「민간임대주택에 관한 특별법」 개정으로 임대사업자 등록이 말소된 쟁점다세대주택에 대하여 종합부동산세 합산배제를 적용할 수 있는지 여부

쟁점다세대주택의 등록말소는 2020.8.18. 개정된 민특법 제6조 제5항의 법률 규정에 의하여 직접 이루어진 것으로서 지방자치단체장의 등록말소 처분의 존재나 효력 여하에 영향을 받는다고 보기 어렵고, 민특법과 「종합부동산세법」 부칙 등에서 임대사업자등록의 자동말소 구제 관련 별도의 경과규정을 두고 있지도 아니함(조심 2026서107, 2026.3.19., 같은 뜻임). 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 부산광역시 남구 OOO(이하 “A”이라 한다) 201~504호 등 합계 16개호(각 호당 40㎡ 이하) 및 부산광역시 남구 OOO(이하 “B”이라 한다) 201~504호 등 합계 16개호(각 호당 40㎡ 이하, 위 A과 합하여 이하 “쟁점다세대주택”이라 한다)를 보유하고 있고, 2010.9.6. 해운대구청장에게 A 16개호를 매입임대주택으로 등록하고 관할 세무서에 ‘C’라는 상호로 주택임대업 사업자등록을 하였으며, 2011.1.25. B 16개호를 매입임대주택으로 추가하여 임대사업자등록을 갱신하는 한편, 관할세무서에 쟁점다세대주택 임대로 사업자등록증을 갱신하였다.나. 처분청은 2025년 7월 국세청장의 ‘2025년 종합부동산세 임대주택 등 합산배제 점검’ 결과, 2020.8.18. 법률 제17482호로 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민특법”이라 한다)이 개정되면서 단기민간매입주택 제도가 폐지되었고 개정 당시 쟁점다세대주택의 임대의무기간이 이미 종료되어 해운대구청장이 청구인의 임대사업자 등록을 말소한 사실을 확인하고, 청구인이 2021~2024년 귀속 종합부동산세 신고 시 임대주택으로 합산배제 신청한 쟁점다세대주택에 대해 합산배제 적용을 배제하여, 2025.11.12. 청구인에게 2021~2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.22. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 해운대구청장이 쟁점다세대주택 임대사업자 등록을 직권말소한 것은 위법하고, 이러한 말소 처분에 근거한 이 건 종합부동산세 부과처분 역시 위법하다.(가) 청구인은 쟁점다세대주택에 대하여 2011.1.25. 매입임대주택으로 임대사업자 등록하였는데, 갱신한 임대사업자등록증[등록번호(OOO)]상 임대개시일(2010.9.6.)만 기재되어 있을 뿐 임대기간 종료일에 대한 내용은 없으므로 자동말소 대상 단기임대주택에 해당하지 아니한다.(나) 청구인이 2011.1.25. 쟁점다세대주택의 임대사업자 등록을 갱신할 당시 유의사항으로 ‘등록변경 사유가 발생한 경우 등록변경신청을 하여야 하고, 임대개시일부터 5년 이내에는 매각할 수 없다’는 내용만 안내받았는데, 이후 2025.9.16. 청구인이 이 건 부과처분 관련 과세예고 통지를 받기 전까지 임대사업자 등록 관련 어떠한 변동도 없었고, 청구인은 매년 이에 근거하여 쟁점다세대주택에 대하여 종합부동산세 합산배제 신청을 해왔다.(다) 처분청은 2020.8.18. 법률 제17482호로 민특법 제6조 제5항이 신설되어 단기민간임대주택 제도가 폐지되면서 이에 따라 쟁점다세대주택의 임대사업자 등록이 직권말소되었다고 하나, 관할 지방자치단체장인 해운대구청장은 2020.6.9. 개정된 민특법 부칙 제3조 제3항 제3호에 따라 기존 매입임대주택(쟁점다세대주택)이 단기임대주택으로 변경된 사실이나 쟁점다세대주택의 임대사업자 등록 직권말소 사실에 대하여 청구인에게 어떠한 고지도 하지 아니하였다(해운대구청 담당자는 이를 고지하였다고 하나 청구인은 고지를 받은 사실이 없음).(라) 따라서 쟁점다세대주택 임대사업자 등록의 직권말소는 「행정절차법」에 따른 청문, 의견제출, 증거조사 등의 절차를 거치지 않았을 뿐 아니라 처분의 사전통지도 누락한 위법한 처분이고, 이러한 말소처분을 토대로 이루어진 후행처분인 이 건 종합부동산세 부과처분도 위법하다 할 것이다.(2) 설령 해운대구청장의 임대사업자 등록 직권말소 처분이 적법하다 하더라도, 처분청이 정당한 사유 없이 과세를 지연하여 2021~2024년 귀속 종합부동산세를 2025년 9월이 되어서야 과세예고 통지한 것은 청구인이 쟁점다세대주택에 대하여 임대사업자를 다시 등록하고 종합부동산세 합산배제 신청을 할 수 있는 권리를 침해한 중대한 절차적 하자에 해당한다.(가) 「종합부동산세법」 제16조 제1항은 “관할세무서장은 납부하여야 할 종합부동산세의 세액을 결정하여 해당 연도 12월 1일부터 12월 15일까지 부과·징수한다”고 규정하고, 같은 조 제3항은 “종합부동산세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 해당 연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하고 있으므로, 종합부동산세는 부과징수방식이 우선이고 신고납부방식은 보완적으로 설계된 세법이라고 볼 수 있다.(나) 청구인은 2025년 10월에 쟁점다세대주택에 대하여 장기매입일반임대주택(10년 이상)으로 다시 임대사업자 등록을 하고 2025년 귀속 종합부동산세 합산배제 신청을 하였는데, 만일 처분청이 쟁점다세대주택의 임대사업자 등록 말소 이후 즉시 청구인의 합산배제 신청을 부인하여 2021년 귀속 종합부동산세를 부과하였더라면 청구인은 쟁점다세대주택에 대하여 위와 같이 다시 임대사업자 등록을 하여 이후 과세기간에 임대주택 합산배제를 적용받을 수 있었을 것이나, 처분청의 과세지연으로 청구인은 이러한 권리를 행사하지 못하였다.나. 처분청 의견(1) 청구인은 임대사업자등록증상 쟁점다세대주택의 임대개시일만 있을 뿐 종료일은 없으므로 쟁점다세대주택은 자동말소 대상인 단기 임대주택에 해당하지 않는다고 주장하나,(가) 「종합부동산세법 시행령」 또는 민특법에 따라 지방자치단체장이 발급하는 임대사업자등록증에는 최초등록일, 등록번호, 임대주택의 소재지, 주택구분, 주택종류, 주택유형, 전용면적, 임대개시일, 등록이력 등을 기재하도록 하고 있는데 이는 행정의 통일성·명확성·신뢰성 확보를 위한 공문서 서식의 절차적인 표시일 뿐이고, 등록증에 임대기간 종료일을 표시하도록 정하고 있지 않다.(나) 「종합부동산세법」상 임대기간은 같은 법 시행령 제3조 제7항 제1호에 따른 “구「임대주택법」에 따라 지자체에 임대사업자 등록, 구「소득세법」에 따라 세무서에 임대사업자 등록 및 실제 임대를 개시의 세 가지 요건을 모두 충족한 날”로부터 계산하는 것이며, 구「임대주택법」을 민특법으로 개정하면서 장기일반민간임대주택이 도입되었으나, 청구인은 2021~2024년 귀속 종합부동산세과세기준일(6.1.) 현재 쟁점다세대주택을 준공공임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 등록하지 아니하였으므로, 쟁점다세대주택은 기존의 임대의무기간(4년)이 적용되는 단기임대주택에 해당한다.(다) 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조에 따르면, 합산배제 임대주택의 요건으로 민특법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 관할 지방자치단체에 임대사업자등록을 한 자로서, 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 주택으로 규정하고 있는 바, 「종합부동산세법 시행령」 제3조가 적용되기 위해서는 민특법에 따른 임대사업자 등록을 할 것뿐만 아니라 임대사업자 등록을 유효하게 유지하고 있을 것을 그 요건으로 하는 것인데(조심 2022구2453, 2022.10.4. 참조), 청구인은 2020.8.18.자로 임대사업자등록이 자동말소되어 2021～2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 과세표준에서 합산배제되는 임대주택 요건을 충족하지 못하였으므로, 처분청이 쟁점다세대주택을 종합부동산세 과세대상 물건에 포함하여 청구인에게 종합부동산세를 부과한 처분은 잘못이 없다.(2) 청구인은 또한 해운대구청장으로부터 매입임대주택(쟁점다세대주택)이 단기임대주택으로 변경된 사실이나, 그 등록이 자동말소된 사실 등을 통보받지 못하였으므로 쟁점다세대주택이 합산배제 임대주택에서 제외된다고 볼 수 없고, 이러한 통보를 받았다면 청구인이 쟁점다세대주택을 장기일반매입임대주택으로 다시 임대사업자등록하여 합산배제를 받을 수 있었으므로 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하나, 쟁점다세대주택의 임대사업자등록 말소는 민특법 제6조 제5항에 의하여 이루어진 것으로서 별도의 처분 또는 통지가 필요하지 아니하고(조심 2022서1437, 2022.5.12. 참조), 민특법상 자동말소에 대한 별도의 경과규정도 두고 있지 아니하므로 청구주장은 이유 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점「민간임대주택에 관한 특별법」 개정으로 임