사업권 양도에 대한 부가가치세 공급가액 계산방법 등

질의요지 ○ 데이터센터 개발 및 공급을 목적으로 설립된 SPC가 사업개시 전에 제조업 등을 영위 하는 사업자와 체결한 사업 용 부동산 매매계약의 매수인 지위를 PFV에게 이전하며 데이터센터 개발 사업권을 양도하는 경우 1. 본건 거래가 사업의 양도에 해당하는지 2. (사업의 양도에 해당하지 않는 경우) 사업권 양도에 대한 부가가치세 공급가액 계산방법 사실관계 ○ 신청법인은 데이터센터 * 개발을 위한 전기사용 승인권, 영업권 등(이하 “사업권”)을 확보한 후 해당 사업 권을 매각하기 위해 ’21.9월 설립한 특수목적회사(SPC)로 * 서버, 네트워크, 스토리지 등 IT 서비스 제공에 필요한 장비를 한 건물에 모아 통합 관리하는 시설(전력 소비가 많아 전력 확보가 중요) - 정관상에는 ◇◇도에 데이터센터 시설을 건설 및 매각하는 사업(이하 “본건사업”)을 수행하고 그 수익을 주주에게 배당하는 것을 목적으로 기재하고 있으며, 사업자등록증상 업태는 부동산업이고 업종은 부동산개발 및 공급업임 ○ 신청법인은 주식회사 ◎◎ * (이하 “부동산매도인”)으로부터 토지와 건축물 (이하 “본건부동산”)을 매수하는 내용의 계약(이하 “본건부동산계약”)을 ’21.9월 체결하였고 * 사업자등록증상 업태는 제조, 도매, 부동산업 등이며 종목은 전자부품, 플라스틱제품, 무역, 임대(부동산) - 계약금액은 총 265억원(토지 252억원, 건물 13억원, VAT 별도)으로 대금 은 계약 금 15억원과 잔금 250억원을 지급하기로 하였으며 ’22.3월 계약금 15억원(토지 1,427백만원, 건물 73백만원)을 지급하였으며 - 계약금 지급 후 신청법인은 데이터센터 시설을 건설하기 위해 필수적 으로 필요한 전력확보용역을 진행하였고 이에 따라 한국전력공사 로부터 전기사용승인 * 을 받았음 * 전력확보용역에 지출된 비용은 약 5억원 ○ 한편, 신청법인은 ’21.10월 A법인에게 자산의 관리를 위탁하였 고 해당 자산관리업무는 자산관리·운용·처분에 관한 업무 * 와 일반사무 ** 로 구분됨 * 사업부지 취득, 개발, 자금집행 등 본건 사업에 관한 매각 업무 일체 ** 주식발행, 세무 및 계산 등 일반사무 ○ ’22.3월 신청법인은 △△ (이하 “지위승계인” 또는 “사업권양수인 * ”) 에게 본건부동산의 매수인의 지위를 승계 및 사업권을 양도하는 계약 ** (이하 “본건사업권계약”)을 체결하였고 * 사업권양수인은 부동산 개발 및 공급업을 영위하는 ｢조세특례 제한 법｣ 제104조의31 제1항에 따라 설립된 법인(PFV)이며 신청법인 과 특수관계 에 해당하지 않음 ** 사업권 양도 대금은 총 250.4억원(VAT 포함)이며 본건부동산계약의 계약금 15억원이 포함된 금액 - 해당 사업권 가액은 사업권양수인과 별도 합의하여 결정하였으나 감정평가법인으로부터 유사평가사례 부존재로 별도 평가액을 산정 받지 못하였음 ○ 한편, ’22.3월 사업권양수인은 자산관리업무를 공동위탁하여 자산관리· 운용 ·처분에 관한 업무는 B법인 에게 일반 사무는 A법인에게 위탁 하였음 <본건사업 관련 체결된 계약> 번호 계약당사자 계약 내용 1 부동산매도인, 신청법인 본건부동산계약 2 부동산매도인, 신청법인, 사업권양수인 본건부동산계약의 매수인지위 이전계약 3 신청법인, 사업권양수인 본건부동산계약의 매수인지위 이전 및 사업권 양도계약 <사업권 양도 관련 신청법인의 수행업무> 번호 수행업무 1 3자간 계약 체결과 동시에 이 사건 매매계약서 원본의 교부 및 자료 이관 2 본건사업을 진행하기 위하여 확보한 한국전력공사의 전기사용승인 (계약 전력 60,000kw)에 대한 전기사용권리 이전(전기사용자 명의 변경) 3 본건사업의 투자자(우선주 지분투자자 등) 모집 업무 이관 및 협조 4 본건사업의 임차 의향자(국내 및 해외 포함) 모집 업무 이관 및 협조 5 기타 구조고도화사업 및 건축인허가 등 본건사업을 진행하면서 필요한 절차 및 자료에 대하여 “갑”의 권한과 보유자료 범위 내에서 협조 <본건사업권계약 주요 내용 발췌> 양도인: 신청법인(이하 “갑”) 양수인: 사업권양수인(이하 “을”) “을”은 “갑”으로부터 이 사건 매매계약의 매수인 지위 및 데이터센터를 건설 할 수 있는 개발권, 사업권 등 일체의 권리를 양도받아 본건 사업을 진행하고자 한다. 제2조(매수인지위 및 사업권 등의 이전대금) ① “을”은 “갑”으로부터 이 사건 매매계약의 매수인지위 및 본건 부지에서 데이터센터를 개발할 수 있는 권리를 포함한 사업권 등 일체의 권리를 포괄적으로 이전 받는 대가로 합계 금 25,047,300,000원(vat 포함, 이하 “본건 사업권 이전대금”)을 지급한다. ② 본건 사업권 이전대금은 “갑”이 이 사건 매매계약 제2조에 따라 이미 지급한 계약금 1,507,300,000원(vat포함)과 이 사건 매매계약 체결 이후 “갑”이 지출한 모든 비용 및 데이터센터 개발사업권, 영업권의 가치를 종합적으로 고려해 산정한 금액이다. ③ 1. 매매계약계약금: 1,507,300,000원 2. 사업권이전대금: 23,540,000,000원(vat 포함) 제3조(대금의 지급시기 및 방법) ① “을”은 “갑”에게 제2조제3항 1. 매매계약계약금의 합계 1,507,300,000원과 2. 사업권이전대금의 계약금 1,650,000,000원(vat 제외)의 합계 3,157, 300,000원을 본 사업권 이전계약 체결일에 지급하고, (이하생략) ④ “을”은 이 사건 매매계약의 매수인지위를 이전 받음에 따라 이 사건 매매계약의 잔금 25,000,000,000원(vat 별도)을 매도인에게 직접 지급 해야할 의무가 있고, “을”이 실제로 이 사건 매매계약의 잔금을 지급하는 지 여부는 “을”의 “갑”에 대한 제1항의 지급의무에 영향을 미치지 않는다. 관련 법령 ○ 부가가치세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 부가가치세법 시행령 제2조 【재화의 범위】 ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다. ○ 부가가치세법 시행령 제6조 【사업 개시일의 기준】 법 제5조제2항에 따른 사업 개시일은 다음 각 호의 구분에 따른다. 다만, 해당 사업이 법령 개정 등으로 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우에는 그 과세 전환일을 사업 개시일로 한다. 1. 제조업 : 제조장별로 재화의 제조를 시작하는 날 2. 광업 : 사업장별로 광물의 채취·채광을 시작하는 날 3. 제1호와 제2호 외의 사업 : 재화나 용역의 공급을 시작하는 날 ○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제10조 【재화공급의 특례】 ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조 제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다. ○ 부가가치세법 시행령 제23조 【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】 법 제10조제9항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별 (｢상법｣에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( ｢법인세법｣ 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다. 1. 미수금에 관한 것 2. 미지급금에 관한 것 3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지‧건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 ○ 부가가치세법 제14조 【부수 재화 및 부수 용역의 공급】 ② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다. 1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역 ○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 14. 토지 ○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】 ⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니 하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한 다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. ○ 부가가치세법 시행령 제63조 【과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용된 재화의 공급가액 계산】 ① 법 제29조제8항에 따른 과세표준에 포함되는 공급가액은 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세 기간의 공급가액이 없을 때에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가 까운 과세기간의 공급가액으로 계산한다. 공급가액 = 해당 재화의 공급가액 × 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 과세된 공급가액 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총공급가액 ② 제1항에도 불구하고 제81조제4항제3호, 같은 조 제5항 또는 제82조 제2호를 적용받은 재화 또는 제83조에 따라 납부세액이나 환급세액을 사용면적비율에 따라 재계산한 재화로서 과세사업과 법 제29조제8항에 따른 면세사업등(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통 으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 과세표준에 포함되는 공급 가액은 다음 계산식 에 따라 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 사용면적비율이 없을 때에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 사용면적비율에 의하여 계산한다. 공급가액 = 해당 재화의 공급가액 × 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 과세사용면적 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총사용면적 ③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화의 공급가액 전부를 과세표준으로 한다. 3. 재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간에 신규로 사업을 시작하여 직전 과세기간이 없는 경우 ○ 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 ① 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 ｢소득세법｣ 제99조 에 따른 기준시가(이하 이조 에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재 의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가 가액[제28조에 따른 공급시기 (중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시 일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 한다. 2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우 로서 감정평가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액: 다만, 감정평가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다. 3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 ○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. ○ 조세특례제한법 제104조의31 【프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제】 ① ｢법인세법｣ 제51조의2 제1항제1호 부터 제8호까지의 규정에 따른 투자회사와 유사한 투자회사로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 법인이 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도에 대하여 대통 령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 배당을 결의한 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도의 소득금액에서 공제한다. <각호 생략>