매매계약 체결 후 잔금 청산 전에 주택을 멸실한 경우 1세대1주택 비과세를 적용할 수 있는지 여부

쟁점물건은 대금청산일 이전에 이미 주택이 멸실되고 말소등기까지 완료되어 양도 당시 주택이 존재하지 않았음이 명백한 점, 매수인을 변경하여 재작성한 매매계약서에서 부동산의 표시를 ‘토지’로 명시하였고, 대금의 일부에 불과한 계약금만 지급된 상태에서 사실상의 소유권이나 처분권이 매수인에게 완전히 이전되었다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2021.6.9. 서울특별시 OOO 소재 대지 및 주택(이하 “쟁점물건”이라 한다)을 상속으로 취득하여, 2023.3.17. A과 쟁점물건을 OOO원에 매매하는 계약을 체결하였고, 2023.8.9. 쟁점물건 중 주택 건축물을 멸실한 후 2023.9.15. 주식회사 A(이하 “매수인”이라 한다)로부터 잔금을 수령하고 소유권이전등기를 마쳤다.나. 청구인은 2023.10.17. 쟁점물건의 양도를 토지의 양도로 보아 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2024.5.8. 쟁점물건의 양도가 1세대1주택 비과세 대상에 해당한다는 취지로 2023년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.다. 처분청은 쟁점물건이 양도일 현재 멸실되어 주택이 아닌 토지 상태로 양도된 것으로 보아 2025.6.17. 이를 거부하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.8. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 매매계약 체결 당시 쟁점물건은 명백히 주택으로서의 실체와 기능을 갖추고 있었으며, 계약의 목적물 역시 주택 및 그 부수토지이다.청구인은 쟁점주택에서 1985.10.20.부터 멸실 시까지 약 37년 동안 실제로 거주하였고, 매매계약이 체결된 2023.3.17. 당시에도 쟁점주택은 주택으로서 엄연히 존재하였다. 당초 계약 체결 시 작성된 매매계약서상 매매 목적물에 ‘주택’이 포함되어 있고, 이는 주택 건축물 및 부수토지 일체를 양도하기 위한 계약임이 명백하다. 매매대금 OOO원 또한 주택과 토지 전체의 가치를 평가하여 산정된 것이며, 거래의 출발점은 주택의 양도에 있었다.비록 공부상 멸실일이 잔금일보다 앞서지만, 이는 거래의 이행 과정에서 발생한 부수적인 사정일 뿐 계약의 본질이 주택의 양도라는 사실을 변경시키지 못한다. 매수인의 건축허가 등 편의를 위해 잔금 전 건물을 철거하였다는 사정만으로 이를 토지의 양도로 보아 비과세를 배제하는 것은 부당하다. 따라서 매매계약 체결 당시 주택이 존재하였고 그 상태로 거래가 시작되었다면 실질과세원칙에 따라 1세대1주택 비과세 규정을 적용하는 것이 타당하다.(2) 잔금 청산 전에 주택이 멸실되었더라도, 계약 체결 당시 주택이 존재하였고 사실상의 사용·수익·처분 권한이 매수인에게 이전되었다면 주택의 양도로 보아야 한다.청구인은 매매계약 체결 이후 쟁점주택에서 퇴거하고 매수인의 건축 허가 및 멸실 절차에 동의하였으며, 이로써 쟁점주택에 대한 사실상의 사용·수익·처분권한은 늦어도 건축물이 실제 멸실된 2023.8.9. 이전, 즉 주택이 실존하던 시점에 이미 매수인에게 이전되었다. 청구인은 조기 퇴거를 통해 해당 건축물에서 발생할 수 있는 임대 또는 제3자 매도를 통한 경제적 이익을 포기하였고, 철거 책임과 비용을 매수인에게 위임함으로써 주택에 대한 실질적인 처분 권한도 함께 귀속시켰다. 이러한 실질적 소유권 상실에 대한 보상 및 계약 이행의 담보 성격으로, 당초 매수인인 A이 잔금 지급에 대해 연대보증하는 조항을 추가하여 사실상의 권리 이전을 확약하기도 하였다.조세심판원 선결정례(조심 2024중1920, 2024.6.14.)는 매수인의 특수한 사정으로 잔금 청산 전에 사실상의 사용·수익·처분권한이 이전된 경우, 계약일 현재 주택이 존재한다면 이를 주택의 양도로 보는 것이 합리적이라고 판단하였다. 본 사건 역시 계약 시점에 주택이 존재하였고, OOO원이라는 고가주택 거래에서 계약일부터 잔금일까지의 기간이 6개월로 단기인 점 등 위 결정례의 사례와 거래 형태가 매우 유사하다. 처분청에서 제시한 대법원 판례(OOO) 역시 비과세 요건은 양도 시를 기준으로 함이 원칙이나, 장기간 농지로 사용하다 양도 당시 그 성격을 일시적으로 상실하였다고 하여 농지가 아니라고 볼 수 없음을 이유로 파기환송된 사건이다. 해당 사건의 파기환송심(OOO) 역시 토지의 실질을 농지로 인정하였는바, 형식보다 실질을 중시하는 판단이 본 건에도 동일하게 적용되어야 한다.(3) 매수인 변경 시 작성된 수정계약서는 당시의 현황을 반영한 것일 뿐 거래 가격과 본질은 당초 계약과 동일하다.2023.8.24. 작성된 수정계약서에 매매대상물이 토지만인 것으로 기재된 것은 이미 건물이 멸실된 시점에 계약서를 재작성하면서 공부상 현황을 단순히 반영한 것에 불과하다. 실질적으로 토지만을 매매한 것이라면 주택이 존재할 때와 가격 차이가 있어야 하나, 최종 매매대금은 최초 계약 시와 동일한 OOO원으로 유지되었다.부동산 거래에서 토지의 가치가 크더라도 건물의 가치가 OOO원일 수는 없으므로, 매매대금이 변동되지 않았다는 사실은 당초 계약 당시의 주택 가치가 그대로 포함되어 있음을 증명한다. 처분청이 매수인 변경계약서의 일부 문구만을 발췌하여 토지의 양도라고 주장하는 것은 계약서 작성 경위와 목적을 무시한 자의적 해석이다. 따라서 단순히 작성된 계약서 문구에 매몰되지 말고 거래의 전체적인 경위와 실질을 우선하여 판단하여야 한다.나. 처분청 의견(1) 양도소득세 비과세 요건은 양도 시점인 대금청산일 현재의 실지현황에 따라 판정하는 것이 원칙이다.양도소득세 비과세 요건은 양도일(대금청산일)을 기준으로 판정하는 것이 문언해석 및 법리에 부합하므로, 쟁점물건의 양도일인 2023.9.15. 당시 건축물이 이미 멸실되어 멸실등기까지 완료된 토지 상태였던 이상 비과세 적용은 불가하다. 대법원 또한 과세 요건의 판정은 특별한 사정이 없는 한 양도 당시를 기준으로 함을 명확히 하고 있다(OOO).기획재정부 유권해석(재산세제과-1543, 2022.12.22.)에 따르면 매매특약에 따라 잔금 청산 전에 주택을 멸실한 경우 ‘양도일 현재의 현황’에 따라 양도 물건을 판정하도록 규정하고 있다. 따라서 양도일 현재 존재하지 않는 주택에 대하여 비과세를 적용해 달라는 청구인의 주장은 법령상 근거가 없으며 양도 당시의 실지현황에 따라 과세한다는 원칙에도 어긋난다.(2) 청구인이 제시한 선결정례와 달리 이 건은 사실상의 소유권이 이전되었다고 보기 어려우며, 수정계약서를 통해 토지만의 매매임을 상호 확약하였다.청구인이 인용한 선결정례(조심 2024중1920, 2024.6.14.)는 잔금 청산 전 건물을 멸실하였더라도 중도금 시점에 매매대금의 92.7%라는 대부분의 대금이 지급되어 사실상의 소유권(사용·수익·처분권한)이 이전되었다고 볼 만한 특별한 사정이 인정된 사례이다. 반면, 본 건은 매매대금의 20%에 불과한 계약금만 지급된 상태에서 멸실이 이루어졌으므로, 해당 선결정례를 본 건에 원용하여 사실상의 소유권이 매수인에게 이전되었다고 주장하는 것은 타당하지 않다.2023.8.24. 매수인과 재작성한 부동산매매계약서 제16조 제1항에 ‘건물이 멸실되어 본 매매계약은 토지에 대해서만 체결되는 계약임’을 명시하고 양 당사자가 상호 확인하였는바, 이는 청구인 스스로 양도 시점에 거래 대상을 주택이 아닌 토지로 한정하였음을 증명한다. 또한 계약서 제9조에 따라 잔금 지급 전까지는 계약을 해제할 수 있는 권리가 유보되어 있었으므로, 대금의 일부인 계약금 지급만으로 사용·수익·처분권한이 이전되었다는 주장은 설득력이 없다. 결국 법적·실질적 소유권이 이전되는 잔금 청산일 이전에 주택이 멸실된 것이 명백하므로, 쟁점물건을 토지의 양도로 보아 비과세를 배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점매매계약 체결 후 잔금 청산 전에 주택을 멸실한 경우 1세대1주택 비과세를 적용할 수 있는지 여부나. 관련 법령(1) 소득세법제89조(비과세양도소득)① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세를 과세하지 아니한다.3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도소득으로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택으로 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.