청구법인이 쟁점주택을 수분양자들에게 분양(전환)하였으나 그 승인절차에 대한 시정명령에 따라 당초 분양계약을 해제하고 승인절차를 거쳐 다시 분양계약을 체결한 경우 위 분양 관련 손익은 다시 분양계약이 체결된 사업연도에 귀속되어야 한다는 청구주장의 당부

당초계약 해제는 거래금액의 일부 조정 등이 아니라 분양전환과정에서 중대한하자가 발생하여 거래 자체가 소멸된 후 절차를 거처 다시 분양계약을 체결하여 공급된 것으로 보이고 수분양자들도 분양계약에 따른 분양잔금 정산을 받은 후에야 소유권이전등기를 마칠 수 있었던 것으로 보이는바 이러한 사정에 따라 계약해제된 경우 당초 성립한 납세의무에 영향을 미칠 수 없다고 볼 만한 근거도 없어 보임 천안세무서장이 2025.8.26. 청구인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부 처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인(건설/임대)은 (공공)임대하던 아파트를 분양(전환)하면서 발생한 손익에 대해, 최초 분양계약서를 작성(2020.12.19. 이하 “1차계약”이라 한다)한 2020사업연도에 인식(신고)하였다가, 2021.1.6. 승인절차 등이 누락되었다는 세종특별자치시장의 시정명령(이하 “쟁점시정”이라 한다)을 받고 1차계약을 해제(2021.10.22.)한 후 관련 절차를 거쳐 다시 계약서를 작성(2021.11.15. 이하 “2차계약”이라 한다)한 2021사업연도에 귀속되어야 한다며, 2025.6.5. 2020사업연도에 과다 납부한 법인세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였다.나. 처분청은 1차계약이 해제된 사실은 인정하면서도, 그에 따른 (감액)경정은 2020사업연도가 아니라 해제확정일(2021.10.22)이 속하는 2021사업연도가 되어야 한다며, 2025.8.26. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.27. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장「임대주택법」 제21조 등에 따르면, (공공)임대하던 아파트를 분양(전환)하려면, 국가 등의 승인은 필수 절차인데(명문상 강행규정일 뿐만 아니라, 분양가액 등 거래를 위한 핵심 사항도 승인을 거쳐야 비로소 확정된다), 1차계약은 승인을 거치지 않아 원인 무효이므로, 이 사건 아파트의 분양 관련 손익은 승인을 거친 이후 체결한 2차계약에 따라 2021사업연도에 공급된 것으로 손익 인식함이 타당하다[그럼에도, 2020사업연도로 잘못 신고한 이상, 2020사업연도는 (감액)경정되어야 한다].나. 처분청 의견1차계약에 중요한 절차가 누락되어 해제된 사실은 인정하나, 그렇다 하더라도 그에 따라 관련 손익을 반영할 시점은 세법상 권리의무확정주의에 따라 당초 신고시점(2020사업연도)이 아닌 1차계약의 해제가 확정된 날(쟁점시정을 받고 1차계약을 해제한 날)이 속하는 2021사업연도가 되어야 하므로 청구주장은 받아들일 수 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점1차계약에 기해 2020사업연도 과세표준으로 신고한 아파트 분양거래에 중요한 절차적 하자가 있어, 2021사업연도에 1차계약을 해제하고 관련 절차를 거쳐 다시 (2차)계약을 체결하여 공급하였다며, 2020사업연도에 과다 납부한 법인세를 환급해 달라는 청구주장의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 이 사건 중요 진행 경과는 다음과 같다. 일시 내용 비고 2015.12.11. 이 사건 아파트 보전등기 후 임대차 개시 공공임대 2020.12.19. 분양전환을 위한 1차(매매)계약서 작성 임대 후 5년 경과 2021.1.6. 세종특별자치시장의 시정명령 승인절차 누락 2021.10.22. 1차계약 해제 합의 2021.10.29. 2021.11.8. 분양전환 승인신청 세종특별자치시장 승인통보 승인절차 완료 2021.11.15. 2차계약서 작성 분양가액 (일부)감액 (2) 세종특별자치시장의 쟁점시정(명령) 공문(2021.1.6.)의 내용은 다음과 같다.ㅇㅇㅇ(3) 청구법인은 쟁점시정을 받고 (수분양자들과 합의 하에) 1차계약을 해제(국토교통부 실거래 사이트에서 해제사실 조회 가능)한 다음, 세종특별자치시장에게 분양(전환) 신청을 하였고, 승인 통보(세종시장은 1차계약의 분양가액을 일부 감액하여 승인)를 받은 후 수분양자들과 2차계약을 체결하였다.(4) 1·2차계약 모두 기존 임대보증금이 분양대금(잔금)으로 대체되는 조건이어서, 추가 수수된 거래대금(잔금)은 없는데, 1차계약은 기존 임대보증금 전부가 분양대금으로 그대로 대체된 반면, 2차계약은 세종특별자치시장이 승인한 금액이 분양대금이 전환된 것이므로, 청구법인은 임대보증금 일부를 반환하고, 해당 반환액을 2021사업연도 손익에 반영하여 신고하였다.(5) 청구법인은 처분청도 1차계약의 중요한 절차가 누락되어 해제 대상이 되어야 하는 점을 인정한 이상, 승인을 받지 않고 2020사업연도 손익으로 인식한 당초신고가 잘못되었다는 점은 명백히 확인되었다면서, 애초부터 손익 인식에 오류가 있었던 2020사업연도가 경정대상이 되어야 하고, 2021년에는 1차계약의 원인 무효가 사후적 절차를 거쳐 최종적으로 확인된 것에 불과하다면서, 2021사업연도는 손익을 인식할 시점은 될 수 없다고 주장한다.(6) 처분청은 원칙적으로 1차계약에 따라 아파트가 수분양자들에게 인도되었고 사용·수익권도 인정되었으며 심지어 잔금도 청산되었다며, 당초 2020사업연도 손익으로 신고한 것에 문제가 있다고 보기 어렵고, 다만 이후에 발생한 사정 등으로 당사자 간의 합의를 거쳐 해제된 것이므로, 관련 손익은 해제확정일이 속하는 2021사업연도의 손익으로 인식하여야 한다는 의견이다.(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 1차계약이 중대한 하자가 있어 해제된 사실은 인정하면서도 그에 따라 경정할 대상은 당초 신고된 2020사업연도가 아니라, 1차계약의 해제가 확정된 날이 속하는 2021사업연도가 되어야 한다는 의견이나,「법인세법」이 택한 권리확정주의는 실질상 소득의 실현이 최종적으로 확정되지 않은 상태임에도, 장래에 실현됨을 전제로 미리 과세하는 것을 허용한 것으로, 만약 권리가 확정된 이후 일정한 사유가 발생하여 당초 인식한 소득이 미실현되는 것으로 확정되었다면, 특별한 사정이 없는 한 당초 과세된 소득은 (감액)경정되어야 하고(OOO),그 경우 경정의 대상(사업연도)은 원칙적으로 당초 소득을 인식한 사업연도로 하되(소급효 인정), 예외적으로 「법인세법」 등이 일정한 계약해제에 대해 최종적으로 실현되지 않은 소득금액을 그 해제(확정)일이 속하는 사업연도의 소득금액의 차감 사유 등으로 별도로 규정하였거나 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하여 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우로서, 그 계약의 해제는 당초 성립한 납세의무에는 영향을 미칠 수 없으므로, 당초 소득을 인식한 사업연도는 경정의 대상이 될 수 없을 것이다(OOO).이 사건 1차계약의 해제는 당초 거래한 금액의 일부만 조정되었거나 수분양(전환)자들 중 일부만 해당되는 것이 아니라, 분양전환 과정에서 중대한 하자가 발생함에 따라 (1차계약에 기한) 거래 자체가 소멸된 후, 거래에 필요한 중요한 절차를 거쳐 다시 (2차)계약을 체결한 다음 공급된 것으로 보아야 하는 점, 수분양자들은 2차계약에 기해 분양잔금을 정산(기존 임대보증금 중 세종특별자치시장이 정한 분양가액을 초과하는 부분은 돌려받음)한 후에야 소유권이전등기를 마칠 수 있었던바, 그 이전에는 기존 임대차계약 상태가 유지된 것으로 봄이 타당한 점(취득자 입장에서 2021년 취득한 이상, 특별한 사정이 없다면 공급자 입장에서도 2021년에 공급한 것으로 봄이 상식적이다), 달리 이 사건과 같은 원인(쟁점시정)으로 계약이 해제된 경우에 대하여 당초 성립한 납세의무에 영향을 미칠 수 없는 경우였다고 해석할 별도의 법적 근거는 찾기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 1차계약의 해제에 따른 경정