주식매수청구권을 행사하고 조특법 제16조의4 납부특례 신청후 동일 과세기간에 해당 주식을 양도한 경우 조특법 제16조의3 적용여부

1. 사실관계 신청인은 ‘23.3경 ㈜○○○(이하 ’벤처기업‘)에 주식매수청구권(10,000주, 주당 행사가액 25,000원)을 부여받는 조건으로 최고기술책임자로 입사하였음 - 신청인의 주식매수청구권은 ’24년 해당 주식 5배 분할로 인해 50,000주(주 당 행사가액 5,000원)로 변동됨 - 신청인은 ’25.3.29 주식매수청구권 중 40,000주(이하 ‘쟁점주식’)를 행사함(행사일의 1주당 시가 70,300원) - 주식매수선택권 행사시 조특법§16의2 비과세 특례(2억원) 적용 후 남은 행사차익 241백만원에 대하여 조특법§16의4 과세특례 신청함 ○ 신청인은 ‘25.12경 쟁점주식을 모두 처분함(1년 미만 보유) 2. 질의요지 ○ 주식매수선택권을 행사하여 조특법§16의2 비과세특례 2억원 적용 후 초과하는 행사차익 24억원에 대하여 조특법§16의4 과세특례를 신청한 후 - 주식매수선택권 행사일과 같은 과세기간에 처분한 경우(1년 미만 보유) 조특법§16의3 납부특례를 적용받을 수 있는지 여부 3. 관계법령 ○ 조세특례제한법 제16조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】 ① 벤처기업 임원 등이 2027년 12월 31일 이전에 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 ｢상법｣제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 ｢소득세법｣제127조, 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다. 2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 ｢소득세법｣제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세 표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 "분할납부세액"이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다. 3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 ｢소득세법｣제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다. ② 벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 ｢소득세법｣ 제74조제4항의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다. ③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 ○ 조세특례제한법 제16조의4 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】 ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2027년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 ｢소득세법｣제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 "시가 이하 발행이익"이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사시에 ｢소득세법｣제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다. 1. ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것 2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것 ② 적격주식매수선택권 행사시 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함 에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도 하여 발생하는 소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다) 에 대해서는 ｢소득세법｣제94조제1항제3호에도 불구하고 양도소득세 를 과세한다. ③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ④ 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 ｢법인세법｣제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. ⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 같은 항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익(제1호의 경우에는 증여 또는 처분한 주식에 대한 벤처기 업 주식매수선택권 행사이익)을 ｢소득세법｣제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며, 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다. 1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다): 증여일 또는 처분일 2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우: 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날 3. 제8항에 따른 전용계좌를 통하여 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 거래한 경우: 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주 식을 최초로 거래한 날 ⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣제8조제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부 여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑦ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 제14조제1항제7호를 적용하지 아니한다. ⑧ 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 한다. ⑨ 제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용한다. ⑩ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청ㆍ운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제14조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부 특례】 ① 법 제16조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 해당 과세기간의 종합소득금액과 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 계산할 때 법 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다. 해당 과세기간의 종합소득 금액에 대한 결정세액 ‒ 해당 과세기간의 종합소득금액에서 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 제외하여 산출한 결정세액 ② 법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 재정경제부령으로 정하는 특 례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)를 원천징수의 무자에게 제출하여야 한다. ③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 재정경제부령으로 정 하는 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출한 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 ｢소득세법｣제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서의 사본을 납세지 관 할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑤ 제2항부터제4항까지의 규정에도 불구하고 제2항의 기간 내에 특례적용 신 청서를 제출하지 아니한 벤처기업 임원 등으로서 법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 자는 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 ｢소득세법｣제70조에 따른 종합소득과세 표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제 출하여야 한다. ⑥ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 벤처기업임원등이 주식매수선택권 행사로 취득한 주식이 입고된 계좌를 관리하는 금융회사등에 해당 주식의 주식매수선택권 행사 당시 시가 정보를 제공해야 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제14조의4 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】 ① 법 제16조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업"이란 벤처기업이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 기업을 말하며, 법 제16조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣제16조의3제1 항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(｢벤처기업육성에 관한 특 별법｣제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)을 말한다. 1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자 2. 해당 법인의 주주로서 ｢법인세법 시행령｣제43조제7항에 따른 지배주주등에 해당하는 자 3. 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주 4. 제3호의 주주와 ｢국세기본법 시행령｣제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자 ② 법 제16조의4제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 재정경제부령으로 정하는 특례적용신청서에 재정경제부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출해야 한다. ③ 제 2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행 사로 지급하는 주식을 제10항에 따른 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 재정경제부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 재정경제부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣제8조제1항에 따른 금융투자업자 (이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)는 재정경제부령으로 정하는 주 식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서"라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑤ 법 제16조의4제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다