종전해석례(1세대1주택 비과세 적용)를 신뢰하여 주택의 양도를 진행하였다가 이후 상반된 신규해석례로 인해 양도소득세를 납부하게 된 경우 이를 취소해야 한다는 청구주장의 당부

종전해석례를 바탕으로 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하게 되었다고 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가. 청구인은 2016.12.5. 취득한 경기도 용인시 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 보유한 상태에서, 2022.1.17. 경기도 성남시 OOO(이하 “신규주택”이라 한다)을 취득(배우자와 각각 1/2 지분)하고, 서울특별시 강동구 OOO분양권(배우자 취득, 이하 “신규분양권”이라 한다)을 2023.3.20.(청약당첨일) 취득한 후 2024.8.9. 쟁점주택을 OOO원에 양도(계약체결일 : 2024.6.10.)하고 2024.10.31. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구인은 기존의 국세청 예규(사전-2023-법규재산-739, 2023.11.15., 이하 “종전해석례”라 한다)를 신뢰하여 쟁점주택의 양도가 비과세 적용대상이라고 판단하고 양도를 진행하였으나 중도금(2024.7.10.)까지 치른 후에 비로소 새로운 예규(기획재정부 재산세제과-906, 2024.7.31., 이하 “신규해석례”라 한다)가 생성된 것이므로, 신의성실원칙 등을 적용하여 쟁점주택을 1세대1주택 비과세 대상으로 보아 기납부한 양도소득세를 환급해 달라는 취지로 2025.11.14. 경정청구를 하였으나 처분청은 2025.12.31. 이를 거부하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.22. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장처분청은 청구인의 사정은 고려하지 않고 단지 신규해석례가 납세의무 성립일 이전에 발표되었다는 이유로 해당 내용을 적용하여 청구인의 경정청구를 거부하였는바, 이는 다음과 같은 이유로 위법·부당할 뿐만 아니라, 세액(OOO원) 규모를 감안했을 때 청구인 세대에게 지나치게 가혹한 재산상 손실을 가져온다.(1) (매매계약 해지 불능) 청구인은 쟁점주택의 매매잔금일(2024.8.9.)을 앞둔 시점에서 상기 종전해석례가 신규해석례로 변경된 사실을 인지하게 되었지만, 이미 중도금까지 수령한 시점에서 계약을 해지하면 위약금이 발생할 수밖에 없는 사유 등이 있어 예정된 잔금일에 쟁점주택에 대한 소유권이전을 완료하였다.대법원은 매매대금과 관련하여 매수인이 중도금을 지급하여 이미 이행에 착수한 이상 매수인은 「민법」 제565조에 의하여 계약금을 포기하고 매매계약을 해지할 수 없다고 판시하였는바(대법원 2000.2.11. 선고 99다62074 판결), 청구인은 쟁점주택 매매와 관련하여 중도금까지 수령(2024.7.10.)했던 상황에서 그 이후 고시(2024.7.31.)된 신규해석례를 이유로 쟁점주택의 매매계약을 현실적으로 해지할 수 없었다. 또한 배우자가 2023.3.20. 청약당첨된 신규분양권OOO도 홀로 사시는 부친과 함께 거주할 목적이었기 때문에 단지 쟁점주택의 양도소득세 부담이 많다는 이유로 당첨 취소를 결정할 수 없었다.(2) (신뢰보호의 필요성) 청구인은 종전해석례를 신뢰한 시점에서 쟁점주택의 양도계약을 체결(계약금 수령) 및 진행(중도금 수령)하여 어떠한 방법으로도 쟁점주택의 계약 체결 이전 상태로 되돌릴 수 없었던 불가항력적인 구속 상태(계약 파기 시 위약금 발생)에 있었다. 또한, 신규분양권(2023.3.20. 취득) 역시 분양대금(OOO원)의 20%에 해당하는 금액(OOO원)을 계약금으로 납부한 이래 중도금 총 6회차 중 5회차에 해당하는 금액(분양대금의 50%, OOO원)을 신규해석례(2024.7.31.) 전인 2024.5.22.까지 납부하여 총 OOO원(분양대금의 70%)을 지급한 상태였는바, 이를 취소(포기)하는 것은 현실적으로 불가능했다.처분청은 대법원 판례를 인용하면서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 예외적인 경우에만 적용된다고 주장하는데, 위에서 살펴본 바와 같이 이 사건은 그 ‘특별한 사정이 있는 예외적인 경우’에 완벽히 부합한다.(3) (예측가능성 위배) 처분청은 잔금일(납세의무성립일) 기준으로 새로운 해석(신규해석례)을 적용하는 것이 정당하다고 주장하나, 이는 법령의 기계적 적용에 불과하다.국세청 기본통칙 18-0…2(새로운 세법해석의 적용시점)의 본래 취지는 납세자가 충분히 예측할 수 있는 상황에서 새로운 해석을 적용하라는 것인바, 청구인은 쟁점주택 양도 절차의 90% 이상이 진행된 시점(잔금일부터 불과 9일 전)에 발표된 새로운 해석을 도저히 예측할 수 없었다. 거래가 사실상 종결 단계에 이르렀음에도 불구하고, 단지 잔금을 정산하지 않았다는 이유만으로 기존의 모든 행정 해석을 뒤집어 과세하는 것은 조세행정의 예측가능성과 법적안정성을 침해하고 실질적으로는 해석 변경 이전에 이미 형성된 청구인의 거래관계와 신뢰를 사후적으로 심각하게 침해하는 결과를 초래한다.(4) (세법상 경과규정의 일반적 적용) 일반적으로 양도소득세 비과세 요건에 대한 부칙 개정 시 “개정 전 계약금을 지급한 경우에는 종전의 규정에 따른다”고 규정하는 것에서 알 수 있듯이 세법은 양도소득세 1세대1주택 비과세 요건 관련 개정내용 적용시기를 ‘계약금 지급 시점’ 등을 기준으로 판단하는 경향성이 있다. 2017년 발표된 ‘8.2 부동산 대책’과 관련하여 개정된 「소득세법 시행령」 부칙(대통령령 제28293호, 2017.9.19.) 제2조(1세대1주택 비과세 요건에 관한 적용례 등)에서도 ‘계약금을 지급한 사실이 확인되는 주택’에 대해서는 종전의 규정을 따르도록 명시하고 있다.본 건은 법령이 아닌 예규의 변경이지만, 그 실질적인 파급효과가 법령 개정과 다름없으므로 조세법의 일반 원칙에 따라 계약 체결 및 중도금 수령 당시의 해석을 적용하여 납세자의 신뢰를 보호함이 타당하고 조세 정의에도 부합한다. 따라서, 청구인이 종전해석례가 유효하게 존재하던 시점에 이미 매매계약을 체결하고 중도금을 수령했음에도, 이러한 사정을 고려하지 않고 단지 잔금일이라는 형식적 기준만으로 새로운 해석을 적용하는 것은 세법상 경과규정이 일반적으로 지향하는 신뢰보호의 취지와 조화되기 어렵다.(5) (처분청의 자기 부정) 처분청은 청구인이 신뢰한 종전해석례가 생성된 지 1년 미만이라며 그 가치를 폄훼하나, 이는 국가기관인 국세청의 공식적인 법규 해석을 스스로 부정하는 모순된 태도이다. 오히려 처분청의 자료에서도 언급된 조세심판원 선결정례(조심 2015서1874, 2015.8.21.)는 “기존 예규를 신뢰한 납세자의 신뢰를 보호함이 타당하다”고 판단하여 청구주장에 대해 인용 결정한 바 있다. 본 사건 또한 납세자가 국세청의 공식 답변인 종전해석례을 신뢰하여 거래를 진행한 것이므로 위 인용 사례와 동일한 잣대로 신뢰보호의 원칙이 적용되어야 한다.또한, 처분청이 인용한 판례(부산지방법원 2024.1.18. 선고 2023구합22710 판결)는 원고가 당시 시행령이 개정되어 ‘최종 1주택 보유기간 재기산’이라는 강력한 규제가 생겼음에도, 이를 무시하고 과거 규정 기준으로만 질의하여 비과세 답변을 유도한 경우에 해당한다. 하지만 본 사건에서 청구인이 신뢰한 종전해석례는 국세청이 스스로 법적 쟁점을 심도있게 검토하여 확정한 공식 법규해석(해당 예규는 국세청 법령정보시스템에 공표되어 전국 모든 세무사, 회계사, 납세자들이 실무 지침으로 활용)이다.즉, 청구인은 국세청이 스스로 ‘완결된 형태’로 공표한 지침을 신뢰하여 매매계약을 체결하고 중도금까지 수령하는 구체적인 이행에 나선 것이므로, 사실관계를 누락한 채 개인적 질의를 했던 판례 속 원고의 사례와는 근본적으로 궤를 달리한다. 따라서 처분청이 해당 판례의 문구를 인용하여 청구인의 신뢰를 부정하는 것은 사실관계 오인에 기초한 부당한 주장이다.(6) 본 사건은 단순한 ‘타인 질의 회신의 원용’이 아니라, 국세청의 공식 법규해석에 기초하여 거래가 형성된 사안에 해당한다.처분청은 청구인이 신뢰한 종전해석례가 청구인 본인에게 직접 교부된 사전 답변이 아니라는 점을 들어 그 신뢰에 보호 가치가 없다고 주장하나, 종전해석례는 단순한 민원 상담이나 개별 담당공무원의 비공식 견해가 아니라 국세청이 법령해석 절차를 거쳐 공식적으로 생산·공표한 법규해석으로서, 청구인은 이와 같은 공식적 해석 사례를 확인한 뒤 이를 근거로 쟁점주택 양도를 결정하고 실제 계약을 체결하였으며, 계약금과 중도