청구법인이 해외현지법인에 대한 대부채권을 출자전환하여 취득한 쟁점주식 시가와 채권 장부가액의 차액의 손금 귀속시기를 출자전환시로 보아야 한다는 청구주장의 당부

청구법인은 출자전환을 통하여 쟁점자회사에 대한 채권을 소멸시키는 대신 쟁점자회사의 신주를 취득한 것으로 손익거래에 해당하고, 쟁점주식 시가, 쟁점자회사와 금융기관간 계약 등에 비추어 쟁점자회사의 자본잠식에 따른 청구법인의 지급보증의무 이행의 위험이 현실화되었다고 볼 수 있는 등 그 출자전환 손실은 출자전환시의 손금으로 인정하는 것이 타당함 분당세무서장이 2025.6.16. 청구법인에게 한 2019사업연도 귀속 법인세 OOO원 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2002년 설립되어 건강기능식품의 개발, 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하는 법인으로, 2019사업연도 기간 동안 여섯 차례에 걸쳐 각각 지분율 100%인 미국 소재 해외자회사 OOO(이하 “미국자회사”라 한다)와 호주 소재 해외자회사 OOO(이하 “호주자회사”라 하고, “미국자회사”와 “호주자회사”를 통틀어 “쟁점자회사들”이라 한다)에 대한 유상증자에 참여하여 주금납입상계방식으로 쟁점자회사들에 대한 외화대부채권을 출자로 전환하고 쟁점자회사들의 신주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득(이하 “쟁점출자전환”이라 한다)하면서,취득한 쟁점자회사들 신주의 취득가액을 취득 당시의 시가(1주당 OOO원, 보충적 평가액)가 아닌 쟁점자회사들 대부채권의 장부가액(미국자회사 주식 1주당 USD OOO 총 20,500,000주, 호주자회사 주식 1주당 AUD OOO 총 10,000,000주)으로 처리하고, 외화환산에 따른 차액만을 외환차익 또는 외환차손으로 계상하였다.나. 청구법인은 2020.3.26. 별도의 세무조정 없이 2019사업연도 법인세 과세표준 OOO원 및 세액 OOO원을 신고·납부하였고, 2025.3.31. 처분청에게 쟁점주식의 시가와 쟁점출자전환으로 소멸된 쟁점자회사들에 대한 대부채권 가액의 차액인 OOO원(이하 “쟁점출자전환손실”이라 한다)을 2019사업연도 세무상 손금에 산입하여 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.다. 처분청은 2025.6.16. “쟁점출자전환은 액면발행으로서 「법인세법」상 ‘자본거래’에 해당하여 ‘출자전환손실(손금)’이 발생할 여지가 없고, 현지법인의 자본잠식, 순손익 및 순자산 등 재무상황의 추이만으로는 쟁점주식의 보충적 평가액을 장부가액보다 적게 평가할 만한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어려움”이라는 이유를 들어 청구법인의 경정청구를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.21. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점출자전환으로 취득한 쟁점주식의 취득가액은 ‘취득 당시의 시가’이고, 쟁점출자전환은 자본거래가 아니라 손익거래이다.(가) 「법인세법」제41조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제4의2는 “채무의 출자전환에 따라 취득한 주식의 취득가액은 ‘취득 당시의 시가’로 한다”고 규정하고 있으므로 청구법인이 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가가 크다면 그 차액(출자전환이익)만큼 순자산이 증가하여 익금에 산입하여야 하고, 반대로 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가가 작다면 그 차액(출자전환손실)만큼 순자산이 감소하여 이에 대한 손금으로 산입하여야 한다.(나) 조세심판원은 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가(취득가액)가 컸던 사안에서 “그 차액인 출자전환이익만큼 순자산의 증가가 발생하였으므로 해당 차액을 익금에 산입하여야 한다”는 취지로 결정(조심 2020서2807, 2021.11.8.)하였으며, 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가가 작았던 사안에서도 “채권자인 청구법인의 입장에서는 이 건 출자전환은 자본거래의 성격보다는 손익거래의 성격이 더 크므로 출자전환 시점에 손익을 인식함이 합리적으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점출자전환손실을 청구법인의 2016사업연도 손금으로 인정함이 타당하다”는 취지로 결정(조심 2023서9444, 2024.7.9.)하는 등 출자전환을 손익거래로 판단하고, 그 관점에서 출자전환으로 인한 손익 발생 시 이를 익금 또는 손금으로 산입하는 것이 타당하다는 입장을 일관되게 취하고 있다.(다) 법원 또한 “채권자 법인은 채무의 출자전환을 통해 채무자 법인에 대한 채권을 소멸시키는 대신 채무자 법인의 신주를 취득하는 것으로서, 채권의 소멸과 신주의 취득은 서로 대가관계에 있다고 봐야 하는바, 이 사건 채무의 출자전환은 하나의 거래를 구성하는 것이므로, 그 전후를 비교해 원고의 순자산의 증감이 있었는지 따져 과세하는 것이 타당하고, 원고의 주장과 같이 이를 대여금 반환채무와 주금 납입 채무의 상계 및 순수한 신주 취득행위로 나누어 개별적으로 파악할 것이 아니다”고 판결(서울고등법원 2024.1.30. 선고 2023누34363 판결 참조)하였고, 대법원은 원심을 그대로 확정(대법원 2024.5.31.자 2024두34818 판결)하여 출자전환을 손익거래로 판단하는 입장인바, 쟁점출자전환을 손익거래로 봄이 타당하다.(2) 쟁점출자전환으로 취득한 쟁점주식의 매매사례가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)에 따른 보충적 평가금액이 「법인세법」상 시가로 간주되는 바, 이때 보충적 평가금액이 장부가액보다 적은 것에 대한 ‘정당한 사유’를 고려하는 것은 옳지 않다.(가) 「법인세법 시행령」제72조 제2항 제4의2호 및 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호는 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 시가로 보는 것이나, 그러한 시가가 불분명한 경우 상증세법상 규정을 준용하여 평가한 가액(이하 “보충적 평가금액”이라 한다)을 시가로 보도록 규정하는데, 보충적 평가금액이 장부가액보다 낮은 경우 보충적 평가금액을 시가로 봄에 있어 장부가액과의 차이에 대한 ‘정당한 사유’의 존재 여부를 별도로 판단하도록 하는 문언은 존재하지 아니한다.(나) 처분청이 거부사유로 제시한 “현지법인의 자본잠식, 순손익 및 순자산 등 재무상황의 추이만으로는 쟁점주식의 보충적 평가액을 장부가액보다 적게 평가할만한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다”는 이유는 상증세법 시행령 제55조 제1항 단서의 취지와 유사하나 이는 비상장법인의 순자산가액을 계산하는 방법에 관한 단서 규정일 뿐 「법인세법」상 주식의 ‘시가 인정’ 자체를 부정하거나 ‘정당한 사유’라는 별도의 요건을 부가할 근거가 될 수 없다.(3) 쟁점출자전환은 청구법인의 경영상 위험을 회피하기 위한 거래로서 경제적 합리성이 있는 행위에 해당하므로 출자전환 시점에 손금에 산입하여야 한다.(가) 청구법인은 쟁점자회사들에게 대부채권을 취득하는 방식으로 자금을 공급하였고, 쟁점자회사들의 OOO 등 외부 금융기관 차입에 대해 지급보증을 제공하였다.(나) 쟁점자회사들 모두 시장 안착을 위한 판매관리비 투입 및 설비 투자의 지속 등으로 인해 지속적으로 비용이 발생하였으며, COVID-19와 소비 침체 등 영향으로 매출 또한 크게 감소하여 회사 운영에 어려움을 겪던 중 미국자회사가 손실 누적에 따라 채무초과상태에 이르렀다.(다) 청구법인은 자회사들의 재무구조 개선 등이 이루어지지 않는다면 기존 대여금 회수가 어려워지고 외부 금융기관에 대한 지급보증 의무까지 함께 이행하여야 할 수 있다고 판단하여 2018사업연도부터 쟁점자회사들에 대한 대부채권을 각각 1주당 액면가액(미국자회사는 주당 USD OOO, 호주자회사는 주당 AUD OOO)에 출자로 전환하고 신주를 취득하였는데, 쟁점출자전환이 있었던 2019사업연도의 미국자회사에 대한 대부채권금액은 USD OOO(원화기준 OOO원)이고 호주자회사에 대한 대부채권금액은 AUD OOO(원화기준 OOO원)이다.(라) 청구법인은 쟁점출자전환을 하지 않았다면 쟁점자회사들에 대한 대여금 회수가 불가능해질 수 있었고, 차용금을 대위변제해야하는 등 재정적 문제점이 발생할 가능성이 매우 높았으므로 쟁점출자전환은 청구법인이 경영상 위험을 회피하기 위해 정상적인 경제인으로서 행한 합리적 행위에 해당되며,조세심판원은 청구법인의 2018사업연도 미국자회사에 대한 출자전환의 경제적 합리성을 인정하여 「법인세법」상 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다고 결정(조심 2024중2603, 2024.11.14.)한 바 있다.(4) 쟁점출자전환에 경제적 합리성이 있다면 쟁점출자전환손실은 2019사업연도 세무상 손금으로 인정되어야 한다.(가) 조세심판원은 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가(취득가액)가 작았던 사안에서 “채권을 출자전환하는 경우 채권은 소멸하고 그에 대신하여 주식을 취득하게 되는 것이므로, 채