쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

쟁점토지는 재산세 별도합산대상 토지로 분류된 0000년과 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하는 기간만 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 보이는바, 「소득세법」제104조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제168조의6 제2호 각목에 따른 기간 동안 비사업용토지에 해당하므로 이 건 처분은 잘못이 없는 것오르 판단됨 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2015.7.6. A, B(이하 “공동사업자들”이라 한다)과 함께 도시지역 내 일반상업지역에 소재한 경기도 OOO시 OOO㎡의 토지(이하 “최초부동산”이라 한다)를 취득하고, 2016년에 최초부동산 중 OOO㎡에 개발허가를 받아 2017년에 지상에 2개 동의 건물을 지어 분양하였다.나. 청구인과 공동사업자들은 2017.3.31. 잔여 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 건축허가를 신청하였으나, 2017.4.3. 경기도 OOO시장의 “OOO시 OOO 일원 개발행위허가 제한 고시”로 2017.4.5. 허가 불가 통보를 받아 2017.4.24. 건축인허가 신청을 취하하였고, 2018.3.19. 경기도 OOO시장의 “OOO 도시관리계획(OOO 지구단위계획) 결정(변경) 및 지형도면 고시”(이하 “지구단위계획 결정”이라 한다)로 개발행위허가 제한이 해제되면서 다시 쟁점토지에 대하여 공동주택 건축허가(공동주택 132세대, 오피스텔 6호, 제1종 근린생활시설)를 신청하여 2019.4.30. 허가를 받았으나 착공하지 아니한 채 2020.5.4. 쟁점토지를 양도하였으며, 청구인은 쟁점토지 중 청구인 지분(1/3)에 해당하는 833㎡ 중 22.56㎡는 사업용 토지로, 810.43㎡는 비사업용 토지로 보아 비사업용 토지의 양도소득에 대해 기본세율에 10%를 가산한 52%의 세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.다. 이후 청구인은 2025.1.14. 쟁점토지가 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호의 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 제한된 토지’에 해당하므로 청구인이 납부한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 쟁점토지가 지구단위계획 결정에 따라 공동개발이 권장되고 불허 용도 외 건축물 건축 등 개발행위가 가능하여 법령에 따라 사용이 제한된 토지로 볼 수 없어 사업용 토지에 해당하지 않는다고 보아, 2025.8.11. 청구인에게 경정청구 거부통지 하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.5. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 경기도 OOO시장의 2016년 토지분 재산세 정기과세내역서에 따르면, 최초부동산 OOO㎡(청구인 지분 면적 OOO㎡)가 별도합산과세대상 토지이고, 쟁점토지는 2019.4.30. 건축허가를 받은 건축물의 부수토지이므로 「소득세법」 제104조의3 제1항 제4호 나목에 의하여 사업용 토지에 해당한다.(2) 청구인은 쟁점토지 보유기간인 1,764일 중 3년 이상, 양도일 직전 3년 중 2년 이상, 전체 보유기간의 60%에 상당하는 기간을 모두 초과하는 1,494일(84.7%) 동안 쟁점토지를 사업용으로 사용하였으므로, 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 과세하여야 한다.(가) 쟁점토지는 2017.4.3. 경기도 OOO시장의 “OOO시 OOO 일원 개발행위허가 제한” 고시(OOO시 고시 OOO)로 사용이 제한된바, 이는 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호에 따른 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”가 되었고, 2018.3.19. 지구단위계획 결정으로 개발행위허가 제한이 해제되기 전까지 동일한 상태였으므로, 2017.4.3. 개발행위허가 제한 고시일부터 2018.3.19. 지구단위계획 결정일 전까지 사업용 토지에 해당한다.(나) 경기도 OOO시장의 개발행위허가 제한 이후 경기도 OOO시 원종동 일원의 공동주택 신축판매 분양경기가 냉각되었고, 청구인과 공동사업자들은 쟁점토지에 대하여 2017.3.31. 건축허가를 신청하였으나 2017.4.5. 허가 불가로 회신(2017.4.3. 허가 제한 고시가 있을 것이라는 사유로 불허)받았으며, 2018.3.19. 도시관리계획 결정(변경) 고시로 개발행위허가 제한이 해제된 후 쟁점토지의 공동주택 신축사업의 수익성 등을 검토하였으나 2016~2017년과 달리 부동산 경기가 확연히 달라 기존의 사업은 진행하기 어렵다고 보아, 「노인복지법」에 따른 노유자시설인 유로노인복지주택을 신축하려고 준비하였으나 경기도 OOO시장이 지구단위계획에서 쟁점토지 소재 지역을 불허용도로 지정하였다고 하여 이마저도 실패하였고, 2019.4.30. 공동주택 건축허가를 받았지만 주변 미분양세대가 증가하는 상황에서 수익성이 없는 공사를 착공할 수는 없었기에 하는 수 없이 2020.5.4. 쟁점토지를 양도하게 된 것인바, 쟁점토지는 2018.3.19. 지구단위계획 결정일부터 2019.4.30. 건축허가일까지 사업용 토지에 해당한다.(3) 2018.3.19. 도시관리계획 결정(변경) 고시로 허가 제한이 해제되어 사업용 토지로 볼 수 없다 해도, 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제10호에 의하면 2년 이상 사업에 사용하던 토지를 휴업함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하였다면 휴업일로부터 2년간은 사업용 토지로 보는 것으로서 청구인이 실질적으로 사업을 휴업한 2018.5.1.부터 2019.4.30. 건축허가를 득하기까지의 휴업 기간은 사업용 토지에 해당하는바, 청구인은 쟁점토지 보유기간인 1,764일 중 3년 이상, 양도일 직전 3년 중 2년 이상, 전체 보유기간의 60%에 상당하는 기간을 모두 초과하는 1,081일(61.28%) 동안 쟁점토지를 사업용으로 사용하였으므로, 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 과세하여야 한다.(가) 청구인은 2018.3.19. 도시관리계획 결정(변경) 고시 이후 2018.5.1.부터 실질적인 휴업에 들어갔다가 2019.4.30. 건축허가를 받으면서 휴업을 취소하고 사업을 진행하였다.(나) 여기서 휴업은 사업자가 일시적으로 영업활동을 정지하고 사업시설의 유지관리 또는 개량행위 등을 행하는 상태로 보아야 하고, 이러한 휴업에 해당하는지 여부는 세법상 휴업신고와 관계없이 실질에 따라 판단하여야 한다(조심 2025서226, 2025.6.30. 참고).(4) 청구인은 2015.7.6. 도시지역 내 일반상업지역에 소재한 최초부동산을 취득하여 2016.4.15. 공동주택 신축판매업으로 사업자등록을 하였고, 2017.4.3. 개발행위허가 제한 결정 고시 이전인 2017.3.31. 쟁점토지의 건축허가를 신청하였는데 차후에 허가 제한이 있을것이라는 사유로 불허한 것도 부당할 뿐 아니라, 청구인이 장기적인 계획으로 사업을 진행하는 과정에서 갑작스러운 도시관리계획 시행으로 사업이 중단되어 쟁점토지를 보유하였을 뿐 재산 증식수단으로 보유한 것이 아니고,이러한 경우에 대하여 대법원도 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도는 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는데 그 입법 목적이 있으며, 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우까지 해당 토지를 비사업용으로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 불합리하므로, 그러한 사유가 존재하는 기간은 그 토지를 비사업용으로 사용한 것으로 보지 않도록 판단하고 있으므로(대법원 2013.2.14. 선고 2011두28950 판결 등 참조), 쟁점토지를 사업용 토지로 보아야 한다.나. 처분청 의견(1) 청구인과 공동사업자들은 최초부동산 OOO㎡ 중 2016년에 일부 토지인 1,103.9㎡(=566.9㎡+537㎡)에 대하여 건축허가를 받았으나 쟁점토지(잔여토지 OOO㎡)에 대한 건축허가를 받은 사실은 없고, 쟁점토지에 대한 공사계획을 신고하였으나 공사에 착수한 건축물 없이 계속 보유하고 있었으며, 2019.4.30.에 비로소 건축허가를 득한 이후에도 착공하지 않은 상태로 2020.5.4. 양도하였으므로, 쟁점토지는 계속해서 비사업용 토지였다고 보아야 한다(조심 2023서7329, 2023.8.29. 및 국세청 서면4팀-1088, 2006.4.24. 참고).(2) 2017.4.3. 경기도 OOO시장의 “OOO시 OOO 일원 개발행위허가 제한” 고시일부터 2018.3.19. 지구단