위법한 세무조사 등 절차상 하자 있는 처분에 해당하는지 여부

쟁점세무조사 통지서를 보면 관련 법령에 따라 사전통지를 생략한다고만 기재되어 있고, 조사목적을 달성할 수 없다고 판단하는 구체적인 근거나 사유에 관하여는 기재되어 있지 아니한 바, 사전통지의 생략은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차상의 하자에 해당하는 것이고,처분청은 00.0.00. 쟁점세무조사 결과통지를 하면서 같은 날 쟁점고지서를 동시에 청구법인에게 교부송달하였는데, 사실상 세무조사 결과통지(과세예고통지)를 생략한 채 법인세 과세처분을 하였으므로, 세무조사 사전통지와 과세예고통지를 생략한 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있음 OOO세무서장이 2025.3.27. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 개업하여 경상북도 OOO에서 OOO제조업을 영위하는 비상장 법인으로 대표이사 A(지분율 40%)과 A의 자녀 B(지분율 30%), C(지분율 30%)이 청구법인의 주식 100%를 2024년말 현재까지 보유하고 있고,D(청구법인의 대표이사 A의 배우자)은 OOO 설립되어 경상북도 OOO에서 OOO 제조업 등을 영위하고 있는 ㈜E의 지분 28%를 보유한 주주로 2005년 ㈜E의 대표직에서 사임한 후 2006년경 ㈜E의 인도네시아 현지법인인 F(비상장법인, 이하 “쟁점현지법인”이라 한다)의 주식 OOO주(1주당 미화 OOO달러)를 출자하여 2019.5.20. 쟁점현지법인의 주식 지분 42.5%(총 OOO주, 취득가액 OOO원)를 보유하다가,2019.5.20. 특수관계법인인 청구법인에게 자기가 보유한 쟁점현지법인의 주식 전량 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도가액 OOO원(1주당 미화 OOO달러)에 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하고 환율 차이인 OOO원을 양도차익으로 하여 2019.9.2. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.나. 처분청은 2025.2.17.부터 2025.3.27.까지 기간 동안 D에 대한 양도소득세 세목별조사 및 청구법인에 대한 법인통합조사, 청구법인의 주주 3명에 대한 증여세 세목별조사를 실시(D, 청구법인 및 청구법인의 주주 3명에 대한 세무조사를 이하 “쟁점세무조사”라 하고, 위 세무조사대상자를 함께 “조사대상자들”이라 한다)한 결과, 쟁점주식 양도일 전후 6개월간 매매사례가액이 없어 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법을 이용하여 평가한 가액[1주당 가액 OOO원(미화 OOO달러, 2019.5.20. 기준환율 OOO원)]과 D의 신고가액[1주당 신고가액 OOO원(미화 OOO달러, 2019.5.20. 기준환율 OOO원), 이하 “신고가액”이라 한다]과의 차액을 OOO원으로 산정하여 2025.3.27. 청구법인에게 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제88조에 따라 법인세 부과대상이라는 세무조사결과를 통지하였고, OOO원을 익금산입하여 같은 날 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(고지서는 교부송달, 이하 “쟁점고지서”라 한다)하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.18. 이의신청을 거쳐 2025.9.26. 심판청구를 제기하였다.라. 한편 처분청은 쟁점주식 양도에 대하여 D에게 「소득세법 시행령」제167조 제3항 제1호 부당행위계산부인 규정에 따라 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과하였고, D이 2025.7.30. 심사청구를 제기한 결과, 국세청장은 2025.9.24. 쟁점현지법인의 2019년 4월말 가결산 재무상태표를 고려하여 쟁점주식의 시가를 재조사하라는 결정을 하였다.마. 처분청은 쟁점주식의 신고가액[1주당 신고가액 OOO원(미화 OOO달러, 2019.5.20. 기준환율 OOO원)]과 보충적 평가액[1주당 보충적 평가액 OOO원(미화 OOO달러, 기준환율 OOO원)]과의 차액(OOO원)을 반영하여 2025년 11월 D에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 감액경정하였고, 2025.11.26. 청구법인에게 부과한 2019사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하였다.＜표1＞ 쟁점주식의 시가○○○2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점세무조사는 사전통지를 생략하고 자의적으로 조사대상선정 하여 조사권을 남용하였으므로 위법한 세무조사에 해당한다.(가) 「국세기본법」 제81조의7은 조사목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우에 한하여 세무조사 사전통지를 생략하도록 규정하고 있고, 청구법인과 D은 쟁점주식 양도에 대하여 모든 신고를 이행하여 증거인멸의 우려가 없음에도 처분청은 조사자들에게 세무조사 사전통지를 생략하였다.처분청의 조사내용을 보면 청구법인이 쟁점주식을 저가양수하였다고 하면서 쟁점주식 평가액을 1주당 OOO원으로 과다하게 평가하였는데, 이는 세무조사 사전통지를 생략하기 위하여 주식평가액을 부풀려 청구법인의 탈루혐의가 큰 것으로 보이도록 한 것으로 처분청이 주식평가액 산정당시 근거로 한 재무제표가 어떤 것이었는지 알 수 가 없다.청구법인이나 D에게 사전통지를 생략할 정도의 심각한 세금탈루 행위가 있었다면, D의 양도소득세 신고서를 검토할 때 법인의 저가양수 여부가 검토되어야 하고, 양도소득세 신고자료는 대부분 1년 이내에 자료결정을 하도록 하고 있음에도 처분청은 부과제척기간이 임박하여 세무조사에 착수하다 보니 부과제척기간 내에 조사 결과를 도출하지 못할 우려가 있어 세무조사 사전통지를 생략한 것으로 보인다.(나) 쟁점세무조사는 「국세기본법」 제81조의4 제1항 및 같은 법 제81조의6 제3항 세무조사권 남용금지 및 세무조사 대상자 선정규정에 위배된다.1) D은 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세를 신고하여 신고시인되었고, 청구법인은 2020년 3월 쟁점주식 취득사실을 신고하였으며, 처분청은 이로부터 약 5년이 경과한 시점에 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호 ‘신고내용에 탈루나 오류혐의가 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’라는 사유로 세무조사에 착수하였으나, 청구법인은 쟁점주식 양도·양수에 대하여 5년 동안 아무런 문제가 제기되지 않았었으므로 쟁점세무조사 당시 조사자들에게 어떠한 명백한 탈루혐의가 있었다는 것인지 알지 못하였다.2) 청구법인은 인도네시아의 관행에 따라 제3자간 거래가액을 참고하여 매매사례가액와 동일한 가액으로 쟁점주식을 거래하였는데, 처분청은 조사종결시까지도 시가를 정하지 못하고 D이 제출한 주식평가서상 보충적 평가방법으로 평가한 점을 볼 때 이는 처분청이 세무조사대상 선정을 잘못하였다는 것을 스스로 자인하는 것이다.3) 대법원은 우리나라의 비상장법인과 외국의 비상장법인은 사업환경이 다르기 때문에 미래수익과 위험도가 다를 수밖에 없으므로 그 발행주식의 순손익가치를 산정할 때 적용하는 할인율도 서로 달라야 하는 것이 원칙이고, 쟁점주식은 인도네시아 비상장법인의 주식으로 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가했다 하더라도 국내의 보충적 평가방법을 그대로 적용하는 것은 각국의 사업환경과 위험도 차이를 고려하지 않은 것으로 이를 근거로 하여 세무조사대상으로 선정한 것은 위법성이 있다고 보아야 할 것(대법원 2018.4.12. 선고 2017두75477 판결, 참조)이라고 판단하였는바,처분청은 세무조사대상 선정사유가 없음에도 청구법인을 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고, 조사 중 쟁점현지법인의 주식평가 자료를 요구하였으며, 이에 청구법인은 조사중지를 요청하면서 D은 인도네시아로 출국하여 G회계법인에 쟁점주식의 가치평가를 의뢰하여 처분청에 주식평가보고서를 제출하였는데, 청구법인이 이러한 협조를 하지 않았다면 처분청은 쟁점주식에 대한 보충적 평가액을 산정할 수 없었을 것이고, 부과제척기간도 경과했을 것으로 보인다.처분청이 이러한 방식으로 쟁점주식 평가보고서를 확보한 것으로 볼 때, 처분청은 쟁점현지법인의 재무제표를 확보하지 못한 상태에서 유사매매사례가액도 없는 쟁점현지법인의 주식의 시가를 몰랐음에도 청구법인이 쟁점주식을 저가로 인수하였다며 조사대상으로 선정하였다.(다) 쟁점세무조사는 「국세기본법」 제81조의14 제1항(납세자의 권리 행사에 필요한 정보의 제공)을 정면으로 위반한 위법한 세무조사로, 이의신청 당시 청구법인과 D은 처분청의 1주당 미화 OOO달러의 산정근거를 알 수가 없어 처분청에 산정근거의 열람을 요청하였으나, 처분청이 이를 거부하였고, 주식가치 산정 시 재무상태표의 내용이 잘 반영되었는지가 핵심임에도, 당시 처분청은 청구법인이 요청한 과세정보를 열람해 주지 않아 어떠한 근거로 산정되었는지 알지 못하는바, 이는 「국세기본법」 제81조의14 제1항을 위반하여 납세자의 권익을 침해하는 위법행위에 해당한다.(2) 처분청은 청구법인의 과세전적부심사청구 기회를 박탈하였고, 세무조사결과 통지서와 쟁점고지서를 같이 교부하였으므로 이는 절차적 하자가 있는 처분에 해당한다.(가) 처분청은 청구법인에게 5년 동안 아무런 조치를 취하지 않는 등 부과제척기한이 불과 40여일 남을 때까지 업무를 해태하여 청구법인의 과세전적부심사 기회를 박탈하였