쟁점거래가 사업의 포괄양수도인지 여부

쟁점발전소 양도·양수에 대하여 사업의 포괄 양도·양수가 아닌 일반부동산 매매계약서를 작성하였고, 인적·물적시설에 대한 승계와 자산·부채의 정산 및 승계 등에 대한 내용이 포함되어 있지 아니하였으며, 동 계약서상 쟁점거래가액에 대한 ‘부가가치세 포함’이 기재되어 있어 청구법인과 양도법인이 쟁점발전소(사업장) 매매 시 쟁점시설에 대한 부가가치세 면제를 의도하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 포괄양수도로 보기 어려움 성동세무서장이 2025.2.6. 청구법인에게 한 2024년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급 거부처분과 2024년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 각각 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2024.2.8. 개업하여, 제주특별자치도 서귀포시 OOO토지(이하 “쟁점토지”라 한다)와 지상의 태양광 발전설비[이하 “쟁점시설”라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점발전소” 또는 “쟁점사업장”이라 한다]를 인수받아 태양광발전소를 운영중인 사업자이고, 유한회사 OOO(이하 “양도법인”이라 한다)은 2018.8.22. 개업하여 태양광발전소를 운영해 오다가 청구법인에게 쟁점발전소를 양도하고 2024.9.30. 직권 폐업되었다.나. 청구법인은 2024.3.5. 양도법인과 쟁점사업장의 쟁점발전소, 발전사업 및 개발행위 허가권 등 사업에 관한 일체 권리 및 의무를 총 OOO원(부가가치세 포함)에 매매하기로 계약을 체결한 후 계약에 따라 매매대금을 분할 지급하였고, 양도법인은 쟁점토지를 제외한 쟁점시설대 OOO원(부가가치세 OOO원 포함)에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하였다.다. 청구법인은 2024.10.23. 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 고정자산 매입분의 매입세액으로 공제하는 등 2024년 제2기(예정) 부가가치세 OOO원의 조기환급을 신청하였고, 양도법인은 2024.10.24. 쟁점사업장 양도와 관련한 2024년 제2기(예정) 부가가치세를 신고하였으나, 그 매출세액에 대한 납부할 세액을 미납하여 체납되었다.라. 처분청은 2024년 제2기(예정) 과세기간의 부가가치세 환급 신고를 검토한 결과, 쟁점발전소 매매거래를 「부가가치세법」 제10조 제9항 제2호의 사업의 양도로 보아 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 2025.2.6. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급을 거부하고, 2024년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.10. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 「부가가치세법」 제10조 제8항 제2호 본문 및 같은 법 시행령 제23조에서 정한 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 인적·물적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말한다(대법원 2003.1.10. 선고 2002두8800 판결 등 참조).한편, 그 사업은 인적·물적 시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 하고, 사업 양도의 경우에는 일반적으로 자산·부채의 평가와 영업권(대고객 관계, 사업상의 비밀, 경영조직 등)의 평가 등이 매우 중요한 요소로 작용한다고 보아야 한다(대법원 2006.4.28. 선고 2004두8422 판결 등 참조).(2) 쟁점발전소의 매매계약서에서는 사업의 포괄 양도·양수에 해당하는 내용이 확인되지 아니한다.청구법인은 2024.3.5. 양도법인으로부터 쟁점발전소를 OOO원[쟁점토지 OOO원, 쟁점시설 OOO원(부가가치세 OOO원 포함)]에 양도·양수하는 계약을 체결하였고, 「전기사업법」 제7조 및 같은 법 제10조에 따라 제주특별자치도지사에게 발전시설 양수의 인가를 신고하였다.그 결과 청구법인은 2024.3.19. 제주특별자치도지사로부터 발전사업 양수(종류 : 태양광, 설비용량 : 2,198㎾, 공급전압 : 22,900V, 주파수 : 60㎐)를 허가OOO받았다.또한 청구법인과 양도법인은 사업의 포괄양도·양수가 아닌 일반 부동산 매매계약을 체결하였고, 계약서에 사업의 포괄 양도·양수에 대한 합의 내용이 없다.위 계약서에 따르면, ‘발전시설의 부가가치세 포함’이라고 기재되어 있는 것으로 보아 부가가치세가 면제될 것을 의도하고 계약을 체결한 것이 아님을 알 수 있다.(3) 사업의 포괄 양도·양수로 보려면, 통상 자산·부채의 평가와 영업권(대고객 관계, 사업상 비밀, 경영조직 등) 등을 평가하고 이를 매매대금에 반영하여야 하는데, 이 건 양도·양수 계약서에 사업과 관련된 자산 및 부채나 영업권 등을 평가하였다고 볼만한 흔적이 없고, ‘대고객 관계, 사업상 비밀, 경영조직 등 이전’에 대한 내용이 없다.양도법인은 2023사업연도 법인세를 무신고하였고, 첨부서류인 재무제표를 미제출하였으며, 2024.9.30. 직권 폐업되었는바, 양도법인의 자산, 부채, 영업권의 평가 자체가 불가하다.양도법인은 쟁점발전소를 청구법인에게 양도하면서 일반부동산 매매계약서만을 작성하였을 뿐, 사업의 포괄 양도·양수계약서를 별도로 작성하지 아니하였다.이 건 일반부동산 매매계약서에는 매매목적물, 매매대금, 대금지급기일 등 부동산 매매거래에 있어 통상적으로 기재되는 내용만이 있을 뿐, 사업의 포괄적 양도·양수와 관련된 채권·채무 인수 등 내용이 전혀 없다.청구법인은 쟁점세금계산서를 수취하고 양도법인에게 부가가치세 상당액을 지급하였으며, 이에 따라 양도법인은 부가가치세 매출세액을 신고하였으므로 동 거래는 개별 재화의 공급 거래로 보는 것이 타당하다.위 사정들에 비추어 보면, 이 건 양도·양수 거래는 양도법인의 쟁점발전소를 특정하여 거래대상으로 삼은 것이 상당하고, 계약서 등 사실관계만으로는 이 건 양도·양수 거래가 양도법인의 사업용 재산을 비롯한 물적·인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도·양수하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체한 것이라 볼 수 없으며, 달리 이를 인정할 증거도 없다.또한 양도법인은 쟁점토지 및 쟁점시설 양도 당시 실질적 폐업 상태였고, 승계한 종업원이 없으며, 쟁점토지 및 쟁점시설 이외에는 양도법인이 보유한 매출채권이나 매입채무 및 차입금 등 부채, 영업권, 재고자산 등은 인수하지 아니하였다.(4) 처분청 의견에 대한 항변서 내용은 다음과 같다.(가) 청구법인은 양도법인에게 매매대금으로 2024.3.6.∼2024.10.21. 기간 동안 총 OOO원(공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원)을 지급하였는데, 이중 전자세금계산서의 교부일 후인 2024.7.15.∼2024.10.21. 기간 동안 OOO원을 지급하였으므로 처분청으로서는 양도법인의 부가가치세 체납액이 발생하지 않게 관리할 수 있었을 것으로 보인다.(나) 청구법인과 양도법인이 양도한 발전사업허가증(OOO2024.3.19.) 내용은「전기사업법」제7조 및 같은 법 시행규칙 제6조에 따라 제주특별자치도지사가 양도법인에게 허가한 발전사업 및 개발행위와 토지소유권을 청구법인에게 양도하는 것인데, 청구법인과 양도법인은 동 계약에 따라 쟁점토지와 쟁점시설을 공급하는 것으로 하여 부가가치세를 별도로 수수하였다.(다) 처분청도 이 건 거래대상으로 쟁점발전소 외 특별한 재고자산과 유형자산이 없는 것으로 확인된다며, 쟁점토지와 쟁점시설을 거래대상으로 한 것을 인정하고 있다.(라) 청구법인은 양도법인의 2023·2024사업연도 법인세 무신고로 인하여 사업의 포괄 양도·양수 시에는 부외부채의 발생 등 예기치 않은 문제 발생으로 불이익을 감수할 수밖에 없었고, 자산·부채 및 영업권 등을 평가할 재무제표도 있지 아니하여 자산·부채의 실제 상태를 확인할 수도 없었으며, 영업권도 평가할 수 없었다.또한 양도법인은 양도·양수 계약을 체결할 즈음에 국세를 체납한 것으로 알고 있어 사업의 양도·양수를 할 수 있는 여건도 아니었다.(마) 처분청은 청구법인이 사업의 양도가 불분명함에도 「부가가치세법」 제52조 제4항에 따라 대리납부를 하지 아니하였다는 의견이나, 청구법인은 양도·양수 계약서에 쟁점토지와 쟁점시설의 대금을 각 구분하였고, 부가가치세를 표기하고 재화의 공급임을 명확히 계약하였으므로 사업의 양도인지 판단이 불분명한 경우에 해당하지 아니하였다.또한 청구법인은 합의된 일자에 지체없이 대금을 지급하였으므로 계약 체결 시 대리납부를 할 수 있는 상황이 아니었다.(5) 따라서 이 건 양도·양수는 사업의 양도가 아닌 재화의 공급으로 보는 것이 타당해 보이므로 사업의 양도를 전제하여 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.나. 처분청 의견(1) 청구법인은 쟁점발전소 전부를 인수하여 경영주체만을 교체한 것이므로 사업의 양도에 해당한다.양도·양수 계약서에 따르면, ‘OOO 발전사업허가 및 개발행위허가권, 토지소유권 등 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 양도한다’고 기재되어 있고, 양도법인은 쟁점발전소 외 다른 사업