쟁점연구개발비는 신성장동력 및 원천기술 연구개발비에 해당하므로 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 공제율(35%)을 적용하여 세액공제를 하여야 한다는 청구주장의 당부

청구법인은 경정청구일(25.3.28.) 이후인 2025.6.11. KIAT에 쟁점연구개발비가 신성장·원천기술 연구개발비에 해당한다는 내용으로 신성장·원천기술 인정 신청서를 제출하였고, 25.12.24. 산업통상부장관으로부터 청구법인의 신청내역 및 금액이 신성장·원천기술에 해당한다는 내용의 연구개발세액공제기술심의위원회 심의결과를 통보받은 사실이 확인되므로, 처분청은 쟁점연구개발비를 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 신성장동력·원천기술 연구개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 해당 공제율을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨 수원세무서장이 2025.5.30. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 2019사업연도에 발생한 연구개발비 중 연구개발세액공제기술심의위원회로부터 신성장·원천기술 연구개발비에 해당하는 것으로 인정받은 OOO원을 「조세특례제한법」 제10조 제1항 제1호에 따른 신성장동력·원천기술 연구개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1990.5.24. 설립된 법인으로, 경기도 수원시 권선구 OOO을 본점 소재지로 하여 OLED 증착장비 등의 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하고 있다.나. 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시, 해당 사업연도에 발생한 연구·인력개발비 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구·인력개발비(이하 “일반 연구·인력개발비”라 한다) 공제율(8%)을 적용하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 신고·납부하였다.다. 청구법인은 쟁점금액이 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 신성장동력·원천기술 연구개발비에 해당하므로, 해당 공제율(35%)을 적용하여 세액공제액을 경정해달라는 취지로 2025.3.28. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.5.30. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.22. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 처분청의 경정청구 거부 이후, 아래 ＜표1＞과 같이 A(이하 “A”라 한다)에 쟁점금액(OOO원) 중 OOO원(이하 “쟁점연구개발비”라 한다)은 신성장·원천기술 연구개발비에 해당한다는 내용으로 신성장·원천기술 인정 신청서를 제출하였고, 2025.12.24. 산업통상자원부장관으로부터 쟁점연구개발비가 신성장·원천기술에 해당한다는 연구개발세액공제기술심의위원회 심의결과를 통보받았다.＜ 표 삽입을 위한 여백 ＞＜표1＞ 신성장·원천기술 심의 신청 및 인정내역(단위 : 개, 원)OOO따라서, 쟁점연구개발비에 대하여 아래 ＜표2＞와 같이 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 신성장동력·원천기술 연구개발비 세액공제율을 적용하여 세액공제를 받아야 한다.＜ 표 삽입을 위한 여백 ＞＜표2＞ 2019사업연도 연구·인력개발비 세액공제 계산내역(단위 : 원)OOO(2) 다음과 같이 청구법인이 수행한 연구개발 활동은 조특법 시행령 별표7에서 열거하고 있는 신성장동력·원천기술에 해당한다.(가) 신성장동력·원천기술의 범위를 규정하고 있는 조특법 시행령 별표7의 주요내용은 아래 ＜표3＞과 같다.＜ 표 삽입을 위한 여백 ＞＜표3＞ 조특법 시행령 별표7 주요 내용(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부 개정된 것) 구분 분야 신성장·원천기술 전자정보 디바이스 다이오드 (OLED) 등 고기능 디스플레이 1) 능동형 유기발광 다이오드(AMOLED: Active Matrix Organic Light Emitting Diode) 패널ㆍ부품ㆍ소재ㆍ장비 제조 기술 : 대화면(9인치 이상) AMOLED 패널을 제조하기 위하여 공정별로 사용되는 기술(모듈조립공정기술은 제외한다)과 AMOLED 패널을 제조하기 위한 부품ㆍ소재ㆍ장비 제조 기술 6) VRㆍARㆍMR용 디스플레이 패널ㆍ부품ㆍ소재ㆍ장비 제조 기술 : 가상현실, 증강현실, 혼합현실 기기에 사용되는 초고해상도(1,500 ppi이상) 디스플레이를 제조하기 위하여 공정별로 사용되는 기술과 이와 관련한 부품ㆍ소재 및 장비 제조기술 (나) 청구법인이 수행한 신성장·원천기술 연구개발의 내용은 다음과 같다.1) 청구법인은 AMOLED 패널을 제조하기 위한 증착장비 제조 기술에 대한 연구개발을 수행하여 최대 OOO인치 AMOLED 패널을 제조하기 위해 사용되는 증착장비 생산 능력을 갖추게 되었으므로, 이는 신성장·원천기술을 얻기 위한 연구개발에 해당한다.2) 청구법인은 VR·AR·MR 기기에 사용되는 초고해상도(1,500 ppi 이상) 디스플레이를 제조하기 위한 증착장비 제조 기술에 대한 연구개발을 수행하여 최대 OOOppi의 초고해상도 디스플레이를 제조하기 위해 사용되는 증착장비 생산 능력을 갖추게 되었으므로, 이는 신성장·원천기술을 얻기 위한 연구개발에 해당한다.나. 처분청 의견청구법인은 경정청구 당시 A로부터 인정받은 신성장·원천기술 심의결과서를 제출하지 않았으므로, 처분청은 청구법인의 경정청구를 거부한 것이다.(1) 아래 ＜표4＞와 같이 국세청의 ＜연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인＞에 따르면, 신성장·원천기술 해당 여부를 판단하기 위해서는 A의 신성장·원천기술 심의결과서를 제출하여야 하나, 청구법인은 경정청구 시 이를 제출하지 않았다.＜표4＞ 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인(주요 내용 발췌)OOO(2) 청구법인이 신성장·원천기술에 해당한다고 주장하는 연구과제 및 기술은 시각적으로 확인이 불가능한 전문적인 기술로, 이에 대한 판단은 A에서 하는 것이다. 산업통상자원부 산하 연구개발세액공제기술심의위원회 운영규정에도 A의 의견서를 근거로 연구개발세액공제심의위원회가 최종 심의한다고 규정하고 있다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점연구개발비는 신성장동력·원천기술 연구개발비에 해당하므로 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 공제율을 적용하여 세액공제를 하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.(가) 청구법인은 2025.6.11. 아래 ＜표5＞와 같이 A에 ‘신성장·원천기술(연구개발) 인정 신청서’를 제출하였으며, 청구법인이 A에 신청한 금액은 청구법인이 주장하는 ＜표1＞의 금액과 동일한 것으로 확인된다.＜표5＞ 신성장·원천기술(연구개발) 인정 신청서OOO(나) 산업통상부장관은 2025.12.24. 청구법인에게 청구법인이 신청한 내용이 신성장·원천기술에 해당한다는 연구개발세액공제기술심의위원회 심의결과를 아래 ＜표6＞과 같이 통보하였다.＜표6＞ A의 연구개발세액공제기술심의위원회 심의결과 통보OOO(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점연구개발비에 대하여 신성장·원천기술 연구개발비 세액공제를 적용하기 위해서는 A로부터 인정받은 신성장·원천기술 심의결과서를 제출하여야 하나, 청구법인이 경정청구 시 이를 제출하지 아니하여 쟁점연구개발비가 신성장동력·원천기술 연구개발비에 해당하는지 여부를 확인할 수 없다는 이유로 경정청구를 거부하였으나, 청구법인은 경정청구일(2025.3.28.) 이후인 2025.6.11. A에 쟁점연구개발비가 신성장·원천기술 연구개발비에 해당한다는 내용으로 신성장·원천기술 인정 신청서를 제출하였고, 2025.12.24. 산업통상부장관으로부터 청구법인의 신청내역 및 금액이 신성장·원천기술에 해당한다는 내용의 연구개발세액공제기술심의위원회 심의결과를 통보받은 사실이 확인되므로, 처분청은 쟁점연구개발비를 조특법 제10조 제1항 제1호에 따른 신성장동력·원천기술 연구개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 해당 공제율을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.2026. 6. 2.＜별지＞ 관련 법령(1) 조세특례제한법제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(