이 건 부과처분이 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자 있는 처분에 해당하는지 여부 등

부과제척기간 만료가 임박하게 된 경위는 조사청의 과세자료 통보 지연 및 오통보, 처분청의 절차 반복 등 과세관청의 내부 사정에 기인한 것으로 보일 뿐 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없었다고 보기 어려움 대전세무서장이 2024.5.16. 청구인에게 한 2018년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2005.2.25. 개업하여 대전광역시 OOO에서 건설업을 영위하던 ㈜A의 대표이사였던 거주자(재직기간 2011.9.6.∼2018.9.7.)로, 위 법인은 2018.9.7. 본점 소재지를 전라남도 OOO로 이전 후 대표이사는 B으로, 상호는 ㈜C(이하 “쟁점법인”이라 한다)로 변경되었다.＜표1＞ 쟁점법인 주식 양도 전·후 주주 구성○○○나. 광주지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.5.30.∼2023.6.28. B에 대한 주식변동조사를 실시하는 과정에서 2018.8.18.∼2018.9.7. 청구인이 쟁점법인의 자금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 유출한 것으로 보아 2023.11.14. 처분청에 쟁점금액 관련 인정상여 과세자료를 통보하였다.다. 처분청은 2024.2.26. 청구인에게 위 과세자료내용에 따라 2018년 귀속 종합소득세에 대한 과세예고통지(이하 “1차 과세예고통지”라 한다)를 하였으나, 이후 쟁점법인의 2018년 귀속 법인세 경정 및 청구인에 대한 소득처분이 이루어지지 아니한 사실을 확인하고 이를 취소하였으며, 조사청은 2024.3.18. 쟁점법인 관할 순천세무서장(이하 “경정청”이라 한다)에게 법인세 경정에 대한 과세자료를 통보하였다.라. 경정청은 쟁점법인의 2018사업연도 법인세를 경정하면서 2024.3.27. 청구인에게 소득금액변동통지를 하였으며 처분청은 2024.4.4. 청구인에게 재차 과세예고통지(이하 “2차 과세예고통지”라 한다)를 한 후 2024.5.16. 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.마. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.19. 이의신청을 거쳐 2024.12.26. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1) 이 사건 처분은 과세관청이 정당한 사유없이 청구인의 과세전적부심사 기회를 박탈한 중대한 절차적 하자가 있어 취소하여야 한다.(가) 최근 다수의 대법원 판례(대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결 등 다수)에서는 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외 사유에 해당한다고 할 수 없다고 판시하고 있다.따라서 과세관청이 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다.위 대법원 판례에서는 피고가 이 사건 건물에 대한 양도소득세 과세자료 등을 이관받은 시점이 2021.8.3.이고 과세예고통지가 있은 시점은 2022.5.2.(8개월 29일 소요)이었는데, (중략) 추가 조사를 할 것이 남아 있던 상황도 아니었던 점 등을 고려하면 피고는 별다른 이유 없이 후속 절차를 지연시킨 것으로 보일 뿐 과세예고통지가 늦어질 수밖에 없었던 정당한 사유가 증명되었다고 볼 수 없다는 이유로, 이 사건 처분이 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차적 하자가 있어 위법하다고 판단하였다.조사청은 조사종결일(2023.6.28.)로부터 과세자료를 국세통합전산망에 전산입력하고 지체 없이 통보해야 했으나, 1차 통보하는데 4개월 17일(2023.6.29.∼2023.11.14.)이 소요되었고, 파생자료 통보 업무도 잘못 처리하여 소득처분을 해야 할 경정청이 아닌 처분청으로 잘못 통보하여, 경정청으로 2차 통보하기까지 8개월 19일(2023.6.29∼2024.3.18.)이 소요되어, 과세관청이 귀책 사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하였다고 볼 수 없다.처분청도 파생자료가 즉시처리대상자료로 전환 당시 최초(2023.12.19.) 자료 처리 담당자는 부과제척기간 만료일이 6개월 이내(제척기간 만료일까지 5개월 12일)인 시효 임박 자료임에도 불구하고 신속하게 처리하지 않았고, 업무를 지연처리하여 인정상여 미처분 사실을 조기에 발견할 수 있었던 기회조차 얻지 못했다.인사이동 후 과세자료 재지정(2024.1.29.) 담당자도 시효임박 자료(제척기간 만료일까지 4개월 2일)임에도 신속하고 충분한 사전검토를 하지 않아 1차 과세예고통지일(2024.2.26.)까지 인정상여 미처분 사실을 인지하지 못했다가 2024.3.18.에서야 인지하고 1차 과세예고통지를 취소하였다.결국, 조사청의 자료 통보 절차의 미준수와 처분청의 과세자료 지연처리 및 검토 소홀 등 과세관청의 귀책사유로 인하여 1차 과세예고통지를 취소하고, 2차 예고통지를 거치는 과정에서 9개월 7일(2023.6.28.∼2024.4.4.)이 소요되어 부과제척기간 만료일이 3개월 이하에 해당하게 되었는바, 과세관청이 귀책 사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하였다고 볼 수 없다.(나) 당해처분은 과세관청의 귀책 사유 등으로 절차적 정당성을 갖추지 못해 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외 사유에 해당하지 않아, 과세전적부심사 청구일로부터 과세전적부심사 결정이 있기 전까지는 과세표준 등 경정을 유보해야 했으나(「국세기본법 시행령」 제63조15 제4항), 처분청은 과세전적부심사 결정(2024.5.13.) 전인 2024.5.5. 과세표준 및 세액을 경정하여 중대한 절차적 하자에 해당할 뿐만 아니라, 송달기준으로 보아도 과세전적부심사 결정서가 송달(2025.5.17.)되기 전인 2025.5.16.에 납부고지서가 송달되어 중대한 절차적 하자에 해당한다.설령, 과세표준 등 경정 유보 규정을 준수했다 하더라도 과세전적부심사청구 예외 사유에 해당하지 않아 그 적법성 여부를 심사하지 않은 채 ‘심사제외’ 결정 후에 이루어진 과세표준 등 경정은 중대한 절차적 하자에 해당한다.이 사건 처분은 과세관청의 귀책 사유 등으로 절차적 정당성을 갖추지 못하여 과세전적부심사청구 예외 사유에 해당하지 않음에도 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 하지 않고, 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호 및 과세전적부심사사무처리규정 제33조 제4항 제4호의 규정에 따라 “심사제외결정”을 한 것은 중대한 절차적 하자에 해당한다.설령, 처분청이 절차적 정당성을 갖추었다고 하더라도 예외 규정을 들어 과세전적부심사청구에 관한 심사를 하지 않고 심사제외결정을 한 것 또한 청구인의 절차적 권리를 부당하게 침해한 것이다(서울고등법원 2023.10.20. 선고 2023누36239 판결).과세전적부심사청구 예외 사유에 해당하더라도 원칙적으로 「국세기본법」 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 「국세기본법 시행령」 제63조의15 제5항에서 규정한 방식에 따라 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 봄이 타당하고, 과세전적부심사청구를 청구하는 경우에는 처분청이 그 청구의 내용이나 처리능력 등에 비추어 이를 수용할 수 있다면 채택하거나 일부 채택하는 결정을 하는 것이 바람직한바, 처분청이 예외 사유만으로 심사제외사유를 확대해석하고, 법령이 아닌 국세청 내부의 훈령(과세전적부심사사무처리규정 제33조 제4항 제4호)을 근거로 “심사제외결정”을 한 것은 청구인의 절차적 권리를 부당하게 침해한 것으로 위법하다.처분청이 절차적 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는 과세관청의 귀책 사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 입증하여야 하나, 업무 과실과 해명할 기회를 주지하지 않은 사실만 있을 뿐 정당성을 인정할만한 객관적 증거는 없다(대법원 2025.6.12. 선고 2025두31960 판결).(2) 쟁점법인에게 법인세 과세표준 등 경정 통지를 생략한