현금흐름할인법(DCF)에 따라 산정한 주식평가액을 시가로 볼 수 있는지 여부

법인세법상 부당행위계산 부인 적용을 위한 시가 산정에 대한 준용규정 중 외국에 있는 증여재산으로서 보충적 평가방법을 적용하는 것이 부적당한 경우의 평가방법을 규정한 상증세법 시행령 58조의3에 따라 쟁점주식의 시가를 재산정하고 출자전환손실 등이 발생하였는지 여부를 재조사하는 것이 타당함 익산세무서장이 2025.5.13. 청구법인에게 한 2022∼2023사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 OOO 대공국 법인인 A이 2022.6.29. 실시한 유상증자에 따라 발행된 신주의 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다. 1.처분개요가.청구법인은 2019.10.1.부터 OOO 사업을 영위하는 법인으로 청구법인이 지분 53.71%를 보유한 OOO 대공국 법인 A(이하 “해외자회사”라 한다)에게 2022.3.10. 미화 OOO불(이하 “쟁점대여금”이라 한다)을 대여하였다가, 2022.6.29. 해외자회사의 이사회가 발행신주 1주당 가액 미화 OOO불(이하 “쟁점유상증자 신주가액”이라 한다)로 산정하여 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)를 실시하는 것으로 결의하자, 2022.6.29. 이에 참여하여 쟁점대여금에 대한 출자전환(이하 “쟁점출자전환”이라 한다)으로 해외자회사 발행신주 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하고, 현금 미화 OOO불을 납입하여 해외자회사 발행신주 OOO주를 취득하였으며, 2022사업연도 결산시 쟁점주식에 대하여 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 따라 산정한 1주당 가액 OOO원(평가기준일 2022.6.30., 이하 “쟁점주식 청구법인 시가”라 한다)을 기준으로 산정한 쟁점주식의 취득가액(OOO원)과 쟁점대여금의 출자전환으로 소멸된 쟁점대여금 채권가액(OOO원)의 차액(OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손실로 계상한 뒤 쟁점출자전환이 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정 적용대상에 해당하는 것으로 보아 이를 손금불산입하여 2022사업연도 법인세를 신고·납부하였다.나.이후 청구법인은 쟁점출자전환이 경제적 합리성이 있는 경우로서 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정 적용대상에 해당하지 않으므로 쟁점출자전환에 따라 발생한 쟁점금액을 손금불산입함으로서 2022사업연도 및 2023사업연도 법인세 각 사업연도소득 및 미환류소득이 과다하게 신고된 것으로 보아 2022∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원(2022사업연도분 OOO원 및 2023사업연도분 OOO원)을 환급해달라는 취지로 2025.2.6. 처분청에 경정청구를 제기하였다.다.처분청은 쟁점유상증자시 발행신주 1주당 가액인 쟁점유상증자 신주가액이 「법인세법」상 시가에 해당하므로 쟁점출자전환에 따른 손실액인 쟁점금액을 손금으로 인정할 수 없고, 쟁점주식 청구법인 시가를 「법인세법」상 시가로 인정하더라도 특수관계법인인 해외자회사에 대한 쟁점대여금을 시가 대비 고가로 출자전환한 쟁점출자전환에 대한 경제적 합리성을 인정할 수 없어 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정 적용대상에 해당하는 것으로 보아 2025.5.13. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.라.청구법인은 이에 불복하여 2025.5.22. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인이 쟁점대여금 대여 및 쟁점출자전환의 경위는 다음과 같다.(가) 청구법인은 OOO 제조 등을 영위할 목적으로 주식회사 B에서 인적분할로 설립된 법인으로, 북미 OOO 시장 진출을 위해 2024년 7월 경 OOO 소재 공장부지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매입하기로 결정하였고, 해외자회사가 쟁점부동산에 대한 매매 계약을 체결하였으며, OOO 생산을 위해 해외자회사의 100% 자회사로 OOO 법인 C(이하 “해외손자회사”라 한다)를 설립하였다.(나) 이후 쟁점부동산에 OOO 생산공장 설립을 위해 쟁점부동산 매입대금 미화 OOO불을 포함하여 총 미화 OOO불이 소요될 것으로 산정되자, 청구법인은 유상증자를 실시하기로 결정하여 유상증자대금을 재원으로 해외자회사에 출자하고자 하였으나, 쟁점부동산의 매매계약상 잔금지급일(2022.3.31.)과 유상증자 주식대금 납입일(2022.5.17.)의 차이가 발생하여 우선적으로 OOO과 브릿지론 계약을 체결하여 단기 자금 OOO원을 차입한 후 이를 재원으로 하여 2022.3.10. 해외자회사에게 쟁점대여금을 대여하는 의사결정을 하였다.(다) 한편 해외자회사는 2022.3.31. 쟁점부동산 매매계약상 매수인의 지위를 해외손자회사에게 이전하기로 계약을 체결하고, 쟁점대여금을 재원으로 하여 해외손자회사에 미화 OOO불 규모의 자본출자를 실시하였으며, 해외손자회사가 쟁점부동산을 매수하였다.(라) 청구법인은 유상증자에 따른 신주발행대금 약 OOO원이 납입되자 OOO과의 브릿지론 계약상 조기의무상환약정에 따라 2022.3.3. 차입한 OOO원을 2022.5.18. 조기상환하였다.(마) 이후 해외자회사는 북미 OOO 시장 진출계획에 따른 투자자금 마련을 위해 미화 OOO불 규모의 쟁점유상증자를 실시하기로 결정하였고, 해외자회사의 기존 주주 중 청구법인과 D(이하 “해외특수관계법인”이라 한다)이 각각 해외자회사에 대한 지분율에 비례하여 쟁점유상증자에 참여하였으며, 이에 따라 청구법인은 미화 OOO불을 해외자회사에 출자하기로 하면서 미화 OOO불 규모의 쟁점대여금과 신주 발행가액을 쟁점유상증자 신주가액으로 산정하여 그에 상응하는 쟁점주식에 대한 주식대금 납입을 상계하기로 하여 쟁점출자전환을 하였다.(2) 쟁점유상증자 신주가액의 경우 「법인세법」상 시가에 해당한다고 볼 수 없고, 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 쟁점주식 청구법인 시가를 기준으로 쟁점주식의 시가를 산정하여야 한다.(가) 채무의 출자전환에 따라 취득한 신주의 취득가액은 「법인세법」제41조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제72조 제1항 제4의2호에 따라 ‘취득 당시의 시가’로 한다고 규정하고 있는데, 위 규정에서 말하는 주식의 시가란 「법인세법 시행령」제89조에 따라 비특수관계인간에 거래된 가격이 있는 경우 그 가격을 시가로 하되 시가가 불분명한 경우 상증세법 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액을 말한다고 할 것이고, 이에 따라 청구법인은 쟁점주식을 취득한 후 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 쟁점주식 청구법인 시가에 따라 쟁점주식의 취득가액을 산정하여 회계처리하였다.(나) 처분청은 쟁점유상증자시 조정순자산법 및 현금흐름할인법(이하 “DCF 평가방법”이라 한다)을 적용하여 산정된 쟁점유상증자 신주가액을 기준으로 청구법인이 쟁점주식을 취득한 이상 합리적인 이유 없이 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 쟁점주식에 대한 시가를 산정할 이유가 없고, DCF 평가방법이 「법인세법」상 객관적인 시가 산정방법이 아니라는 점을 입증하지 못한 이상 쟁점유상증자 신주가액을 기준으로 시가를 산정하여야 한다는 의견이나, 청구법인은 비상장법인인 해외자회사의 발행주식에 대한 매매사례가액이 없는 경우에 해당하여 「법인세법 시행령」제89조에 따라 상증세법상 보충적 평가방법으로 쟁점주식의 시가를 산정하여 회계처리를 하였고, 해외자회사가 쟁점유상증자를 목적으로 DCF 평가방법을 적용하여 쟁점유상증자 신주가액을 산정한 것일 뿐, 쟁점유상증자 신주가액을 쟁점주식의 시가로 주장한 사실이 없으며, 유상증자시 신주 발행가액의 경우 매매사례가액 등에 해당되지 않아 이를 「법인세법」상 주식의 시가로 인정되지 않는바(조심 2014서1082, 2014.11.26., 같은 뜻임), 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.(다) 따라서, 청구법인이 최초부터 쟁점주식의 「법인세법」상 취득 당시 시가를 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 이상 처분청이 이를 부인하고 DCF 평가방법 등 기타 다른 평가방법을 적용하여 산정된 가액이 「법인세법」상 시가에 해당한다고 주장하기 위해서는 이를 주장하는 처분청이 청구법인이 적용한 상증세법상 보충적 평가방법의 부적정함과 DCF 평가방법의 적정성을 입증해야 할 것이다.(3) 한편, 처분청은 청구법인이 쟁점주식 취득시 쟁점출자전환에 따른 투자주식평가손실을 인식하여 회계처리 하지 않은 이상 세무상 쟁점출자전환에 따른 손실이 발생하지 않았다는 의견이나, 투자주식평가손실에 대하여 한국채택국제회계기준의 경우 장부금액이 회수가능액을 초과할 때 인식되는 것으로 회수가능액의 경우 해당 자산의 공정가치와 사용가치 중 더 큰 금액으로 한다고 규정하고 있는바, 「법인세법」상 인정되지 않는 DCF 평가방법을 통해 산정되는 것으로서 처분청의 위와 같은 의견은 「법인세법」과 기업회계기준의 기준 상 평가방식이 상이한 것에 기인한 것일 뿐이므로 회계상 손실로 인식하지 않았다는 이유로 세무상 손실도 발생하지 않았다는 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.(4) 쟁점출자전환의 경우 경제적 합리성을