자동말소일 이후의 양도차익에 대하여 조특법§97의4를 적용할 수 있는지 여부

[ 문서번호 ] 사전-2025-법규재산-0557(2025.07.30.) [ 세목 ] 양도 [ 납세자회신번호 ] [ 제 목 ] 자동말소일 이후의 양도차익에 대하여 조특법§97의4를 적용할 수 있는지 여부 [ 요 지 ] 추가공제율 산정시에는 세무서 사업자등록․지자체 임대사업자등록이 되어 있는 상태 에서 임대한 기간에 따른 공제율로 산정하되 산정된 추가공제율 적용시에는 임대 기간과 무관하게 전체 양도차익에 보유기간에 따른 장기보유특별공제율을 적용할 때 추가공제율을 더한 공제율을 적용하는 것임 [ 답변내용 ] ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호 가목 및 다목에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택)이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항 에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소(자동말소)된 경우로서 해당 자동말소된 장기임대주택을 양도하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제97조의4 에 따른 추가공제율 산정 시 임대기간은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제97조의4제2항 에 따른 임대개시일부터 자동말소일까지의 기간에 따라 산정하는 것이며, 산정된 추가공제율은 해당 장기임대주택을 양도함으로써 발생하는 전체 양도차익에 ｢소득세법｣ 제95조제2항 에 따른 보유기간별 공제율을 적용할 때 추가공제율을 더한 공제율로 적용하는 것입니다. [ 관련법령 ] 조세특례제한법 제97조의4 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례 】 1. 사실관계 ’06.06.18. ’06.06.27. ’06.07.07. ’06.07.21. ’20.08.18. ’25.09.12. ▴------------------▴---------------▴-----------------▴---------------▴----------------▴ A주택 매매계약 A주택 지자체 임대등록 세무서 사업자등록 A주택 취득 A주택 지자체 임대등록 자동말소 A주택 양도예정 ○ ’06.06.18. A주택에 대한 매매계약 체결 ○ ’06.06.27. A주택 매입임대주택 등록 ○ ’06.07.07. 신청인 세무서 사업자 등록 ○ ’06.07.21. A주택 취득 ○ ’20.08.18. A주택 임대등록 자동 말소 ○ ’25.09.12. A주택 양도 예정 2. 질의내용 ○ 2006년 구 임대주택법에 따라 매입임대주택으로 등록한 후 2020.8.18. 자동말소일까지 10년 이상 임대(2019.2.12. 이후 계약분은 5% 이내 증액) 하였으나 자동말소일 이후 임대료 증액 제한을 유지하지 않고 임대한 후 양도한 경우 - 자동말소일 이후 발생한 양도차익에 대하여 「조세특례제한법」 제97조의4를 적용할 수 있는지 여부 3. 관련법령 및 관련사례 〔1〕 「조세특례제한법」 □ 조세특례제한법 제97조의4 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세 특례】 ① 거주자 또는 비거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조제3호에 따른 민간 매입임대주택, 「공공주택 특별법」 제2조제1호 의2에 따른 공공 건설임대주택 또는 같은 법 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택 으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득 에 대해서는 「소득세법 」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 임대기간 추가공제율 6년 이상 7년 미만 100분의 2 7년 이상 8년 미만 100분의 4 8년 이상 9년 미만 100분의 6 9년 이상 10년 미만 100분의 8 10년 이상 100분의 10 ② 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례의 적용신청을 하여야 한다. ③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 조세특례제한법 시행령 제97조의4 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제97조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호가목 및 다목에 따른 장기임대주택 ( 「소득세법」 제1조의2제1항제2호 에 따른 비거주자가 소유한 주택을 포함하며, 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 을 말한다. ② 법 제97조의4제1항을 적용할 때 장기임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조 에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하거나, 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로 지정되어 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. ③ 법 제97조의4제2항에 따라 과세특례의 적용신청을 하려는 자는 해당 장기임대주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항, 제4항 및 제6항을 준용한다. □ 조세특례제한법 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례 】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호 에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간 임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법 」 (법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득 에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. □ 조세특례제한법 제97조의5 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 감면 】 ① 거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반 민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생한 양도소득 에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (각 호 생략) 〔2〕 「소득세법」 □ 소득세법 제95조 【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】 ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. <개정 2023.12.31> ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산 (제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다) 으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권 (조합원으로부터 취득한 것은 제외한다) 에 대하여 그 자산의 양도차익 (조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익 으로 한정한다) 에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. □ 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】 ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록 하여야 한다. ② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다. ③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 「부가가치세법 」 제8조를 준용한다. □ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다 ) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법 」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자 등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1 항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대 주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다. 가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원 (수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료 (이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다) 의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택 (임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. 다. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적 (제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다) 이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대 하거나 분양전환 (같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다) 하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액 (「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다) 이 해당 주택의 임대 개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100 분의 5를 초과하지 않는 주택 (임대료등의 증액 청구는 임대차 계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간 임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다 ). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택에 한정한다 . 〔3〕 「민간임대주택에 관한 특별법」 □ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의 】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다. 2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다 . 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택 나. 「주택법」 제4조 에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택 3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 【임대사업자의 등록 】 ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장 (구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ 군수ㆍ구청장"이라 한다) 에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」 제10조 의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다. ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다. 1. 삭제 2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택 3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택 〔4〕 「공공주택 특별법」 □ 공공주택 특별법 제2조 【정의 】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "공공주택"이란 제4조제1항 각 호에 규정된 자 또는 제4조제2항에 따른 공공주택사업자가 국가 또는 지방자치단체의 재정이나 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 "주택도시기금"이라 한다)을 지원받아 이 법 또는 다른 법률에 따라 건설, 매입 또는 임차하여 공급하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다. 가. 임대 또는 임대한 후 분양전환을 할 목적으로 공급하는 「주택법 」 제2조제1호에 따른 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택(이하 "공공임대주택"이라 한다) 나. 분양을 목적으로 공급하는 주택으로서 「주택법」 제2조제5호 에 따른 국민주택규모 이하의 주택(이하 "공공분양주택"이라 한다) 1의2. "공공건설임대주택"이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하여 공급하는 공공임대주택을 말한다. 1의3. "공공매입임대주택"이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하지 아니하고 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공임대주택을 말한다. □ 공공주택 특별법 제4조 【공공주택 사업자 】 ① 국토교통부장관은 다음 각 호의 자 중에서 공공주택사업자를 지정한다. 1. 국가 또는 지방자치단체 2. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사 3. 「지방공기업법」 제49조 에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사 4. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조 에 따른 공공기관 중 대통령령으로 정하는 기관 5. 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지 분의 100분의 50을 초과하여 출자ㆍ설립한 법인 6. 주택도시기금 또는 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 전부(도심 공공주택 복합사업의 경우에는 100분의 50을 초과한 경우를 포함한다)를 출자(공동으로 출자한 경우를 포함한다)하여 「부동산투자회사법」에 따라 설립한 부동산 투자회사