청구법인이 이 건 부동산을 산업용 건축물 등으로 신축하기 위하여 취득한 후 유예기간 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

이 건 자회사가 부담한 임차료는 임가공료에 포함되어 청구법인에 다시 청구되므로 청구법인이 수취하는 임대수익은 사실상 없는 것으로 볼 수 있는바, 청구법인이 쟁점공장을 고유목적인 제조업이 아니라 임대업 목적으로 사용하였다고 보기는 어려운 점, 건물3동은 청구법인이 매입한 ACF 및 아크릴 원자재와 이 건 자회사가 임가공한 청구법인의 아크릴 완제품을 보관하는 장소로 제품 제조시설의 부대시설로 볼 수 있는 점, 건물4동은 층별로 폐쇄되지 않고 개방된 구조로 제품생산을 위한 기계장치가 건물 전층에 걸쳐 설치되어 있고, 해당 기계장치 가동에 필요한 냉각수배관 등 각종 생산설비가 임대 면적의 구분 없이 공장 전체적으로 매설 및 연결되어 있는 것으로 보여 제품 제조시설의 부대시설로 볼 수 있는 점 등 경기도 화성시장이 2023.7.14. ＜별지1＞과 같이 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원 및 2018년도～2022년도 재산세 등 합계 OOO원의 부과처분과, 2024.1.18. ＜별지2＞와 같이 청구법인에게 한 취득세 등 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 모두 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2017.6.27. 경기도 화성시OOO(6,049.5㎡), 같은 리 OOO(6,058㎡), 같은 리 OOO(6,065.1㎡) 합계 18,172.6㎡의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하고 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따른 산업용 건축물등을 신축하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아 취득세의 100분의 75를 경감받은 후, 쟁점토지 취득일로부터 3년 이내에 건물1동부터 건물4동까지 총 4동의 공장용 건축물(이하 “쟁점공장”이라 하며, 위 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하였는데, 건물1동 및 건물2동은 2018.6.26. 사용승인을, 건물3동 및 건물4동은 2018.12.7. 사용승인을 받았다.나. 청구법인은 사업을 위탁제조방식으로 운영할 목적으로 2017.9.26. 100% 출자하여 자회사 ‘OOO주식회사’(이하 “이 건 자회사”라고 한다)를 설립하고, 쟁점공장의 일부 면적에 대하여 임대를 하는 계약들을 체결한바, 이에 청구법인은 2018.8.21., 2019.1.31., 2019.5.3. 3차에 걸쳐 쟁점공장 임대면적(1차 신고 : 1동 1,470㎡ 임대, 2차 신고 : 3동 240㎡, 4동 1,200㎡ 임대, 3차 신고 : 1동 468.98㎡, 2동 36㎡, 3동 720㎡ 임대) 및 임대로 인한 토지 안분면적에 대해 아래 ＜표1＞과 같이 취득세를 신고·납부하였다(즉, 임대부분은 감면 미적용하고, 임대하지 않는 부분만 감면 적용함).＜표1＞ 취득세 신고내역(단위 : ㎡)○○○다. 처분청은 2023.5.29.부터 2023.6.17.까지 청구법인을 세무조사한 결과, 청구법인이 위 ＜표1＞의 쟁점토지 사용면적(7,363.1393㎡), 건물1동 사용면적(1887.72㎡)과 건물4동 사용면적(928.68㎡)을 사실상 임대하였거나 공실인 것으로 보아, 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다며, 2023.7.14. ＜별지1＞과 같이 기 감면한 취득세 등 합계 OOO원 및 2018년도～2022년도 재산세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다.라. 한편, 청구법인은 이 건 자회사에 임대한 면적(건물3동 240㎡, 건물4동 1,200㎡ 합계 1,440㎡)은 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따라 경감되어야 한다며, 2024.1.18. ＜별지2＞와 같이 취득세 등 OOO원을 감액해야 한다는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.3.14. 이를 거부하였다.마. 청구법인은 처분청의 취득세·재산세 등 부과처분 및 경정청구 거부처분에 불복하여 2023.10.4. 및 2024.6.5. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인과 이 건 자회사의 사업구조는 다음과 같다.청구법인은 2017.6.27. OOO사업 진출 목적으로 쟁점토지를 취득하고 2018년 6월 및 12월경 쟁점토지 위에 쟁점공장을 신축하였다.한편 청구법인은 2017.9.26. A제품 등 임가공 목적으로 100% 출자를 하여 이 건 자회사를 설립하고, 이 건 자회사와 A 및 OOO(이하 “B”이라 한다) 제품을 임가공하여 납품하도록 하는 내용의 임가공계약을 체결하였다.A 및 B 사업은 기획부터 연구, 설계, 영업 및 판매까지 모두 청구법인의 계산과 책임하에 운영되며, 제품 제조(임가공)만을 임가공업자인 이 건 자회사에게 위탁하는 사업구조이다.＜표2＞ A 및 B 사업구조○○○즉, 청구법인 소속 연구개발그룹에서 생산할 제품을 기획하고 원자재를 이 건 자회사에게 제공하면, 이 건 자회사는 제공받은 기획안 및 원자재를 가지고 건물1동에서는 A 제품을, 건물3동 및 건물4동에서는 B 제품을 각 제조하여 청구법인에 납품한다.이 건 자회사는 매월 초 용역수행에 관한 실적을 청구법인에게 제출하고, 청구법인은 이를 검증한 후 임가공료를 이 건 자회사에 지급하며, A 제품 및 B 제품을 청구법인 명의와 책임으로 시장에 판매하고, 제품 판매에 따른 매출은 전부 청구법인에 귀속된다.(2) 청구법인이 경정청구한 임대면적(건물3동 및 건물4동 1～3층)은 이 건 자회사가 청구법인이 위탁한 제품의 임가공을 위해 사용한 것이므로 이는 청구법인의 직접 사용에 해당하며 임대업 영위 목적으로 사용한 것으로 볼 수 없다.(가) 청구법인은 이 건 자회사에게 부동산을 임대할 목적이 아닌, 자기 제품을 제조하기 위하여 수탁업체(임가공업체)에게 제공하였으므로 이 건 자회사로부터 임대료를 수취할 이유가 전혀 없으나, 「산업직접활성화 및 공장설립에 관한 법률」에서 타인공장에서 제조행위를 하고자 하는 경우에는 임대차계약체결 후 공장등록을 하도록 강제하고 있어, 청구법인이 자기의 제품 제조를 임가공업체인 이 건 자회사에게 맡기는 과정에서 불가피하게 형식적으로 임대차계약이 체결된 것에 불과하다.(나) 이 건 자회사가 부담한 임차료는 전액 임가공료에 포함하여 청구법인에 다시 청구되는 방식으로, 청구법인이 수취하는 임대수익이 없는바, 청구법인이 쟁점공장을 자신의 고유업무인 제조업 목적이 아닌 임대업 목적으로 사용하였다고 볼 수 없다.이 건 자회사는 B 제품을 임가공 하면서 발생한 총비용에 마진을 붙여 청구법인에게 임가공료를 청구하는데, 이 건 자회사는 청구법인과 체결한 임대차계약서상 공장 임대료를 해당 임가공 비용에 전부 포함하여 최종 임가공료를 산정하는바, 청구법인 입장에서는 이 건 자회사와 임대차계약을 체결하는 것과 제조시설을 무상으로 사용하도록 하는 것 사이에 경제적 실질의 차이가 없어 굳이 임대차계약을 체결할 필요가 없음에도 관련법령상 임대계약을 통한 공장등록이 불가피하였기에 형식상 임대차계약을 체결한 것이다.(다) 조세심판원은 특정 제품을 직접 제조하지 않고 다른 업체에 의뢰하여 그 제품을 제조케 하고 이를 인수하여 판매하는 경우(소사장제 방식)라도, 생산할 제품을 직접 기획하고, 자기계정으로 구입한 원재료를 계약사업체에 제공하여, 그 제품을 자기명의로 제작케 하고 이를 인수하여 자기 책임 하에 직접 시장에 판매하는 경우 제조업으로 분류하여야 한다고 결정(조심 2022지926, 2023.6.20.)하였다(다만, 위 결정사례에서는 자회사 명의로 외부 매출이 발생하는 방식이므로 직접 사용으로 보지 않았다).(라) 처분청이 처분의 근거로 제시한 대법원 판결(대법원 2012.11.29. 선고 2012두17179 판결 등)은 이 건과 사실관계가 상이하여 원용될 수 없다.즉 위 판결은 법인이 증축한 건물을 자기의 사업인 냉장 및 냉동창고업에 사용하지 않고 임차법인에게 임대하고 임차법인은 해당 건물을 자기 사업을 위하여 사용한 사안으로, 부동산 취득자가 소유 부동산을 자기의 본래 사업 용도와는 전혀 무관하게 임대수익을 얻을 용도로만 사용하였기에 지방세 감면대상에서 배제된 사례이다. 처분청이 제시한 대법원 2016.12.1.자 2016두49587 판결 또한 농협중앙회가 소유 부동산을 자기의 고유 업무인 구판사업(구매 및 판매사업)에 사용하지 않고 유통자회사인 ㈜농업유통에 임대하여 지방세 감면대상에서 배제된 사례이다.반면, 본 건은 이 건 자회사가 지불하는 임차료는 임가공료 안에 포함되어 다시 청구법인에게 청구되므로 사실상 임대수입이 없어 실질과세원칙상 청구법인은 임대업을 영위하였다고 볼 수 없다.심지어 위 대법원 판결과 동일 적용 조문인 구「지방세법」 제276조 제1항과 관련하여 지방세 심사에서는 중소기업이 아닌 이 건 자회사에게 임대한 경우라도 업무상 필요에 의해 불가피하게 부동산을 임대하였다면 ‘직접 사용’으로 보았다(지방세심사2000-OOO).(3) 건물1동의 3층(연구소, 식당), 4층(강당) 및 건물3동(창고)은 이 건 자회사가 청구법인의 제품 제조시설(공장)의 부대시설로 사용하였으므로 해당 부분도 감면대상 공장의 범위에 포함되어, 제조시설과 함께 청구법인이 자기의 고유업무인 제조업에 직접 사용한 것으로 보아야 한다.(가) 「지방세특례제한법 시행규칙」 제6조에서 감면대상이 되는 공장의 범위에는 순수한 공장용 건축물의 연면적뿐만 아니라, 해당 제조시설을 지원하기 위한 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설이 포함되는 것으로 규정하고 있다.