조특법상 농어촌주택 취득시에도 거주자 및 그 배우자가 구성하는 1세대 요건이 적용되는지 여부

1. 사실관계 ○ 1999.11.10. 甲이 서울 노원구 상계동 A주택 취득 ○ 2008.12.18. 甲 및 그 세대원 해외출국하여 비거주자로 전환 ○ 2012.04.20. 甲의 배우자가 상속으로 B, C주택 취득 - C주택은 농어촌주택 특례의 요건을 갖춘 것으로 전제함 ○ 2017.07.03. B주택 양도 ○ 2021.04.02. 甲 및 배우자 거주자로 전환 ○ 2024.05.30. 甲이 A주택 양도 * 쟁점 외 농어촌주택 특례의 다른 요건은 모두 충족하는 것으로 전제함 2. 질의내용 ○ 「조세특례제한법」 제99조의4 에 해당하는 농어촌주택 취득시에도 거주자 및 그 배우자가 구성하는 1세대 요건이 적용되는지 여부 - 구체적으로는 비거주자 상태에서 농어촌주택을 취득한 후 거주자 상태에서 일반주택 양도시 「조세특례제한법」 제99조의4 에 따른 농어촌주택 특례가 적용되는지 여부 3. 관련법령 및 관련사례 〔1〕 「조세특례제한법」 □ 조세특례제한법 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2028년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌 주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등”이라 한다)을 취 득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 " 일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조제 1항제3호를 적용한다. 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택”이라 한다) 가. 취득 당시 「지방자치분권 및 균형성장에 관한 특별법」제2조제13호에 따른 기회발전특구(인구감소지역 및 「접경지역 지원 특별법」제2조제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 " 기회발전특구”라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당 하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것 1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조에 따른 도시지역. 다만, 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 3) 「주택법」제63조의2에 따른 조정대상지역 4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제10조에 따른 허가구역 5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역 나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기 준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것 2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택”이라 한다 ) 가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것 나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 (다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것 1) 수도권지역 2) 「주택법」제63조의2에 따른 조정대상지역 3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역 다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기 준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것 □ 조세특례제한법 시행령 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도 소득세 과세특례】 ① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1 세대”란 「소득세법」제88조제6호에 따른 1세대를 말한다. ⑬ 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간은 다음 각 호에 따라 계산한다. 1. 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는지 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다. 2. 농어촌주택등에서의 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일 까지의 기간으로 한다. 3. 농어촌주택등에서 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등 으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다. 〔2〕 「소득세법」 □ 소득세법 제88조 【정의】 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 6. "1세대”란 거주자 및 그 배우자(법률상 이혼을 하였으나 생계를 같이 하는 등 사실상 이혼한 것으로 보기 어려운 관계에 있는 사 람을 포함한다. 이하 이 호에서 같다)가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 직계존비속 (그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학, 질병의 요양 , 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소에서 일시 퇴거한 사람을 포함한다]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 배우자가 없어도 1세대로 본다. □ 소득세법 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】 ② 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조제3호에 따른 국내원천 부 동산소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조제1호부터제7호까지, 제8호의2및제10호부터제12호까지의 소득(제156조제1항 및 제156조의3부터 제156조의6까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조제8호에 따른 국내원천 퇴직소득 및 같은 조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 분류하여 과세한다 . 다만, 제119조제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비 거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조제1항제3호ㆍ제4호 및 제95조제2항 표 외의 부분 단서는 적 용하지 아니한다.