쟁점정비기반시설은 신설정비기반시설에 재편입되는 토지로서, 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부

청구법인은 쟁점정비기반시설을 무상으로 취득하였으나, 곧바로 신설되는 정비기반시설에 재편입되었으므로, 청구법인은 쟁점정비기반시설을 국가 등에 귀속을 조건으로 취득한 것으로 인정되고, 쟁점정비기반시설이 국가 등에 귀속되는 국면에서 청구법인이 그 귀속에 대응하여 얻은 이익도 없는바, 쟁점정비기반시설의 무상 취득에 반대급부가 있다고 보기도 어려우므로, 쟁점토지는 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 비과세 대상에 해당함(조심 2025지98, 2025.11.4. 외 다수) 인천광역시 미추홀구청장이 2025.1.14. 청구법인에게 한 취득세 등 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2013.5.13. 인천광역시 미추홀구 OOO 일원에서 OOO정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 시행하기 위하여 설립된 조합으로, 2018.3.12. 사업시행 인가, 2019.5.7. 관리처분계획 인가를 받은 후, 2024.6.5. 부분 준공인가(건축시설: 공동주택) 고시에 따라 인천광역시 미추홀구 OOO6,179.9㎡(이하 “용도폐지 정비기반시설”이라 한다)를 취득하였다.나. 청구법인은 2024.8.1. 용도폐지 정비기반시설 중 ① 신설정비기반시설에 편입되는 1,097.7㎡(이하 “쟁점정비기반시설”이라 한다)에 대하여 「지방세특례제한법」(이하 “지특법”이라 한다) 제73조의2에 따른 면제 및 같은 법 제177조의2 제1항에 따른 최소납부세제(100분의 85 감면율)를 적용하여 산출한 취득세 등 합계OOO원을, ② 대지에 편입된 5,082.2㎡(이하 “쟁점대지”라 한다)에 대하여 같은 법 제74조 제3항 제1호에 따라 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.＜표1＞ 취득세 신고·납부 내역(단위 : 원)○○○＜표2＞ 부동산별 취득세 감면내역(단위 : 원)○○○다. 청구법인은 2024.11.29. 쟁점정비기반시설이 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 등 비과세 대상이고, 쟁점대지 중 주택부속토지에 해당하는 부분은 농어촌특별세가 비과세되어야 한다는 사유로 과다 신고·납부한 취득세 등 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.1.14. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.13. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 용도폐지 정비기반시설 중 신설 정비기반시설에 다시 편입된 1,098㎡(쟁점정비기반시설)는 「지방세법」제9조 제2항에 따라 국가등에의 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 비과세 대상에 해당한다.「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제97조 제5항에 의하면, 신설 정비기반시설과 용도폐지 정비기반시설은 준공인가 통지할 때 귀속되거나 양도되므로, 2024.6.5. 청구법인이 용도폐지 정비기반시설을 취득할 시점에 신설 정비기반시설 또한 취득(대체)하였으므로 용도폐지 정비기반시설 중 신설 정비기반시설에 다시 편입된 쟁점정비기반시설은 국가등에의 귀속을 조건으로 취득한 부동산 등에 해당하는 것이다.최초 사업시행인가 고시문(2018.3.12.)에 의하여 용도폐지 정비기반시설의 취득시기(2024.6.5.) 이전부터 신설 정비기반시설의 위치(시작과 종점)와 면적(규모)을 구체적으로 확인할 수 있었고, 쟁점정비기반시설은 용도폐지 정비기반시설 취득 시점에 곧바로 신설 정비기반시설로 편입되어 국가 등에 귀속되었으므로 이 과정에서 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기 어렵다.(2) 「농어촌특별세법」제4조 제11호, 같은 법 시행령 제4조 제5항에 의하면, 주거 전용면적이 1세대당 85제곱미터(국민주택 규모) 이하인 주거용 건물과 이에 부수되는 토지의 취득세는 농어촌특별세 비과세 대상에 해당한다고 규정하고 있다.청구인은 2024.6.5. 부분 준공인가를 받아 건물 신축분에 대하여 취득세를 납부하였고, 건축물 신축 이후 용도폐지 정비기반시설을 무상양여받아 취득하였는바, 용도폐지 정비기반시설 취득 당시에 국민주택 규모 면적 및 위치를 특정할 수 있다. 따라서 용도폐지 정비기반시설의 일부는 국민주택 규모 부속토지이므로 일반분양 면적 중 상가면적을 제외한 비율만큼의 농어촌특별세가 비과세되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 청구법인이 무상양여로 취득한 용도폐지 정비기반시설 중 신설 정비기반시설로 편입된 쟁점정비기반시설을 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세를 비과세할 수 있는지에 대해 살펴보면,청구법인은 용도폐지 정비기반시설 중 쟁점정비기반시설은 취득 시점에 곧바로 신설정비기반시설에 편입되었으며, 이 과정에서 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기는 어렵다고 주장하나,청구법인은 2024.6.5. 부분 준공인가 고시에 따라 취득한 용도폐지 정비기반시설 중 쟁점정비기반시설은 도로와 공원으로 대체하여 신설정비기반시설에 편입하고 쟁점대지는 대지에 편입한 것을 보면, 쟁점정비기반시설을 국가등에 기부채납하는 대신에 쟁점대지를 무상양여 받은 것과 실질이 다름없어 국가등으로부터 반대급부를 받았다고 보아야 할 것이지, 쟁점정비기반시설을 무상양여로 취득한 다음 청구법인 자신의 부담으로 새로운 도로와 공원으로 대체하여 다시 기부채납하는 역할만 하였다고 보기는 어렵다.따라서, 쟁점정비기반시설의 취득은 「지방세법」제9조 제2항 단서에 따라 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받은 경우에 해당하여 비과세 대상에서 제외되어야 한다.(3) 용도폐지 정비기반시설 중 쟁점대지의 일부를 국민주택규모의 주택부속토지로 보아 농어촌특별세를 비과세할 수 있는지 여부에 대해 살펴보면,청구법인은 용도폐지 정비기반시설의 취득시기에 대하여 「도시 및 주거환경정비법」제97조 제5항에서 “관리청에 준공인가통지를 한 때에” 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다고 규정하고 있음에도 불구하고, 사업시행인가 고시가 있는 날부터 2024.6.5. 부분 준공인가를 받을 때까지 용도폐지 정비기반시설에 도로 등 정비기반시설을 설치하면서 대지 조성공사를 함께 진행하였으며,이에 따라 용도폐지 정비기반시설 중 쟁점대지를 지특법 제74조 제3항 제1호에 따른 재개발사업자가 대지조성을 위하여 취득하는 부동산에 해당된다고 보아 취득세의 100분의 75 감면율을 적용하여 신고·납부하였다.따라서, 청구법인의 이와 같은 취득세 신고 내용과는 달리 “관리청에 준공인가통지를 한 때”를 기준으로 쟁점대지 중 일부를 국민주택규모의 주택부속토지로 보아 농어촌특별세를 비과세할 수는 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁 점① 쟁점정비기반시설은 반대급부 없이 국가 등에 기부채납되는 부동산이므로 취득세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부② 쟁점대지 중 국민주택 규모의 주택 부속토지에 해당하는 부분에 대하여 농어촌특별세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 2013.5.13. 인천광역시 미추홀구 OOO번지 일원 50,011.30㎡에서 OOO정비사업을 시행하기 위하여 설립한 조합으로, 2018.3.12. 사업시행 인가, 2019.5.7. 관리처분계획 인가를 받았다.＜표3＞ 사업시행계획 및 관리처분계획 인가에 따른 정비구역 면적○○○＜표4＞ 무상귀속 및 무상양여에 관한 사항○○○＜표5＞ 사업시행계획인가 주요내용○○○＜표6＞ 관리처분계획인가(2024.11.18. 변경) 주요내용＞○○○(2) 청구법인은 2024.6.5. 부분 준공인가 고시에 따라 용도폐지 정비기반시설(6,179.9㎡)을 취득하였고, 용도폐지 정비기반시설(6,179.9㎡) 중 ① 쟁점정비기반시설(1,097.7㎡)는 신설정비기반시설에 편입되고 ② 쟁점대지(5,082.2㎡)는 주택의 부속토지(대지)에 편입되었다.＜표7＞ 부분 준공인가 주요내용○○○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.1) 「지방세법」제9조 제2항 본문에서 국가등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 단서에서 “다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.”고 하면서, 제2호에서 “국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우”을 규정하고 있으며,「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에서 「지방세법」 제9조제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가등에 귀속되거나 기부채납한 것의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로