이 사건 전환이 법인세법상 부당행위계산부인 대상인지 여부

원고, 피항소인 주식회사 OOO 소송대리인 법무법인(유한) OO 피고, 항소인 OO세무서장 제 1 심 판 결 서울행정법원 2024. 10. 24. 선고 2023구합82490 판결 변 론 종 결 2025. 7. 16. 판 결 선 고 2025. 10. 29. 주 문 1. 제1심 판결을 취소한다. 2. 원고의 청구를 기각한다. 3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 1. 청구취지 피고가 2022. 5. 4. 원고에 대하여 한, 2019 사업연도 법인세 이월결손금 16,602,801,446원과 2019 사업연도 법인세 결손금 212,026,083원을 각 0원으로 감액 경정한 처분 및 2019 사업연도 법인세 1,255,746,111원(가산세 348,367,952원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다. 2. 항소취지 주문과 같다. 이 유 1. 처분 경위, 원고 주장 요지, 관계 법령 항소심인 이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 아래와 같이 일부 고쳐 쓰는 것 외에는 제1심 판결 이유 중 제1항 ‘처분의 경위’, 제2의 가항 ‘원고 주장의 요지’, 제2의 나항 ‘관계 법령’ 부분 각 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어, 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다[다만, 제1심 약어인 ‘OOO생명’, ‘광림’은 각각 ‘OOO생명과학㈜ 1) ’, ‘OO㈜’로 고친다]. ○ 제1심 판결문 제2면 제9행(비어있는 행을 포함하여 계산한다) “그중 100억 원의 ‘OOO 주식회사’는 2022. 3. 30. ‘OOOOOO생명과학 주식회사’로 상호를 변경하였고, 2024. 3. 29. ‘주식회사 OOOO’로 상호를 변경하였다(갑 제2, 21호증). 이하 상호 변경 전후를 구분하지 아니하고 ‘OOO생명과학㈜’이라 한다. 전환사채”를 “그중 200억 원의 전환사채”로 고쳐 쓴다. 2. 항소심 판단(제1심 판단 부당) 가. 쟁점 정리 등 1) 주식회사는 법인으로, 이론적으로는 영구적으로 존속한다. 이와 같은 주식회사의 소득에 대한 과세는 법인세법에 따라 1년 단위로 이루어지며, 조세법률주의에 따라 사전에 제정된 법률인 법인세법 규정에 따른 구성, 재구성 등이 예외적으로 인정된다. 그런데 이 사건 처분의 과세대상은 원고가 자기지분비율을 초과하여 인수한 이 사건 전환사채에 의하여 교부받은 주식의 가액이 전환가액을 초과함으로써 얻은 이익(주식가액과 전환가액의 차액)이고, 피고는 법인세법 제15조 제1항 , 법인세법 시행령 제11조 8호 , 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 의2, 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다) 제40조 제1항 제2호 나목을 이 사건 처분의 근거 조항으로 특정하고 있다. 2) 법인세법 시행령 제11조 제8호 는 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 ‘분여받은’ 이익을 익금으로 규정하고 있으므로, 이 사건 처분이 적법하기 위해서는 우선 원고가 분여받은 이익이 있어야 한다. 그런데 원고가 이 사건 전환사채를 저가인수하지 않아 전환사채 인수 당시에는 이익이 존재하지 않았으므로, 이와 같은 경우에도 ‘이익 분여’를 인정할 수 있는지가 문제된다. 2) 특히, 법인세법령이 전환사채등에 의한 주식전환으로 발생한 이익을 법인 주주 간의 ‘분여이익’으로 의제하거나 재구성하는 규정을 두고 있지 않고, 2) ‘신주발행을 통한 증자의 경우 ‘법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’에서의 ‘법인’에 주식발행 법인도 포함될 여지가 있다는 취지의 판시는 부적절하다‘는 대법원 2020. 12. 10. 선고 2018두34350 판결 취지 등에 의하면, 전환사채 발행회사와 주주인 법인 간에는 자본거래를 통한 이익 분여가 인정되기 어렵다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건에서의 이익 분여 주체는 OOO생명과학㈜의 법인 주주인 OO㈜이라고 할 것이다. 개인 주주에 대한 증여의제규정(상증세법 제40조 제1항)을 준용하고 있을 뿐이므로, 상증세법 규정에 따라 증여재산가액으로 재구성된 이익을 법인세법 제11조 제8호 의 ‘분여받은 이익’과 동일하게 볼 수 있는지 여부가 쟁점이다. 3) 한편, 법인세법 시행령 제88조 제1항 은 법인세법 제52조 제1항 에 따라 ‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’에 적용되는 규정이고, 위 ‘특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 경제인의 입장에서 볼 때 경제적 합리성을 무시한 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 조세 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우를 의미한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조). 따라서 특수관계인과의 거래라고 하더라도 경제적 합리성이 인정되는 경우에는 행위계산이 부인되지 않는다. 법인세법 시행령 제11조 제8호 에서 동 시행령 제88조 제1항 제8호의2를 준용하고 있으므로, 상증세법에 따라 전환사채를 주식으로 전환하여 얻은 이익을 분여받은 이익으로 재구성하는 경우에도 부당행위계산 부인 법리를 적용할 수 있는지 즉, ‘경제적 합리성’이 인정되는 경우 분여받은 이익으로 재구성할 수 없는지가 문제된다. 나. 항소심 논증 과정과 요지 등 1) 주식회사인 법인은 목적 사업만을 할 수 있는 것이 아니라 자본 행위도 할 수 있다. 2) 주식회사인 법인의 자본 행위에 관해 과세할 수 있는지는 조세법률주의라는 헌법 규정에 따라 조세법령에서 그 요건을 명시하고 있다. 3) 전환사채 인수도 주식회사인 법인의 자본 행위이고, 인수한 전환사채의 전환권 행사도 주식회사인 법인의 자본 행위이다. 4) 제1심 논증 핵심은 이 사건 전환사채 인수의 경제적인 합리성이 인정되므로 인수한 이 사건 전환사채의 전환권 행사로 얻은 이익의 원인되는 행위를 부당행위계산부인 대상 거래로 볼 수 없다는 것이나, 항소심까지 조사한 증거에 의하면 이 사건에서 인수한 이 사건 전환사채의 전환권 행사로 얻은 이익(목적 사업이 아니라 자본 행위로 얻은 이익)의 원인되는 행위의 경제적인 합리성을 인정하기는 어렵다. 5) 전환사채 인수로 인한 증여 재구성과 인수한 전환사채의 전환권 행사로 인한 증여 재구성을 명백하게 구분하여 과세요건을 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 제1심 논증 핵심 논증 외에 항소심 추가 쟁점에 따라 판단하더라도 원고의 청구가 인용되기는 어렵다. 6) 항소심 논증 순서는 일반적인 판단 순서에 따르며, 경제적인 합리성 부분은 제일 마지막 부분에서 판단한다. 다. 법인세법 시행령 제11조 제8호 의 과세요건 1) 근거 규정 및 법리 가) 법인세법 제15조 제1항 은 익금을 ‘자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액’으로 규정하고, 같은 조 제3항의 위임에 따른 법인세법 시행령 제11조 제8호 후단은 ‘ 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 익금에 산입한다’고 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 익금 규 정’이라 한다). 한편, 동 시행령 제88조 제1항 제8호의2 본문은 ‘제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 상증세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 자본거래를 통해 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우(이하 ‘제8호의2’라 한다)’를 부당행위계산 부인 유형 중 하나로 들고 있다. 한편, 상증세법 제40조 제1항 제1호 나목은 ‘전환사채를 발행한 법인의 최대주주나 그의 특수관계인인 주주가 그 법인으로부터 전환사채등을 시가보다 낮은 가액으로 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수 ･ 취득함으로써 얻은 이익’, 같은 항 제2호 나목에서는 ‘전환사채를 발행한 법인의 최대주주나 그의 특수관계인으로서 주주인 자가 그 법인으로부터 전환사채를 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수 ･ 취득한 경우로서 전환사채에 의하여 교부받은 주식의 가액이 전환가액을 초과함으로써 얻은 이익’을 각각 그 이익을 얻은 주체의 증여재산가액으로 한다는 취지로 정하고 있다. 나) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 1994. 2. 22. 선고 92누18603 판결, 대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 등 참조). 2) 법인세법 시행령 제11조 제8호 규정 ‘분여받은 이익’의 범위 근거 규정의 문언과 체계, 개정 연혁 등을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 위 법리에 따라 판단하면, 이 사건 익금 규정의 ‘분여받은 이익’에 상증세법 제40조에 따라 증여재산가액으로 재구성된 이익도 포함된다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 OOO생명과학㈜으로부터 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 이 사건 전환사채를 인수하고, 인수한 그 전환사채의 전환권 행사에 의하여 교부받은 주식의 가액이 전환가액을 초과함으로써 이익을 얻었다면 그 이익을 원고의 익금으로 산입할 수 있다고 보아야 한다. 가) 이 사건 익금 규정이 규정한 ‘자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’은 ‘제8호의2’가 규정한 ‘자본거래로 인하여 특수관계자에게 분여한 이익’에 대응하는 것이고, 그 실질적인 대상이 동일하다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두2736 판결 취지 참조). 한편, 제8호의2는 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환’을 이익을 분여하는 자본거래 유형 중 하나로 열거하고 있으므로, 제8호의2에서 정하고 있는 분여한 이익에 상증세법 제40조 제1항에 따라 증여재산가액으로 재구성된 이익도 포함된다고 해석함이 타당하다. 관련 규정의 체계와 내용을 종합하면, 이 사건 익금 규정에서 말하는 ‘분여받은 이익’과 상증세법 제40조 제1항의 ‘증여재산가액’은 그 실질적인 내용이 사실상 동일하다고 보아야 한다. 나) 자본거래를 통해 이익을 분여받은 주체가 개인 주주인 경우 상증세법이 적용되고, 법인 주주인 경우 법인세법이 적용된다. 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부개정된 법인세법 시행령이 1999. 1. 1. 시행되기 이전에는, 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 이익을 분여받은 경우 개인 주주는 상증세법의 증여의제규정에 의하여 증여세를 부담하였던 반면, 법인 주주는 법인세법에 명문의 규정이 없어 그 이익이 발 생한 사업연도에 법인세를 부담하지 않았고, 소유하고 있던 주식을 처분한 때에 주식 양도차익의 형태로 법인세를 납부할 뿐이었다. 그 후 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부개정된 법인세법 시행령에서 ‘제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’을 익금으로 산입하는 규정(위 구 법인세법 시행령 제11조 제9호 )이 신설되었고, 그에 따라 법인 주주가 특수관계자로부터 분여받은 이익에 관해서도 과세가 가능하게 되었다. 이러한 과세체계와 개정연혁 등을 고려하면, 이 사건 익금 규정은 변칙적 자본거래를 통해 이익을 얻은 법인 주주에 대해서도 과세권을 행사함으로써 개인 주주와 법인 주주 간의 과세 형평을 도모하는데 그 입법취지가 있다고 할 것이다. 다) 법인세법 제15조 제1항 은 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다’고 규정함으로써 순자산 증가설에 따른 포괄주의를 기초로 익금을 정의하고 있다. 이에 의하면, 이 사건 익금 규정은 예시적 규정에 불과하다. 따라서 재구성된 이익을 익금으로 보더라도 자본거래로 인해 법인에게 수익이 발생하였음이 인정되는 이상 포괄주의의 입장을 취하고 있는 법인세법의 취지에 반하지 않는다. 나아가 자본거래를 통