후 이를 반영하여 2021.7.9. 수정신고하였는데, 해당 수정신고는 쟁점가공매출처의 매출을 만들기 위한 것이었고, 2차 조사 후 해당 쟁점가공매출처의 매출이 가공거래로 인정되어 법인세 및 부가가치세가 경정된바, 청구법인의 수정신고내용 또한 경정되어야 한다.(가) 처분청은 청구법인의 1차 조사가 “부가가치세 세목별조사”였고, 2차 조사는 “부가가치세 부분조사”였기에 쟁점가공매출처와의 거래가 실제거래에 해당하는지를 확인하는 것을 조사범위로 한바, 자의적으로 조사범위를 정할 수 없고, 청구법인이 청구법인의 수정신고 내용을 경정하고 청구법인 대표이사의 근로소득세를 감하는 경정청구를 별도로 하라는 의견이나, 처분청은 1ㆍ2차 조사 시 청구법인의 법인세에 대해서도 직권