쟁점주택들은 철거계획 확정에 따라 이에 대한 철거보상이 이루어졌으므로 종합부동산세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부

처분청이 쟁점주택들에 대하여 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨. 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따라 서울특별시 OOO 일대에서 A 주택재개발정비사업(이하 “쟁점재개발사업”이라 한다)의 시행을 위해 2009.5.29. 조합설립인가를 받은 조합으로, 2020.2.7. 서울특별시 OOO구청장으로부터 쟁점재개발사업에 대한 관리처분계획인가를 받았다.나.청구법인은 위 관리처분계획인가에 따라, 쟁점재개발사업 대상구역 내 토지 또는 건축물을 소유하고 있으나 분양신청을 하지 아니한 사람들이 소유하던 주택 총 OOO호(이하 “쟁점주택들”이라 한다)를 협의 또는 수용으로 취득하여, 이를 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1.) 당시 보유하였다.다.처분청은 서울특별시 OOO구청장이 청구법인에게 쟁점주택들에 대한 2021년 귀속 재산세를 부과하였음을 이유로 2021.11.25. 청구법인에게 쟁점주택들에 대한 2021년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 결정·고지하였다.라.청구법인은 쟁점주택들이 「지방세법」 제109조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령(2025.5.27. 대통령령 제35544호로 일부개정되기 전의 것으로, 이하 같다) 제108조 제3항에 따른 재산세 비과세 대상에 해당한다고 주장하며 2021년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 2025.3.7. 제기하였으나, 처분청은 쟁점주택들이 재산세 비과세 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2025.4.24. 위 경정청구를 거부하였다.마.청구법인은 이에 불복하여 2025.7.16. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점주택들은 「지방세법」 제109조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제108조 제3항에 따라 재산세 및 종합부동산세 비과세 대상에 해당한다.(가) 청구법인은 쟁점주택들을 멸실시키기 위하여 2020년 6월경까지 쟁점주택들의 당초 소유자들(현금청산 대상자)에게 협의 또는 수용에 따른 보상금을 모두 지급하고 그 무렵 쟁점주택들을 인도받았는바, 청구법인이 지급한 협의 또는 수용에 따른 보상금은 예정된 철거에 대한 보상이라고 할 것이므로, 쟁점주택들은 2021년 귀속 재산세 과세기준일(2021.6.1.) 당시 ‘철거보상계약이 체결된 주택’에 해당한다.(나) 쟁점주택들은 청구법인이 이를 취득할 당시부터 쟁점재개발사업 시행에 따른 철거가 예정되어 있었고, 청구법인은 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1.) 전에 이미 쟁점주택들의 건축물 해체신청 등을 완료한 뒤 철거공사를 시작하여 2021.9.14.경 전부 철거가 완료되었는바, 쟁점주택들은 ‘재산세를 부과하는 해당 연도(2021년)에 철거하기로 계획이 확정된 주택’에도 해당한다.(다) 따라서 쟁점주택들은 「지방세법」 제109조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제108조 제3항이 비과세 대상으로 규정한 ‘재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 철거보상계약이 체결된 주택’에 해당한다.(2) 「종합부동산세법 시행령」이 2022.2.15. 대통령령 제32425호로 일부개정되면서 제4조 제1항 제21호가 신설되어 종합부동산세 합산배제 대상주택에 ‘주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 그 취득일부터 3년 이내에 멸실시키는 주택’이 추가되었는바, 그 취지를 고려하더라도 쟁점주택들에 대한 종합부동산세 등을 부과하여서는 아니 된다.(가) 「종합부동산세법 시행령」(2022.2.15. 대통령령 제32425호로 일부개정된 것) 제4조 제1항 제21호의 신설은, 정비사업에서 사업시행자가 주택의 신축을 위하여 철거할 목적으로 기존 주택을 취득한 경우 그 주택을 종합부동산세 과세대상에 포함하는 것은 적절하지 아니하다는 입장에서, 이러한 주택이 과세대상에서 제외됨을 분명하게 하는 데에 그 취지가 있다 할 것이다.(나) 청구법인은 도시정비법에 따라 설립되어 재개발사업을 시행하는 주택재개발조합으로, 쟁점주택들은 모두 「종합부동산세법 시행령」(2022.2.15. 대통령령 제32425호로 일부개정된 것) 제4조 제1항 제21호가 규정한 ‘주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 그 취득일부터 3년 이내에 멸실시키는 주택’에 해당하는바, 쟁점주택들에 대한 종합부동산세 등은 부과되어서는 아니 된다.(3) 처분청은 「지방세법」 제109조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제108조 제3항에 따른 비과세 규정은 철거보상계약의 주체가 행정관청일 경우 적용되는 것인 점, 쟁점주택들은 재산세 비과세 대상이 아니라는 점을 경정청구 거부처분의 이유로 제시하였으나, 이는 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다.(가) 「지방세법 시행령」제108조 제3항은 그 문언상 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택의 경우 계약의 주체가 행정관청일 경우에만 비과세 대상에 해당한다고 해석되지 아니하고, 한편 청구법인은 2009.5.29. 서울특별시 OOO구청장으로부터 조합설립인가를 받음으로써 관계 법령이 정하는 바에 따라 일정한 행정작용을 하는 행정주체로서의 지위를 부여받았다고 할 것이다(대법원 2009.9.24. 선고 2008다60568 판결 및 대법원 2010.7.8. 선고 2009두4449 판결 참조).(나) 종합부동산세 부과처분은 재산세 과세자료를 토대로 하여 이루어지는 것일 뿐 그 근거 법률과 처분권자, 부과절차 및 불복절차가 모두 별개인 독립한 과세처분이므로, 재산세에 관하여는 불복하지 아니하고 이를 모두 납부하였더라도 종합부동산세는 재산세 부과처분과 별도로 다툴 수 없다거나 재산세의 부과가 종합부동산세 부과처분의 효력에 영향을 미친다고 볼 수 없다(서울행정법원 2023.7.21. 선고 2022구합79411 판결 등 참조).(4) 법원은 이 건과 유사한 사안에 대하여 종합부동산세 등을 부과할 수 없다고 판결(대구지방법원 2008.7.9. 선고 2007구합902 판결 외 하급심 판결 다수)하였다.나. 처분청 의견(1) 쟁점주택들은 재산세 비과세 대상에 해당하지 아니한다.(가) 철거예정주택에 대한 재산세 비과세 규정은 철거보상계약의 주체가 행정관청일 경우에 한정하여 적용되는 것으로, 행정관청으로 의제되지 않는 민간주체인 재개발조합 등이 철거보상계약을 체결한 경우에는 적용되지 아니한다.(나) 행정안전부의 유권해석(행정안전부 부동산세제과-772, 2023.10.31.)에 의하더라도, 「지방세법 시행령」 제108조 제3항의 비과세 대상이 되는 경우라고 함은 “행정관청으로부터” 철거보상계약이 체결된 건축물로 보는 것으로서, 철거보상계약의 주체가 “행정관청”일 경우에만 이에 해당하는 것으로 보아야 한다.(2) 「지방세법 시행령」 제108조 제3항에 따른 비과세 특례는 주택의 건물부분에 한정하여 적용이 가능하다.(가) 설령 철거보상계약의 주체가 행정관청에 한정되지 아니한다고 보아 쟁점주택들이 재산세 비과세 대상에 해당한다고 볼 수 있다 하더라도, 관련 비과세 특례는 주택의 건물부분에 한정하여 적용되어야 한다.(나) 「지방세법 시행령」 제108조 제3항의 재산세 비과세 특례는 같은 항 후단의 규정에 따라 건축물에 해당하는 부분에 한정하여 적용되어야 하는 것이므로, 주택의 부속토지 부분은 종합부동산세 과세대상에 해당한다(대법원 2024.12.24. 선고 2024두55235 판결 참조).(3) 종합부동산세는 재산세의 후행세목이므로, 이 건 종합부동산세 부과처분은 정당하다.(가) 종합부동산세는 지방세인 재산세를 기초로 과세되는 세목으로서, 「종합부동산세법」제7조는 과세기준일 현재 재산세 납세의무자를 종합부동산세의 납세의무자로 규정하고 있다.(나) 처분청은 이 건 경정청구 처리 과정에서 서울특별시 OOO구청장에게 재산세 부과에 관한 사실확인을 요청하였고, 서울특별시 OOO구청장은 쟁점주택들이 「지방세법 시행령」 제108조 제3항에 따른 재산세 비과세 대상 주택에 해당하지 않는다고 회신하였다.(다) 서울특별시 OOO구청장이 종합부동산세 부과의 기초가 되는 재산세를 부과하였고 해당 재산세 부과 처분을 달리 취소 또는 경정하지 아니하는 한 이 건 종합부동산세 부과처분은 유효한 것이다.3.심리 및 판단가.쟁점쟁점주택들은 철거계획 확정에 따라 이에