쟁점매출처에 대한 거래가 가공거래라는 청구주장의 당부

쟁점거래는 1·2차 세무조사 당시 용역계약서 등을 제시하여 처분청이 정상거래로 인정한 점, 금융자료상 쟁점매출처에서 자금이 유입된 후, 쟁점매출처로 다시 반환된 것은 확인되지 않은 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움 청구법인이 2025.9.29. 제기한 2019년 제1기 부가가치세에 대한 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 처분청은 두 차례*에 걸쳐 청구법인의 부가가치세 세목별 조사를 실시하였고, 조사 당시 청구법인은 매출처 a㈜와 b㈜(두 매출처를 합하여 이하 “쟁점매출처”라 한다)와의 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)가 정상거래임을 주장하였으며, 처분청 또한 가공거래 혐의가 확인되지 않아 쟁점거래를 정상거래로 판단하였다.(2차) 2019년 제1기∼제2기, 2022년 제1기, 2024.5.14. 조사종결나. 이후 청구법인은 2024.12.18. 쟁점거래는 조사 당시 정상거래로 인정받았으나 실제 용역의 제공없이 세금계산서만 발행된 가공매출이었으므로, 2024.12.18. 처분청에 2019년 제1기~2022년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정청구 하였으나, 처분청은 2025.2.21. 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제3항에 따라, 2019년 제1기 부가가치세 경정청구에 대해서는 청구기한 도과하였다는 이유로 각하하였고, 2019년 제2기∼2022년 제1기 부가가치세 경정청구에 대해서는 청구법인이 제출한 자료만으로는 가공거래로 보기 어렵다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.30. 이의신청을 거쳐 2025.9.29. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 처분청의 청구법인 관련 자료상 조사 시 쟁점매출처 대표이사 c의 부탁으로 쟁점거래를 정상거래로 소명하였지만 이는 사실과 다르다.(가) 청구법인이 쟁점매출처로부터 쟁점거래에 따라 수취한 금전은 ㈜d 대표 e과의 협의를 통해서 우회적인 경로를 통해 다시 쟁점매출처의 대표이사에게 지급된 것이 확실하고, 청구법인의 대표이사 f에게 귀속된 소득 및 청구법인에게 귀속된 수입금액은 없기 때문에 경제적 실질 내용에 따라 부가가치세 등에 대하여 경정하여야 한다.(나) 제약 영업경력이 전혀 없는 청구법인의 대표이사가 약국 영업을 할 수 있는 능력이 없음을 처분청은 충분히 예상할 수 있었고, 청구법인의 거래구조가 청구법인이 인수한 기존 거래처의 제약 매출에 대한 일정 비율의 수수료를 인식하는 방식이었음에도, 병원 매출에 관여한 서류상의 기록이 전혀 없는 점 등으로 보아 쟁점거래가 가공거래임을 증명할 수 있었으며, 청구법인의 자금이 최종적으로 청구법인 대표이사의 계좌에서 현금으로 출금되었기에 쟁점거래를 가공거래로 인지할 수 있었음에도 청구법인과 쟁점매출처의 대표이사가 제출한 조작된 증빙서류를 사실관계 조사 없이 행정편의를 위해 정상거래로 인정한 것은 처분청의 잘못이 명백하다.(다) 처분청은 청구법인과 쟁점매출처 대표이사 간 세금계산서 발급을 위한 이메일 내용만 검토하더라도 쟁점거래를 비정상적인 거래라 인정할 수 있는 상황이었고, 쟁점거래가 정상거래라면 쟁점매출처의 대표이사가 청구법인의 대표이사에게 급여를 지급할 이유도 없었을 것이며, 청구법인이 제출한 녹취록의 내용에서도 쟁점매출처 대표이사가 청구법인에게 부과된 이 건 부가가치세 등에 대해 책임을 인정하지도 않았을 것이 명백한바, 쟁점거래는 가공거래가 명백하다.(2) 현재 청구법인의 대표이사는 처분청의 사실과 다른 세금계산서 관련 고발로 재판 진행 중이므로, 이 건 심판청구가 인용될 경우, 더 큰 처벌이 있을 것이 명백하지만, 그 처벌까지 감당하고자 한다.나. 처분청 의견(1) 이 건 청구 중 2019년 제1기 부가가치세 경정청구의 청구기한은 2024.7.25.로 심판청구일 현재 그 청구기한이 경과한바, 각하하는 것이 타당하다.(2) 청구법인은 2019년 제2기∼2022년 제1기 부가가치세 경정청구에 대해 청구법인이 이의신청 시 새롭게 제시한 일부 증빙(이메일 내용, 송금 관련 문자 대화 내용, 계좌거래내역 일부, 녹취록) 등을 사유로 가공거래임을 주장하고 있으나, 해당 내용은 처분청이 금융거래내역 확인, 거래처 확인 등을 거쳐 정상거래로 확인한 내용으로서 쟁점거래를 가공거래로 보기 어려우므로 처분청의 이 건 부가가치세 경정청구 거부는 타당하다.(가) 처분청의 1·2차 세무조사 당시 청구법인은 문답서 등을 통해 쟁점매출처와의 거래에 대해 일관성 있게 정상거래로 진술하였고, 쟁점매출처 또한 처분청의 거래사실 확인요청에 대해 마케팅 용역계약서, 용역수수료 명세 등을 제출하면서 정상거래임을 주장하였으며, 청구법인은 쟁점매출처에 세금계산서를 발급한 후 쟁점매출처로부터 매출대금을 받는 등 통상적인 금융내역이 존재하였고, 경정청구 당시에는 가공거래임을 증명할 추가 증빙서류 제출하지 않았으며, 쟁점매출처 또한 청구법인과의 거래에 대해 가공매입으로 수정신고·납부한 사실이 없다.(나) 경정청구 거부처분에 대한 이의신청 시 청구법인이 추가로 제출한 금융내역 및 처분청이 조사 당시 확인했던 금융내역을 통해서는 쟁점거래의 대금을 쟁점매출처 및 쟁점매출처 대표이사에게 돌려준 정황을 확인할 수 없고, 청구법인의 대표이사가 조사 종결 이후 쟁점매출처로부터 급여를 수령한 것만으로 쟁점거래를 가공거래로 보기는 어려우며, 청구법인이 추가로 제출한 쟁점매출처 대표이사와의 녹취록은 청구법인의 불복신청일 이후인 2025년 5월에 녹취된 자료로 신빙성이 없을 뿐 아니라, 쟁점거래를 가공거래로 볼 수 있는 구체적 사실관계에 대한 내용이 없고, 가공거래를 입증할 금융거래 내역 등도 확인할 수 없는바, 제출된 녹취록으로는 쟁점거래를 가공거래로 인정하기 어렵다.(3) 청구법인의 심판청구는 비록 형식적으로는 경정청구 기한(5년) 내 청구한 것이지만, 실질적으로는 기 실시한 부가가치세 세무조사 내용에 해당하는 것으로, 이는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 결정 또는 경정 후 경정청구 기한인 3개월을 도과하여 경정청구를 한 것에 해당한다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점거래가 가공거래라는 청구주장의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구법인의 사업 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 청구법인 사업 현황(나) 쟁점매출처의 사업 현황은 아래 ＜표2＞과 같다.＜표2＞ 쟁점매출처 사업 현황(다) 청구법인의 대표이사는 처분청의 1ㆍ2차 부가가치세 세무조사 문답서 작성 당시 쟁점거래를 정상거래라고 소명하면서 가 증빙으로 쟁점매출처 대표이사가 작성한 “거래사실 확인서”와 “마케팅 용역 위탁 계약서”를 제출하였고, 해당 계약서에 따른 마케팅 수수료 정산 내역 및 금융거래 정리 내역, 자금거래내역을 정리하여 제출한 사실이 확인된다.(라) 처분청은 청구법인에 대한 1ㆍ2차 부가가치세 세목별 세무조사 결과, 아래 ＜표3＞과 같이 경정하였다.＜표3＞ 청구법인 부가가치세 신고내역 및 가공거래 결정 내역(단위 : 백만원)가공거래로 확정된 거래처별 매입세금계산서 내역은 아래 ＜표4＞와 같고,＜표4＞ 청구법인 매입세금계산서 가공거래 내역(단위 : 백만원)가공거래로 확정된 거래처별 매출세금계산서 내역은 아래 ＜표5＞와 같다.＜표5＞ 청구법인의 매출세금계산서 가공거래 내역(단위 : 백만원)(바) 처분청은 청구법인과 청구법인의 대표이사를 「조세범 처벌법」위반 혐의로 고발하였다.(사) 청구법인은 2024.12.18. 쟁점거래가 실제로는 가공매출이었다고 주장하면서 아래 ＜표6＞과 같이 경정청구하였다.＜표6＞ 청구법인 부가가치세 경정청구 내용(단위 : 원)(아) 처분청이 제출한 이 건 경정청구 검토조사서에 따르면 청구법인은 쟁점거래에 대한 자금이 쟁점매출처에서 청구법인 또는 청구법인 대표이사에게 유입된 후 거래처(d, e)를 경유하여, 다시 쟁점매출처로 반환되는 방식의 순환거래를 하였다고 주장하였으나, 처분청이 정리한 쟁점거래에 대한 자금흐름을 보면, 거래처(d, e)에서 청구법인의 대표이사에게 계좌이체되거나 현금으로 출금된 사실만 확인될 뿐 쟁점매출처에 입금된 사실은 확인되지 않는 것으로 확인된다.(2) 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구법인은 쟁점거래가 실제 제공한 용역 없이 세금계산서를 발행한 것이라는 주장으로, 쟁점매출처 대표이사가 청구법인 대표이사에게 보낸 메일들을 제출하였고, 해당 메일에서는 쟁점매출처 대표이사가 청구법인 대표이사에게 세금계산서 발행을 요청하면서 발행시기